test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  26 import static org.testng.Assert.assertSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.FeatureColourI;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.bin.Jalview;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.Sequence;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileLoader;
  40 import jalview.io.Jalview2xmlTests;
  41 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  42 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  43 import jalview.schemes.FeatureColour;
  44 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  45 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  46 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  47 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49
  50 import java.awt.Color;
  51 import java.util.List;
  52
  53 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  54 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  55 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  56 import org.testng.annotations.Test;
  57
  58 public class AlignFrameTest
  59 {
  60   AlignFrame af;
  61
  62   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  63   public void setUpJvOptionPane()
  64   {
  65     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  66     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  67   }
  68
  69   @Test(groups = "Functional")
  70   public void testHideFeatureColumns()
  71   {
  72     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  73     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  74     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  75     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  76             null));
  77     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  78             Float.NaN, null));
  79     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  80             Float.NaN, null));
  81     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  82     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  83             al.getHeight());
  84
  85     /*
  86      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  87      */
  88     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  89
  90     /*
  91      * hiding a feature not present does nothing
  92      */
  93     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  94     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  95     assertTrue(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  96             .getHiddenColumnsCopy().isEmpty());
  97     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
  98     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  99     assertTrue(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 100             .getHiddenColumnsCopy().isEmpty());
 101
 102     /*
 103      * hiding a feature in all columns does nothing
 104      */
 105     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 106     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 107     List<int[]> hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 108             .getHiddenColumns().getHiddenColumnsCopy();
 109     assertTrue(hidden.isEmpty());
 110
 111     /*
 112      * threshold Metal to hide features where score < 5
 113      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 114      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 115      */
 116     FeatureColourI fc = new FeatureColour(Color.red, Color.blue, 0f, 10f);
 117     fc.setAboveThreshold(true);
 118     fc.setThreshold(5f);
 119     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 120     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 121     hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 122             .getHiddenColumnsCopy();
 123     assertEquals(hidden.size(), 1);
 124     assertEquals(hidden.get(0)[0], 5);
 125     assertEquals(hidden.get(0)[1], 9);
 126
 127     /*
 128      * hide a feature present in some columns
 129      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 130      * [1-3], [6-8] base zero
 131      */
 132     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 133     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 134     hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 135             .getHiddenColumnsCopy();
 136     assertEquals(hidden.size(), 2);
 137     assertEquals(hidden.get(0)[0], 1);
 138     assertEquals(hidden.get(0)[1], 3);
 139     assertEquals(hidden.get(1)[0], 6);
 140     assertEquals(hidden.get(1)[1], 8);
 141   }
 142
 143   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 144   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 145   {
 146     /*
 147      * use read-only test properties file
 148      */
 149     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 150     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 151   }
 152
 153   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 154   public void tearDown()
 155   {
 156     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 157   }
 158
 159   /**
 160    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 161    * for colour Above PID testing
 162    */
 163   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 164   public void setUp()
 165   {
 166     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 167     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 168             Boolean.TRUE.toString());
 169     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 170             DataSourceType.FILE);
 171
 172     /*
 173      * wait for Consensus thread to complete
 174      */
 175     synchronized (this)
 176     {
 177       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 178       {
 179         try
 180         {
 181           wait(50);
 182         } catch (InterruptedException e)
 183         {
 184         }
 185       }
 186     }
 187   }
 188
 189   /**
 190    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 191    * <ul>
 192    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 193    * colours</li>
 194    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 195    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 196    * Conservation)</li>
 197    * </ul>
 198    */
 199   @Test(groups = "Functional")
 200   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 201   {
 202     AlignViewport av = af.getViewport();
 203     AlignmentI al = av.getAlignment();
 204
 205     /*
 206      * Colour alignment by Buried Index
 207      */
 208     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 209     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 210     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 211     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 212     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 213
 214     /*
 215      * Apply Conservation 20%
 216      */
 217     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 218     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 219     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 220             "label.conservation_colour_increment",
 221             new String[] { "Background" }));
 222     assertTrue(sp.isForConservation());
 223     sp.valueChanged(20);
 224     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 225     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 226
 227     /*
 228      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 229      */
 230     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 231     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 232     assertFalse(sp.isForConservation());
 233     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 234             "label.percentage_identity_threshold",
 235             new String[] { "Background" }));
 236     sp.valueChanged(10);
 237     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 238     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 239     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 240
 241     /*
 242      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 243      * and 40% PID threshold
 244      */
 245     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 246     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 247     sg.setStartRes(15);
 248     sg.setEndRes(25);
 249     av.setSelectionGroup(sg);
 250
 251     /*
 252      * apply 30% Conservation to group
 253      */
 254     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 255     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 256             .toString());
 257     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 258     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 259     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 260     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 261     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 262     assertTrue(sp.isForConservation());
 263     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 264             "label.conservation_colour_increment",
 265             new String[] { sg.getName() }));
 266     sp.valueChanged(30);
 267     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 268     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 269
 270     /*
 271      * apply 40% PID threshold to group
 272      */
 273     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 274     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 275     assertFalse(sp.isForConservation());
 276     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 277             "label.percentage_identity_threshold",
 278             new String[] { sg.getName() }));
 279     sp.valueChanged(40);
 280     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 281     // conservation threshold is unchanged:
 282     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 283     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 284
 285     /*
 286      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 287      * should be unaffected
 288      */
 289     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 290     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 291     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 292     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 293     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 294     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 295     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 296     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 297     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 298
 299     /*
 300      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 301      * - group colour should change, but not colour thresholds
 302      */
 303     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 304     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 305     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 306     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 307     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 308     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 309     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 310     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 311     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 312     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 313   }
 314
 315   /**
 316    * Test residue colouring with various options
 317    * <ol>
