test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28
  29 import java.util.Vector;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class EmblFileTest
  35 {
  36
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUpJvOptionPane()
  39   {
  40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  42   }
  43
  44   @Test(groups = { "Functional" })
  45   public void testGetEmblFile()
  46   {
  47     Vector<EmblEntry> entries = EmblTestHelper.getEmblFile().getEntries();
  48     assertEquals(1, entries.size());
  49     EmblEntry entry = entries.get(0);
  50
  51     assertEquals("X07547", entry.getAccession());
  52     assertEquals("C. trachomatis plasmid", entry.getDescription());
  53     assertEquals("STD", entry.getDataClass());
  54     assertEquals("PRO", entry.getTaxonomicDivision());
  55     assertEquals("1999-02-10", entry.getLastUpdatedDate());
  56     assertEquals("58", entry.getLastUpdatedRelease());
  57     assertEquals("1988-11-10", entry.getFirstPublicDate());
  58     assertEquals("18", entry.getFirstPublicRelease());
  59     assertEquals("genomic DNA", entry.getMoleculeType());
  60     assertEquals("1", entry.getSequenceVersion());
  61     assertEquals("8", entry.getEntryVersion());
  62     assertEquals("linear", entry.getTopology());
  63     assertEquals("7499", entry.getSequenceLength());
  64
  65     /*
  66      * FIXME these assertions fail - values are null - why?? Adding or removing
  67      * attributes in the test XML modifies behaviour. eg. inserting an attribute
  68      * _before_ lastUpdated results in a null value in this field.
  69      */
  70     assertEquals("1988-11-10", entry.getFirstPublicDate());
  71     assertEquals("18", entry.getFirstPublicRelease());
  72
  73     assertEquals(2, entry.getKeywords().size());
  74     assertEquals("plasmid", entry.getKeywords().get(0));
  75     assertEquals("unidentified reading frame", entry.getKeywords().get(1));
  76
  77     /*
  78      * dbrefs
  79      */
  80     assertEquals(2, entry.getDbRefs().size());
  81     DBRefEntry dbref = entry.getDbRefs().get(0);
  82     assertEquals("EuropePMC", dbref.getSource());
  83     assertEquals("PMC107176", dbref.getAccessionId());
  84     assertEquals("9573186", dbref.getVersion());
  85     dbref = entry.getDbRefs().get(1);
  86     assertEquals("MD5", dbref.getSource());
  87     assertEquals("ac73317", dbref.getAccessionId());
  88     // blank version has been converted to "0"
  89     assertEquals("0", dbref.getVersion());
  90
  91     /*
  92      * three sequence features for CDS
  93      */
  94     assertEquals(3, entry.getFeatures().size());
  95     /*
  96      * first CDS
  97      */
  98     EmblFeature ef = entry.getFeatures().get(0);
  99     assertEquals("CDS", ef.getName());
 100     assertEquals("complement(46..57)", ef.getLocation());
 101     assertEquals(2, ef.getDbRefs().size());
 102     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
 103     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getSource());
 104     assertEquals("B0BCM4", dbref.getAccessionId());
 105     assertEquals("2.1", dbref.getVersion());
 106     dbref = ef.getDbRefs().get(1);
 107     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getSource());
 108     assertEquals("P0CE20", dbref.getAccessionId());
 109     // blank version gets converted to "0":
 110     assertEquals("0", dbref.getVersion());
 111     // CDS feature qualifiers
 112     assertEquals(3, ef.getQualifiers().size());
 113     Qualifier q = ef.getQualifiers().get(0);
 114     assertEquals("note", q.getName());
 115     assertEquals(2, q.getValues().length);
 116     assertEquals("ORF 8 (AA 1-330)", q.getValues()[0]);
 117     assertEquals("pickle", q.getValues()[1]);
 118     assertNull(q.getEvidence());
 119     q = ef.getQualifiers().get(1);
 120     assertEquals("protein_id", q.getName());
 121     assertEquals(1, q.getValues().length);
 122     assertEquals("CAA30420.1", q.getValues()[0]);
 123     q = ef.getQualifiers().get(2);
 124     assertEquals("translation", q.getName());
 125     assertEquals(1, q.getValues().length);
 126     assertEquals("MLCF", q.getValues()[0]);
 127     assertEquals(1, q.getEvidence().length);
 128     assertEquals("Keith", q.getEvidence()[0]);
 129
 130     /*
 131      * second CDS
 132      */
 133     ef = entry.getFeatures().get(1);
 134     assertEquals("CDS", ef.getName());
 135     assertEquals("4..15", ef.getLocation());
 136     assertEquals(1, ef.getDbRefs().size());
 137     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
 138     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getSource());
 139     assertEquals("B0BCM3", dbref.getAccessionId());
 140     assertEquals("0", dbref.getVersion());
 141     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
 142     q = ef.getQualifiers().get(0);
 143     assertEquals("protein_id", q.getName());
 144     assertEquals(1, q.getValues().length);
 145     assertEquals("CAA30421.1", q.getValues()[0]);
 146     q = ef.getQualifiers().get(1);
 147     assertEquals("translation", q.getName());
 148     assertEquals(1, q.getValues().length);
 149     assertEquals("MSSS", q.getValues()[0]);
 150
 151     /*
 152      * third CDS
 153      */
 154     ef = entry.getFeatures().get(2);
 155     assertEquals("CDS", ef.getName());
 156     assertEquals("join(4..6,10..15)", ef.getLocation());
 157     assertNull(ef.getDbRefs());
 158     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
 159     q = ef.getQualifiers().get(0);
 160     assertEquals("protein_id", q.getName());
 161     assertEquals(1, q.getValues().length);
 162     assertEquals("CAA12345.6", q.getValues()[0]);
 163     q = ef.getQualifiers().get(1);
 164     assertEquals("translation", q.getName());
 165     assertEquals(1, q.getValues().length);
 166     assertEquals("MSS", q.getValues()[0]);
 167
 168     /*
 169      * Sequence - verify newline not converted to space (JAL-2029)
 170      */
 171     EmblSequence seq = entry.getSequence();
 172     assertEquals(
 173             "GGTATGTCCTCTAGTACAAACACCCCCAATATTGTGATATAATTAAAAACATAGCAT",
 174             seq.getSequence());
 175
 176     /*
 177      * getSequence() converts empty DBRefEntry.version to "0"
 178      */
 179     assertEquals("0", entry.getDbRefs().get(1).getVersion());
 180     assertEquals("0", entry.getFeatures().get(0).getDbRefs().get(1)
 181             .getVersion());
 182   }
 183 }