test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Iterator;
  32
  33 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 import jalview.api.AlignViewportI;
  39 import jalview.api.FeatureColourI;
  40 import jalview.bin.Cache;
  41 import jalview.bin.Jalview;
  42 import jalview.datamodel.Alignment;
  43 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  44 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  45 import jalview.datamodel.Sequence;
  46 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  47 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  48 import jalview.datamodel.SequenceI;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.io.FileLoader;
  51 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  52 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  53 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  54 import jalview.schemes.FeatureColour;
  55 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  56 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  57 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  58 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  59 import jalview.util.MessageManager;
  60 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  61
  62 public class AlignFrameTest
  63 {
  64   AlignFrame af;
  65
  66   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  67   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  68   {
  69     setUpJvOptionPane();
  70     /*
  71      * use read-only test properties file
  72      */
  73     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  74     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  75   }
  76
  77   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  78   public void tearDown()
  79   {
  80     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
  81   }
  82
  83   /**
  84    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed for
  85    * colour Above PID testing
  86    */
  87   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  88   public void setUp()
  89   {
  90     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  91     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
  92             Boolean.TRUE.toString());
  93     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  94             DataSourceType.FILE);
  95
  96     /*
  97      * wait for Consensus thread to complete
  98      */
  99     do
 100     {
 101       try
 102       {
 103         Thread.sleep(50);
 104       } catch (InterruptedException x)
 105       {
 106       }
 107     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 108   }
 109
 110   public static void setUpJvOptionPane()
 111   {
 112     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 113     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 114   }
 115
 116   @Test(groups = "Functional")
 117   public void testHideFeatureColumns()
 118   {
 119     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
 120     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
 121     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
 122     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
 123             null));
 124     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
 125             Float.NaN, null));
 126     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
 127             Float.NaN, null));
 128     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 129     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 130             al.getHeight());
 131
 132     /*
 133      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
 134      */
 135     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 136
 137     /*
 138      * hiding a feature not present does nothing
 139      */
 140     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
 141     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 142
 143     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 144             .getNumberOfRegions(), 0);
 145
 146     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 147     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 148
 149     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 150             .getNumberOfRegions(), 0);
 151
 152     /*
 153      * hiding a feature in all columns does nothing
 154      */
 155     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 156     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 157
 158     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 159             .getNumberOfRegions(), 0);
 160
 161
 162     /*
 163      * threshold Metal to hide features where score < 5
 164      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 165      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 166      */
 167     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 168             0f, 10f);
 169     fc.setAboveThreshold(true);
 170     fc.setThreshold(5f);
 171     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 172     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 173     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 174     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 175     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 176     int[] next = regions.next();
 177     assertEquals(next[0], 5);
 178     assertEquals(next[1], 9);
 179
 180     /*
 181      * hide a feature present in some columns
 182      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 183      * [1-3], [6-8] base zero
 184      */
 185     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 186     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 187     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 188             .getHiddenColumns().iterator();
 189     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 190             .getNumberOfRegions(), 2);
 191     next = regions.next();
 192     assertEquals(next[0], 1);
 193     assertEquals(next[1], 3);
 194     next = regions.next();
 195     assertEquals(next[0], 6);
 196     assertEquals(next[1], 8);
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 201    * <ul>
 202    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 203    * colours</li>
 204    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 205    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 206    * Conservation)</li>
 207    * </ul>
 208    */
 209   @Test(groups = "Functional")
 210   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 211   {
 212     AlignViewportI av = af.getViewport();
 213     AlignmentI al = av.getAlignment();
 214
 215     /*
 216      * Colour alignment by Buried Index
 217      */
 218     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 219     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 220     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 221     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 222     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 223
 224     /*
 225      * Apply Conservation 20%
 226      */
 227     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 228     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 229     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 230             "label.conservation_colour_increment",
 231             new String[] { "Background" }));
 232     assertTrue(sp.isForConservation());
 233     sp.valueChanged(20);
 234     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 235     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 236
 237     /*
 238      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 239      */
 240     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 241     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 242     assertFalse(sp.isForConservation());
