test/jalview/fts/threedbeacons/TDBeaconsFTSRestClientTest.java

   1 package jalview.fts.threedbeacons;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   4
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Collection;
   7 import java.util.HashSet;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Set;
  10
  11 import org.testng.Assert;
  12 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  13 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  14 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  18 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI.FTSDataColumnGroupI;
  19 import jalview.fts.core.FTSRestClient;
  20 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  21 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  22 import jalview.fts.service.threedbeacons.TDBeaconsFTSRestClient;
  23 import jalview.gui.JvOptionPane;
  24
  25 public class TDBeaconsFTSRestClientTest
  26 {
  27   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  28   public void setUpJvOptionPane()
  29   {
  30     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  31     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  32   }
  33
  34   private FTSRestClient ftsRestClient;
  35
  36   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  37   public void setUp() throws Exception
  38   {
  39     ftsRestClient = new FTSRestClient()
  40     {
  41
  42       @Override
  43       public String getColumnDataConfigFileName()
  44       {
  45         return "/fts/tdbeacons_data_columns.txt";
  46       }
  47
  48       @Override
  49       public FTSRestResponse executeRequest(FTSRestRequest ftsRequest)
  50               throws Exception
  51       {
  52         return null;
  53       }
  54     };
  55   }
  56
  57   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  58   public void tearDown() throws Exception
  59   {
  60   }
  61
  62   @Test
  63   public void getAllDefaulDisplayedDataColumns()
  64   {
  65     Assert.assertNotNull(ftsRestClient
  66             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns());
  67     System.out.println(ftsRestClient.getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns());
  68     Assert.assertTrue(!ftsRestClient.getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns()
  69             .isEmpty());
  70     Assert.assertEquals(ftsRestClient
  71             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns().size(), 3);
  72     // currently 3, may change -> change this test and the nexts accordingly
  73   }
  74
  75   @Test(groups = { "Functional" })
  76   public void getPrimaryKeyColumIndexTest()
  77   {
  78     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = ftsRestClient
  79             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns();
  80     int foundIndex = -1;
  81     try
  82     {
  83       Assert.assertEquals(foundIndex, -1);
  84       foundIndex = ftsRestClient.getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields,
  85               false);
  86       Assert.assertEquals(foundIndex, 0);
  87       foundIndex = ftsRestClient
  88               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, true);
  89       Assert.assertEquals(foundIndex, 1);
  90     } catch (Exception e)
  91     {
  92       e.printStackTrace();
  93       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
  94     }
  95   }
  96
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString()
  99   {
 100     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = ftsRestClient
 101             .getAllDefaultDisplayedFTSDataColumns();
 102     String actual = ftsRestClient
 103             .getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString(wantedFields);
 104     Assert.assertEquals(actual,
 105             "id,uniprot_accession,entry name");
 106   }
 107
 108   @Test(groups = { "Functional" })
 109   public void getAllFTSDataColumns()
 110   {
 111     Collection<FTSDataColumnI> allFields = ftsRestClient
 112             .getAllFTSDataColumns();
 113     Assert.assertNotNull(allFields);
 114     //System.out.println(allFields.size());
 115     Assert.assertEquals(allFields.size(), 3);
 116   }
 117
 118   @Test(groups = { "Functional" })
 119   public void getSearchableDataColumns()
 120   {
 121     Collection<FTSDataColumnI> searchableFields = ftsRestClient
 122             .getSearchableDataColumns();
 123     Assert.assertNotNull(searchableFields);
 124     //System.out.println(searchableFields.size());
 125     Assert.assertEquals(searchableFields.size(), 1); //only 1, as of first 3DB test
 126   }
 127
 128   @Test(groups = { "Functional" })
 129   public void getPrimaryKeyColumn()
 130   {
 131     FTSDataColumnI expectedPKColumn;
 132     try
 133     {
 134       expectedPKColumn = ftsRestClient
 135               .getDataColumnByNameOrCode("Uniprot Id");
 136       Assert.assertNotNull(ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn());
 137       Assert.assertEquals(ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn(),
 138               expectedPKColumn);
 139     } catch (Exception e)
 140     {
 141       e.printStackTrace();
