test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
   5 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11 import jalview.gui.AlignFrame;
  12
  13 import java.io.File;
  14 import java.util.Vector;
  15
  16 import org.junit.AfterClass;
  17 import org.junit.Before;
  18 import org.junit.BeforeClass;
  19 import org.junit.Test;
  20
  21 public class AnnotatedPDBFileInputTest
  22 {
  23
  24   AlignmentI al;
  25
  26   String pdbStr = "examples/2GIS.pdb";
  27
  28   String pdbId;
  29
  30   @Before
  31   public void setup() throws Exception
  32   {
  33     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  34     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(pdbStr,
  35             FormatAdapter.FILE);
  36     al = af.getViewport().getAlignment();
  37     pdbId = ((PDBEntry) al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence().getPDBId()
  38             .get(0)).getId();
  39   }
  40
  41   @Test
  42   public void checkNoDuplicates()
  43   {
  44     // not strictly a requirement, but strange things may happen if multiple
  45     // instances of the same annotation are placed in the alignment annotation
  46     // vector
  47     assertNotNull(al.getAlignmentAnnotation());
  48     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  49     AlignmentAnnotation[] avec = al.getAlignmentAnnotation();
  50     for (int p = 0; p < avec.length; p++)
  51     {
  52       for (int q = p + 1; q < avec.length; q++)
  53       {
  54         assertNotEquals(
  55                 "Found a duplicate annotation row " + avec[p].label,
  56                 avec[p], avec[q]);
  57       }
  58     }
  59   }
  60
  61   @Test
  62   public void checkPDBannotationSource()
  63   {
  64
  65     for (SequenceI asq : al.getSequences())
  66     {
  67       for (AlignmentAnnotation aa : asq.getAnnotation())
  68       {
  69
  70         System.out.println("CalcId: " + aa.getCalcId());
  71         assertTrue(MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(aa.getCalcId(), pdbId));
  72       }
  73     }
  74   }
  75
  76   @Test
  77   public void checkAnnotationWiring()
  78   {
  79     assertTrue(al.getAlignmentAnnotation() != null);
  80     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  81     for (AlignmentAnnotation aa : al.getAlignmentAnnotation())
  82     {
  83       if (aa.sequenceRef != null)
  84       {
  85         assertTrue(al.getSequences().contains(aa.sequenceRef));
  86         assertNotNull(aa.sequenceRef.getAnnotation());
  87         boolean found = false;
  88         for (AlignmentAnnotation sqan : aa.sequenceRef.getAnnotation())
  89         {
  90           if (sqan == aa)
  91           {
  92             found = true;
  93             break;
  94           }
  95         }
  96         assertTrue(
  97                 "Couldn't find sequence associated annotation "
  98                         + aa.label
  99                         + " on the sequence it is associated with.\nSequence associated editing will fail.",
 100                 found);
 101       }
 102     }
 103   }
 104
 105   /**
 106    * @throws java.lang.Exception
 107    */
 108   @BeforeClass
 109   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 110   {
 111     jalview.bin.Jalview.main(new String[]
 112     { "-props", "test/src/jalview/io/testProps.jvprops" });
 113   }
 114
 115   /**
 116    * @throws java.lang.Exception
 117    */
 118   @AfterClass
 119   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 120   {
 121     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 122
 123   }
 124
 125   @Test
 126   public void testJalviewProjectRelocationAnnotation() throws Exception
 127   {
 128
 129     String inFile = "examples/2GIS.pdb";
 130     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 131             .getAbsolutePath();
 132     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 133             inFile, FormatAdapter.FILE);
 134     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 135     assertTrue("Failed to store as a project.",
 136             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 137     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 138     af = null;
 139     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 140             FormatAdapter.FILE);
 141     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 142     for (SequenceI asq : af.getViewport().getAlignment().getSequences())
 143     {
 144       SequenceI sq = asq;
 145       while (sq.getDatasetSequence() != null)
 146       {
 147         sq = sq.getDatasetSequence();
 148       }
 149       assertNotNull(sq.getPDBId());
 150       assertEquals("Expected only one PDB ID", sq.getPDBId().size(), 1);
 151       for (PDBEntry pdbentry : (Vector<PDBEntry>) sq.getPDBId())
 152       {
 153         System.err.println("PDB Entry " + pdbentry.getId() + " "
 154                 + pdbentry.getFile());
 155         boolean exists = false, found = false;
 156         for (AlignmentAnnotation ana : sq.getAnnotation())
 157         {
 158           System.err.println("CalcId " + ana.getCalcId());
 159           if (ana.getCalcId() != null
 160                   && MCview.PDBfile.isCalcIdHandled(ana.getCalcId()))
 161           {
 162             exists = true;
 163             if (MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(ana.getCalcId(),
 164                     pdbentry.getId()))
 165             {
 166               found = true;
 167             }
 168           }
 169         }
 170         if (exists)
 171         {
 172           assertTrue("Couldn't find any annotation for " + pdbentry.getId()
 173                   + " (file handle " + pdbentry.getFile() + ")", found);
 174         }
 175       }
 176     }
 177   }
 178 }