test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  26 import static org.testng.Assert.assertSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.bin.Jalview;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.Sequence;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileLoader;
  40 import jalview.io.Jalview2xmlTests;
  41 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  42 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  44 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  45 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  46 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  47 import jalview.util.MessageManager;
  48
  49 import java.awt.Color;
  50 import java.util.List;
  51
  52 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  53 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  54 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  55 import org.testng.annotations.Test;
  56
  57 public class AlignFrameTest
  58 {
  59   AlignFrame af;
  60
  61   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  62   public void setUpJvOptionPane()
  63   {
  64     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  65     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  66   }
  67
  68   @Test(groups = "Functional")
  69   public void testHideFeatureColumns()
  70   {
  71     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  72     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  73     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5,
  74             Float.NaN, null));
  75     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10,
  76             Float.NaN, null));
  77     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  78             Float.NaN, null));
  79     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  80             Float.NaN, null));
  81     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  82     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(), al.getHeight());
  83
  84     /*
  85      * hiding a feature not present does nothing
  86      */
  87     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  88     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  89     assertTrue(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  90             .getHiddenColumnsCopy()
  91             .isEmpty());
  92     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
  93     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  94     assertTrue(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  95             .getHiddenColumnsCopy()
  96             .isEmpty());
  97
  98     /*
  99      * hiding a feature in all columns does nothing
 100      */
 101     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 102     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 103     List<int[]> hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 104             .getHiddenColumns()
 105             .getHiddenColumnsCopy();
 106     assertTrue(hidden.isEmpty());
 107
 108     /*
 109      * hide a feature present in some columns
 110      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 111      * [1-3], [6-8] base zero
 112      */
 113     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 114     hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 115             .getHiddenColumnsCopy();
 116     assertEquals(hidden.size(), 2);
 117     assertEquals(hidden.get(0)[0], 1);
 118     assertEquals(hidden.get(0)[1], 3);
 119     assertEquals(hidden.get(1)[0], 6);
 120     assertEquals(hidden.get(1)[1], 8);
 121   }
 122
 123   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 124   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 125   {
 126     /*
 127      * use read-only test properties file
 128      */
 129     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 130     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 131   }
 132
 133   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 134   public void tearDown()
 135   {
 136     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 141    * for colour Above PID testing
 142    */
 143   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 144   public void setUp()
 145   {
 146     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 147     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 148             Boolean.TRUE.toString());
 149     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 150             DataSourceType.FILE);
 151
 152     /*
 153      * wait for Consensus thread to complete
 154      */
 155     synchronized (this)
 156     {
 157       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 158       {
 159         try
 160         {
 161           wait(50);
 162         } catch (InterruptedException e)
 163         {
 164         }
 165       }
 166     }
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 171    * <ul>
 172    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 173    * colours</li>
 174    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 175    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 176    * Conservation)</li>
 177    * </ul>
 178    */
 179   @Test(groups = "Functional")
 180   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 181   {
 182     AlignViewport av = af.getViewport();
 183     AlignmentI al = av.getAlignment();
 184
 185     /*
 186      * Colour alignment by Buried Index
 187      */
 188     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 189     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 190     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 191     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 192     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 193
 194     /*
 195      * Apply Conservation 20%
 196      */
 197     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 198     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 199     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 200             "label.conservation_colour_increment",
 201             new String[] { "Background" }));
 202     assertTrue(sp.isForConservation());
 203     sp.valueChanged(20);
 204     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 205     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 206
 207     /*
 208      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 209      */
 210     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 211     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 212     assertFalse(sp.isForConservation());
 213     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 214             "label.percentage_identity_threshold",
 215             new String[] { "Background" }));
 216     sp.valueChanged(10);
 217     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 218     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 219     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 220
 221     /*
 222      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 223      * and 40% PID threshold
 224      */
 225     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 226     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 227     sg.setStartRes(15);
 228     sg.setEndRes(25);
 229     av.setSelectionGroup(sg);
 230
 231     /*
 232      * apply 30% Conservation to group
 233      */
 234     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 235     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 236             .toString());
 237     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 238     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 239     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 240     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 241     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 242     assertTrue(sp.isForConservation());
 243     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 244             "label.conservation_colour_increment",
 245             new String[] { sg.getName() }));
 246     sp.valueChanged(30);
 247     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 248     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 249
 250     /*
 251      * apply 40% PID threshold to group
 252      */
 253     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 254     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 255     assertFalse(sp.isForConservation());
 256     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 257             "label.percentage_identity_threshold",
 258             new String[] { sg.getName() }));
 259     sp.valueChanged(40);
 260     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 261     // conservation threshold is unchanged:
 262     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 263     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 264
 265     /*
 266      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 267      * should be unaffected
 268      */
 269     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 270     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 271     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 272     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 273     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 274     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 275     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 276     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 277     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 278
 279     /*
 280      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 281      * - group colour should change, but not colour thresholds
 282      */
 283     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 284     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 285     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 286     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 287     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 288     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 289     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 290     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 291     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 292     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 293   }
 294
 295   /**
 296    * Test residue colouring with various options
 297    * <ol>
 298    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 299    * <li>colour by Conservation applied</li>
 300    * <li>colour by Conservation removed</li>
 301    * <li>colour above PID - various values</li>
 302    * <li>colour above PID removed</li>
 303    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 304    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 305    * <li>re-add Above PID</li>
 306    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 307    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 308    * </ol>
 309    */
 310   @Test(groups = "Functional")
 311   public void testColourThresholdActions()
 312   {
 313     AlignViewport av = af.getViewport();
 314     AlignmentI al = av.getAlignment();
 315
 316     /*
 317      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 318      */
 319     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 320     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 321     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 322     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 323     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 324
 325     /*
 326      * inspect the colour of
 327      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 328      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 329      */
 330     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 331     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 332     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 333     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 334     assertEquals(c, i_original);
 335     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 336     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 337     assertEquals(c, s_original);
 338
 339     /*
 340      * colour by conservation with increment 10
 341      */
 342     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 343     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 344     assertTrue(sp.isForConservation());
 345     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 346     sp.valueChanged(10);
 347     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 348     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 349     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 350     assertEquals(c, i_faded);
 351     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 352     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 353     assertEquals(c, s_faded);
 354
 355     /*
 356      * deselect By Conservation - colour should revert
 357      */
 358     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 359     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 360     assertEquals(c, s_original);
 361
 362     /*
 363      * now Above PID, threshold = 0%
 364      * should be no change
 365      */
 366     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 367     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 368     assertFalse(sp.isForConservation());
 369     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 370     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 371     assertEquals(c, i_original);
 372     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 373     assertEquals(c, s_original);
 374
 375     /*
 376      * Above PID, threshold = 1%
 377      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 378      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 379      */
 380     sp.valueChanged(1);
 381     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 382     assertEquals(c, Color.white);
 383     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 384     assertEquals(c, s_original);
 385
 386     /*
 387      * threshold 66% - no further change yet...
