test/jalview/ext/htsjdk/TestHtsContigDb.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ext.htsjdk;
   5
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 import java.io.File;
   9
  10 import org.junit.Assert;
  11 import org.junit.Test;
  12
  13 /**
  14  * @author jprocter
  15  *
  16  */
  17 public class TestHtsContigDb
  18 {
  19   @Test
  20   public final void testHTSReferenceSequence() throws Exception
  21   {
  22     HtsContigDb remmadb = new HtsContigDb("REEMADB", new File(
  23             "D:\\Jims\\Jalview\\Reema\\pgmb.fasta"));
  24
  25     Assert.assertTrue(remmadb.isValid());
  26
  27     SequenceI sq = remmadb.getSequenceProxy("Deminut");
  28     Assert.assertNotNull(sq);
  29     Assert.assertNotEquals(0, sq.getLength());
  30   }
  31
  32 }