test/jalview/ext/htsjdk/TabixFeatureReaderTest.java

   1 package jalview.ext.htsjdk;
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   3 import htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator;
   4 import htsjdk.tribble.TabixFeatureReader;
   5 import htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext;
   6 import htsjdk.variant.vcf.VCFCodec;
   7
   8 import java.io.IOException;
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  10 import org.testng.annotations.Test;
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  12 public class TabixFeatureReaderTest
  13 {
  14   // gnomAD exome variant dataset
  15   private static final String VCF_PATH = "/Volumes/gjb/smacgowan/NOBACK/resources/gnomad/gnomad.exomes.r2.0.1.sites.vcf.gz";
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  17   // "https://storage.cloud.google.com/gnomad-public/release/2.0.1/vcf/exomes/gnomad.exomes.r2.0.1.sites.vcf.gz";
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  19   /**
  20    * A 'test' that demonstrates querying an indexed VCF file for features in a
  21    * specified interval
  22    *
  23    * @throws IOException
  24    */
  25   @Test
  26   public void testQuery() throws IOException
  27   {
  28     /*
  29      * if not specified, assumes index file is filename.tbi
  30      */
  31     TabixFeatureReader<VariantContext, VCFCodec> reader = new TabixFeatureReader<>(
  32             VCF_PATH, VCF_PATH, new VCFCodec());
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  34     /*
  35      * gene NMT1 (human) is on chromosome 17
  36      * GCHR38 (Ensembl): 45051610-45109016
  37      * GCHR37 (gnoMAD): 43128978-43186384
  38      * CDS begins at offset 9720, first CDS variant at offset 9724
  39      */
  40     CloseableTribbleIterator<VariantContext> features = reader.query("17",
  41             43128978 + 9724, 43128978 + 9734); // first 11 CDS positions
  42     while (features.hasNext())
  43     {
  44       System.out.println(features.next().toString());
  45     }
  46
  47     features.close();
  48     reader.close();
  49   }
  50
  51 }