test/jalview/io/JSONFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
   5
   6 import jalview.datamodel.Alignment;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.Annotation;
  10 import jalview.datamodel.Sequence;
  11 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  12 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  16 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  17 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed;
  18
  19 import java.io.IOException;
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.HashMap;
  22
  23 import org.testng.AssertJUnit;
  24 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  25 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  26 import org.testng.annotations.Test;
  27
  28 public class JSONFileTest
  29 {
  30
  31   private int TEST_SEQ_HEIGHT = 0;
  32
  33   private int TEST_GRP_HEIGHT = 0;
  34
  35   private int TEST_ANOT_HEIGHT = 0;
  36
  37   private AlignFrame af;
  38
  39   AlignmentI alignment;
  40
  41   AlignmentPanel alignPanel;
  42
  43   HashMap<String, SequenceI> testSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
  44   HashMap<String, AlignmentAnnotation> testAnnots = new HashMap<String, AlignmentAnnotation>();
  45   HashMap<String, SequenceGroup> testGrps = new HashMap<String, SequenceGroup>();
  46
  47   @BeforeMethod
  48   public void setup() throws Exception
  49   {
  50     // create and add sequences
  51     Sequence[] seqs = new Sequence[5];
  52     seqs[0] = new Sequence("FER_CAPAN",
  53             "SVSATMISTSFMPRKPAVTSL-KPIPNVGE--ALF", 3, 34);
  54     seqs[1] = new Sequence("FER1_SOLLC",
  55             "SISGTMISTSFLPRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  56     seqs[2] = new Sequence("Q93XJ9_SOLTU",
  57             "SISGTMISTSFLPRKPVVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  58     seqs[3] = new Sequence("FER1_PEA",
  59             "ALYGTAVSTSFLRTQPMPMSV-TTTKAFSN--GFL", 6, 37);
  60     seqs[4] = new Sequence("Q7XA98_TRIPR",
  61             "ALYGTAVSTSFMRRQPVPMSV-ATTTTTKAFPSGF", 6, 39);
  62
  63     // create and add sequence features
  64     SequenceFeature seqFeature2 = new SequenceFeature("feature_x",
  65             "desciption", "status", 6, 15, "Jalview");
  66     SequenceFeature seqFeature3 = new SequenceFeature("feature_x",
  67             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
  68     SequenceFeature seqFeature4 = new SequenceFeature("feature_x",
  69             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
  70     seqs[2].addSequenceFeature(seqFeature2);
  71     seqs[3].addSequenceFeature(seqFeature3);
  72     seqs[4].addSequenceFeature(seqFeature4);
  73
  74     // add created features to features displayed
  75     FeaturesDisplayed fDis = new FeaturesDisplayed();
  76     fDis.setVisible("feature_x");
  77     // jsonFile.setDisplayedFeatures(fDis);
  78     // jsonFile.setShowSeqFeatures(true);
  79
  80     for (Sequence seq : seqs)
  81     {
  82       seq.setDatasetSequence(seq);
  83       testSeqs.put(seq.getName(), seq);
  84       // jsonFile.seqs.add(seq);
  85     }
  86
  87     // create and add sequence groups
  88     ArrayList<SequenceI> grpSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
  89     grpSeqs.add(seqs[1]);
  90     grpSeqs.add(seqs[2]);
  91     grpSeqs.add(seqs[3]);
  92     grpSeqs.add(seqs[4]);
  93     ColourSchemeI scheme = JSONFile.getJalviewColorScheme("zappo");
  94     SequenceGroup seqGrp = new SequenceGroup(grpSeqs, "JGroup:1883305585",
  95             scheme, true, true, false, 21, 29);
  96     seqGrp.setShowNonconserved(false);
  97     seqGrp.setDescription(null);
  98     // jsonFile.seqGroups.add(seqGrp);
  99     testGrps.put(seqGrp.getName(), seqGrp);
 100
 101     // create and add annotation
 102     Annotation[] annot = new Annotation[35];
 103     annot[0] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 104     annot[1] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 105     annot[2] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 106     annot[3] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 107     annot[4] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 108     annot[5] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 109     annot[6] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 110     annot[7] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 111     annot[8] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 112     annot[9] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 113     annot[10] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 114     annot[11] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 