test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  24 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.Annotation;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileFormat;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  45 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.UrlConstants;
  48
  49 import java.awt.Component;
  50 import java.io.IOException;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.Collections;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55
  56 import javax.swing.JMenu;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JPopupMenu;
  59 import javax.swing.JSeparator;
  60
  61 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  62 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  63 import org.testng.annotations.Test;
  64
  65 public class PopupMenuTest
  66 {
  67
  68   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  69   public void setUpJvOptionPane()
  70   {
  71     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  72     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  73   }
  74
  75   // 4 sequences x 13 positions
  76   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  77           + "TIETHKEAELVG-\n"
  78           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  79           + "TIETHKEAELVG-\n"
  80           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  81           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  82           + "TIETHKEEELTA-\n";
  83
  84   AlignmentI alignment;
  85
  86   AlignmentPanel parentPanel;
  87
  88   PopupMenu testee = null;
  89
  90   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  91   public void setUp() throws IOException
  92   {
  93     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  94     Cache.initLogger();
  95
  96     String inMenuString = ("EMBL-EBI Search | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$"
  97             + SEQUENCE_ID
  98             + "$"
  99             + "|"
 100             + "UNIPROT | http://www.uniprot.org/uniprot/$" + DB_ACCESSION + "$")
 101             + "|"
 102             + ("INTERPRO | http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/$"
 103                     + DB_ACCESSION + "$")
 104             + "|"
 105             +
 106             // Gene3D entry tests for case (in)sensitivity
 107             ("Gene3D | http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/search?sterm=$"
 108                     + DB_ACCESSION + "$&mode=protein");
 109
 110     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(
 111             UrlConstants.DEFAULT_LABEL, inMenuString, "");
 112     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 113
 114     alignment = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
 115             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 116     AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, 700, 500);
 117     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
 118     testee = new PopupMenu(parentPanel, alignment.getSequenceAt(0), null);
 119     int i = 0;
 120     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 121     {
 122       final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 123               "label" + i, "desc" + i, i);
 124       annotation.setCalcId("calcId" + i);
 125       seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 126       annotation.setSequenceRef(seq);
 127     }
 128   }
 129
 130   @Test(groups = { "Functional" })
 131   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noSequenceSelected()
 132   {
 133     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 134     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 135     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 136     assertFalse(menu.isEnabled());
 137     // now try null list
 138     menu.setEnabled(true);
 139     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, null);
 140     assertFalse(menu.isEnabled());
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 145    * are no reference annotations to add to the alignment. The menu item should
 146    * be disabled.
 147    */
 148   @Test(groups = { "Functional" })
 149   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noReferenceAnnotations()
 150   {
 151     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 152
 153     /*
 154      * Initial state is that sequences have annotations, and have dataset
 155      * sequences, but the dataset sequences have no annotations. Hence nothing
 156      * to add.
 157      */
 158     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 159
 160     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 161     assertFalse(menu.isEnabled());
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where all
 166    * reference annotations are already on the alignment. The menu item should be
 167    * disabled.
 168    */
 169   @Test(groups = { "Functional" })
 170   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_alreadyAdded()
 171   {
 172     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 173     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 174
 175     // make up new annotations and add to dataset sequences, sequences and
 176     // alignment
 177     attachReferenceAnnotations(seqs, true, true);
 178
 179     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 180     assertFalse(menu.isEnabled());
 181   }
 182
 183   /**
 184    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 185    * several reference annotations are on the dataset but not on the sequences.
 186    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 187    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 188    */
 189   @Test(groups = { "Functional" })
 190   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu()
 191   {
 192     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 193     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 194
 195     // make up new annotations and add to dataset sequences
 196     attachReferenceAnnotations(seqs, false, false);
 197
 198     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 199     assertTrue(menu.isEnabled());
 200     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 201     String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify; word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 202             + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 203     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 208    * several reference annotations are on the dataset and the sequences but not
 209    * on the alignment. The menu item should be enabled, and acquire a tooltip
 210    * which lists the annotation sources (calcIds) and type (labels).
