test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = "Functional")
  72   public void testHideFeatureColumns()
  73   {
  74     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  75     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  76     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  77     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  78             null));
  79     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  80             Float.NaN, null));
  81     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  82             Float.NaN, null));
  83     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  84     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  85             al.getHeight());
  86
  87     /*
  88      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  89      */
  90     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  91
  92     /*
  93      * hiding a feature not present does nothing
  94      */
  95     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  96     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  97
  98     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  99             .getNumberOfRegions(), 0);
 100
 101     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 102     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 103
 104     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 105             .getNumberOfRegions(), 0);
 106
 107     /*
 108      * hiding a feature in all columns does nothing
 109      */
 110     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 111     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 112
 113     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 114             .getNumberOfRegions(), 0);
 115
 116
 117     /*
 118      * threshold Metal to hide features where score < 5
 119      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 120      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 121      */
 122     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 123             0f, 10f);
 124     fc.setAboveThreshold(true);
 125     fc.setThreshold(5f);
 126     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 127     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 128     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 129     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 130     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 131     int[] next = regions.next();
 132     assertEquals(next[0], 5);
 133     assertEquals(next[1], 9);
 134
 135     /*
 136      * hide a feature present in some columns
 137      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 138      * [1-3], [6-8] base zero
 139      */
 140     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 141     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 142     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 143             .getHiddenColumns().iterator();
 144     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 145             .getNumberOfRegions(), 2);
 146     next = regions.next();
 147     assertEquals(next[0], 1);
 148     assertEquals(next[1], 3);
 149     next = regions.next();
 150     assertEquals(next[0], 6);
 151     assertEquals(next[1], 8);
 152   }
 153
 154   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 155   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 156   {
 157     /*
 158      * use read-only test properties file
 159      */
 160     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 161     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 162   }
 163
 164   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 165   public void tearDown()
 166   {
 167     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 172    * for colour Above PID testing
 173    */
 174   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 175   public void setUp()
 176   {
 177     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 178     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 179             Boolean.TRUE.toString());
 180     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 181             DataSourceType.FILE);
 182
 183     /*
 184      * wait for Consensus thread to complete
 185      */
 186     synchronized (this)
 187     {
 188       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 189       {
 190         try
 191         {
 192           wait(50);
 193         } catch (InterruptedException e)
 194         {
 195         }
 196       }
 197     }
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 202    * <ul>
 203    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 204    * colours</li>
 205    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 206    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 207    * Conservation)</li>
 208    * </ul>
 209    */
 210   @Test(groups = "Functional")
 211   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 212   {
 213     AlignViewport av = af.getViewport();
 214     AlignmentI al = av.getAlignment();
 215
 216     /*
 217      * Colour alignment by Buried Index
 218      */
 219     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 220     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 221     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 222     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 223     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 224
 225     /*
 226      * Apply Conservation 20%
 227      */
 228     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 229     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 230     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 231             "label.conservation_colour_increment",
 232             new String[] { "Background" }));
 233     assertTrue(sp.isForConservation());
 234     sp.valueChanged(20);
 235     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 236     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 237
 238     /*
 239      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 240      */
 241     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 242     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 243     assertFalse(sp.isForConservation());
 244     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 245             "label.percentage_identity_threshold",
 246             new String[] { "Background" }));
 247     sp.valueChanged(10);
 248     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 249     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 250     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 251
 252     /*
 253      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 254      * and 40% PID threshold
 255      */
 256     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 257     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 258     sg.setStartRes(15);
 259     sg.setEndRes(25);
 260     av.setSelectionGroup(sg);
 261
 262     /*
 263      * apply 30% Conservation to group
 264      */
 265     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 266     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 267             .toString());
 268     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 269     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 270     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 271     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 272     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 273     assertTrue(sp.isForConservation());
 274     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 275             "label.conservation_colour_increment",
 276             new String[] { sg.getName() }));
 277     sp.valueChanged(30);
 278     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 279     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 280
 281     /*
 282      * apply 40% PID threshold to group
 283      */
 284     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 285     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 286     assertFalse(sp.isForConservation());
 287     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 288             "label.percentage_identity_threshold",
 289             new String[] { sg.getName() }));
 290     sp.valueChanged(40);
 291     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 292     // conservation threshold is unchanged:
 293     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 294     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 295
 296     /*
 297      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 298      * should be unaffected
 299      */
 300     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 301     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 302     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 303     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 304     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 305     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 306     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 307     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 308     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 309
 310     /*
 311      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 312      * - group colour should change, but not colour thresholds
 313      */
 314     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 315     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 316     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 317     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 318     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 319     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 320     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 321     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 322     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 323     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Test residue colouring with various options
 328    * <ol>
 329    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 330    * <li>colour by Conservation applied</li>
 331    * <li>colour by Conservation removed</li>
 332    * <li>colour above PID - various values</li>
 333    * <li>colour above PID removed</li>
 334    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 335    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 336    * <li>re-add Above PID</li>
 337    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 338    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 339    * </ol>
 340    */
 341   @Test(groups = "Functional")
 342   public void testColourThresholdActions()
 343   {
 344     AlignViewport av = af.getViewport();
 345     AlignmentI al = av.getAlignment();
 346
 347     /*
 348      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 349      */
 350     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 351     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 352     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 353     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 354     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 355
 356     /*
 357      * inspect the colour of
 358      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 359      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 360      */
 361     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 362     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 363     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 364     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 365     assertEquals(c, i_original);
 366     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 367     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 368     assertEquals(c, s_original);
 369
 370     /*
 371      * colour by conservation with increment 10
 372      */
 373     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 374     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 375     assertTrue(sp.isForConservation());
 376     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 377     sp.valueChanged(10);
 378     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 379     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 380     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 381     assertEquals(c, i_faded);
 382     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 383     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 384     assertEquals(c, s_faded);
 385
 386     /*
 387      * deselect By Conservation - colour should revert
 388      */
 389     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 390     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 391     assertEquals(c, s_original);
 392
 393     /*
 394      * now Above PID, threshold = 0%
 395      * should be no change
 396      */
 397     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 398     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 399     assertFalse(sp.isForConservation());
 400     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 401     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 402     assertEquals(c, i_original);
 403     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 404     assertEquals(c, s_original);
 405
 406     /*
 407      * Above PID, threshold = 1%
 408      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 409      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 410      */
 411     sp.valueChanged(1);
 412     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 413     assertEquals(c, Color.white);
 414     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 415     assertEquals(c, s_original);
 416
 417     /*
 418      * threshold 66% - no further change yet...
