test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  66   {
  67     setUpJvOptionPane();
  68     /*
  69      * use read-only test properties file
  70      */
  71     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  72     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  73   }
  74
  75   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  76   public void tearDown()
  77   {
  78     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  79   }
  80
  81   /**
  82    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed for
  83    * colour Above PID testing
  84    */
  85   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  86   public void setUp()
  87   {
  88     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  89     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  90             Boolean.TRUE.toString());
  91     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  92             DataSourceType.FILE);
  93
  94     /*
  95      * wait for Consensus thread to complete
  96      */
  97     synchronized (this)
  98     {
  99       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 100       {
 101         try
 102         {
 103           wait(50);
 104         } catch (InterruptedException e)
 105         {
 106         }
 107       }
 108     }
 109   }
 110
 111   public static void setUpJvOptionPane()
 112   {
 113     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 114     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 115   }
 116
 117   @Test(groups = "Functional")
 118   public void testHideFeatureColumns()
 119   {
 120     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1/01-10", "A---BCDEFG-HIJ");
 121     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2/11-20", "-AB-CDEF--GHIJ");
 122     String METAL = "Metal";
 123     String TURN = "Turn";
 124     seq1.addSequenceFeature(
 125             new SequenceFeature(METAL, "", 1, 5, 0f, null));
 126     seq2.addSequenceFeature(
 127             new SequenceFeature(METAL, "", 16, 20, 10f, null));
 128     seq1.addSequenceFeature(
 129             new SequenceFeature(TURN, "", 2, 4, Float.NaN, null));
 130     seq2.addSequenceFeature(
 131             new SequenceFeature(TURN, "", 17, 19, Float.NaN, null));
 132     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 133     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 134             al.getHeight());
 135
 136     /*
 137      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
 138      */
 139     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 140
 141     /*
 142      * hiding a feature not present does nothing
 143      */
 144     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(true, "exon"));
 145     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 146     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 147             .getNumberOfRegions(), 0);
 148
 149     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(false, "exon"));
 150     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 151     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 152             .getNumberOfRegions(), 0);
 153
 154     /*
 155      * hiding a feature in all columns does nothing
 156      */
 157     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(true, METAL));
 158     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 159     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 160             .getNumberOfRegions(), 0);
 161
 162
 163     /*
 164      * threshold Metal to hide features where score < 5
 165      * seq1 feature in columns 1-8 is hidden
 166      * seq2 feature in columns 8-14 is shown
 167      * result: columns 8-14 are hidden
 168      * note this includes gapped columns spanned by the feature
 169      */
 170     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 171             0f, 10f);
 172     fc.setAboveThreshold(true);
 173     fc.setThreshold(5f);
 174     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour(METAL, fc);
 175     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, METAL));
 176     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 177     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 178     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 179     assertEquals(regions.next(), new int[] { 7, 13 }); // base 0
 180     assertFalse(regions.hasNext());
 181
 182     /*
 183      * hide a feature present in some columns
 184      * seq1 positions [2-4] are column positions [4-6] base zero
 185      * seq2 positions [17-19] are column positions [10-12] base zero
 186      */
 187     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 188     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, TURN));
 189     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 190             .getHiddenColumns().iterator();
 191     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 192             .getNumberOfRegions(), 2);
 193     assertEquals(regions.next(), new int[] { 4, 6 });
 194     assertEquals(regions.next(), new int[] { 10, 12 });
 195     assertFalse(regions.hasNext());
 196
 197     /*
 198      * hiding a contact feature should only hide start and end positions,
 199      * not the intermediate columns
 200      */
 201     String DISULFIDE = "Disulfide Bond";
 202     seq1.addSequenceFeature(
 203             new SequenceFeature(DISULFIDE, "", 1, 5, 0f, null));
 204     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 205     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, DISULFIDE));
 206     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 207             .iterator();
 208     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 209             .getNumberOfRegions(), 2);
 210     assertEquals(regions.next(), new int[] { 0, 0 });
 211     assertEquals(regions.next(), new int[] { 7, 7 });
 212     assertFalse(regions.hasNext());
 213
 214     /*
 215      * hide multiple feature types:
 216      * TURN columns hides 4-6, 10-12
 217      * DISULFIDE columns hides 0, 7
 218      * combined is { 0-0, 4-7, 10-12 }
 219      */
 220     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 221     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, TURN, DISULFIDE));
 222     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 223             .iterator();
 224     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 225             .getNumberOfRegions(), 3);
 226     assertEquals(regions.next(), new int[] { 0, 0 });
 227     assertEquals(regions.next(), new int[] { 4, 7 });
 228     assertEquals(regions.next(), new int[] { 10, 12 });
 229     assertFalse(regions.hasNext());
 230   }
 231
 232   /**
 233    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 234    * <ul>
 235    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 236    * colours</li>
 237    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 238    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 239    * Conservation)</li>
 240    * </ul>
 241    */
 242   @Test(groups = "Functional")
 243   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 244   {
 245     AlignViewport av = af.getViewport();
 246     AlignmentI al = av.getAlignment();
 247
 248     /*
 249      * Colour alignment by Buried Index
 250      */
 251     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 252     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 253     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 254     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 255     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 256
 257     /*
 258      * Apply Conservation 20%
 259      */
 260     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 261     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 262     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 263             "label.conservation_colour_increment",
 264             new String[] { "Background" }));
 265     assertTrue(sp.isForConservation());
