test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   6 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import java.util.Vector;
  11
  12 import org.junit.After;
  13 import org.junit.Before;
  14 import org.junit.Test;
  15
  16 public class StructureChooserTest
  17 {
  18   Sequence seq;
  19
  20   @Before
  21   public void setUp() throws Exception
  22   {
  23     seq = new Sequence("Test_Seq", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1, 26);
  24     seq.setDatasetSequence(seq);
  25     for (int x = 1; x < 5; x++)
  26     {
  27       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  28       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  29       seq.addDBRef(dbRef);
  30     }
  31
  32     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  33     dbRef.setId("1tim");
  34
  35     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  36     pdbIds.add(dbRef);
  37
  38     seq.setPDBId(pdbIds);
  39   }
  40
  41   @After
  42   public void tearDown() throws Exception
  43   {
  44     seq = null;
  45   }
  46
  47
  48
  49   @Test
  50   public void buildQueryTest()
  51   {
  52     assertEquals(
  53             "1tim OR text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4",
  54             StructureChooser.buildQuery(seq));
  55   }
  56
  57   @Test
  58   public void populateFilterComboBoxTest()
  59   {
  60     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  61     { seq };
  62     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq,
  63             null);
  64     sc.populateFilterComboBox();
  65     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  66     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  67                                   // populate filter options
  68
  69     sc.setStructuresDiscovered(true);
  70     sc.populateFilterComboBox();
  71     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  72     assertTrue(optionsSize > 2); // if structures are found, filter options
  73                                  // should be populated
  74   }
  75
  76   @Test
  77   public void fetchStructuresInfoTest()
  78   {
  79     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  80     { seq };
  81     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  82     sc.fetchStructuresMetaData();
  83     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
  84     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
  85
  86   }
  87 }