test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.io.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = "Functional")
  72   public void testHideFeatureColumns()
  73   {
  74     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  75     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  76     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  77     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  78             null));
  79     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  80             Float.NaN, null));
  81     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  82             Float.NaN, null));
  83     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  84     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  85             al.getHeight());
  86
  87     /*
  88      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  89      */
  90     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  91
  92     /*
  93      * hiding a feature not present does nothing
  94      */
  95     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  96     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  97
  98     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  99             .getNumberOfRegions(), 0);
 100
 101     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 102     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 103
 104     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 105             .getNumberOfRegions(), 0);
 106
 107     /*
 108      * hiding a feature in all columns does nothing
 109      */
 110     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 111     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 112
 113     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 114             .getNumberOfRegions(), 0);
 115
 116
 117     /*
 118      * threshold Metal to hide features where score < 5
 119      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 120      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 121      */
 122     FeatureColourI fc = new FeatureColour(Color.red, Color.blue, 0f, 10f);
 123     fc.setAboveThreshold(true);
 124     fc.setThreshold(5f);
 125     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 126     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 127     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 128     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 129     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 130     int[] next = regions.next();
 131     assertEquals(next[0], 5);
 132     assertEquals(next[1], 9);
 133
 134     /*
 135      * hide a feature present in some columns
 136      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 137      * [1-3], [6-8] base zero
 138      */
 139     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 140     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 141     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 142             .getHiddenColumns().iterator();
 143     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 144             .getNumberOfRegions(), 2);
 145     next = regions.next();
 146     assertEquals(next[0], 1);
 147     assertEquals(next[1], 3);
 148     next = regions.next();
 149     assertEquals(next[0], 6);
 150     assertEquals(next[1], 8);
 151   }
 152
 153   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 154   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 155   {
 156     /*
 157      * use read-only test properties file
 158      */
 159     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 160     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 161   }
 162
 163   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 164   public void tearDown()
 165   {
 166     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 167   }
 168
 169   /**
 170    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 171    * for colour Above PID testing
 172    */
 173   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 174   public void setUp()
 175   {
 176     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 177     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 178             Boolean.TRUE.toString());
 179     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 180             DataSourceType.FILE);
 181
 182     /*
 183      * wait for Consensus thread to complete
 184      */
 185     synchronized (this)
 186     {
 187       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 188       {
 189         try
 190         {
 191           wait(50);
 192         } catch (InterruptedException e)
 193         {
 194         }
 195       }
 196     }
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 201    * <ul>
 202    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 203    * colours</li>
 204    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 205    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 206    * Conservation)</li>
 207    * </ul>
 208    */
 209   @Test(groups = "Functional")
 210   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 211   {
 212     AlignViewport av = af.getViewport();
 213     AlignmentI al = av.getAlignment();
 214
 215     /*
 216      * Colour alignment by Buried Index
 217      */
 218     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 219     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 220     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 221     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 222     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 223
 224     /*
 225      * Apply Conservation 20%
 226      */
 227     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 228     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 229     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 230             "label.conservation_colour_increment",
 231             new String[] { "Background" }));
 232     assertTrue(sp.isForConservation());
 233     sp.valueChanged(20);
 234     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 235     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 236
 237     /*
 238      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 239      */
 240     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 241     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 242     assertFalse(sp.isForConservation());
 243     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 244             "label.percentage_identity_threshold",
 245             new String[] { "Background" }));
 246     sp.valueChanged(10);
 247     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 248     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 249     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 250
 251     /*
 252      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 253      * and 40% PID threshold
 254      */
 255     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 256     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 257     sg.setStartRes(15);
 258     sg.setEndRes(25);
 259     av.setSelectionGroup(sg);
 260
 261     /*
 262      * apply 30% Conservation to group
 263      */
 264     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 265     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 266             .toString());
 267     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 268     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 269     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 270     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 271     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 272     assertTrue(sp.isForConservation());
 273     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 274             "label.conservation_colour_increment",
 275             new String[] { sg.getName() }));
 276     sp.valueChanged(30);
 277     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 278     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 279
 280     /*
 281      * apply 40% PID threshold to group
 282      */
 283     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 284     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 285     assertFalse(sp.isForConservation());
 286     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 287             "label.percentage_identity_threshold",
 288             new String[] { sg.getName() }));
 289     sp.valueChanged(40);
 290     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 291     // conservation threshold is unchanged:
 292     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 293     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 294
 295     /*
 296      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 297      * should be unaffected
 298      */
 299     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 300     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 301     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 302     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 303     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 304     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 305     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 306     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 307     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 308
 309     /*
 310      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 311      * - group colour should change, but not colour thresholds
 312      */
 313     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 314     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 315     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 316     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 317     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 318     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 319     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 320     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 321     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 322     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 323   }
 324
 325   /**
 326    * Test residue colouring with various options
 327    * <ol>
 328    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 329    * <li>colour by Conservation applied</li>
 330    * <li>colour by Conservation removed</li>
 331    * <li>colour above PID - various values</li>
 332    * <li>colour above PID removed</li>
 333    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 334    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 335    * <li>re-add Above PID</li>
 336    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 337    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 338    * </ol>
 339    */
 340   @Test(groups = "Functional")
 341   public void testColourThresholdActions()
 342   {
 343     AlignViewport av = af.getViewport();
 344     AlignmentI al = av.getAlignment();
 345
 346     /*
 347      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 348      */
 349     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 350     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 351     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 352     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 353     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 354
 355     /*
 356      * inspect the colour of
 357      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 358      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 359      */
 360     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 361     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 362     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 363     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 364     assertEquals(c, i_original);
 365     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 366     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 367     assertEquals(c, s_original);
 368
 369     /*
 370      * colour by conservation with increment 10
 371      */
 372     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 373     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 374     assertTrue(sp.isForConservation());
 375     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 376     sp.valueChanged(10);
 377     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 378     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 379     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 380     assertEquals(c, i_faded);
 381     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 382     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 383     assertEquals(c, s_faded);
 384
 385     /*
 386      * deselect By Conservation - colour should revert
 387      */
 388     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 389     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 390     assertEquals(c, s_original);
 391
 392     /*
 393      * now Above PID, threshold = 0%
 394      * should be no change
 395      */
 396     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 397     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 398     assertFalse(sp.isForConservation());
 399     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 400     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 401     assertEquals(c, i_original);
 402     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 403     assertEquals(c, s_original);
 404
 405     /*
 406      * Above PID, threshold = 1%
 407      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 408      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 409      */
 410     sp.valueChanged(1);
 411     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 412     assertEquals(c, Color.white);
 413     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 414     assertEquals(c, s_original);
 415
 416     /*
 417      * threshold 66% - no further change yet...
