test/jalview/gui/FreeUpMemoryTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.analysis.AlignmentGenerator;
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.bin.Jalview;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  12 import jalview.io.DataSourceType;
  13 import jalview.io.FileLoader;
  14
  15 import java.awt.event.MouseEvent;
  16 import java.io.File;
  17 import java.io.IOException;
  18 import java.io.PrintStream;
  19
  20 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  21 import org.testng.annotations.Test;
  22
  23 import junit.extensions.PA;
  24
  25 public class FreeUpMemoryTest
  26 {
  27   private static final int ONE_MB = 1000 * 1000;
  28
  29   /**
  30    * Configure (read-only) Jalview property settings for test
  31    */
  32   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  33   public void setUp()
  34   {
  35     Jalview.main(new String[] { "-nonews", "-props",
  36         "test/jalview/testProps.jvprops" });
  37     String True = Boolean.TRUE.toString();
  38     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", True);
  39     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", True);
  40     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", True);
  41     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_OCCUPANCY", True);
  42     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", True);
  43   }
  44
  45   /**
  46    * A simple test that memory is released when all windows are closed.
  47    * <ul>
  48    * <li>generates a reasonably large alignment and loads it</li>
  49    * <li>performs various operations on the alignment</li>
  50    * <li>closes all windows</li>
  51    * <li>requests garbage collection</li>
  52    * <li>asserts that the remaining memory footprint (heap usage) is 'not large'
  53    * </li>
  54    * </ul>
  55    * If the test fails, this suggests that a reference to some large object
  56    * (perhaps the alignment data, or some annotation / Tree / PCA data) has
  57    * failed to be garbage collected. If this is the case, the heap will need to
  58    * be inspected manually (suggest using jvisualvm) in order to track down
  59    * where large objects are still referenced. The code (for example
  60    * AlignmentViewport.dispose()) should then be updated to ensure references to
  61    * large objects are set to null when they are no longer required.
  62    *
  63    * @throws IOException
  64    */
  65   @Test(groups = "Memory")
  66   public void testFreeMemoryOnClose() throws IOException
  67   {
  68     File f = generateAlignment();
  69     f.deleteOnExit();
  70
  71     doStuffInJalview(f);
  72
  73     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  74
  75     checkUsedMemory(35L);
  76   }
  77
  78   /**
  79    * Requests garbage collection and then checks whether remaining memory in use
  80    * is less than the expected value (in Megabytes)
  81    *
  82    * @param expectedMax
  83    */
  84   protected void checkUsedMemory(long expectedMax)
  85   {
  86     /*
  87      * request garbage collection and wait briefly for it to run;
  88      * NB there is no guarantee when, or whether, it will do so
  89      */
  90     System.gc();
  91     waitFor(100);
  92
  93     /*
  94      * a second gc() call should not be necessary - but it is!
  95      * the test passes with it, and fails without it
  96      */
  97     System.gc();
  98     waitFor(100);
  99
 100     /*
 101      * check used memory is 'reasonably low'
 102      */
 103     long availableMemory = Runtime.getRuntime().totalMemory() / ONE_MB;
 104     long freeMemory = Runtime.getRuntime().freeMemory() / ONE_MB;
 105     long usedMemory = availableMemory - freeMemory;
 106
 107     /*
 108      * sanity check - fails if any frame was added after
 109      * closeAll_actionPerformed
 110      */
 111     assertEquals(Desktop.instance.getAllFrames().length, 0);
 112
 113     /*
 114      * if this assertion fails
 115      * - set a breakpoint here
 116      * - run jvisualvm to inspect a heap dump of Jalview
 117      * - identify large objects in the heap and their referers
 118      * - fix code as necessary to null the references on close
 119      */
 120     System.out.println("Used memory after gc = " + usedMemory + "MB");
 121     assertTrue(usedMemory < expectedMax, String.format(
 122             "Used memory %d should be less than %d (Recommend running test manually to verify)",
 123             usedMemory,
 124             expectedMax));
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Loads an alignment from file and exercises various operations in Jalview
 129    *
 130    * @param f
 131    */
 132   protected void doStuffInJalview(File f)
 133   {
 134     /*
 135      * load alignment, wait for consensus and other threads to complete
 136      */
 137     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(f.getPath(),
 138             DataSourceType.FILE);
 139     while (af.getViewport().isCalcInProgress())
 140     {
 141       waitFor(200);
 142     }
 143
 144     /*
 145      * open an Overview window
 146      */
 147     af.overviewMenuItem_actionPerformed(null);
 148     assertNotNull(af.alignPanel.overviewPanel);
 149
 150     /*
 151      * exercise the pop-up menu in the Overview Panel (JAL-2864)
 152      */
 153     Object[] args = new Object[] {
 154         new MouseEvent(af, 0, 0, 0, 0, 0, 1, true) };
 155     PA.invokeMethod(af.alignPanel.overviewPanel,
 156             "showPopupMenu(java.awt.event.MouseEvent)", args);
 157
 158     /*
 159      * set a selection group - potential memory leak if it retains
 160      * a reference to the alignment
 161      */
 162     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 163     sg.setStartRes(0);
 164     sg.setEndRes(100);
 165     AlignmentI al = af.viewport.getAlignment();
 166     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 167     {
 168       sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);
 169     }
 170     af.viewport.setSelectionGroup(sg);
 171
 172     /*
 173      * compute Tree and PCA (on all sequences, 100 columns)
 174      */
 175     af.openTreePcaDialog();
 176     CalculationChooser dialog = af.alignPanel.getCalculationDialog();
 177     dialog.openPcaPanel("BLOSUM62", dialog.getSimilarityParameters(true));
 178     dialog.openTreePanel("BLOSUM62", dialog.getSimilarityParameters(false));
 179
 180     /*
 181      * wait until Tree and PCA have been computed
 182      */
 183     while (af.viewport.getCurrentTree() == null
 184             && dialog.getPcaPanel().isWorking())
 185     {
 186       waitFor(10);
 187     }
 188
 189     /*
 190      * give Swing time to add the PCA panel (?!?)
 191      */
 192     waitFor(100);
 193   }
 194
 195   /**
 196    * Wait for waitMs miliseconds
 197    *
 198    * @param waitMs
 199    */
 200   protected void waitFor(int waitMs)
 201   {
 202     try
 203     {
 204       Thread.sleep(waitMs);
 205     } catch (InterruptedException e)
 206     {
 207     }
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Generates an alignment and saves it in a temporary file, to be loaded by
 212    * Jalview. We use a peptide alignment (so Conservation and Quality are
 213    * calculated), which is wide enough to ensure Consensus, Conservation and
 214    * Occupancy have a significant memory footprint (if not removed from the
 215    * heap).
 216    *
 217    * @return
 218    * @throws IOException
 219    */
 220   private File generateAlignment() throws IOException
 221   {
 222     File f = File.createTempFile("MemoryTest", "fa");
 223     PrintStream ps = new PrintStream(f);
 224     AlignmentGenerator ag = new AlignmentGenerator(false, ps);
 225     int width = 100000;
 226     int height = 100;
 227     ag.generate(width, height, 0, 10, 15);
 228     return f;
 229   }
 230 }