 211    */
 212   @Test(groups = { "Functional" })
 213   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_notOnAlignment()
 214   {
 215     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 216     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 217
 218     // make up new annotations and add to dataset sequences and sequences
 219     attachReferenceAnnotations(seqs, true, false);
 220
 221     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 222     assertTrue(menu.isEnabled());
 223     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 224     String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify; word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 225             + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 226     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 227   }
 228
 229   /**
 230    * Generate annotations and add to dataset sequences and (optionally)
 231    * sequences and/or alignment
 232    *
 233    * @param seqs
 234    * @param addToSequence
 235    * @param addToAlignment
 236    */
 237   private void attachReferenceAnnotations(List<SequenceI> seqs,
 238           boolean addToSequence, boolean addToAlignment)
 239   {
 240     // PDB.secondary structure on Sequence0
 241     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 242             "secondary structure", "", 0);
 243     annotation.setCalcId("PDB");
 244     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 245     if (addToSequence)
 246     {
 247       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 248     }
 249     if (addToAlignment)
 250     {
 251       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 252     }
 253
 254     // PDB.Temp on Sequence1
 255     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", 0);
 256     annotation.setCalcId("PDB");
 257     seqs.get(1).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 258     if (addToSequence)
 259     {
 260       seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 261     }
 262     if (addToAlignment)
 263     {
 264       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 265     }
 266
 267     // JMOL.secondary structure on Sequence0
 268     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "", 0);
 269     annotation.setCalcId("Jmol");
 270     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 271     if (addToSequence)
 272     {
 273       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 274     }
 275     if (addToAlignment)
 276     {
 277       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 278     }
 279   }
 280
 281   /**
 282    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 283    * are two alignment views:
 284    * <ul>
 285    * <li>in one view, reference annotations have been added (are on the
 286    * datasets, sequences and alignment)</li>
 287    * <li>in the current view, reference annotations are on the dataset and
 288    * sequence, but not the alignment</li>
 289    * </ul>
 290    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 291    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 292    */
 293   @Test(groups = { "Functional" })
 294   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_twoViews()
 295   {
 296   }
 297
 298   /**
 299    * Test for building menu options including 'show' and 'hide' annotation
 300    * types.
 301    */
 302   @Test(groups = { "Functional" })
 303   public void testBuildAnnotationTypesMenus()
 304   {
 305     JMenu showMenu = new JMenu();
 306     JMenu hideMenu = new JMenu();
 307     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 308
 309     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 310
 311     // PDB.secondary structure on Sequence0
 312     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 313             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 314     annotation.setCalcId("PDB");
 315     annotation.visible = true;
 316     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 317     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 318
 319     // JMOL.secondary structure on Sequence0 - hidden
 320     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "",
 321             new Annotation[] {});
 322     annotation.setCalcId("JMOL");
 323     annotation.visible = false;
 324     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 325     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 326
 327     // Jpred.SSP on Sequence0 - hidden
 328     annotation = new AlignmentAnnotation("SSP", "", new Annotation[] {});
 329     annotation.setCalcId("JPred");
 330     annotation.visible = false;
 331     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 332     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 333
 334     // PDB.Temp on Sequence1
 335     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 336     annotation.setCalcId("PDB");
 337     annotation.visible = true;
 338     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 339     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 340
 341     /*
 342      * Expect menu options to show "secondary structure" and "SSP", and to hide
 343      * "secondary structure" and "Temp". Tooltip should be calcId.
 344      */
 345     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 346
 347     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 348     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 349
 350     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 351     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 352
 353     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 354     assertEquals(4, hideOptions.length);
 355     String all = MessageManager.getString("label.all");
 356     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 357     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 358     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 359             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 360     assertEquals("secondary structure",
 361             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 362     assertEquals("JMOL", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 363     assertEquals("SSP", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 364     assertEquals("JPred", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 365
 366     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 367     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 368     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 369             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 370     assertEquals("secondary structure",
 371             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 372     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 373     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 374     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Test for building menu options with only 'hide' annotation types enabled.
 379    */
 380   @Test(groups = { "Functional" })
 381   public void testBuildAnnotationTypesMenus_showDisabled()
 382   {
 383     JMenu showMenu = new JMenu();
 384     JMenu hideMenu = new JMenu();
 385     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 386
 387     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 388
 389     // PDB.secondary structure on Sequence0
 390     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 391             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 392     annotation.setCalcId("PDB");
 393     annotation.visible = true;
 394     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 395     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 396
 397     // PDB.Temp on Sequence1
 398     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 399     annotation.setCalcId("PDB");
 400     annotation.visible = true;
 401     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 402     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 403
 404     /*
 405      * Expect menu options to hide "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 406      * should be calcId. 'Show' menu should be disabled.