 418      */
 419     sp.valueChanged(66);
 420     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 421     assertEquals(c, Color.white);
 422     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 423     assertEquals(c, s_original);
 424
 425     /*
 426      * threshold 67% - now both residues are white
 427      */
 428     sp.valueChanged(67);
 429     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 430     assertEquals(c, Color.white);
 431     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 432     assertEquals(c, Color.white);
 433
 434     /*
 435      * deselect Above PID - colours should revert
 436      */
 437     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 438     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 439     assertEquals(c, i_original);
 440     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 441     assertEquals(c, s_original);
 442
 443     /*
 444      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 445      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 446      * 16.S is coloured but faded
 447      */
 448     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 449     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 450     assertFalse(sp.isForConservation());
 451     sp.valueChanged(50);
 452     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 453     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 454     assertTrue(sp.isForConservation());
 455     sp.valueChanged(10);
 456     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 457     assertEquals(c, Color.white);
 458     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 459     assertEquals(c, s_faded);
 460
 461     /*
 462      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 463      */
 464     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 465     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 466     assertEquals(c, i_faded);
 467     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 468     assertEquals(c, s_faded);
 469
 470     /*
 471      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 472      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 473      */
 474     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 475     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 476     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 477     assertEquals(c, Color.white);
 478     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 479     assertEquals(c, s_faded);
 480
 481     /*
 482      * turn off By Conservation
 483      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 484      */
 485     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 486     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 487     assertEquals(c, Color.white);
 488     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 489     assertEquals(c, s_original);
 490
 491     /*
 492      * finally turn off Above PID to leave original colours
 493      */
 494     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 495     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 496     assertEquals(c, i_original);
 497     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 498     assertEquals(c, s_original);
 499   }
 500
 501   /**
 502    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 503    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 504    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 505    * project save and reload.
 506    *
 507    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 508    */
 509   @Test(groups = "Functional")
 510   public void testNewView_colourThresholds()
 511   {
 512     AlignViewport av = af.getViewport();
 513     AlignmentI al = av.getAlignment();
 514
 515     /*
 516      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 517      */
 518     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 519     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 520     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 521     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 522     assertFalse(sp.isForConservation());
 523     sp.valueChanged(10);
 524     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 525     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 526     assertTrue(sp.isForConservation());
 527     sp.valueChanged(20);
 528     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 529     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 530     assertTrue(rs.conservationApplied());
 531     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 532
 533     /*
 534      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 535      * and 40% PID threshold
 536      */
 537     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 538     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 539     sg.setStartRes(15);
 540     sg.setEndRes(25);
 541     av.setSelectionGroup(sg);
 542     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 543     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 544             .toString());
 545     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 546     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 547     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 548     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 549     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 550     assertTrue(sp.isForConservation());
 551     sp.valueChanged(30);
 552     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 553     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 554     assertFalse(sp.isForConservation());
 555     sp.valueChanged(40);
 556     rs = sg.getGroupColourScheme();
 557     assertTrue(rs.conservationApplied());
 558     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 559     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 560
 561     /*
 562      * set slider panel focus to the background alignment
 563      */
 564     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 565     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 566     assertTrue(sp.isForConservation());
 567     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 568             "label.conservation_colour_increment",
 569             new String[] { "Background" }));
 570
 571     /*
 572      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 573      */
 574     af.newView_actionPerformed(null);
 575     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 576     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 577     assertNotSame(av, av2);
 578     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 579     rs = av2.getResidueShading();
 580     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 581     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 582     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 583     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 584     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 585     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 586     rs = sg.getGroupColourScheme();
 587     assertTrue(rs.conservationApplied());
 588     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 589     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 590
 591     /*
 592      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 593      * and updates the new view (JAL-2385)
 594      */
 595     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 596     assertTrue(sp.isForConservation());
 597     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 598             "label.conservation_colour_increment",
 599             new String[] { "View 1" }));
 600     sp.valueChanged(22);
 601     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 602   }
 603
 604   /**
 605    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 606    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 607    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 608    * across all panels in a split frame.
 609    *
 610    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 611    */
 612   @Test(groups = "Functional")
 613   public void testNewView_dsRefPreserved()
 614   {
 615     AlignViewport av = af.getViewport();
 616     AlignmentI al = av.getAlignment();
 617     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 618     af.newView_actionPerformed(null);
 619     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 620             af.getViewport());
 621     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 622             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 623             "Dataset was not preserved in new view");
 624   }
 625 }