115     annot[12] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 116     annot[13] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 117     annot[14] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 118     annot[15] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 119     annot[16] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 120     annot[17] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 121     annot[18] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 122     annot[19] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 123     annot[20] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 124     annot[21] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 125     annot[22] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 126     annot[23] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 127     annot[24] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 128     annot[25] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 129     annot[26] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 130     annot[27] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 131     annot[28] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 132     annot[29] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 133     annot[30] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 134     annot[31] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 135     annot[32] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 136     annot[33] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 137     annot[34] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 138
 139     AlignmentAnnotation alignAnnot = new AlignmentAnnotation(
 140             "Secondary Structure", "New description", annot);
 141     // jsonFile.annotations.add(alignAnnot);
 142     testAnnots.put(alignAnnot.label, alignAnnot);
 143
 144     // Alignment al = new Alignment(seqs);
 145     TEST_SEQ_HEIGHT = testSeqs.size();
 146     TEST_GRP_HEIGHT = testGrps.size();
 147     TEST_ANOT_HEIGHT = testAnnots.size();
 148   }
 149
 150   @AfterMethod
 151   public void tearDown() throws Exception
 152   {
 153   }
 154
 155   @Test
 156   public void testParse()
 157   {
 158     String jsonFile = "examples/example.json";
 159     AppletFormatAdapter rf = new AppletFormatAdapter();
 160     Alignment al = null;
 161     try
 162     {
 163       al = rf.readFile(jsonFile, AppletFormatAdapter.FILE,
 164               JSONFile.FILE_DESC);
 165     } catch (IOException e)
 166     {
 167       e.printStackTrace();
 168     }
 169     assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
 170
 171     int passedCount = 0;
 172     for (SequenceI seq : al.getSequences())
 173     {
 174       SequenceI expectedSeq = testSeqs.get(seq.getName());
 175       AssertJUnit.assertTrue("Failed Sequence Test  for >>> " + seq.getName(),
 176               isSeqMatched(expectedSeq, seq));
 177       passedCount++;
 178     }
 179     AssertJUnit.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 180             TEST_SEQ_HEIGHT, passedCount);
 181
 182     passedCount = 0;
 183     for (SequenceGroup seqGrp : al.getGroups())
 184     {
 185       SequenceGroup expectedGrp = testGrps.get(seqGrp.getName());
 186       AssertJUnit.assertTrue(
 187               "Failed SequenceGroup Test for >>> " + seqGrp.getName(),
 188               isGroupMatched(expectedGrp, seqGrp));
 189       passedCount++;
 190     }
 191     AssertJUnit.assertEquals("Some SequenceGroups did not pass the test",
 192             TEST_GRP_HEIGHT, passedCount);
 193
 194     passedCount = 0;
 195     for (AlignmentAnnotation annot : al.getAlignmentAnnotation())
 196     {
 197       AlignmentAnnotation expectedAnnot = testAnnots.get(annot.label);
 198       AssertJUnit.assertTrue("Failed AlignmentAnnotation Test for >>> "
 199               + annot.label, isAnnotationMatched(expectedAnnot, annot));
 200       passedCount++;
 201     }
 202     AssertJUnit.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 203             TEST_ANOT_HEIGHT, passedCount);
 204
 205     // af = new AlignFrame(al, 700, 500);
 206     // AlignViewport viewport = af.getViewport();
 207     // alignPanel = new AlignmentPanel(af, viewport);
 208   }
 209
 210   public boolean isAnnotationMatched(AlignmentAnnotation eAnnot,
 211           AlignmentAnnotation annot)
 212   {
 213     if (!eAnnot.label.equals(annot.label)
 214             || !eAnnot.description.equals(annot.description)
 215             || eAnnot.annotations.length != annot.annotations.length)
 216     {
 217       return false;
 218     }
 219
 220     for (int x = 0; x < annot.annotations.length; x++)
 221     {
