test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25
  26 import org.junit.AfterClass;
  27 import org.junit.BeforeClass;
  28 import org.junit.Test;
  29
  30 /**
  31  * @author jimp
  32  *
  33  */
  34 public class FileIOTester
  35 {
  36
  37   /**
  38    * @throws java.lang.Exception
  39    */
  40   @BeforeClass
  41   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  42   {
  43   }
  44
  45   /**
  46    * @throws java.lang.Exception
  47    */
  48   @AfterClass
  49   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  50   {
  51   }
  52   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  53
  54   final static File ALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  55   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  56   final static File STARS_FA_FILE1 = new File("test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  57   final static File STARS_FA_FILE2 = new File("test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  58
  59   private void assertValidFormat(String fmt, String src, FileParse fp)
  60   {
  61     assertTrue("Couldn't resolve "+src+" as a valid file",fp.isValid());
  62     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  63     assertTrue("Data from '"+src+"' Expected to be '"+fmt+"' identified as '"+type+"'",type.equalsIgnoreCase(fmt));
  64   }
  65   @Test
  66   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  67   {
  68     String uri;
  69     FileParse fp = new FileParse(uri=STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile().toString(),AppletFormatAdapter.FILE);
  70     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  71   }
  72   @Test
  73   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  74   {
  75     String uri;
  76     FileParse fp = new FileParse(uri=STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile().toString(),AppletFormatAdapter.FILE);
  77     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  78   }
  79   @Test
  80   public void testGzipIo() throws IOException
  81   {
  82     String uri;
  83     FileParse fp = new FileParse(uri=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
  84     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
  85   }
  86
  87   @Test
  88   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
  89   {
  90     String filepath;
  91     FileParse fp = new FileParse(filepath=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
  92     assertValidFormat("FASTA",filepath, fp);
  93   }
  94   @Test
  95   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
  96   {
  97     String uri;
  98     FileParse fp = new FileParse(uri=NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
  99     assertValidFormat("FASTA",uri, fp);
 100   }
 101   @Test
 102   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 103   {
 104     String filepath;
 105     FileParse fp = new FileParse(filepath=NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
 106     assertValidFormat("FASTA",filepath, fp);
 107   }
 108 }