test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = "Functional")
  72   public void testHideFeatureColumns()
  73   {
  74     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1/01-10", "A---BCDEFG-HIJ");
  75     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2/11-20", "-AB-CDEF--GHIJ");
  76     String METAL = "Metal";
  77     String TURN = "Turn";
  78     seq1.addSequenceFeature(
  79             new SequenceFeature(METAL, "", 1, 5, 0f, null));
  80     seq2.addSequenceFeature(
  81             new SequenceFeature(METAL, "", 16, 20, 10f, null));
  82     seq1.addSequenceFeature(
  83             new SequenceFeature(TURN, "", 2, 4, Float.NaN, null));
  84     seq2.addSequenceFeature(
  85             new SequenceFeature(TURN, "", 17, 19, Float.NaN, null));
  86     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  87     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  88             al.getHeight());
  89
  90     /*
  91      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  92      */
  93     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  94
  95     /*
  96      * hiding a feature not present does nothing
  97      */
  98     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(true, "exon"));
  99     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 100     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 101             .getNumberOfRegions(), 0);
 102
 103     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(false, "exon"));
 104     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 105     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 106             .getNumberOfRegions(), 0);
 107
 108     /*
 109      * hiding a feature in all columns does nothing
 110      */
 111     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns(true, METAL));
 112     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 113     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 114             .getNumberOfRegions(), 0);
 115
 116
 117     /*
 118      * threshold Metal to hide features where score < 5
 119      * seq1 feature in columns 1-8 is hidden
 120      * seq2 feature in columns 8-14 is shown
 121      * result: columns 8-14 are hidden
 122      * note this includes gapped columns spanned by the feature
 123      */
 124     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 125             0f, 10f);
 126     fc.setAboveThreshold(true);
 127     fc.setThreshold(5f);
 128     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour(METAL, fc);
 129     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, METAL));
 130     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 131     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 132     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 133     assertEquals(regions.next(), new int[] { 7, 13 }); // base 0
 134     assertFalse(regions.hasNext());
 135
 136     /*
 137      * hide a feature present in some columns
 138      * seq1 positions [2-4] are column positions [4-6] base zero
 139      * seq2 positions [17-19] are column positions [10-12] base zero
 140      */
 141     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 142     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, TURN));
 143     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 144             .getHiddenColumns().iterator();
 145     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 146             .getNumberOfRegions(), 2);
 147     assertEquals(regions.next(), new int[] { 4, 6 });
 148     assertEquals(regions.next(), new int[] { 10, 12 });
 149     assertFalse(regions.hasNext());
 150
 151     /*
 152      * hiding a contact feature should only hide start and end positions,
 153      * not the intermediate columns
 154      */
 155     String DISULFIDE = "Disulfide Bond";
 156     seq1.addSequenceFeature(
 157             new SequenceFeature(DISULFIDE, "", 1, 5, 0f, null));
 158     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 159     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, DISULFIDE));
 160     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 161             .iterator();
 162     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 163             .getNumberOfRegions(), 2);
 164     assertEquals(regions.next(), new int[] { 0, 0 });
 165     assertEquals(regions.next(), new int[] { 7, 7 });
 166     assertFalse(regions.hasNext());
 167
 168     /*
 169      * hide multiple feature types:
 170      * TURN columns hides 4-6, 10-12
 171      * DISULFIDE columns hides 0, 7
 172      * combined is { 0-0, 4-7, 10-12 }
 173      */
 174     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 175     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns(true, TURN, DISULFIDE));
 176     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 177             .iterator();
 178     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 179             .getNumberOfRegions(), 3);
 180     assertEquals(regions.next(), new int[] { 0, 0 });
 181     assertEquals(regions.next(), new int[] { 4, 7 });
 182     assertEquals(regions.next(), new int[] { 10, 12 });
 183     assertFalse(regions.hasNext());
 184   }
 185
 186   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 187   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 188   {
 189     /*
 190      * use read-only test properties file
 191      */
 192     Jalview.main(
 193             new String[]
 194             { "-nonews", "-props", "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
 195   }
 196
 197   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 198   public void tearDown()
 199   {
 200     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 201   }
 202
 203   /**
 204    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 205    * for colour Above PID testing
 206    */
 207   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 208   public void setUp()
 209   {
 210     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 211     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 212             Boolean.TRUE.toString());
 213     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 214             DataSourceType.FILE);
 215
 216     /*
 217      * wait for Consensus thread to complete
 218      */
 219     synchronized (this)
 220     {
 221       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 222       {
 223         try
 224         {
 225           wait(50);
 226         } catch (InterruptedException e)
 227         {
 228         }
 229       }
 230     }
 231   }
 232
 233   /**
 234    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 235    * <ul>
 236    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 237    * colours</li>
 238    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 239    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 240    * Conservation)</li>
 241    * </ul>
 242    */
 243   @Test(groups = "Functional")
 244   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 245   {
 246     AlignViewport av = af.getViewport();
 247     AlignmentI al = av.getAlignment();
 248
 249     /*
 250      * Colour alignment by Buried Index
 251      */
 252     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 253     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 254     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 255     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 256     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 257
 258     /*
 259      * Apply Conservation 20%
 260      */
 261     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 262     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 263     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 264             "label.conservation_colour_increment",
 265             new String[] { "Background" }));
 266     assertTrue(sp.isForConservation());
 267     sp.valueChanged(20);
