test/jalview/fts/core/FTSRestClientTest.java

   1 package jalview.fts.core;
   2
   3 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
   4 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI.FTSDataColumnGroupI;
   5
   6 import java.util.Collection;
   7 import java.util.HashSet;
   8 import java.util.Set;
   9
  10 import org.testng.Assert;
  11 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class FTSRestClientTest
  15 {
  16   private FTSRestClient ftsRestClient;
  17
  18   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  19   public void setup()
  20   {
  21     ftsRestClient = new FTSRestClient()
  22     {
  23
  24       @Override
  25       public String getColumnDataConfigFileName()
  26       {
  27         return "/fts/uniprot_data_columns.txt";
  28       }
  29
  30       @Override
  31       public FTSRestResponse executeRequest(FTSRestRequest ftsRequest)
  32               throws Exception
  33       {
  34         return null;
  35       }
  36     };
  37   }
  38
  39   @Test(groups = { "Functional" })
  40   public void getPrimaryKeyColumIndexTest()
  41   {
  42     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = ftsRestClient
  43             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns();
  44     int foundIndex = -1;
  45     try
  46     {
  47       Assert.assertEquals(foundIndex, -1);
  48       foundIndex = ftsRestClient.getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields,
  49               false);
  50       Assert.assertEquals(foundIndex, 0);
  51       foundIndex = ftsRestClient
  52               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, true);
  53       Assert.assertEquals(foundIndex, 1);
  54     } catch (Exception e)
  55     {
  56       e.printStackTrace();
  57       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
  58     }
  59   }
  60
  61   @Test(groups = { "Functional" })
  62   public void getAllDefaulDisplayedDataColumns()
  63   {
  64     Assert.assertNotNull(ftsRestClient
  65             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns());
  66     Assert.assertTrue(!ftsRestClient.getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns()
  67             .isEmpty());
  68     Assert.assertEquals(ftsRestClient
  69             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns().size(), 7);
  70   }
  71
  72   @Test(groups = { "Functional" })
  73   public void getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString()
  74   {
  75     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = ftsRestClient
  76             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns();
  77     String actual = ftsRestClient
  78             .getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString(wantedFields);
  79     Assert.assertEquals(actual,
  80             "id,entry name,protein names,genes,organism,reviewed,length");
  81   }
  82
  83   @Test(groups = { "Functional" })
  84   public void getAllFTSDataColumns()
  85   {
  86     Collection<FTSDataColumnI> allFields = ftsRestClient
  87             .getAllFTSDataColumns();
  88     Assert.assertNotNull(allFields);
  89     Assert.assertEquals(allFields.size(), 117);
  90   }
  91
  92   @Test(groups = { "Functional" })
  93   public void getSearchableDataColumns()
  94   {
  95     Collection<FTSDataColumnI> searchalbeFields = ftsRestClient
  96             .getSearchableDataColumns();
  97     Assert.assertNotNull(searchalbeFields);
  98     Assert.assertEquals(searchalbeFields.size(), 22);
  99   }
 100
 101   @Test(groups = { "Functional" })
 102   public void getPrimaryKeyColumn()
 103   {
 104     FTSDataColumnI expectedPKColumn;
 105     try
 106     {
 107       expectedPKColumn = ftsRestClient
 108               .getDataColumnByNameOrCode("Uniprot Id");
 109       Assert.assertNotNull(ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn());
 110       Assert.assertEquals(ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn(),
 111               expectedPKColumn);
 112     } catch (Exception e)
 113     {
 114       e.printStackTrace();
 115       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 116     }
 117   }
 118
 119   @Test(groups = { "Functional" })
 120   public void getDataColumnByNameOrCode()
 121   {
 122     try
 123     {
 124       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 125               .getDataColumnByNameOrCode("genes");
 126       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 127       Assert.assertEquals(foundDataCol.getName(), "Gene Names");
 128     } catch (Exception e)
 129     {
 130       e.printStackTrace();
 131       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 132     }
 133   }
 134
 135   @Test(groups = { "Functional" })
 136   public void getDataColumnGroupById()
 137   {
 138     FTSDataColumnGroupI foundDataColGroup;
 139     try
 140     {
 141       foundDataColGroup = ftsRestClient.getDataColumnGroupById("g3");
 142       Assert.assertNotNull(foundDataColGroup);
 143       Assert.assertEquals(foundDataColGroup.getName(), "Names & Taxonomy");
 144     } catch (Exception e)
 145     {
 146       e.printStackTrace();
 147     }
 148   }
 149
 150   @Test(groups = { "Functional" })
 151   public void getDefaultResponsePageSize()
 152   {
 153     int defaultResSize = ftsRestClient.getDefaultResponsePageSize();
 154     Assert.assertEquals(defaultResSize, 500);
 155   }
 156
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void getColumnMinWidthTest()
 159   {
