test/jalview/gui/StructureViewerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  28
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33
  34 import java.util.Map;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class StructureViewerTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = "Functional")
  50   public void testGetSequencesForPdbs()
  51   {
  52     StructureViewer sv = new StructureViewer(null);
  53
  54     assertNull(sv.getSequencesForPdbs(null, null));
  55
  56     PDBEntry pdbe1 = new PDBEntry("1A70", "A", Type.PDB, "path1");
  57     PDBEntry pdbe2 = new PDBEntry("3A6S", "A", Type.PDB, "path2");
  58     PDBEntry pdbe3 = new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "path1");
  59     PDBEntry pdbe4 = new PDBEntry("1GAQ", "A", Type.PDB, null);
  60     PDBEntry pdbe5 = new PDBEntry("3A6S", "B", Type.PDB, "path2");
  61     PDBEntry pdbe6 = new PDBEntry("1GAQ", "B", Type.PDB, null);
  62     PDBEntry pdbe7 = new PDBEntry("1FOO", "Q", Type.PDB, null);
  63
  64     PDBEntry[] pdbs = new PDBEntry[] { pdbe1, pdbe2, pdbe3, pdbe4, pdbe5,
  65         pdbe6, pdbe7 };
  66
  67     /*
  68      * seq1 ... seq6 associated with pdbe1 ... pdbe6
  69      */
  70     SequenceI[] seqs = new SequenceI[pdbs.length];
  71     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  72     {
  73       seqs[i] = new Sequence("Seq" + i, "abc");
  74     }
  75
  76     /*
  77      * pdbe3/5/6 should get removed as having a duplicate file path
  78      */
  79     Map<PDBEntry, SequenceI[]> uniques = sv.getSequencesForPdbs(pdbs, seqs);
  80     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe1));
  81     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe2));
  82     assertFalse(uniques.containsKey(pdbe3));
  83     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe4));
  84     assertFalse(uniques.containsKey(pdbe5));
  85     assertFalse(uniques.containsKey(pdbe6));
  86     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe7));
  87
  88     // 1A70 associates with seq1 and seq3
  89     SequenceI[] ss = uniques.get(pdbe1);
  90     assertEquals(ss.length, 2);
  91     assertSame(seqs[0], ss[0]);
  92     assertSame(seqs[2], ss[1]);
  93
  94     // 3A6S has seq2 and seq5
  95     ss = uniques.get(pdbe2);
  96     assertEquals(ss.length, 2);
  97     assertSame(seqs[1], ss[0]);
  98     assertSame(seqs[4], ss[1]);
  99
 100     // 1GAQ has seq4 and seq6
 101     ss = uniques.get(pdbe4);
 102     assertEquals(ss.length, 2);
 103     assertSame(seqs[3], ss[0]);
 104     assertSame(seqs[5], ss[1]);
 105
 106     // 1FOO has seq7
 107     ss = uniques.get(pdbe7);
 108     assertEquals(ss.length, 1);
 109     assertSame(seqs[6], ss[0]);
 110   }
 111 }