 222       Annotation y = annot.annotations[x];
 223       Annotation z = annot.annotations[x];
 224
 225       if (!y.displayCharacter.equals(z.displayCharacter)
 226               || y.value != z.value
 227               || y.secondaryStructure != z.secondaryStructure)
 228       {
 229         return false;
 230       }
 231     }
 232     return true;
 233   }
 234
 235   public boolean isSeqMatched(SequenceI expectedSeq, SequenceI actualSeq)
 236   {
 237     System.out.println("Testing >>> " + actualSeq.getName());
 238
 239     if (expectedSeq.getName().equals(actualSeq.getName())
 240             && expectedSeq.getSequenceAsString().equals(
 241                     actualSeq.getSequenceAsString())
 242             && expectedSeq.getStart() == actualSeq.getStart()
 243             && expectedSeq.getEnd() == actualSeq.getEnd()
 244             && featuresMatched(expectedSeq, actualSeq))
 245     {
 246       return true;
 247     }
 248     return false;
 249   }
 250
 251   public boolean isGroupMatched(SequenceGroup expectedGrp,
 252           SequenceGroup actualGrp)
 253   {
 254
 255     System.out.println("Testing >>> " + actualGrp.getName());
 256     System.out.println(expectedGrp.getName() + " | " + actualGrp.getName());
 257     System.out.println(expectedGrp.getColourText() + " | "
 258             + actualGrp.getColourText());
 259     System.out.println(expectedGrp.getDisplayBoxes() + " | "
 260             + actualGrp.getDisplayBoxes());
 261     System.out.println(expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() + " | "
 262             + actualGrp.getIgnoreGapsConsensus());
 263     System.out.println(expectedGrp.getSequences().size() + " | "
 264             + actualGrp.getSequences().size());
 265     System.out.println(expectedGrp.getStartRes() + " | "
 266             + actualGrp.getStartRes());
 267     System.out.println(expectedGrp.getEndRes() + " | "
 268             + actualGrp.getEndRes());
 269
 270     if (expectedGrp.getName().equals(actualGrp.getName())
 271             && expectedGrp.getColourText() == actualGrp.getColourText()
 272             && expectedGrp.getDisplayBoxes() == actualGrp.getDisplayBoxes()
 273             && expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() == actualGrp
 274                     .getIgnoreGapsConsensus()
 275             && expectedGrp.cs.equals(actualGrp.cs)
 276             && expectedGrp.getSequences().size() == actualGrp
 277                     .getSequences().size()
 278             && expectedGrp.getStartRes() == actualGrp.getStartRes()
 279             && expectedGrp.getEndRes() == actualGrp.getEndRes())
 280     {
 281       return true;
 282     }
 283     return false;
 284   }
 285
 286   private boolean featuresMatched(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 287   {
 288     boolean matched = false;
 289     try
 290     {
 291       if (seq1 == null && seq2 == null)
 292       {
 293         return true;
 294       }
 295
 296       SequenceFeature[] inFeature = seq1.getSequenceFeatures();
 297       SequenceFeature[] outFeature = seq2.getSequenceFeatures();
 298
 299       if (inFeature == null && outFeature == null)
 300       {
 301         return true;
 302       }
 303       else if ((inFeature == null && outFeature != null)
 304               || (inFeature != null && outFeature == null))
 305       {
 306         return false;
 307       }
 308
 309       int testSize = inFeature.length;
 310       int matchedCount = 0;
 311       for (SequenceFeature in : inFeature)
 312       {
 313         for (SequenceFeature out : outFeature)
 314         {
 315           System.out.println(out.getType() + " | " + in.getType());
 316           System.out.println(out.getBegin() + " | " + in.getBegin());
 317           System.out.println(out.getEnd() + " | " + in.getEnd());
 318
 319           if (inFeature.length == outFeature.length
 320                   && in.getBegin() == out.getBegin()
 321                   && in.getEnd() == out.getEnd()
 322                   && in.getScore() == out.getScore()
 323                   && in.getFeatureGroup().equals(out.getFeatureGroup())
 324                   && in.getType().equals(out.getType()))
 325           {
 326
 327             ++matchedCount;
 328           }
 329         }
 330       }
 331       System.out.println("matched count >>>>>> " + matchedCount);
 332       if (testSize == matchedCount)
 333       {
 334         matched = true;
 335       }
 336     } catch (Exception e)
 337     {
 338       e.printStackTrace();
 339     }
 340     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> features matched : " + matched);
 341     return matched;
 342   }
 343 }