test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69
  70     // BH 2020.03.22 solved the assertEquals(c, i_faded) problem below
  71     Jalview.setSynchronous(true);
  72   }
  73
  74   @Test(groups = "Functional")
  75   public void testHideFeatureColumns()
  76   {
  77     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  78     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  79     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  80     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  81             null));
  82     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  83             Float.NaN, null));
  84     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  85             Float.NaN, null));
  86     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  87     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  88             al.getHeight());
  89
  90     /*
  91      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  92      */
  93     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  94
  95     /*
  96      * hiding a feature not present does nothing
  97      */
  98     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  99     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 100
 101     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 102             .getNumberOfRegions(), 0);
 103
 104     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 105     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 106
 107     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 108             .getNumberOfRegions(), 0);
 109
 110     /*
 111      * hiding a feature in all columns does nothing
 112      */
 113     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 114     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 115
 116     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 117             .getNumberOfRegions(), 0);
 118
 119
 120     /*
 121      * threshold Metal to hide features where score < 5
 122      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 123      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 124      */
 125     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 126             0f, 10f);
 127     fc.setAboveThreshold(true);
 128     fc.setThreshold(5f);
 129     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 130     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 131     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 132     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 133     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 134     int[] next = regions.next();
 135     assertEquals(next[0], 5);
 136     assertEquals(next[1], 9);
 137
 138     /*
 139      * hide a feature present in some columns
 140      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 141      * [1-3], [6-8] base zero
 142      */
 143     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 144     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 145     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 146             .getHiddenColumns().iterator();
 147     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 148             .getNumberOfRegions(), 2);
 149     next = regions.next();
 150     assertEquals(next[0], 1);
 151     assertEquals(next[1], 3);
 152     next = regions.next();
 153     assertEquals(next[0], 6);
 154     assertEquals(next[1], 8);
 155   }
 156
 157   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 158   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 159   {
 160     /*
 161      * use read-only test properties file
 162      */
 163     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 164     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 165   }
 166
 167   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 168   public void tearDown()
 169   {
 170     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 171   }
 172
 173   /**
 174    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 175    * for colour Above PID testing
 176    */
 177   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 178   public void setUp()
 179   {
 180     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 181     Cache.getInstance().applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 182             Boolean.TRUE.toString());
 183     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 184             DataSourceType.FILE);
 185
 186     /*
 187      * wait for Consensus thread to complete
 188      */
 189     synchronized (this)
 190     {
 191       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 192       {
 193         try
 194         {
 195           wait(50);
 196         } catch (InterruptedException e)
 197         {
 198         }
 199       }
 200     }
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 205    * <ul>
 206    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 207    * colours</li>
 208    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 209    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 210    * Conservation)</li>
 211    * </ul>
 212    */
 213   @Test(groups = "Functional")
 214   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 215   {
 216     AlignViewport av = af.getViewport();
 217     AlignmentI al = av.getAlignment();
 218
 219     /*
 220      * Colour alignment by Buried Index
 221      */
 222     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 223     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 224     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 225     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 226     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 227
 228     /*
 229      * Apply Conservation 20%
 230      */
 231     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 232     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 233     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 234             "label.conservation_colour_increment",
 235             new String[] { "Background" }));
 236     assertTrue(sp.isForConservation());
 237     sp.valueChanged(20);
 238     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 239     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 240
 241     /*
 242      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 243      */
 244     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 245     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 246     assertFalse(sp.isForConservation());
 247     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 248             "label.percentage_identity_threshold",
 249             new String[] { "Background" }));
 250     sp.valueChanged(10);
 251     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 252     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 253     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 254
 255     /*
 256      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 257      * and 40% PID threshold
 258      */
 259     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 260     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 261     sg.setStartRes(15);
 262     sg.setEndRes(25);
 263     av.setSelectionGroup(sg);
 264
 265     /*
 266      * apply 30% Conservation to group
 267      */
 268     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 269     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 270             .toString());
 271     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 272     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 273     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 274     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 275     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 276     assertTrue(sp.isForConservation());
 277     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 278             "label.conservation_colour_increment",
 279             new String[] { sg.getName() }));
 280     sp.valueChanged(30);
 281     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 282     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 283
 284     /*
 285      * apply 40% PID threshold to group
 286      */
 287     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 288     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 289     assertFalse(sp.isForConservation());
 290     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 291             "label.percentage_identity_threshold",
 292             new String[] { sg.getName() }));
 293     sp.valueChanged(40);
 294     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 295     // conservation threshold is unchanged:
 296     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 297     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 298
 299     /*
 300      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 301      * should be unaffected
 302      */
 303     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 304     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 305     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 306     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 307     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 308     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 309     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 310     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 311     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 312
 313     /*
 314      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 315      * - group colour should change, but not colour thresholds
 316      */
 317     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 318     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 319     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 320     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 321     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 322     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 323     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 324     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 325     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 326     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Test residue colouring with various options
 331    * <ol>
 332    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 333    * <li>colour by Conservation applied</li>
 334    * <li>colour by Conservation removed</li>
 335    * <li>colour above PID - various values</li>
 336    * <li>colour above PID removed</li>
 337    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 338    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 339    * <li>re-add Above PID</li>
 340    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 341    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 342    * </ol>
 343    */
 344   @Test(groups = "Functional")
 345   public void testColourThresholdActions()
 346   {
 347     AlignViewport av = af.getViewport();
 348     AlignmentI al = av.getAlignment();
 349
 350     /*
 351      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 352      */
 353     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 354     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 355     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 356     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 357     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 358
 359     /*
 360      * inspect the colour of
 361      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 362      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 363      */
 364     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 365     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 366     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 367     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 368     assertEquals(c, i_original);
 369     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 370     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 371     assertEquals(c, s_original);
 372
 373     /*
 374      * colour by conservation with increment 10
 375      */
 376     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 377     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 378     assertTrue(sp.isForConservation());
 379     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 380     sp.valueChanged(10);
 381     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 382     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 383     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 384     assertEquals(c, i_faded);
 385     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 386     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 387     assertEquals(c, s_faded);
 388
 389     /*
 390      * deselect By Conservation - colour should revert
 391      */
 392     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 393     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 394     assertEquals(c, s_original);
 395
 396     /*
 397      * now Above PID, threshold = 0%
 398      * should be no change
 399      */
 400     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 401     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 402     assertFalse(sp.isForConservation());
 403     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 404     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 405     assertEquals(c, i_original);
 406     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 407     assertEquals(c, s_original);
 408
 409     /*
 410      * Above PID, threshold = 1%
 411      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 412      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 413      */
 414     sp.valueChanged(1);
 415     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 416     assertEquals(c, Color.white);
 417     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 418     assertEquals(c, s_original);
 419
 420     /*
 421      * threshold 66% - no further change yet...
