test/jalview/ext/htsjdk/TestHtsContigDb.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.htsjdk;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.io.File;
  26
  27 import org.testng.Assert;
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 /**
  31  * @author jprocter
  32  *
  33  */
  34 public class TestHtsContigDb
  35 {
  36   @Test
  37   public final void testHTSReferenceSequence() throws Exception
  38   {
  39     HtsContigDb remmadb = new HtsContigDb("REEMADB", new File(
  40             "test/jalview/ext/htsjdk/pgmb.fasta"));
  41
  42     Assert.assertTrue(remmadb.isValid());
  43
  44     SequenceI sq = remmadb.getSequenceProxy("Deminut");
  45     Assert.assertNotNull(sq);
  46     Assert.assertNotEquals(0, sq.getLength());
  47   }
  48
  49 }