 266     sp.valueChanged(20);
 267     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 268     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 269
 270     /*
 271      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 272      */
 273     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 274     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 275     assertFalse(sp.isForConservation());
 276     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 277             "label.percentage_identity_threshold",
 278             new String[] { "Background" }));
 279     sp.valueChanged(10);
 280     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 281     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 282     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 283
 284     /*
 285      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 286      * and 40% PID threshold
 287      */
 288     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 289     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 290     sg.setStartRes(15);
 291     sg.setEndRes(25);
 292     av.setSelectionGroup(sg);
 293
 294     /*
 295      * apply 30% Conservation to group
 296      */
 297     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 298     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 299             .toString());
 300     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 301     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 302     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 303     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 304     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 305     assertTrue(sp.isForConservation());
 306     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 307             "label.conservation_colour_increment",
 308             new String[] { sg.getName() }));
 309     sp.valueChanged(30);
 310     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 311     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 312
 313     /*
 314      * apply 40% PID threshold to group
 315      */
 316     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 317     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 318     assertFalse(sp.isForConservation());
 319     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 320             "label.percentage_identity_threshold",
 321             new String[] { sg.getName() }));
 322     sp.valueChanged(40);
 323     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 324     // conservation threshold is unchanged:
 325     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 326     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 327
 328     /*
 329      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 330      * should be unaffected
 331      */
 332     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 333     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 334     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 335     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 336     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 337     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 338     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 339     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 340     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 341
 342     /*
 343      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 344      * - group colour should change, but not colour thresholds
 345      */
 346     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 347     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 348     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 349     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 350     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 351     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 352     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 353     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 354     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 355     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Test residue colouring with various options
 360    * <ol>
 361    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 362    * <li>colour by Conservation applied</li>
 363    * <li>colour by Conservation removed</li>
 364    * <li>colour above PID - various values</li>
 365    * <li>colour above PID removed</li>
 366    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 367    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 368    * <li>re-add Above PID</li>
 369    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 370    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 371    * </ol>
 372    */
 373   @Test(groups = "Functional")
 374   public void testColourThresholdActions()
 375   {
 376     AlignViewport av = af.getViewport();
 377     AlignmentI al = av.getAlignment();
 378
 379     /*
 380      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 381      */
 382     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 383     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 384     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 385     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 386     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 387
 388     /*
 389      * inspect the colour of
 390      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 391      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 392      */
 393     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 394     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 395     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 396     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 397     assertEquals(c, i_original);
 398     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 399     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 400     assertEquals(c, s_original);
 401
 402     /*
 403      * colour by conservation with increment 10
 404      */
 405     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 406     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 407     assertTrue(sp.isForConservation());
 408     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 409     sp.valueChanged(10);
 410     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 411     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 412     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 413     assertEquals(c, i_faded);
 414     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 415     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 416     assertEquals(c, s_faded);
 417
 418     /*
 419      * deselect By Conservation - colour should revert
 420      */
 421     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 422     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 423     assertEquals(c, s_original);
 424
 425     /*
 426      * now Above PID, threshold = 0%
 427      * should be no change
 428      */
 429     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 430     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 431     assertFalse(sp.isForConservation());
 432     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 433     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 434     assertEquals(c, i_original);
 435     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 436     assertEquals(c, s_original);
 437
 438     /*
 439      * Above PID, threshold = 1%
 440      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 441      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 442      */
 443     sp.valueChanged(1);
 444     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 445     assertEquals(c, Color.white);
 446     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 447     assertEquals(c, s_original);
 448
 449     /*
 450      * threshold 66% - no further change yet...
