test/jalview/ext/jmol/JmolVsJalviewPDBParserEndToEndTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.HashSet;
  30 import java.util.Set;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34
  35 import MCview.PDBfile;
  36
  37 /**
  38  * This is not a unit test, rather it is a bulk End-to-End scan for sequences
  39  * consistency for PDB files parsed with JmolParser vs. Jalview's PDBfile
  40  * parser. The directory of PDB files to test must be provided in the launch
  41  * args.
  42  *
  43  * @author tcnofoegbu
  44  *
  45  */
  46 public class JmolVsJalviewPDBParserEndToEndTest
  47 {
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   public static void main(String[] args)
  57   {
  58     if (args == null || args[0] == null)
  59     {
  60       System.err
  61               .println("You must provide a PDB directory in the launch argument");
  62       return;
  63     }
  64
  65     // args[0] must provide the directory of PDB files to run the test with
  66     String testDir = args[0];
  67     System.out.println("PDB directory : " + testDir);
  68     File pdbDir = new File(testDir);
  69     String testFiles[] = pdbDir.list();
  70     testFileParser(testDir, testFiles);
  71   }
  72
  73   public static void testFileParser(String testDir, String[] testFiles)
  74   {
  75     Set<String> failedFiles = new HashSet<String>();
  76     int totalSeqScanned = 0, totalFail = 0;
  77     for (String pdbStr : testFiles)
  78     {
  79       String testFile = testDir + "/" + pdbStr;
  80       PDBfile mctest = null;
  81       JmolParser jtest = null;
  82       try
  83       {
  84         mctest = new PDBfile(false, false, false, testFile,
  85                 AppletFormatAdapter.FILE);
  86         jtest = new JmolParser(testFile, AppletFormatAdapter.FILE);
  87       } catch (IOException e)
  88       {
  89         System.err.println("Exception thrown while parsing : " + pdbStr);
  90       }
  91       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  92       Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
  93
  94       for (SequenceI sq : seqs)
  95       {
  96         try
  97         {
  98           String testSeq = mcseqs.remove(0).getSequenceAsString();
  99           if (!sq.getSequenceAsString().equals(testSeq))
 100           {
 101             ++totalFail;
 102             System.err.println("Test Failed for " + pdbStr + ". Diff:");
 103             System.err.println(sq.getSequenceAsString());
 104             System.err.println(testSeq);
 105             failedFiles.add(pdbStr);
 106           }
 107           ++totalSeqScanned;
 108         } catch (Exception e)
 109         {
 110           e.printStackTrace();
 111         }
 112       }
 113     }
 114     int count = 0;
 115
 116     System.out.println("\n\nTotal sequence Scanned : " + totalSeqScanned);
 117     System.out.println("Total sequence passed : "
 118             + (totalSeqScanned - totalFail));
 119     System.out.println("Total sequence failed : " + totalFail);
 120     System.out
 121             .println("Success rate: "
 122                     + ((totalSeqScanned - totalFail) * 100)
 123                     / totalSeqScanned + "%");
 124     System.out.println("\nList of " + failedFiles.size()
 125             + " file(s) with sequence diffs:");
 126     for (String problemFile : failedFiles)
 127     {
 128       System.out.println(++count + ". " + problemFile);
 129     }
 130   }
 131 }