test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.io.FileLoader;
  29
  30 import javax.swing.JTextArea;
  31
  32 import junit.extensions.PA;
  33
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class PairwiseAlignmentPanelTest
  37 {
  38   @Test(groups = "Functional")
  39   public void testConstructor_withSelectionGroup()
  40   {
  41     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  42             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  43     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  44     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
  45
  46     /*
  47      * select columns 29-36 of sequences 4 and 5 for alignment
  48      * Q93XJ9_SOLTU/23-29 L-KAISNV
  49      * FER1_PEA/26-32     V-TTTKAF
  50      */
  51     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  52     sg.addSequence(al.getSequenceAt(3), false);
  53     sg.addSequence(al.getSequenceAt(4), false);
  54     sg.setStartRes(28);
  55     sg.setEndRes(35);
  56     viewport.setSelectionGroup(sg);
  57
  58     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  59
  60     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText();
  61     String expected = "Score = 80.0\n" + "Length of alignment = 4\n"
  62             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)\n"
  63             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)\n\n"
  64             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF\n" + "                    ||.\n"
  65             + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI\n\n" + "Percentage ID = 50.00\n\n";
  66     assertEquals(text, expected);
  67   }
  68
  69   /**
  70    * This test aligns the same sequences as testConstructor_withSelectionGroup
  71    * but as a complete alignment (no selection). Note that in fact the user is
  72    * currently required to make a selection in order to calculate pairwise
  73    * alignments, so this case does not arise.
  74    */
  75   @Test(groups = "Functional")
  76   public void testConstructor_noSelectionGroup()
  77   {
  78     String seqs = ">Q93XJ9_SOLTU/23-29\nL-KAISNV\n>FER1_PEA/26-32\nV-TTTKAF\n";
  79     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqs,
  80             DataSourceType.PASTE);
  81     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  82
  83     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  84
  85     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText();
  86     String expected = "Score = 80.0\n" + "Length of alignment = 4\n"
  87             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)\n"
  88             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)\n\n"
  89             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF\n" + "                    ||.\n"
  90             + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI\n\n" + "Percentage ID = 50.00\n\n";
  91     assertEquals(text, expected);
  92   }
  93 }