 142       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 143     }
 144   }
 145
 146   @Test(groups = { "Functional" })
 147   public void getDataColumnByNameOrCode()
 148   {
 149     try
 150     {
 151       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 152               .getDataColumnByNameOrCode("uniprot_accession");
 153       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 154       Assert.assertEquals(foundDataCol.getName(), "UniProt Accession");
 155     } catch (Exception e)
 156     {
 157       e.printStackTrace();
 158       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 159     }
 160   }
 161
 162   @Test(groups = { "Functional" })
 163   public void getDataColumnGroupById()
 164   {
 165     FTSDataColumnGroupI foundDataColGroup;
 166     try
 167     {
 168       foundDataColGroup = ftsRestClient.getDataColumnGroupById("g2");
 169       Assert.assertNotNull(foundDataColGroup);
 170       Assert.assertEquals(foundDataColGroup.getName(), "Name");
 171     } catch (Exception e)
 172     {
 173       e.printStackTrace();
 174     }
 175   }
 176
 177   @Test(groups = { "Functional" })
 178   public void getDefaultResponsePageSize()
 179   {
 180     int defaultResSize = ftsRestClient.getDefaultResponsePageSize();
 181     Assert.assertEquals(defaultResSize, 100); //why 100 or 500 ? pdb is 100, uniprot 500
 182   }
 183
 184   @Test(groups = { "Functional" })
 185   public void getColumnMinWidthTest()
 186   {
 187     try
 188     {
 189       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 190               .getDataColumnByNameOrCode("uniprot_accession");
 191       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 192       int actualColMinWidth = foundDataCol.getMinWidth();
 193       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 50);
 194     } catch (Exception e)
 195     {
 196       e.printStackTrace();
 197       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 198     }
 199   }
 200   // could add test for MaxWidth & PreferedWith
 201
 202   @Test(groups = { "Functional" })
 203   public void getColumnClassTest()
 204   {
 205     try
 206     {
 207       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 208               .getDataColumnByNameOrCode("uniprot_accession");
 209       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 210       Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataType().getDataTypeClass(),
 211               String.class);
 212       foundDataCol = ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("id");
 213       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 214       Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataType().getDataTypeClass(),
 215               String.class);
 216     } catch (Exception e)
 217     {
 218       e.printStackTrace();
 219       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 220     }
 221   }
 222
 223   @Test(groups = { "Functional" })
 224   public void coverageForEqualsAndHashFunction()
 225   {
 226     Set<FTSDataColumnI> uniqueSet = new HashSet<FTSDataColumnI>();
 227     Collection<FTSDataColumnI> searchableCols = ftsRestClient
 228             .getSearchableDataColumns();
 229     System.out.println(searchableCols);
 230     for (FTSDataColumnI foundCol : searchableCols)
 231     {
 232       System.out.println(foundCol.toString());
 233       uniqueSet.add(foundCol);
 234       uniqueSet.add(foundCol);
 235     }
 236     Assert.assertTrue(!uniqueSet.isEmpty());
 237     //Assert.assertEquals(uniqueSet.size(), 22); -> 1 or 2 currently for 3DB
 238   }
 239
 240
 241
 242   @Test(groups = { "External", "Network" })
 243   public void executeRequestTest()
 244   {
 245     List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<FTSDataColumnI>();
 246     try
 247     {
 248       wantedFields.add(TDBeaconsFTSRestClient.getInstance()
 249               .getDataColumnByNameOrCode("model_category"));
 250       wantedFields.add(TDBeaconsFTSRestClient.getInstance()
 251               .getDataColumnByNameOrCode("provider"));
 252       wantedFields.add(TDBeaconsFTSRestClient.getInstance()
 253               .getDataColumnByNameOrCode("created"));
 254     } catch (Exception e1)
 255     {
 256       e1.printStackTrace();
 257     }
 258     System.out.println("wantedFields >>" + wantedFields);
 259
 260     FTSRestRequest request = new FTSRestRequest();
 261     //request.setAllowEmptySeq(false);
 262     //request.setResponseSize(100);
 263     request.setSearchTerm("01308.json");
 264     request.setWantedFields(wantedFields);
 265     System.out.println("request : " + request.getFieldToSearchBy());
 266     System.out.println(request.toString());
 267
 268     FTSRestResponse response;
 269     try
 270     {
 271       response = TDBeaconsFTSRestClient.getInstance().executeRequest(request);
 272     } catch (Exception e)
 273     {
 274       e.printStackTrace();
 275       Assert.fail("Couldn't execute webservice call!");
 276       return;
 277     }
 278     //assertTrue(response.getNumberOfItemsFound() > 99);
 279     assertTrue(response.getSearchSummary() != null);
 280     assertTrue(response.getSearchSummary().size() > 99);
 281   }
 282 }