 451      */
 452     sp.valueChanged(66);
 453     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 454     assertEquals(c, Color.white);
 455     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 456     assertEquals(c, s_original);
 457
 458     /*
 459      * threshold 67% - now both residues are white
 460      */
 461     sp.valueChanged(67);
 462     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 463     assertEquals(c, Color.white);
 464     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 465     assertEquals(c, Color.white);
 466
 467     /*
 468      * deselect Above PID - colours should revert
 469      */
 470     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 471     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 472     assertEquals(c, i_original);
 473     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 474     assertEquals(c, s_original);
 475
 476     /*
 477      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 478      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 479      * 16.S is coloured but faded
 480      */
 481     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 482     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 483     assertFalse(sp.isForConservation());
 484     sp.valueChanged(50);
 485     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 486     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 487     assertTrue(sp.isForConservation());
 488     sp.valueChanged(10);
 489     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 490     assertEquals(c, Color.white);
 491     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 492     assertEquals(c, s_faded);
 493
 494     /*
 495      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 496      */
 497     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 498     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 499     assertEquals(c, i_faded);
 500     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 501     assertEquals(c, s_faded);
 502
 503     /*
 504      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 505      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 506      */
 507     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 508     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 509     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 510     assertEquals(c, Color.white);
 511     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 512     assertEquals(c, s_faded);
 513
 514     /*
 515      * turn off By Conservation
 516      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 517      */
 518     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 519     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 520     assertEquals(c, Color.white);
 521     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 522     assertEquals(c, s_original);
 523
 524     /*
 525      * finally turn off Above PID to leave original colours
 526      */
 527     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 528     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 529     assertEquals(c, i_original);
 530     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 531     assertEquals(c, s_original);
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 536    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 537    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 538    * project save and reload.
 539    *
 540    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 541    */
 542   @Test(groups = "Functional")
 543   public void testNewView_colourThresholds()
 544   {
 545     AlignViewport av = af.getViewport();
 546     AlignmentI al = av.getAlignment();
 547
 548     /*
 549      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 550      */
 551     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 552     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 553     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 554     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 555     assertFalse(sp.isForConservation());
 556     sp.valueChanged(10);
 557     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 558     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 559     assertTrue(sp.isForConservation());
 560     sp.valueChanged(20);
 561     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 562     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 563     assertTrue(rs.conservationApplied());
 564     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 565
 566     /*
 567      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 568      * and 40% PID threshold
 569      */
 570     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 571     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 572     sg.setStartRes(15);
 573     sg.setEndRes(25);
 574     av.setSelectionGroup(sg);
 575     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 576     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 577             .toString());
 578     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 579     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 580     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 581     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 582     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 583     assertTrue(sp.isForConservation());
 584     sp.valueChanged(30);
 585     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 586     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 587     assertFalse(sp.isForConservation());
 588     sp.valueChanged(40);
 589     rs = sg.getGroupColourScheme();
 590     assertTrue(rs.conservationApplied());
 591     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 592     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 593
 594     /*
 595      * set slider panel focus to the background alignment
 596      */
 597     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 598     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 599     assertTrue(sp.isForConservation());
 600     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 601             "label.conservation_colour_increment",
 602             new String[] { "Background" }));
 603
 604     /*
 605      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 606      */
 607     af.newView_actionPerformed(null);
 608     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 609     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 610     assertNotSame(av, av2);
 611     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 612     rs = av2.getResidueShading();
 613     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 614     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 615     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 616     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 617     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 618     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 619     rs = sg.getGroupColourScheme();
 620     assertTrue(rs.conservationApplied());
 621     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 622     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 623
 624     /*
 625      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 626      * and updates the new view (JAL-2385)
 627      */
 628     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 629     assertTrue(sp.isForConservation());
 630     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 631             "label.conservation_colour_increment",
 632             new String[] { "View 1" }));
 633     sp.valueChanged(22);
 634     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 635   }
 636
 637   /**
 638    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 639    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 640    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 641    * across all panels in a split frame.
 642    *
 643    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 644    */
 645   @Test(groups = "Functional")
 646   public void testNewView_dsRefPreserved()
 647   {
 648     AlignViewport av = af.getViewport();
 649     AlignmentI al = av.getAlignment();
 650     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 651     af.newView_actionPerformed(null);
 652     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 653             af.getViewport());
 654     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 655             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 656             "Dataset was not preserved in new view");
 657   }
 658 }