test/jalview/datamodel/MatchTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
   7
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class MatchTest
  11 {
  12
  13   @Test(groups = { "Functional" })
  14   public void testToString()
  15   {
  16     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  17     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  18     assertEquals("2cde", m.toString());
  19   }
  20
  21   @Test(groups = { "Functional" })
  22   public void testEquals()
  23   {
  24     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  25     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  26     SearchResults sr1 = new SearchResults();
  27     SearchResults sr2 = new SearchResults();
  28
  29     assertFalse(sr1.equals(null));
  30     assertFalse(sr1.equals(seq1));
  31     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  32     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  33     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  34
  35     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  36     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  37     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  38
  39     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
  40     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  41     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  42
  43     /*
  44      * same match but on different sequences - not equal
  45      */
  46     SearchResults sr3 = new SearchResults();
  47     sr3.addResult(seq2, 1, 1);
  48     assertFalse(sr1.equals(sr3));
  49     assertFalse(sr3.equals(sr1));
  50
  51     /*
  52      * same sequence but different end position - not equal
  53      */
  54     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  55     sr2.addResult(seq1, 3, 5);
  56     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  57
  58     /*
  59      * same sequence but different start position - not equal
  60      */
  61     sr1 = new SearchResults();
  62     sr2 = new SearchResults();
  63     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  64     sr2.addResult(seq1, 2, 4);
  65     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  66   }
  67 }