 268     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 269     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 270
 271     /*
 272      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 273      */
 274     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 275     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 276     assertFalse(sp.isForConservation());
 277     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 278             "label.percentage_identity_threshold",
 279             new String[] { "Background" }));
 280     sp.valueChanged(10);
 281     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 282     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 283     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 284
 285     /*
 286      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 287      * and 40% PID threshold
 288      */
 289     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 290     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 291     sg.setStartRes(15);
 292     sg.setEndRes(25);
 293     av.setSelectionGroup(sg);
 294
 295     /*
 296      * apply 30% Conservation to group
 297      */
 298     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 299     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 300             .toString());
 301     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 302     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 303     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 304     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 305     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 306     assertTrue(sp.isForConservation());
 307     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 308             "label.conservation_colour_increment",
 309             new String[] { sg.getName() }));
 310     sp.valueChanged(30);
 311     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 312     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 313
 314     /*
 315      * apply 40% PID threshold to group
 316      */
 317     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 318     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 319     assertFalse(sp.isForConservation());
 320     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 321             "label.percentage_identity_threshold",
 322             new String[] { sg.getName() }));
 323     sp.valueChanged(40);
 324     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 325     // conservation threshold is unchanged:
 326     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 327     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 328
 329     /*
 330      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 331      * should be unaffected
 332      */
 333     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 334     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 335     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 336     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 337     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 338     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 339     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 340     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 341     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 342
 343     /*
 344      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 345      * - group colour should change, but not colour thresholds
 346      */
 347     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 348     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 349     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 350     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 351     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 352     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 353     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 354     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 355     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 356     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Test residue colouring with various options
 361    * <ol>
 362    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 363    * <li>colour by Conservation applied</li>
 364    * <li>colour by Conservation removed</li>
 365    * <li>colour above PID - various values</li>
 366    * <li>colour above PID removed</li>
 367    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 368    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 369    * <li>re-add Above PID</li>
 370    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 371    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 372    * </ol>
 373    */
 374   @Test(groups = "Functional")
 375   public void testColourThresholdActions()
 376   {
 377     AlignViewport av = af.getViewport();
 378     AlignmentI al = av.getAlignment();
 379
 380     /*
 381      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 382      */
 383     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 384     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 385     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 386     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 387     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 388
 389     /*
 390      * inspect the colour of
 391      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 392      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 393      */
 394     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 395     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 396     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 397     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 398     assertEquals(c, i_original);
 399     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 400     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 401     assertEquals(c, s_original);
 402
 403     /*
 404      * colour by conservation with increment 10
 405      */
 406     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 407     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 408     assertTrue(sp.isForConservation());
 409     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 410     sp.valueChanged(10);
 411     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 412     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 413     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 414     assertEquals(c, i_faded);
 415     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 416     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 417     assertEquals(c, s_faded);
 418
 419     /*
 420      * deselect By Conservation - colour should revert
 421      */
 422     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 423     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 424     assertEquals(c, s_original);
 425
 426     /*
 427      * now Above PID, threshold = 0%
 428      * should be no change
 429      */
 430     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 431     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 432     assertFalse(sp.isForConservation());
 433     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 434     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 435     assertEquals(c, i_original);
 436     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 437     assertEquals(c, s_original);
 438
 439     /*
 440      * Above PID, threshold = 1%
 441      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 442      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 443      */
 444     sp.valueChanged(1);
 445     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 446     assertEquals(c, Color.white);
 447     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 448     assertEquals(c, s_original);
 449
 450     /*
 451      * threshold 66% - no further change yet...