 160     try
 161     {
 162       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 163               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 164       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 165       int actualColMinWidth = foundDataCol.getMinWidth();
 166       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 300);
 167     } catch (Exception e)
 168     {
 169       e.printStackTrace();
 170       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 171     }
 172   }
 173
 174   @Test(groups = { "Functional" })
 175   public void getColumnMaxWidthTest()
 176   {
 177     try
 178     {
 179       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 180               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 181       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 182       int actualColMinWidth = foundDataCol.getMaxWidth();
 183       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 1500);
 184     } catch (Exception e)
 185     {
 186       e.printStackTrace();
 187       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 188     }
 189   }
 190
 191   @Test(groups = { "Functional" })
 192   public void getColumnPreferredWidthTest()
 193   {
 194     try
 195     {
 196       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 197               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 198       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 199       int actualColMinWidth = foundDataCol.getPreferredWidth();
 200       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 500);
 201     } catch (Exception e)
 202     {
 203       e.printStackTrace();
 204       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 205     }
 206   }
 207
 208   @Test(groups = { "Functional" })
 209   public void getColumnClassTest()
 210   {
 211     try
 212     {
 213       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 214               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 215       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 216       Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataType().getDataTypeClass(),
 217               String.class);
 218       foundDataCol = ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("length");
 219       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 220       Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataType().getDataTypeClass(),
 221               Integer.class);
 222       // foundDataCol = ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("length");
 223       // Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 224       // Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataColumnClass(), Double.class);
 225     } catch (Exception e)
 226     {
 227       e.printStackTrace();
 228       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 229     }
 230   }
 231
 232   @Test(groups = { "Functional" })
 233   public void coverageForEqualsAndHashFunction()
 234   {
 235     Set<FTSDataColumnI> uniqueSet = new HashSet<FTSDataColumnI>();
 236     Collection<FTSDataColumnI> searchableCols = ftsRestClient
 237             .getSearchableDataColumns();
 238     for (FTSDataColumnI foundCol : searchableCols)
 239     {
 240       System.out.println(foundCol.toString());
 241       uniqueSet.add(foundCol);
 242       uniqueSet.add(foundCol);
 243     }
 244     Assert.assertTrue(!uniqueSet.isEmpty());
 245     Assert.assertEquals(uniqueSet.size(), 22);
 246   }
 247
 248   @Test(groups = { "Functional" })
 249   public void coverageForMiscellaneousBranches()
 250   {
 251     String actual = ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn().toString();
 252     Assert.assertEquals(actual, "Uniprot Id");
 253
 254     String actualGroupStr;
 255     try
 256     {
 257       actualGroupStr = ftsRestClient.getDataColumnGroupById("g4")
 258               .toString();
 259       Assert.assertEquals(actualGroupStr, "Procedures & Softwares");
 260       actualGroupStr = ftsRestClient.getDataColumnGroupById(
 261               "unavailable group").toString();
 262     } catch (Exception e)
 263     {
 264       Assert.assertTrue(true);
 265     }
 266
 267     String actualResourseFile = ftsRestClient
 268             .getResourceFile("/fts/uniprot_data_columns.txt");
 269     Assert.assertNotNull(actualResourseFile);
 270     Assert.assertTrue(actualResourseFile.length() > 31);
 271   }
 272
 273   @Test(groups = { "Functional" }, expectedExceptions = Exception.class)
 274   public void coverageForExceptionBranches() throws Exception
 275   {
 276     try
 277     {
 278       ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("unavailable column");
 279     } catch (Exception e)
 280     {
 281       System.out.println(e.getMessage());
 282       String expectedMessage = "Couldn't find data column with name : unavailable column";
 283       Assert.assertEquals(e.getMessage(), expectedMessage);
 284     }
 285     try
 286     {
 287       ftsRestClient.getDataColumnGroupById("unavailable column group Id");
 288     } catch (Exception e)
 289     {
 290       System.out.println(e.getMessage());
 291       String expectedMessage = "Couldn't find data column group with id : unavailable column group Id";
 292       Assert.assertEquals(e.getMessage(), expectedMessage);
 293     }
 294
 295     ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("unavailable column");
 296
 297     ftsRestClient.getResourceFile("unavailable resource file");
 298
 299   }
 300
 301 }