test/jalview/ext/jmol/JmolViewerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.AlignFrame;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30 import jalview.gui.Preferences;
  31 import jalview.gui.StructureViewer;
  32 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34
  35 import org.testng.annotations.AfterClass;
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 @Test(singleThreaded = true)
  40 public class JmolViewerTest
  41 {
  42
  43   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  44   public void setUpJvOptionPane()
  45   {
  46     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  47     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  48   }
  49
  50   /**
  51    * @throws java.lang.Exception
  52    */
  53   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  54   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  55   {
  56     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {
  57         "-noquestionnaire -nonews -props",
  58         "test/jalview/ext/rbvi/chimera/testProps.jvprops" });
  59   }
  60
  61   /**
  62    * @throws java.lang.Exception
  63    */
  64   @AfterClass(alwaysRun = true)
  65   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  66   {
  67     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  68   }
  69
  70   @Test(groups = { "Functional" })
  71   public void testSingleSeqViewJMol()
  72   {
  73     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name());
  74     String inFile = "examples/1gaq.txt";
  75     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  76             inFile, DataSourceType.FILE);
  77     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  78     for (SequenceI sq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
  79     {
  80       SequenceI dsq = sq.getDatasetSequence();
  81       while (dsq.getDatasetSequence() != null)
  82       {
  83         dsq = dsq.getDatasetSequence();
  84       }
  85       if (dsq.getAllPDBEntries() != null
  86               && dsq.getAllPDBEntries().size() > 0)
  87       {
  88         for (int q = 0; q < dsq.getAllPDBEntries().size(); q++)
  89         {
  90           final StructureViewer structureViewer = new StructureViewer(af
  91                   .getViewport().getStructureSelectionManager());
  92           structureViewer.setViewerType(ViewerType.JMOL);
  93           JalviewStructureDisplayI jmolViewer = structureViewer
  94                   .viewStructures(dsq.getAllPDBEntries().elementAt(q),
  95                           new SequenceI[] { sq }, af.getCurrentView()
  96                                   .getAlignPanel());
  97           /*
  98            * Wait for viewer load thread to complete
  99            */
 100           try
 101           {
 102             while (!jmolViewer.getBinding().isFinishedInit())
 103             {
 104               Thread.sleep(500);
 105             }
 106           } catch (InterruptedException e)
 107           {
 108           }
 109
 110           jmolViewer.closeViewer(true);
 111           // todo: break here means only once through this loop?
 112           break;
 113         }
 114         break;
 115       }
 116     }
 117   }
 118 }