test/jalview/datamodel/SearchResultsTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 public class SearchResultsTest
  10 {
  11
  12   @Test(groups ={ "Functional" })
  13   public void testToString()
  14   {
  15     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  16     SearchResults sr = new SearchResults();
  17     sr.addResult(seq, 1, 1);
  18     assertEquals("0a", sr.toString());
  19     sr.addResult(seq, 3, 5);
  20     assertEquals("0a2cde", sr.toString());
  21
  22     seq = new Sequence("", "pqrstuvwxy");
  23     sr.addResult(seq, 6, 7);
  24     assertEquals("0a2cde5uv", sr.toString());
  25   }
  26
  27   @Test(groups = { "Functional" })
  28   public void testGetCharacters()
  29   {
  30     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  31     SearchResults sr = new SearchResults();
  32     sr.addResult(seq, 1, 1);
  33     assertEquals("a", sr.getCharacters());
  34     sr.addResult(seq, 3, 5);
  35     assertEquals("acde", sr.getCharacters());
  36
  37     seq = new Sequence("", "pqrstuvwxy");
  38     sr.addResult(seq, 6, 7);
  39     assertEquals("acdeuv", sr.getCharacters());
  40   }
  41
  42   @Test(groups = { "Functional" })
  43   public void testEquals()
  44   {
  45     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  46     SearchResults sr1 = new SearchResults();
  47     SearchResults sr2 = new SearchResults();
  48
  49     assertFalse(sr1.equals(null)); // null object
  50     assertFalse(sr1.equals(seq1)); // wrong type
  51     assertTrue(sr1.equals(sr1)); // self
  52     assertTrue(sr1.equals(sr2)); // empty
  53     assertTrue(sr2.equals(sr1)); // reflexive
  54
  55     /*
  56      * only one result is not empty
  57      */
  58     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  59     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  60     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  61     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  62
  63     /*
  64      * both the same
  65      */
  66     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
  67     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  68     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  69
  70     /*
  71      * both have three matches
  72      */
  73     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  74     sr1.addResult(seq1, 6, 8);
  75     sr2.addResult(seq1, 3, 4);
  76     sr2.addResult(seq1, 6, 8);
  77     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  78     assertTrue(sr2.equals(sr2));
  79     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  80     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Matches that are similar but for distinct sequences are not equal
  85    */
  86   @Test(groups = { "Functional" })
  87   public void testEquals_distinctSequences()
  88   {
  89     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  90     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  91     SearchResults sr1 = new SearchResults();
  92     SearchResults sr2 = new SearchResults();
  93
  94     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  95     sr2.addResult(seq2, 1, 1);
  96     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  97     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Matches that are the same except for ordering are not equal
 102    */
 103   @Test(groups = { "Functional" })
 104   public void testEquals_orderDiffers()
 105   {
 106     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
 107     SearchResults sr1 = new SearchResults();
 108     SearchResults sr2 = new SearchResults();
 109
 110     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
 111     sr1.addResult(seq1, 2, 2);
 112     sr2.addResult(seq1, 2, 2);
 113     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
 114     assertFalse(sr1.equals(sr2));
 115     assertFalse(sr2.equals(sr1));
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Verify that hashCode matches for equal objects
 120    */
 121   @Test(groups = { "Functional" })
 122   public void testHashcode()
 123   {
 124     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
 125     SearchResults sr1 = new SearchResults();
 126     SearchResults sr2 = new SearchResults();
 127
 128     /*
 129      * both empty
 130      */
 131     assertEquals(sr1.hashCode(), sr2.hashCode());
 132
 133     /*
 134      * both one match
 135      */
 136     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
 137     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
 138     assertEquals(sr1.hashCode(), sr2.hashCode());
 139
 140     /*
 141      * both three matches
 142      */
 143     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
 144     sr1.addResult(seq1, 6, 8);
 145     sr2.addResult(seq1, 3, 4);
 146     sr2.addResult(seq1, 6, 8);
 147     assertEquals(sr1.hashCode(), sr2.hashCode());
 148   }
 149 }