test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   7 import jalview.io.DataSourceType;
   8 import jalview.io.FileLoader;
   9
  10 import javax.swing.JTextArea;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 import junit.extensions.PA;
  15
  16 public class PairwiseAlignmentPanelTest
  17 {
  18   @Test(groups = "Functional")
  19   public void testConstructor_withSelectionGroup()
  20   {
  21     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  22             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  23     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  24     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
  25
  26     /*
  27      * select columns 29-36 of sequences 4 and 5 for alignment
  28      * Q93XJ9_SOLTU/23-29 L-KAISNV
  29      * FER1_PEA/26-32     V-TTTKAF
  30      */
  31     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  32     sg.addSequence(al.getSequenceAt(3), false);
  33     sg.addSequence(al.getSequenceAt(4), false);
  34     sg.setStartRes(28);
  35     sg.setEndRes(35);
  36     viewport.setSelectionGroup(sg);
  37
  38     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  39
  40     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText()
  41             .replaceAll("\r", "");
  42     String expected = "Score = 80.0\n" + "Length of alignment = 4\n"
  43             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)\n"
  44             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)\n\n"
  45             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF\n" + "                    ||.\n"
  46             + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI\n\n" + "Percentage ID = 50.00\n\n";
  47     assertEquals(text, expected);
  48   }
  49
  50   /**
  51    * This test aligns the same sequences as testConstructor_withSelectionGroup
  52    * but as a complete alignment (no selection). Note that in fact the user is
  53    * currently required to make a selection in order to calculate pairwise
  54    * alignments, so this case does not arise.
  55    */
  56   @Test(groups = "Functional")
  57   public void testConstructor_noSelectionGroup()
  58   {
  59     String seqs = ">Q93XJ9_SOLTU/23-29\nL-KAISNV\n>FER1_PEA/26-32\nV-TTTKAF\n";
  60     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqs,
  61             DataSourceType.PASTE);
  62     AlignViewport viewport = af.getViewport();
  63
  64     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  65
  66     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText()
  67             .replaceAll("\r", "");
  68     String expected = "Score = 80.0\n" + "Length of alignment = 4\n"
  69             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)\n"
  70             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)\n\n"
  71             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF\n" + "                    ||.\n"
  72             + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI\n\n" + "Percentage ID = 50.00\n\n";
  73     assertEquals(text, expected);
  74   }
  75 }