test/jalview/ext/jmol/JmolVsJalviewPDBParserEndToEndTest.java

   1 package jalview.ext.jmol;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.util.HashSet;
   9 import java.util.Set;
  10 import java.util.Vector;
  11
  12 import MCview.PDBfile;
  13
  14 /**
  15  * This is not a unit test, rather it is a bulk End-to-End scan for sequences
  16  * consistency for PDB files parsed with JmolParser vs. Jalview's PDBfile
  17  * parser. The directory of PDB files to test must be provided in the launch
  18  * args.
  19  *
  20  * @author tcnofoegbu
  21  *
  22  */
  23 public class JmolVsJalviewPDBParserEndToEndTest
  24 {
  25
  26   public static void main(String[] args)
  27   {
  28     if (args == null || args[0] == null)
  29     {
  30       System.err
  31               .println("You must provide a PDB directory in the launch argument");
  32       return;
  33     }
  34
  35     // args[0] must provide the directory of PDB files to run the test with
  36     String testDir = args[0];
  37     System.out.println("PDB directory : " + testDir);
  38     File pdbDir = new File(testDir);
  39     String testFiles[] = pdbDir.list();
  40     testFileParser(testDir, testFiles);
  41   }
  42
  43   public static void testFileParser(String testDir, String[] testFiles)
  44   {
  45     Set<String> failedFiles = new HashSet<String>();
  46     int totalSeqScanned = 0, totalFail = 0;
  47     for (String pdbStr : testFiles)
  48     {
  49       String testFile = testDir + "/" + pdbStr;
  50       PDBfile mctest = null;
  51       JmolParser jtest = null;
  52       try
  53       {
  54         mctest = new PDBfile(false, false, false, testFile,
  55                 AppletFormatAdapter.FILE);
  56         jtest = new JmolParser(testFile, AppletFormatAdapter.FILE);
  57       } catch (IOException e)
  58       {
  59         System.err.println("Exception thrown while parsing : " + pdbStr);
  60       }
  61       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs();
  62       Vector<SequenceI> mcseqs = mctest.getSeqs();
  63
  64       for (SequenceI sq : seqs)
  65       {
  66         try
  67         {
  68           String testSeq = mcseqs.remove(0).getSequenceAsString();
  69           if (!sq.getSequenceAsString().equals(testSeq))
  70           {
  71             ++totalFail;
  72             System.err.println("Test Failed for " + pdbStr + ". Diff:");
  73             System.err.println(sq.getSequenceAsString());
  74             System.err.println(testSeq);
  75             failedFiles.add(pdbStr);
  76           }
  77           ++totalSeqScanned;
  78         } catch (Exception e)
  79         {
  80           e.printStackTrace();
  81         }
  82       }
  83     }
  84     int count = 0;
  85
  86     System.out.println("\n\nTotal sequence Scanned : " + totalSeqScanned);
  87     System.out.println("Total sequence passed : "
  88             + (totalSeqScanned - totalFail));
  89     System.out.println("Total sequence failed : " + totalFail);
  90     System.out
  91             .println("Success rate: "
  92                     + ((totalSeqScanned - totalFail) * 100)
  93                     / totalSeqScanned + "%");
  94     System.out.println("\nList of " + failedFiles.size()
  95             + " file(s) with sequence diffs:");
  96     for (String problemFile : failedFiles)
  97     {
  98       System.out.println(++count + ". " + problemFile);
  99     }
 100   }
 101 }