 243     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 244             "label.percentage_identity_threshold",
 245             new String[] { "Background" }));
 246     sp.valueChanged(10);
 247     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 248     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 249     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 250
 251     /*
 252      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 253      * and 40% PID threshold
 254      */
 255     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 256     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 257     sg.setStartRes(15);
 258     sg.setEndRes(25);
 259     av.setSelectionGroup(sg);
 260
 261     /*
 262      * apply 30% Conservation to group
 263      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 264      * is at a sequence not in the group)
 265      */
 266     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 267             null);
 268     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 269             .toString());
 270     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 271     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 272     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 273     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 274     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 275     assertTrue(sp.isForConservation());
 276     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 277             "label.conservation_colour_increment",
 278             new String[] { sg.getName() }));
 279     sp.valueChanged(30);
 280     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 281     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 282
 283     /*
 284      * apply 40% PID threshold to group
 285      */
 286     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 287     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 288     assertFalse(sp.isForConservation());
 289     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 290             "label.percentage_identity_threshold",
 291             new String[] { sg.getName() }));
 292     sp.valueChanged(40);
 293     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 294     // conservation threshold is unchanged:
 295     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 296     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 297
 298     /*
 299      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 300      * should be unaffected
 301      */
 302     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 303     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 304     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 305     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 306     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 307     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 308     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 309     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 310     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 311
 312     /*
 313      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 314      * - group colour should change, but not colour thresholds
 315      */
 316     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 317     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 318     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 319     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 320     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 321     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 322     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 323     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 324     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 325     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Test residue colouring with various options
 330    * <ol>
 331    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 332    * <li>colour by Conservation applied</li>
 333    * <li>colour by Conservation removed</li>
 334    * <li>colour above PID - various values</li>
 335    * <li>colour above PID removed</li>
 336    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 337    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 338    * <li>re-add Above PID</li>
 339    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 340    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 341    * </ol>
 342    */
 343   @Test(groups = "Functional")
 344   public void testColourThresholdActions()
 345   {
 346     AlignViewportI av = af.getViewport();
 347     AlignmentI al = av.getAlignment();
 348
 349     /*
 350      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 351      */
 352     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 353     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 354     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 355     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 356     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 357
 358     /*
 359      * inspect the colour of
 360      * FER_CAPAN.9(I), column 15 (14 base 0)
 361      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 362      */
 363     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 364     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 365     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 366     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 367     assertEquals(c, i_original);
 368     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 369     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 370     assertEquals(c, s_original);
 371
 372     /*
 373      * colour by conservation with increment 10
 374      */
 375     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 376     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 377     assertTrue(sp.isForConservation());
 378     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 379     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 380     Color i_faded = new Color(255, 255, 255);
 381     assertEquals(c, i_faded);
 382     sp.valueChanged(10);
 383     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 384     assertEquals(rs.getConservationInc(), 10);
 385     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 386     i_faded = new Color(196, 186, 196);
 387     assertEquals(c, i_faded);
 388     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 389     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 390     assertEquals(c, s_faded);
 391
 392     /*
 393      * deselect By Conservation - colour should revert
 394      */
 395     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 396     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 397     assertEquals(c, s_original);
 398
 399     /*
 400      * now Above PID, threshold = 0%
 401      * should be no change
 402      */
 403     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 404     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 405     assertFalse(sp.isForConservation());
 406     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 407     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 408     assertEquals(c, i_original);
 409     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 410     assertEquals(c, s_original);
 411
 412     /*
 413      * Above PID, threshold = 1%
 414      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 415      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 416      */
 417     sp.valueChanged(1);
 418     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 419     assertEquals(c, Color.white);
 420     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 421     assertEquals(c, s_original);
 422
 423     /*
 424      * threshold 66% - no further change yet...
