test/jalview/datamodel/features/NCNodeTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   8
   9 import java.util.ArrayList;
  10 import java.util.List;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class NCNodeTest
  15 {
  16   @Test(groups = "Functional")
  17   public void testAdd()
  18   {
  19     Range r1 = new Range(10, 20);
  20     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  21     assertEquals(node.getStart(), 10);
  22     Range r2 = new Range(10, 15);
  23     node.add(r2);
  24
  25     List<Range> contents = new ArrayList<Range>();
  26     node.getEntries(contents);
  27     assertEquals(contents.size(), 2);
  28     assertTrue(contents.contains(r1));
  29     assertTrue(contents.contains(r2));
  30   }
  31
  32   @Test(
  33     groups = "Functional",
  34     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  35   public void testAdd_invalidRangeStart()
  36   {
  37     Range r1 = new Range(10, 20);
  38     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  39     assertEquals(node.getStart(), 10);
  40     Range r2 = new Range(9, 15);
  41     node.add(r2);
  42   }
  43
  44   @Test(
  45     groups = "Functional",
  46     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
  47   public void testAdd_invalidRangeEnd()
  48   {
  49     Range r1 = new Range(10, 20);
  50     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  51     assertEquals(node.getStart(), 10);
  52     Range r2 = new Range(12, 21);
  53     node.add(r2);
  54   }
  55
  56   @Test(groups = "Functional")
  57   public void testGetEntries()
  58   {
  59     Range r1 = new Range(10, 20);
  60     NCNode<Range> node = new NCNode<Range>(r1);
  61     List<Range> entries = new ArrayList<Range>();
  62
  63     node.getEntries(entries);
  64     assertEquals(entries.size(), 1);
  65     assertTrue(entries.contains(r1));
  66
  67     // clearing the returned list does not affect the NCNode
  68     entries.clear();
  69     node.getEntries(entries);
  70     assertEquals(entries.size(), 1);
  71     assertTrue(entries.contains(r1));
  72
  73     Range r2 = new Range(15, 18);
  74     node.add(r2);
  75     entries.clear();
  76     node.getEntries(entries);
  77     assertEquals(entries.size(), 2);
  78     assertTrue(entries.contains(r1));
  79     assertTrue(entries.contains(r2));
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Tests for the contains method (uses entry.equals() test)
  84    */
  85   @Test(groups = "Functional")
  86   public void testContains()
  87   {
  88     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  89             "group");
  90     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  91             "group");
  92     SequenceFeature sf3 = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 2f,
  93             "anothergroup");
  94     NCNode<SequenceFeature> node = new NCNode<SequenceFeature>(sf1);
  95
  96     assertFalse(node.contains(null));
  97     assertTrue(node.contains(sf1));
  98     assertTrue(node.contains(sf2)); // sf1.equals(sf2)
  99     assertFalse(node.contains(sf3)); // !sf1.equals(sf3)
 100   }
 101
 102 }