 419      */
 420     sp.valueChanged(66);
 421     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 422     assertEquals(c, Color.white);
 423     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 424     assertEquals(c, s_original);
 425
 426     /*
 427      * threshold 67% - now both residues are white
 428      */
 429     sp.valueChanged(67);
 430     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 431     assertEquals(c, Color.white);
 432     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 433     assertEquals(c, Color.white);
 434
 435     /*
 436      * deselect Above PID - colours should revert
 437      */
 438     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 439     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 440     assertEquals(c, i_original);
 441     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 442     assertEquals(c, s_original);
 443
 444     /*
 445      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 446      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 447      * 16.S is coloured but faded
 448      */
 449     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 450     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 451     assertFalse(sp.isForConservation());
 452     sp.valueChanged(50);
 453     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 454     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 455     assertTrue(sp.isForConservation());
 456     sp.valueChanged(10);
 457     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 458     assertEquals(c, Color.white);
 459     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 460     assertEquals(c, s_faded);
 461
 462     /*
 463      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 464      */
 465     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 466     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 467     assertEquals(c, i_faded);
 468     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 469     assertEquals(c, s_faded);
 470
 471     /*
 472      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 473      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 474      */
 475     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 476     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 477     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 478     assertEquals(c, Color.white);
 479     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 480     assertEquals(c, s_faded);
 481
 482     /*
 483      * turn off By Conservation
 484      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 485      */
 486     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 487     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 488     assertEquals(c, Color.white);
 489     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 490     assertEquals(c, s_original);
 491
 492     /*
 493      * finally turn off Above PID to leave original colours
 494      */
 495     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 496     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 497     assertEquals(c, i_original);
 498     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 499     assertEquals(c, s_original);
 500   }
 501
 502   /**
 503    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 504    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 505    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 506    * project save and reload.
 507    *
 508    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 509    */
 510   @Test(groups = "Functional")
 511   public void testNewView_colourThresholds()
 512   {
 513     AlignViewport av = af.getViewport();
 514     AlignmentI al = av.getAlignment();
 515
 516     /*
 517      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 518      */
 519     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 520     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 521     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 522     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 523     assertFalse(sp.isForConservation());
 524     sp.valueChanged(10);
 525     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 526     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 527     assertTrue(sp.isForConservation());
 528     sp.valueChanged(20);
 529     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 530     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 531     assertTrue(rs.conservationApplied());
 532     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 533
 534     /*
 535      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 536      * and 40% PID threshold
 537      */
 538     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 539     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 540     sg.setStartRes(15);
 541     sg.setEndRes(25);
 542     av.setSelectionGroup(sg);
 543     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 544     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 545             .toString());
 546     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 547     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 548     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 549     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 550     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 551     assertTrue(sp.isForConservation());
 552     sp.valueChanged(30);
 553     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 554     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 555     assertFalse(sp.isForConservation());
 556     sp.valueChanged(40);
 557     rs = sg.getGroupColourScheme();
 558     assertTrue(rs.conservationApplied());
 559     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 560     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 561
 562     /*
 563      * set slider panel focus to the background alignment
 564      */
 565     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 566     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 567     assertTrue(sp.isForConservation());
 568     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 569             "label.conservation_colour_increment",
 570             new String[] { "Background" }));
 571
 572     /*
 573      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 574      */
 575     af.newView_actionPerformed(null);
 576     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 577     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 578     assertNotSame(av, av2);
 579     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 580     rs = av2.getResidueShading();
 581     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 582     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 583     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 584     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 585     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 586     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 587     rs = sg.getGroupColourScheme();
 588     assertTrue(rs.conservationApplied());
 589     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 590     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 591
 592     /*
 593      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 594      * and updates the new view (JAL-2385)
 595      */
 596     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 597     assertTrue(sp.isForConservation());
 598     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 599             "label.conservation_colour_increment",
 600             new String[] { "View 1" }));
 601     sp.valueChanged(22);
 602     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 607    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 608    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 609    * across all panels in a split frame.
 610    *
 611    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 612    */
 613   @Test(groups = "Functional")
 614   public void testNewView_dsRefPreserved()
 615   {
 616     AlignViewport av = af.getViewport();
 617     AlignmentI al = av.getAlignment();
 618     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 619     af.newView_actionPerformed(null);
 620     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 621             af.getViewport());
 622     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 623             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 624             "Dataset was not preserved in new view");
 625   }
 626 }