 407      */
 408     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 409
 410     assertFalse(showMenu.isEnabled());
 411     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 412
 413     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 414     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 415
 416     assertEquals(2, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 417     assertEquals(4, hideOptions.length);
 418     String all = MessageManager.getString("label.all");
 419     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 420     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 421     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 422             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 423
 424     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 425     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 426     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 427             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 428     assertEquals("secondary structure",
 429             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 430     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 431     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 432     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Test for building menu options with only 'show' annotation types enabled.
 437    */
 438   @Test(groups = { "Functional" })
 439   public void testBuildAnnotationTypesMenus_hideDisabled()
 440   {
 441     JMenu showMenu = new JMenu();
 442     JMenu hideMenu = new JMenu();
 443     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 444
 445     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 446
 447     // PDB.secondary structure on Sequence0
 448     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 449             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 450     annotation.setCalcId("PDB");
 451     annotation.visible = false;
 452     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 453     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 454
 455     // PDB.Temp on Sequence1
 456     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 457     annotation.setCalcId("PDB2");
 458     annotation.visible = false;
 459     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 460     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 461
 462     /*
 463      * Expect menu options to show "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 464      * should be calcId. 'hide' menu should be disabled.
 465      */
 466     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 467
 468     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 469     assertFalse(hideMenu.isEnabled());
 470
 471     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 472     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 473
 474     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 475     assertEquals(2, hideOptions.length);
 476     String all = MessageManager.getString("label.all");
 477     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 478     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 479     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 480             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 481     assertEquals("secondary structure",
 482             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 483     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 484     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 485     assertEquals("PDB2", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 486
 487     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 488     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 489     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 490             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 491   }
 492
 493   /**
 494    * Test for adding sequence id, dbref and feature links
 495    */
 496   @Test(groups = { "Functional" })
 497   public void testBuildLinkMenu()
 498   {
 499     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 500     final SequenceI seq0 = seqs.get(0);
 501     final SequenceI seq1 = seqs.get(1);
 502     final List<SequenceFeature> noFeatures = Collections
 503             .<SequenceFeature> emptyList();
 504     final String linkText = MessageManager.getString("action.link");
 505
 506     seq0.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "P83527"));
 507     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR001041"));
 508     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR012675"));
 509     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR006058"));
 510     seq1.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "Q9ZTS2"));
 511     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("GENE3D", "1", "3.10.20.30"));
 512
 513     /*
 514      * check the Link Menu for the first sequence
 515      */
 516     JMenu linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq0, noFeatures);
 517     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 518     Component[] linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 519
 520     /*
 521      * menu items are ordered: SEQUENCE_ID search first, then dbrefs in order
 522      * of database name (and within that by order of dbref addition)
 523      */
 524     assertEquals(5, linkItems.length);
 525     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 526     assertEquals("INTERPRO|IPR001041",
 527             ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 528     assertEquals("INTERPRO|IPR012675",
 529             ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 530     assertEquals("INTERPRO|IPR006058",
 531             ((JMenuItem) linkItems[3]).getText());
 532     assertEquals("UNIPROT|P83527", ((JMenuItem) linkItems[4]).getText());
 533
 534     /*
 535      * check the Link Menu for the second sequence
 536      * note dbref GENE3D is matched to link Gene3D, the latter is displayed
 537      */
 538     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 539     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 540     assertEquals(3, linkItems.length);
 541     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 542     assertEquals("Gene3D|3.10.20.30", ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 543     assertEquals("UNIPROT|Q9ZTS2", ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 544
 545     /*
 546      * if there are no valid links the Links submenu is still shown, but
 547      * reduced to the EMBL-EBI lookup only (inserted by
 548      * CustomUrlProvider.choosePrimaryUrl())
 549      */
 550     String unmatched = "NOMATCH|http://www.uniprot.org/uniprot/$"
 551             + DB_ACCESSION + "$";
 552     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(null,
 553             unmatched, "");
 554     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 555
 556     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 557     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 558     assertEquals(1, linkItems.length);
 559     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 560
 561     /*
 562      * if sequence is null, only feature links are shown (alignment popup submenu)
 563      */
 564     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(null, noFeatures);
 565     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 566     assertEquals(0, linkItems.length);
 567
 568     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
 569     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("type", "desc", 1, 20, null);
 570     features.add(sf);
 571     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(null, features);
 572     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 573     assertEquals(0, linkItems.length); // feature has no links
 574
 575     sf.addLink("Pfam family|http://pfam.xfam.org/family/PF00111");
 576     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(null, features);
 577     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 578     assertEquals(1, linkItems.length);
 579     JMenuItem item = (JMenuItem) linkItems[0];
 580     assertEquals("Pfam family", item.getText());
 581     // ? no way to verify URL, compiled into link's actionListener
 582   }
 583
 584   @Test(groups = { "Functional" })
 585   public void testHideInsertions()
 586   {
 587     // get sequences from the alignment
 588     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 589
 590     // add our own seqs to avoid problems with changes to existing sequences
 591     // (gap at end of sequences varies depending on how tests are run!)
