test/jalview/ext/jmol/JmolVsJalviewPDBParserEndToEndTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  25
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.util.HashSet;
  29 import java.util.Set;
  30 import java.util.Vector;
  31
  32 import MCview.PDBfile;
  33
  34 /**
  35  * This is not a unit test, rather it is a bulk End-to-End scan for sequences
  36  * consistency for PDB files parsed with JmolParser vs. Jalview's PDBfile
  37  * parser. The directory of PDB files to test must be provided in the launch
  38  * args.
  39  *
  40  * @author tcnofoegbu
  41  *
  42  */
  43 public class JmolVsJalviewPDBParserEndToEndTest
  44 {
  45
  46   public static void main(String[] args)
  47   {
  48     if (args == null || args[0] == null)
  49     {
  50       System.err
  51               .println("You must provide a PDB directory in the launch argument");
  52       return;
  53     }
  54
  55     // args[0] must provide the directory of PDB files to run the test with
  56     String testDir = args[0];
  57     System.out.println("PDB directory : " + testDir);
  58     File pdbDir = new File(testDir);
  59     String testFiles[] = pdbDir.list();
  60     testFileParser(testDir, testFiles);
  61   }
  62
  63   public static void testFileParser(String testDir, String[] testFiles)
  64   {
  65     Set<String> failedFiles = new HashSet<String>();
  66     int totalSeqScanned = 0, totalFail = 0;
  67     for (String pdbStr : testFiles)
  68     {
  69       String testFile = testDir + "/" + pdbStr;
  70       PDBfile mctest = null;
  71       JmolParser jtest = null;
  72       try
  73       {
  74         mctest = new PDBfile(false, false, false, testFile,
  75                 AppletFormatAdapter.FILE);
  76         jtest = new JmolParser(testFile, AppletFormatAdapter.FILE);
  77       } catch (IOException e)
  78       {
  79         System.err.println("Exception thrown while parsing : " + pdbStr);
  80       }
  81       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  82       Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
  83
  84       for (SequenceI sq : seqs)
  85       {
  86         try
  87         {
  88           String testSeq = mcseqs.remove(0).getSequenceAsString();
  89           if (!sq.getSequenceAsString().equals(testSeq))
  90           {
  91             ++totalFail;
  92             System.err.println("Test Failed for " + pdbStr + ". Diff:");
  93             System.err.println(sq.getSequenceAsString());
  94             System.err.println(testSeq);
  95             failedFiles.add(pdbStr);
  96           }
  97           ++totalSeqScanned;
  98         } catch (Exception e)
  99         {
 100           e.printStackTrace();
 101         }
 102       }
 103     }
 104     int count = 0;
 105
 106     System.out.println("\n\nTotal sequence Scanned : " + totalSeqScanned);
 107     System.out.println("Total sequence passed : "
 108             + (totalSeqScanned - totalFail));
 109     System.out.println("Total sequence failed : " + totalFail);
 110     System.out
 111             .println("Success rate: "
 112                     + ((totalSeqScanned - totalFail) * 100)
 113                     / totalSeqScanned + "%");
 114     System.out.println("\nList of " + failedFiles.size()
 115             + " file(s) with sequence diffs:");
 116     for (String problemFile : failedFiles)
 117     {
 118       System.out.println(++count + ". " + problemFile);
 119     }
 120   }
 121 }