 425      */
 426     sp.valueChanged(66);
 427     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 428     assertEquals(c, Color.white);
 429     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 430     assertEquals(c, s_original);
 431
 432     /*
 433      * threshold 67% - now both residues are white
 434      */
 435     sp.valueChanged(67);
 436     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 437     assertEquals(c, Color.white);
 438     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 439     assertEquals(c, Color.white);
 440
 441     /*
 442      * deselect Above PID - colours should revert
 443      */
 444     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 445     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 446     assertEquals(c, i_original);
 447     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 448     assertEquals(c, s_original);
 449
 450     /*
 451      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 452      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 453      * 16.S is coloured but faded
 454      */
 455     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 456     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 457     assertFalse(sp.isForConservation());
 458     sp.valueChanged(50);
 459     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 460     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 461     assertTrue(sp.isForConservation());
 462     sp.valueChanged(10);
 463     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 464     assertEquals(c, Color.white);
 465     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 466     assertEquals(c, s_faded);
 467
 468     /*
 469      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 470      */
 471     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 472     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 473     assertEquals(c, i_faded);
 474     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 475     assertEquals(c, s_faded);
 476
 477     /*
 478      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 479      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 480      */
 481     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 482     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 483     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 484     assertEquals(c, Color.white);
 485     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 486     assertEquals(c, s_faded);
 487
 488     /*
 489      * turn off By Conservation
 490      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 491      */
 492     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 493     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 494     assertEquals(c, Color.white);
 495     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 496     assertEquals(c, s_original);
 497
 498     /*
 499      * finally turn off Above PID to leave original colours
 500      */
 501     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 502     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 503     assertEquals(c, i_original);
 504     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 505     assertEquals(c, s_original);
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 510    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 511    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 512    * project save and reload.
 513    *
 514    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 515    */
 516   @Test(groups = "Functional")
 517   public void testNewView_colourThresholds()
 518   {
 519     AlignViewportI av = af.getViewport();
 520     AlignmentI al = av.getAlignment();
 521
 522     /*
 523      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 524      */
 525     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 526     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 527     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 528     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 529     assertFalse(sp.isForConservation());
 530     sp.valueChanged(10);
 531     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 532     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 533     assertTrue(sp.isForConservation());
 534     sp.valueChanged(20);
 535     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 536     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 537     assertTrue(rs.conservationApplied());
 538     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 539
 540     /*
 541      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 542      * and 40% PID threshold
 543      */
 544     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 545     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 546     sg.setStartRes(15);
 547     sg.setEndRes(25);
 548     av.setSelectionGroup(sg);
 549     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(0),
 550             null);
 551     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 552             .toString());
 553     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 554     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 555     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 556     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 557     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 558     assertTrue(sp.isForConservation());
 559     sp.valueChanged(30);
 560     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 561     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 562     assertFalse(sp.isForConservation());
 563     sp.valueChanged(40);
 564     rs = sg.getGroupColourScheme();
 565     assertTrue(rs.conservationApplied());
 566     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 567     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 568
 569     /*
 570      * set slider panel focus to the background alignment
 571      */
 572     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 573     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 574     assertTrue(sp.isForConservation());
 575     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 576             "label.conservation_colour_increment",
 577             new String[] { "Background" }));
 578
 579     /*
 580      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 581      */
 582     af.newView_actionPerformed(null);
 583     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 584     AlignmentViewport av2 = af.getViewport();
 585     assertNotSame(av, av2);
 586     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 587     rs = av2.getResidueShading();
 588     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 589     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 590     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 591     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 592     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 593     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 594     rs = sg.getGroupColourScheme();
 595     assertTrue(rs.conservationApplied());
 596     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 597     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 598
 599     /*
 600      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 601      * and updates the new view (JAL-2385)
 602      */
 603     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 604     assertTrue(sp.isForConservation());
 605     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 606             "label.conservation_colour_increment",
 607             new String[] { "View 1" }));
 608     sp.valueChanged(22);
 609     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 610   }
 611
 612   /**
 613    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 614    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 615    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 616    * across all panels in a split frame.
 617    *
 618    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 619    */
 620   @Test(groups = "Functional")
 621   public void testNewView_dsRefPreserved()
 622   {
 623     AlignViewport av = af.getViewport();
 624     AlignmentI al = av.getAlignment();
 625     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 626     af.newView_actionPerformed(null);
 627     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 628             af.getViewport());
 629     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 630             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 631             "Dataset was not preserved in new view");
 632   }
 633 }