test/jalview/datamodel/MappingTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4
   5 import jalview.util.MapList;
   6
   7 import java.util.Arrays;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 /**
  12  * Test class refactored from main method
  13  */
  14 public class MappingTest
  15 {
  16   /**
  17    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
  18    * exon map and a range of visContigs
  19    */
  20   @Test(groups ={ "Functional" })
  21   public void testIntersectVisContigs()
  22   {
  23     MapList fk = new MapList(new int[]
  24     { 1, 6, 8, 13, 15, 23 }, new int[]
  25     { 1, 7 }, 3, 1);
  26     Mapping m = new Mapping(fk);
  27     Mapping m_1 = m.intersectVisContigs(new int[]
  28     { fk.getFromLowest(), fk.getFromHighest() });
  29     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[]
  30     { 1, 7, 11, 20 });
  31
  32     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
  33     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges()
  34             .toArray());
  35     System.out.println(result);
  36     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
  37
  38     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
  39     System.out.println(result);
  40     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
  41   }
  42
  43 }