 592     Sequence seqGap1 = new Sequence("GappySeq",
 593             "AAAA----AA-AAAAAAA---AAA-----------AAAAAAAAAA--");
 594     seqGap1.createDatasetSequence();
 595     seqs.add(seqGap1);
 596     Sequence seqGap2 = new Sequence("LessGappySeq",
 597             "AAAAAA-AAAAA---AAA--AAAAA--AAAAAAA-AAAAAA");
 598     seqGap2.createDatasetSequence();
 599     seqs.add(seqGap2);
 600     Sequence seqGap3 = new Sequence("AnotherGapSeq",
 601             "AAAAAA-AAAAAA--AAAAAA-AAAAAAAAAAA---AAAAAAAA");
 602     seqGap3.createDatasetSequence();
 603     seqs.add(seqGap3);
 604     Sequence seqGap4 = new Sequence("NoGaps",
 605             "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA");
 606     seqGap4.createDatasetSequence();
 607     seqs.add(seqGap4);
 608
 609     ColumnSelection sel = new ColumnSelection();
 610     parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns()
 611             .revealAllHiddenColumns(sel);
 612
 613     // get the Popup Menu for 7th sequence - no insertions
 614     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(7), null);
 615     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 616
 617     HiddenColumns hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 618     Iterator<int[]> it = hidden.iterator();
 619     assertFalse(it.hasNext());
 620
 621     // get the Popup Menu for GappySeq - this time we have insertions
 622     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(4), null);
 623     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 624     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 625     it = hidden.iterator();
 626
 627     assertTrue(it.hasNext());
 628     int[] region = it.next();
 629     assertEquals(region[0], 4);
 630     assertEquals(region[1], 7);
 631
 632     assertTrue(it.hasNext());
 633     region = it.next();
 634     assertEquals(region[0], 10);
 635     assertEquals(region[1], 10);
 636
 637     assertTrue(it.hasNext());
 638     region = it.next();
 639     assertEquals(region[0], 18);
 640     assertEquals(region[1], 20);
 641
 642     assertTrue(it.hasNext());
 643     region = it.next();
 644     assertEquals(region[0], 24);
 645     assertEquals(region[1], 34);
 646
 647     assertTrue(it.hasNext());
 648     region = it.next();
 649     assertEquals(region[0], 45);
 650     assertEquals(region[1], 46);
 651
 652     assertFalse(it.hasNext());
 653
 654     sel = new ColumnSelection();
 655     hidden.revealAllHiddenColumns(sel);
 656
 657     // make a sequence group and hide insertions within the group
 658     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 659     sg.setStartRes(8);
 660     sg.setEndRes(42);
 661     sg.addSequence(seqGap2, false);
 662     sg.addSequence(seqGap3, false);
 663     parentPanel.av.setSelectionGroup(sg);
 664
 665     // hide columns outside and within selection
 666     // only hidden columns outside the collection will be retained (unless also
 667     // gaps in the selection)
 668     hidden.hideColumns(1, 10);
 669     hidden.hideColumns(31, 40);
 670
 671     // get the Popup Menu for LessGappySeq in the sequence group
 672     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(5), null);
 673     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 674     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 675     it = hidden.iterator();
 676
 677     assertTrue(it.hasNext());
 678     region = it.next();
 679     assertEquals(region[0], 1);
 680     assertEquals(region[1], 7);
 681
 682     assertTrue(it.hasNext());
 683     region = it.next();
 684     assertEquals(region[0], 13);
 685     assertEquals(region[1], 14);
 686
 687     assertTrue(it.hasNext());
 688     region = it.next();
 689     assertEquals(region[0], 34);
 690     assertEquals(region[1], 34);
 691   }
 692
 693 }