test/jalview/datamodel/features/NCNodeTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Range;
   8 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12
  13 import junit.extensions.PA;
  14
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class NCNodeTest
  18 {
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testAdd()
  21   {
  22     Range r1 = new Range(10, 20);
  23     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  24     assertEquals(node.getBegin(), 10);
  25     Range r2 = new Range(10, 15);
  26     node.add(r2);
  27
  28     List<Range> contents = new ArrayList<Range>();
  29     node.getEntries(contents);
  30     assertEquals(contents.size(), 2);
  31     assertTrue(contents.contains(r1));
  32     assertTrue(contents.contains(r2));
  33   }
  34
  35   @Test(
  36     groups = "Functional",
  37     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  38   public void testAdd_invalidRangeStart()
  39   {
  40     Range r1 = new Range(10, 20);
  41     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  42     assertEquals(node.getBegin(), 10);
  43     Range r2 = new Range(9, 15);
  44     node.add(r2);
  45   }
  46
  47   @Test(
  48     groups = "Functional",
  49     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  50   public void testAdd_invalidRangeEnd()
  51   {
  52     Range r1 = new Range(10, 20);
  53     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  54     assertEquals(node.getBegin(), 10);
  55     Range r2 = new Range(12, 21);
  56     node.add(r2);
  57   }
  58
  59   @Test(groups = "Functional")
  60   public void testGetEntries()
  61   {
  62     Range r1 = new Range(10, 20);
  63     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  64     List<Range> entries = new ArrayList<Range>();
  65
  66     node.getEntries(entries);
  67     assertEquals(entries.size(), 1);
  68     assertTrue(entries.contains(r1));
  69
  70     // clearing the returned list does not affect the NCNode
  71     entries.clear();
  72     node.getEntries(entries);
  73     assertEquals(entries.size(), 1);
  74     assertTrue(entries.contains(r1));
  75
  76     Range r2 = new Range(15, 18);
  77     node.add(r2);
  78     entries.clear();
  79     node.getEntries(entries);
  80     assertEquals(entries.size(), 2);
  81     assertTrue(entries.contains(r1));
  82     assertTrue(entries.contains(r2));
  83   }
  84
  85   /**
  86    * Tests for the contains method (uses entry.equals() test)
  87    */
  88   @Test(groups = "Functional")
  89   public void testContains()
  90   {
  91     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  92             "group");
  93     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  94             "group");
  95     SequenceFeature sf3 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  96             "anothergroup");
  97     NCNode<SequenceFeature> node = new NCNode<SequenceFeature>(sf1);
  98
  99     assertFalse(node.contains(null));
 100     assertTrue(node.contains(sf1));
 101     assertTrue(node.contains(sf2)); // sf1.equals(sf2)
 102     assertFalse(node.contains(sf3)); // !sf1.equals(sf3)
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Test method that checks for valid structure. Valid means that all
 107    * subregions (if any) lie within the root range, and that all subregions have
 108    * valid structure.
 109    */
 110   @Test(groups = "Functional")
 111   public void testIsValid()
 112   {
 113     Range r1 = new Range(10, 20);
 114     Range r2 = new Range(14, 15);
 115     Range r3 = new Range(16, 17);
 116     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
 117     node.add(r2);
 118     node.add(r3);
 119
 120     /*
 121      * node has root range [10-20] and contains an
 122      * NCList of [14-15, 16-17]
 123      */
 124     assertTrue(node.isValid());
 125     PA.setValue(r1, "start", 15);
 126     assertFalse(node.isValid()); // r2 not within r1
 127     PA.setValue(r1, "start", 10);
 128     assertTrue(node.isValid());
 129     PA.setValue(r1, "end", 16);
 130     assertFalse(node.isValid()); // r3 not within r1
 131     PA.setValue(r1, "end", 20);
 132     assertTrue(node.isValid());
 133     PA.setValue(r3, "start", 12);
 134     assertFalse(node.isValid()); // r3 should precede r2
 135   }
 136 }