test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.AlignFrame;
  34
  35 import java.io.File;
  36
  37 import org.testng.annotations.AfterClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  40 import org.testng.annotations.Test;
  41
  42 public class AnnotatedPDBFileInputTest
  43 {
  44
  45   AlignmentI al;
  46
  47   String pdbId;
  48
  49   /**
  50    * Ensure 'process secondary structure from PDB and add annotations' are set
  51    * in preferences, and load PDB example file 1gaq
  52    *
  53    * @throws Exception
  54    */
  55   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  56   public void setup() throws Exception
  57   {
  58     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
  59             Boolean.TRUE.toString());
  60     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
  61             Boolean.TRUE.toString());
  62     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  63     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded("examples/1gaq.txt",
  64             FormatAdapter.FILE);
  65     al = af.getViewport().getAlignment();
  66     pdbId = al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
  67             .get(0).getId();
  68   }
  69
  70   @Test(groups = { "Functional" })
  71   public void checkNoDuplicates()
  72   {
  73     // not strictly a requirement, but strange things may happen if multiple
  74     // instances of the same annotation are placed in the alignment annotation
  75     // vector
  76     assertNotNull(al.getAlignmentAnnotation());
  77     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  78     AlignmentAnnotation[] avec = al.getAlignmentAnnotation();
  79     for (int p = 0; p < avec.length; p++)
  80     {
  81       for (int q = p + 1; q < avec.length; q++)
  82       {
  83         assertTrue("Found a duplicate annotation row "
  84                 + avec[p].label, avec[p] != avec[q]);
  85       }
  86     }
  87   }
  88
  89   @Test(groups = { "Functional" })
  90   public void checkPDBannotationSource()
  91   {
  92
  93     for (SequenceI asq : al.getSequences())
  94     {
  95       for (AlignmentAnnotation aa : asq.getAnnotation())
  96       {
  97
  98         System.out.println("CalcId: " + aa.getCalcId());
  99         assertTrue(MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(aa, pdbId));
 100       }
 101     }
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Check sequence features have been added
 106    */
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void checkPDBSequenceFeatures()
 109   {
 110     /*
 111      * 1GAQ/A
 112      */
 113     SequenceFeature[] sf = al.getSequenceAt(0).getSequenceFeatures();
 114     assertEquals(296, sf.length);
 115     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 116     assertEquals("GLU:  19  1gaqA", sf[0].getDescription());
 117     assertEquals("RESNUM", sf[295].getType());
 118     assertEquals("TYR: 314  1gaqA", sf[295].getDescription());
 119
 120     /*
 121      * 1GAQ/B
 122      */
 123     sf = al.getSequenceAt(1).getSequenceFeatures();
 124     assertEquals(98, sf.length);
 125     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 126     assertEquals("ALA:   1  1gaqB", sf[0].getDescription());
 127     assertEquals("RESNUM", sf[97].getType());
 128     assertEquals("ALA:  98  1gaqB", sf[97].getDescription());
 129
 130     /*
 131      * 1GAQ/C
 132      */
 133     sf = al.getSequenceAt(2).getSequenceFeatures();
 134     assertEquals(296, sf.length);
 135     assertEquals("RESNUM", sf[0].getType());
 136     assertEquals("GLU:  19  1gaqC", sf[0].getDescription());
 137     assertEquals("RESNUM", sf[295].getType());
 138     assertEquals("TYR: 314  1gaqC", sf[295].getDescription());
 139   }
 140
 141   @Test(groups = { "Functional" })
 142   public void checkAnnotationWiring()
 143   {
 144     assertTrue(al.getAlignmentAnnotation() != null);
 145     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
 146     for (AlignmentAnnotation aa : al.getAlignmentAnnotation())
 147     {
 148       if (aa.sequenceRef != null)
 149       {
 150         assertTrue(al.getSequences().contains(aa.sequenceRef));
 151         assertNotNull(aa.sequenceRef.getAnnotation());
 152         boolean found = false;
 153         for (AlignmentAnnotation sqan : aa.sequenceRef.getAnnotation())
 154         {
 155           if (sqan == aa)
 156           {
 157             found = true;
 158             break;
 159           }
 160         }
 161         assertTrue(
 162                 "Couldn't find sequence associated annotation "
 163                         + aa.label
 164                         + " on the sequence it is associated with.\nSequence associated editing will fail.",
 165                 found);
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   /**
 171    * @throws java.lang.Exception
 172    */
 173   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 174   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 175   {
 176     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
 177         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
 178   }
 179
 180   /**
 181    * @throws java.lang.Exception
 182    */
 183   @AfterClass(alwaysRun = true)
 184   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 185   {
 186     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 187
 188   }
 189
 190   @Test(groups = { "Functional" })
 191   public void testJalviewProjectRelocationAnnotation() throws Exception
 192   {
 193
 194     String inFile = "examples/1gaq.txt";
 195     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 196             .getAbsolutePath();
 197     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 198             inFile, FormatAdapter.FILE);
 199     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 200     assertTrue("Failed to store as a project.",
 201             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 202     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 203     af = null;
 204     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 205             FormatAdapter.FILE);
 206     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 207     for (SequenceI asq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
 208     {
 209       SequenceI sq = asq;
 210       while (sq.getDatasetSequence() != null)
 211       {
 212         sq = sq.getDatasetSequence();
 213       }
 214       assertNotNull(sq.getAllPDBEntries());
 215       assertEquals("Expected only one PDB ID",
 216               sq.getAllPDBEntries().size(), 1);
 217       for (PDBEntry pdbentry : sq.getAllPDBEntries())
 218       {
 219         System.err.println("PDB Entry " + pdbentry.getId() + " "
 220                 + pdbentry.getFile());
 221         boolean exists = false, found = false;
 222         for (AlignmentAnnotation ana : sq.getAnnotation())
 223         {
 224           System.err.println("CalcId " + ana.getCalcId());
 225           if (ana.getCalcId() != null
 226                   && MCview.PDBfile.isCalcIdHandled(ana.getCalcId()))
 227           {
 228             exists = true;
 229             if (MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(ana, pdbentry.getId()))
 230             {
 231               found = true;
 232             }
 233           }
 234         }
 235         if (exists)
 236         {
 237           assertTrue("Couldn't find any annotation for " + pdbentry.getId()
 238                   + " (file handle " + pdbentry.getFile() + ")", found);
 239         }
 240       }
 241     }
 242   }
 243 }