 452      */
 453     sp.valueChanged(66);
 454     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 455     assertEquals(c, Color.white);
 456     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 457     assertEquals(c, s_original);
 458
 459     /*
 460      * threshold 67% - now both residues are white
 461      */
 462     sp.valueChanged(67);
 463     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 464     assertEquals(c, Color.white);
 465     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 466     assertEquals(c, Color.white);
 467
 468     /*
 469      * deselect Above PID - colours should revert
 470      */
 471     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 472     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 473     assertEquals(c, i_original);
 474     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 475     assertEquals(c, s_original);
 476
 477     /*
 478      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 479      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 480      * 16.S is coloured but faded
 481      */
 482     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 483     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 484     assertFalse(sp.isForConservation());
 485     sp.valueChanged(50);
 486     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 487     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 488     assertTrue(sp.isForConservation());
 489     sp.valueChanged(10);
 490     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 491     assertEquals(c, Color.white);
 492     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 493     assertEquals(c, s_faded);
 494
 495     /*
 496      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 497      */
 498     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 499     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 500     assertEquals(c, i_faded);
 501     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 502     assertEquals(c, s_faded);
 503
 504     /*
 505      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 506      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 507      */
 508     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 509     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 510     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 511     assertEquals(c, Color.white);
 512     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 513     assertEquals(c, s_faded);
 514
 515     /*
 516      * turn off By Conservation
 517      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 518      */
 519     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 520     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 521     assertEquals(c, Color.white);
 522     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 523     assertEquals(c, s_original);
 524
 525     /*
 526      * finally turn off Above PID to leave original colours
 527      */
 528     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 529     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 530     assertEquals(c, i_original);
 531     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 532     assertEquals(c, s_original);
 533   }
 534
 535   /**
 536    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 537    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 538    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 539    * project save and reload.
 540    *
 541    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 542    */
 543   @Test(groups = "Functional")
 544   public void testNewView_colourThresholds()
 545   {
 546     AlignViewport av = af.getViewport();
 547     AlignmentI al = av.getAlignment();
 548
 549     /*
 550      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 551      */
 552     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 553     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 554     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 555     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 556     assertFalse(sp.isForConservation());
 557     sp.valueChanged(10);
 558     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 559     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 560     assertTrue(sp.isForConservation());
 561     sp.valueChanged(20);
 562     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 563     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 564     assertTrue(rs.conservationApplied());
 565     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 566
 567     /*
 568      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 569      * and 40% PID threshold
 570      */
 571     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 572     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 573     sg.setStartRes(15);
 574     sg.setEndRes(25);
 575     av.setSelectionGroup(sg);
 576     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 577     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 578             .toString());
 579     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 580     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 581     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 582     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 583     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 584     assertTrue(sp.isForConservation());
 585     sp.valueChanged(30);
 586     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 587     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 588     assertFalse(sp.isForConservation());
 589     sp.valueChanged(40);
 590     rs = sg.getGroupColourScheme();
 591     assertTrue(rs.conservationApplied());
 592     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 593     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 594
 595     /*
 596      * set slider panel focus to the background alignment
 597      */
 598     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 599     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 600     assertTrue(sp.isForConservation());
 601     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 602             "label.conservation_colour_increment",
 603             new String[] { "Background" }));
 604
 605     /*
 606      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 607      */
 608     af.newView_actionPerformed(null);
 609     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 610     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 611     assertNotSame(av, av2);
 612     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 613     rs = av2.getResidueShading();
 614     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 615     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 616     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 617     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 618     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 619     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 620     rs = sg.getGroupColourScheme();
 621     assertTrue(rs.conservationApplied());
 622     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 623     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 624
 625     /*
 626      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 627      * and updates the new view (JAL-2385)
 628      */
 629     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 630     assertTrue(sp.isForConservation());
 631     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 632             "label.conservation_colour_increment",
 633             new String[] { "View 1" }));
 634     sp.valueChanged(22);
 635     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 640    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 641    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 642    * across all panels in a split frame.
 643    *
 644    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 645    */
 646   @Test(groups = "Functional")
 647   public void testNewView_dsRefPreserved()
 648   {
 649     AlignViewport av = af.getViewport();
 650     AlignmentI al = av.getAlignment();
 651     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 652     af.newView_actionPerformed(null);
 653     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 654             af.getViewport());
 655     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 656             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 657             "Dataset was not preserved in new view");
 658   }
 659 }