test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.bin.Cache;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.io.DataSourceType;
  10 import jalview.io.FileLoader;
  11
  12 import java.util.Vector;
  13
  14 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 /**
  18  * Tests for methods of base class of annotation column or colour chooser
  19  */
  20 public class AnnotationRowFilterTest
  21 {
  22   AlignFrame af;
  23
  24   private AnnotationRowFilter testee;
  25
  26   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  27   public void setUp()
  28   {
  29     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  30     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS",
  31             Boolean.TRUE.toString());
  32     Cache.applicationProperties.setProperty(
  33             Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, Boolean.TRUE.toString());
  34     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  35             DataSourceType.FILE);
  36     testee = new AnnotationRowFilter(af.viewport, af.alignPanel)
  37     {
  38       @Override
  39       public void valueChanged(boolean updateAllAnnotation)
  40       {
  41       }
  42
  43       @Override
  44       public void updateView()
  45       {
  46       }
  47
  48       @Override
  49       public void reset()
  50       {
  51       }
  52     };
  53   }
  54
  55   /**
  56    * Test the method that builds the drop-down list of annotations to choose
  57    * from for colour by annotation or select columns by annotation
  58    */
  59   @Test(groups = "Functional")
  60   public void testGetAnnotationItems()
  61   {
  62     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
  63     SequenceI seq1 = al.findSequenceMatch("FER_CAPAA")[0];
  64     SequenceI seq2 = al.findSequenceMatch("FER_BRANA")[0];
  65
  66     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("ann1Label", "ann1",
  67             null);
  68     al.addAnnotation(ann1);
  69     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Significance",
  70             "ann2", null);
  71     al.addAnnotation(ann2);
  72     /*
  73      * a second Significance alignment annotation
  74      */
  75     AlignmentAnnotation ann2a = new AlignmentAnnotation("Significance",
  76             "ann2", null);
  77     al.addAnnotation(ann2a);
  78
  79     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("Jronn", "Jronn",
  80             null);
  81     ann3.setSequenceRef(seq1);
  82     al.addAnnotation(ann3);
  83     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("Jronn", "Jronn",
  84             null);
  85     ann4.setSequenceRef(seq2);
  86     al.addAnnotation(ann4);
  87     AlignmentAnnotation ann5 = new AlignmentAnnotation("Jnet", "Jnet", null);
  88     ann5.setSequenceRef(seq2);
  89     al.addAnnotation(ann5);
  90     /*
  91      * a second Jnet annotation for FER_BRANA
  92      */
  93     AlignmentAnnotation ann6 = new AlignmentAnnotation("Jnet", "Jnet", null);
  94     ann6.setSequenceRef(seq2);
  95     al.addAnnotation(ann6);
  96
  97     /*
  98      * drop-down items with 'Per-sequence only' not checked
  99      */
 100     Vector<String> items = testee.getAnnotationItems(false);
 101     assertEquals(
 102             items.toString(),
 103             "[Conservation, Quality, Consensus, Occupancy, ann1Label, Significance, Significance_1, Jronn_FER_CAPAA, Jronn_FER_BRANA, Jnet_FER_BRANA, Jnet_FER_BRANA_2]");
 104     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann1), "ann1Label");
 105     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann2), "Significance");
 106     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann2a), "Significance_1");
 107     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann3), "Jronn_FER_CAPAA");
 108     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann4), "Jronn_FER_BRANA");
 109     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann5), "Jnet_FER_BRANA");
 110     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann6), "Jnet_FER_BRANA_2");
 111
 112     /*
 113      * drop-down items with 'Per-sequence only' checked
 114      */
 115     items = testee.getAnnotationItems(true);
 116     assertEquals(items.toString(), "[Jronn, Jnet]");
 117     // the first annotation of the type is associated with the menu item
 118     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann3), "Jronn");
 119     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann5), "Jnet");
 120   }
 121 }