 422      */
 423     sp.valueChanged(66);
 424     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 425     assertEquals(c, Color.white);
 426     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 427     assertEquals(c, s_original);
 428
 429     /*
 430      * threshold 67% - now both residues are white
 431      */
 432     sp.valueChanged(67);
 433     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 434     assertEquals(c, Color.white);
 435     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 436     assertEquals(c, Color.white);
 437
 438     /*
 439      * deselect Above PID - colours should revert
 440      */
 441     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 442     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 443     assertEquals(c, i_original);
 444     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 445     assertEquals(c, s_original);
 446
 447     /*
 448      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 449      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 450      * 16.S is coloured but faded
 451      */
 452     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 453     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 454     assertFalse(sp.isForConservation());
 455     sp.valueChanged(50);
 456     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 457     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 458     assertTrue(sp.isForConservation());
 459     sp.valueChanged(10);
 460     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 461     assertEquals(c, Color.white);
 462     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 463     assertEquals(c, s_faded);
 464
 465     /*
 466      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 467      */
 468     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 469     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 470     assertEquals(c, i_faded);
 471     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 472     assertEquals(c, s_faded);
 473
 474     /*
 475      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 476      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 477      */
 478     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 479     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 480     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 481     assertEquals(c, Color.white);
 482     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 483     assertEquals(c, s_faded);
 484
 485     /*
 486      * turn off By Conservation
 487      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 488      */
 489     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 490     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 491     assertEquals(c, Color.white);
 492     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 493     assertEquals(c, s_original);
 494
 495     /*
 496      * finally turn off Above PID to leave original colours
 497      */
 498     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 499     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 500     assertEquals(c, i_original);
 501     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 502     assertEquals(c, s_original);
 503   }
 504
 505   /**
 506    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 507    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 508    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 509    * project save and reload.
 510    *
 511    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 512    */
 513   @Test(groups = "Functional")
 514   public void testNewView_colourThresholds()
 515   {
 516     AlignViewport av = af.getViewport();
 517     AlignmentI al = av.getAlignment();
 518
 519     /*
 520      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 521      */
 522     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 523     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 524     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 525     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 526     assertFalse(sp.isForConservation());
 527     sp.valueChanged(10);
 528     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 529     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 530     assertTrue(sp.isForConservation());
 531     sp.valueChanged(20);
 532     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 533     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 534     assertTrue(rs.conservationApplied());
 535     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 536
 537     /*
 538      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 539      * and 40% PID threshold
 540      */
 541     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 542     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 543     sg.setStartRes(15);
 544     sg.setEndRes(25);
 545     av.setSelectionGroup(sg);
 546     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 547     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 548             .toString());
 549     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 550     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 551     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 552     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 553     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 554     assertTrue(sp.isForConservation());
 555     sp.valueChanged(30);
 556     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 557     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 558     assertFalse(sp.isForConservation());
 559     sp.valueChanged(40);
 560     rs = sg.getGroupColourScheme();
 561     assertTrue(rs.conservationApplied());
 562     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 563     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 564
 565     /*
 566      * set slider panel focus to the background alignment
 567      */
 568     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 569     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 570     assertTrue(sp.isForConservation());
 571     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 572             "label.conservation_colour_increment",
 573             new String[] { "Background" }));
 574
 575     /*
 576      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 577      */
 578     af.newView_actionPerformed(null);
 579     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 580     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 581     assertNotSame(av, av2);
 582     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 583     rs = av2.getResidueShading();
 584     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 585     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 586     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 587     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 588     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 589     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 590     rs = sg.getGroupColourScheme();
 591     assertTrue(rs.conservationApplied());
 592     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 593     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 594
 595     /*
 596      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 597      * and updates the new view (JAL-2385)
 598      */
 599     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 600     assertTrue(sp.isForConservation());
 601     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 602             "label.conservation_colour_increment",
 603             new String[] { "View 1" }));
 604     sp.valueChanged(22);
 605     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 610    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 611    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 612    * across all panels in a split frame.
 613    *
 614    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 615    */
 616   @Test(groups = "Functional")
 617   public void testNewView_dsRefPreserved()
 618   {
 619     AlignViewport av = af.getViewport();
 620     AlignmentI al = av.getAlignment();
 621     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 622     af.newView_actionPerformed(null);
 623     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 624             af.getViewport());
 625     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 626             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 627             "Dataset was not preserved in new view");
 628   }
 629 }