 388      */
 389     sp.valueChanged(66);
 390     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 391     assertEquals(c, Color.white);
 392     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 393     assertEquals(c, s_original);
 394
 395     /*
 396      * threshold 67% - now both residues are white
 397      */
 398     sp.valueChanged(67);
 399     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 400     assertEquals(c, Color.white);
 401     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 402     assertEquals(c, Color.white);
 403
 404     /*
 405      * deselect Above PID - colours should revert
 406      */
 407     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 408     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 409     assertEquals(c, i_original);
 410     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 411     assertEquals(c, s_original);
 412
 413     /*
 414      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 415      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 416      * 16.S is coloured but faded
 417      */
 418     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 419     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 420     assertFalse(sp.isForConservation());
 421     sp.valueChanged(50);
 422     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 423     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 424     assertTrue(sp.isForConservation());
 425     sp.valueChanged(10);
 426     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 427     assertEquals(c, Color.white);
 428     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 429     assertEquals(c, s_faded);
 430
 431     /*
 432      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 433      */
 434     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 435     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 436     assertEquals(c, i_faded);
 437     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 438     assertEquals(c, s_faded);
 439
 440     /*
 441      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 442      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 443      */
 444     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 445     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 446     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 447     assertEquals(c, Color.white);
 448     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 449     assertEquals(c, s_faded);
 450
 451     /*
 452      * turn off By Conservation
 453      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 454      */
 455     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 456     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 457     assertEquals(c, Color.white);
 458     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 459     assertEquals(c, s_original);
 460
 461     /*
 462      * finally turn off Above PID to leave original colours
 463      */
 464     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 465     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 466     assertEquals(c, i_original);
 467     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 468     assertEquals(c, s_original);
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 473    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 474    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 475    * project save and reload.
 476    *
 477    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 478    */
 479   @Test(groups = "Functional")
 480   public void testNewView_colourThresholds()
 481   {
 482     AlignViewport av = af.getViewport();
 483     AlignmentI al = av.getAlignment();
 484
 485     /*
 486      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 487      */
 488     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 489     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 490     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 491     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 492     assertFalse(sp.isForConservation());
 493     sp.valueChanged(10);
 494     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 495     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 496     assertTrue(sp.isForConservation());
 497     sp.valueChanged(20);
 498     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 499     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 500     assertTrue(rs.conservationApplied());
 501     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 502
 503     /*
 504      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 505      * and 40% PID threshold
 506      */
 507     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 508     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 509     sg.setStartRes(15);
 510     sg.setEndRes(25);
 511     av.setSelectionGroup(sg);
 512     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 513     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 514             .toString());
 515     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 516     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 517     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 518     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 519     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 520     assertTrue(sp.isForConservation());
 521     sp.valueChanged(30);
 522     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 523     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 524     assertFalse(sp.isForConservation());
 525     sp.valueChanged(40);
 526     rs = sg.getGroupColourScheme();
 527     assertTrue(rs.conservationApplied());
 528     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 529     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 530
 531     /*
 532      * set slider panel focus to the background alignment
 533      */
 534     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 535     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 536     assertTrue(sp.isForConservation());
 537     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 538             "label.conservation_colour_increment",
 539             new String[] { "Background" }));
 540
 541     /*
 542      * make a new View, wait for Conservation thread to complete,
 543      * verify alignment and group colour schemes
 544      */
 545     af.newView_actionPerformed(null);
 546     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 547     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 548     assertNotSame(av, av2);
 549     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 550     AlignCalcManagerI calcManager = av2.getCalcManager();
 551     do
 552     {
 553       try
 554       {
 555         Thread.sleep(50);
 556       } catch (InterruptedException x)
 557       {
 558       }
 559     } while (calcManager.isWorking());
 560     rs = av2.getResidueShading();
 561     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 562     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 563     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 564     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 565     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 566     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 567     rs = sg.getGroupColourScheme();
 568     assertTrue(rs.conservationApplied());
 569     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 570     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 571
 572     /*
 573      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 574      * and updates the new view (JAL-2385)
 575      */
 576     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 577     assertTrue(sp.isForConservation());
 578     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 579             "label.conservation_colour_increment",
 580             new String[] { "View 1" }));
 581     sp.valueChanged(22);
 582     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 583   }
 584 }