test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertNull;
   6 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   7
   8 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   9 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes.Datatype;
  10
  11 import java.util.Comparator;
  12 import java.util.HashMap;
  13 import java.util.List;
  14 import java.util.Map;
  15 import java.util.regex.Pattern;
  16
  17 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  18 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  19 import org.testng.annotations.Test;
  20
  21 import junit.extensions.PA;
  22
  23 public class FeatureAttributesTest
  24 {
  25
  26   /**
  27    * clear down attributes map before tests
  28    */
  29   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  30   public void setUp()
  31   {
  32     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  33     ((Map<?, ?>) PA.getValue(fa, "attributes")).clear();
  34   }
  35
  36   /**
  37    * clear down attributes map after tests
  38    */
  39   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  40   public void tearDown()
  41   {
  42     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  43     ((Map<?, ?>) PA.getValue(fa, "attributes")).clear();
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Test the method that keeps attribute names in non-case-sensitive order,
  48    * including handling of 'compound' names
  49    */
  50   @Test(groups="Functional")
  51   public void testAttributeNameComparator()
  52   {
  53     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  54     Comparator<String[]> comp = (Comparator<String[]>) PA.getValue(fa,
  55             "comparator");
  56
  57     assertEquals(
  58             comp.compare(new String[] { "CSQ" }, new String[] { "csq" }), 0);
  59
  60     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ", "a" },
  61             new String[] { "csq" }) > 0);
  62
  63     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ" }, new String[] { "csq",
  64         "b" }) < 0);
  65
  66     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ", "AF" }, new String[] {
  67         "csq", "ac" }) > 0);
  68
  69     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ", "ac" }, new String[] {
  70         "csq", "AF" }) < 0);
  71   }
  72
  73   @Test(groups = "Functional")
  74   public void testGetMinMax()
  75   {
  76     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Pfam", "desc", 10, 20,
  77             "group");
  78     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  79     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  80     sf.setValue("domain", "xyz");
  81     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  82     sf.setValue("kd", "1.3");
  83     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "kd"), new float[] { 1.3f, 1.3f });
  84     sf.setValue("kd", "-2.6");
  85     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "kd"), new float[] { -2.6f, 1.3f });
  86     // setting 'mixed' character and numeric values wipes the min/max value
  87     sf.setValue("kd", "some text");
  88     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  89
  90     Map<String, String> csq = new HashMap<>();
  91     csq.put("AF", "-3");
  92     sf.setValue("CSQ", csq);
  93     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "CSQ", "AF"),
  94             new float[]
  95             { -3f, -3f });
  96     csq.put("AF", "4");
  97     sf.setValue("CSQ", csq);
  98     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "CSQ", "AF"),
  99             new float[]
 100             { -3f, 4f });
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Test the method that returns an attribute description, provided it is
 105    * recorded and unique
 106    */
 107   @Test(groups = "Functional")
 108   public void testGetDescription()
 109   {
 110     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
 111     // with no description returns null
 112     assertNull(fa.getDescription("Pfam", "kd"));
 113     // with a unique description, returns that value
 114     fa.addDescription("Pfam", "desc1", "kd");
 115     assertEquals(fa.getDescription("Pfam", "kd"), "desc1");
 116     // with ambiguous description, returns null
 117     fa.addDescription("Pfam", "desc2", "kd");
 118     assertNull(fa.getDescription("Pfam", "kd"));
 119   }
 120
 121   @Test(groups = "Functional")
 122   public void testDatatype()
 123   {
 124     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
 125     assertNull(fa.getDatatype("Pfam", "kd"));
 126     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Pfam", "desc", 10, 20,
 127             "group");
 128     sf.setValue("kd", "-1");
 129     sf.setValue("domain", "Metal");
 130     sf.setValue("phase", "1");
 131     sf.setValue("phase", "reverse");
 132     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "kd"), Datatype.Number);
 133     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "domain"), Datatype.Character);
 134     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "phase"), Datatype.Mixed);
 135   }
 136
 137   @Test(groups = "Functional")
 138   public void testGetFieldMatchers()
 139   {
 140     // providing a junk property key to ensure the default is used
 141     List<Pattern> matchers = FeatureAttributes.getFieldMatchers("^%!",
 142             ".*,ABC?,CLIN_SIG,CSQ:P.*");
 143     assertEquals(matchers.size(), 4);
 144
 145     // first pattern .* matches anything
 146     assertTrue(matchers.get(0).matcher("xyz").matches());
 147
 148     // second ABC? matches AB or ABC, not case-sensitive
 149     assertTrue(matchers.get(1).matcher("ABC").matches());
 150     assertTrue(matchers.get(1).matcher("abc").matches());
 151     assertFalse(matchers.get(1).matcher("abc2").matches());
 152     assertFalse(matchers.get(1).matcher("xab").matches());
 153     assertFalse(matchers.get(1).matcher("xabc").matches());
 154
 155     // third matches CLIN_SIG
 156     assertTrue(matchers.get(2).matcher("CLIN_SIG").matches());
 157     assertTrue(matchers.get(2).matcher("clin_sig").matches());
 158
 159     // fourth matches CSQ:P followed by any characters (or none)
 160     assertTrue(matchers.get(3).matcher("CSQ:P").matches());
 161     assertTrue(matchers.get(3).matcher("csq:peter").matches());
 162     assertFalse(matchers.get(3).matcher("CSQ:Blue Peter").matches());
 163   }
 164 }