test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5
   6 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
   7 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.Arrays;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class EmblEntryTest
  18 {
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testGetCdsRanges()
  21   {
  22     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  23
  24     /*
  25      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
  26      */
  27     EmblFeature cds = new EmblFeature();
  28     cds.setLocation("join(10..20,complement(30..40),50..60,70..80,complement(110..120))");
  29
  30     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
  31     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110]",
  32             Arrays.toString(exons));
  33   }
  34
  35   @Test(groups = "Functional")
  36   public void testParseCodingFeature()
  37   {
  38     // not the whole sequence but enough for this test...
  39     SequenceI dna = new Sequence("J03321", "GGATCCGTAAGTTAGACGAAATT");
  40     List<SequenceI> peptides = new ArrayList<SequenceI>();
  41     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
  42     EmblFile ef = EmblTestHelper.getEmblFile();
  43
  44     /*
  45      * parse three CDS features, with two/one/no Uniprot cross-refs
  46      */
  47     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  48     for (EmblFeature feature : ef.getEntries().get(0).getFeatures())
  49     {
  50       if ("CDS".equals(feature.getName()))
  51       {
  52         testee.parseCodingFeature(feature, "EMBL", dna, peptides, matcher);
  53       }
  54     }
  55
  56     /*
  57      * peptides should now have five entries:
  58      * EMBL product and two Uniprot accessions for the first CDS / translation
  59      * EMBL product and one Uniprot accession for the second CDS / "
  60      * EMBL product and synthesized EMBLCDSPROTEINaccession for the third
  61      */
  62     assertEquals(6, peptides.size());
  63     assertEquals("CAA30420.1", peptides.get(0).getName());
  64     assertEquals("MLCF", peptides.get(0).getSequenceAsString());
  65     assertEquals("UNIPROT|B0BCM4", peptides.get(1).getName());
  66     assertEquals("MLCF", peptides.get(1).getSequenceAsString());
  67     assertEquals("UNIPROT|P0CE20", peptides.get(2).getName());
  68     assertEquals("MLCF", peptides.get(2).getSequenceAsString());
  69     assertEquals("CAA30421.1", peptides.get(3).getName());
  70     assertEquals("MSSS", peptides.get(3).getSequenceAsString());
  71     assertEquals("UNIPROT|B0BCM3", peptides.get(4).getName());
  72     assertEquals("MSSS", peptides.get(4).getSequenceAsString());
  73     assertEquals("CAA12345.6", peptides.get(5).getName());
  74     assertEquals("MSS", peptides.get(5).getSequenceAsString());
  75
  76     /*
  77      * verify dna sequence has dbrefs with mappings to the peptide 'products'
  78      */
  79     DBRefEntry[] dbrefs = dna.getDBRefs();
  80     assertEquals(4, dbrefs.length);
  81     DBRefEntry dbRefEntry = dbrefs[0];
  82     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
  83     assertEquals("B0BCM4", dbRefEntry.getAccessionId());
  84     assertSame(peptides.get(1), dbRefEntry.getMap().getTo());
  85     List<int[]> fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
  86     assertEquals(1, fromRanges.size());
  87     assertEquals(57, fromRanges.get(0)[0]);
  88     assertEquals(46, fromRanges.get(0)[1]);
  89     List<int[]> toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
  90     assertEquals(1, toRanges.size());
  91     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
  92     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
  93
  94     dbRefEntry = dbrefs[1];
  95     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
  96     assertEquals("P0CE20", dbRefEntry.getAccessionId());
  97     assertSame(peptides.get(2), dbRefEntry.getMap().getTo());
  98     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
  99     assertEquals(1, fromRanges.size());
 100     assertEquals(57, fromRanges.get(0)[0]);
 101     assertEquals(46, fromRanges.get(0)[1]);
 102     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
 103     assertEquals(1, toRanges.size());
 104     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 105     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
 106
 107     dbRefEntry = dbrefs[2];
 108     assertEquals("UNIPROT", dbRefEntry.getSource());
 109     assertEquals("B0BCM3", dbRefEntry.getAccessionId());
 110     assertSame(peptides.get(4), dbRefEntry.getMap().getTo());
 111     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
 112     assertEquals(1, fromRanges.size());
 113     assertEquals(4, fromRanges.get(0)[0]);
 114     assertEquals(15, fromRanges.get(0)[1]);
 115     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
 116     assertEquals(1, toRanges.size());
 117     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 118     assertEquals(4, toRanges.get(0)[1]);
 119
 120     dbRefEntry = dbrefs[3];
 121     assertEquals("EMBLCDSPROTEIN", dbRefEntry.getSource());
 122     assertEquals("CAA12345.6", dbRefEntry.getAccessionId());
 123     assertSame(peptides.get(5), dbRefEntry.getMap().getTo());
 124     fromRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getFromRanges();
 125     assertEquals(2, fromRanges.size());
 126     assertEquals(4, fromRanges.get(0)[0]);
 127     assertEquals(6, fromRanges.get(0)[1]);
 128     assertEquals(10, fromRanges.get(1)[0]);
 129     assertEquals(15, fromRanges.get(1)[1]);
 130     toRanges = dbRefEntry.getMap().getMap().getToRanges();
 131     assertEquals(1, toRanges.size());
 132     assertEquals(1, toRanges.get(0)[0]);
 133     assertEquals(3, toRanges.get(0)[1]);
 134   }
 135
 136   @Test(groups = "Functional")
 137   public void testAdjustForProteinLength()
 138   {
 139     int[] exons = new int[] { 11, 15, 21, 25, 31, 38 }; // 18 bp
 140
 141     // exact length match:
 142     assertSame(exons, EmblEntry.adjustForProteinLength(6, exons));
 143
 144     // match if we assume exons include stop codon not in protein:
 145     assertSame(exons, EmblEntry.adjustForProteinLength(5, exons));
 146
 147     // truncate last exon by 6bp
 148     int[] truncated = EmblEntry.adjustForProteinLength(4, exons);
 149     assertEquals("[11, 15, 21, 25, 31, 32]",
 150             Arrays.toString(truncated));
 151
 152     // remove last exon and truncate preceding by 1bp
 153     truncated = EmblEntry.adjustForProteinLength(3, exons);
 154     assertEquals("[11, 15, 21, 24]", Arrays.toString(truncated));
 155
 156     // exact removal of exon case:
 157     exons = new int[] { 11, 15, 21, 27, 33, 38 }; // 18 bp
 158     truncated = EmblEntry.adjustForProteinLength(4, exons);
 159     assertEquals("[11, 15, 21, 27]", Arrays.toString(truncated));
 160
 161     // what if exons are too short for protein?
 162     truncated = EmblEntry.adjustForProteinLength(7, exons);
 163     assertSame(exons, truncated);
 164     // assertEquals("[11, 15, 21, 27]", Arrays.toString(truncated));
 165   }
 166 }