 318    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 319    * <li>colour by Conservation applied</li>
 320    * <li>colour by Conservation removed</li>
 321    * <li>colour above PID - various values</li>
 322    * <li>colour above PID removed</li>
 323    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 324    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 325    * <li>re-add Above PID</li>
 326    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 327    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 328    * </ol>
 329    */
 330   @Test(groups = "Functional")
 331   public void testColourThresholdActions()
 332   {
 333     AlignViewport av = af.getViewport();
 334     AlignmentI al = av.getAlignment();
 335
 336     /*
 337      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 338      */
 339     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 340     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 341     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 342     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 343     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 344
 345     /*
 346      * inspect the colour of
 347      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 348      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 349      */
 350     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 351     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 352     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 353     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 354     assertEquals(c, i_original);
 355     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 356     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 357     assertEquals(c, s_original);
 358
 359     /*
 360      * colour by conservation with increment 10
 361      */
 362     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 363     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 364     assertTrue(sp.isForConservation());
 365     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 366     sp.valueChanged(10);
 367     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 368     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 369     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 370     assertEquals(c, i_faded);
 371     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 372     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 373     assertEquals(c, s_faded);
 374
 375     /*
 376      * deselect By Conservation - colour should revert
 377      */
 378     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 379     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 380     assertEquals(c, s_original);
 381
 382     /*
 383      * now Above PID, threshold = 0%
 384      * should be no change
 385      */
 386     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 387     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 388     assertFalse(sp.isForConservation());
 389     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 390     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 391     assertEquals(c, i_original);
 392     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 393     assertEquals(c, s_original);
 394
 395     /*
 396      * Above PID, threshold = 1%
 397      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 398      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 399      */
 400     sp.valueChanged(1);
 401     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 402     assertEquals(c, Color.white);
 403     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 404     assertEquals(c, s_original);
 405
 406     /*
 407      * threshold 66% - no further change yet...
 408      */
 409     sp.valueChanged(66);
 410     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 411     assertEquals(c, Color.white);
 412     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 413     assertEquals(c, s_original);
 414
 415     /*
 416      * threshold 67% - now both residues are white
 417      */
 418     sp.valueChanged(67);
 419     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 420     assertEquals(c, Color.white);
 421     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 422     assertEquals(c, Color.white);
 423
 424     /*
 425      * deselect Above PID - colours should revert
 426      */
 427     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 428     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 429     assertEquals(c, i_original);
 430     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 431     assertEquals(c, s_original);
 432
 433     /*
 434      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 435      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 436      * 16.S is coloured but faded
 437      */
 438     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 439     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 440     assertFalse(sp.isForConservation());
 441     sp.valueChanged(50);
 442     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 443     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 444     assertTrue(sp.isForConservation());
 445     sp.valueChanged(10);
 446     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 447     assertEquals(c, Color.white);
 448     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 449     assertEquals(c, s_faded);
 450
 451     /*
 452      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 453      */
 454     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 455     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 456     assertEquals(c, i_faded);
 457     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 458     assertEquals(c, s_faded);
 459
 460     /*
 461      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 462      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 463      */
 464     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 465     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 466     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 467     assertEquals(c, Color.white);
 468     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 469     assertEquals(c, s_faded);
 470
 471     /*
 472      * turn off By Conservation
 473      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 474      */
 475     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 476     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 477     assertEquals(c, Color.white);
 478     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 479     assertEquals(c, s_original);
 480
 481     /*
 482      * finally turn off Above PID to leave original colours
 483      */
 484     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 485     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 486     assertEquals(c, i_original);
 487     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 488     assertEquals(c, s_original);
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 493    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 494    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 495    * project save and reload.
 496    *
 497    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 498    */
 499   @Test(groups = "Functional")
 500   public void testNewView_colourThresholds()
 501   {
 502     AlignViewport av = af.getViewport();
 503     AlignmentI al = av.getAlignment();
 504
 505     /*
 506      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 507      */
 508     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 509     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 510     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 511     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 512     assertFalse(sp.isForConservation());
 513     sp.valueChanged(10);
 514     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 515     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 516     assertTrue(sp.isForConservation());
 517     sp.valueChanged(20);
 518     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 519     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 520     assertTrue(rs.conservationApplied());
 521     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 522
 523     /*
 524      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 525      * and 40% PID threshold
 526      */
 527     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 528     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 529     sg.setStartRes(15);
 530     sg.setEndRes(25);
 531     av.setSelectionGroup(sg);
 532     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 533     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 534             .toString());
 535     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 536     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 537     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 538     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 539     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 540     assertTrue(sp.isForConservation());
 541     sp.valueChanged(30);
 542     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 543     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 544     assertFalse(sp.isForConservation());
 545     sp.valueChanged(40);
 546     rs = sg.getGroupColourScheme();
 547     assertTrue(rs.conservationApplied());
 548     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 549     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 550
 551     /*
 552      * set slider panel focus to the background alignment
 553      */
 554     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 555     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 556     assertTrue(sp.isForConservation());
 557     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 558             "label.conservation_colour_increment",
 559             new String[] { "Background" }));
 560
 561     /*
 562      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 563      */
 564     af.newView_actionPerformed(null);
 565     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 566     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 567     assertNotSame(av, av2);
 568     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 569     rs = av2.getResidueShading();
 570     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 571     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 572     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 573     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 574     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 575     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 576     rs = sg.getGroupColourScheme();
 577     assertTrue(rs.conservationApplied());
 578     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 579     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 580
 581     /*
 582      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 583      * and updates the new view (JAL-2385)
 584      */
 585     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 586     assertTrue(sp.isForConservation());
 587     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 588             "label.conservation_colour_increment",
 589             new String[] { "View 1" }));
 590     sp.valueChanged(22);
 591     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 592   }
 593 }