test/jalview/io/Jalview2xmlBase.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.bin.Jalview;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.Desktop;
  28
  29 import java.util.Date;
  30
  31 import org.testng.annotations.AfterClass;
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  34
  35 public class Jalview2xmlBase
  36 {
  37
  38   /**
  39    * @throws java.lang.Exception
  40    */
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  43   {
  44     /*
  45      * use read-only test properties file
  46      */
  47     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  48
  49     /*
  50      * set news feed last read to a future time to ensure no
  51      * 'unread' news item is displayed
  52      */
  53     Date oneHourFromNow = new Date(System.currentTimeMillis() + 3600 * 1000);
  54     Cache.setDateProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED", oneHourFromNow);
  55
  56     Jalview.main(new String[] {});
  57   }
  58
  59   /**
  60    * @throws java.lang.Exception
  61    */
  62   @AfterClass(alwaysRun = true)
  63   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  64   {
  65     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  66   }
  67
  68   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  69   public static void clearDesktop()
  70   {
  71     if (Desktop.instance != null && Desktop.getAlignFrames() != null)
  72     {
  73       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  74     }
  75   }
  76
  77   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  78   {
  79     int numdsann = 0;
  80     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  81     {
  82       if (sq.getAnnotation() != null)
  83       {
  84         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  85         {
  86           if (dssa.isValidStruc())
  87           {
  88             numdsann++;
  89           }
  90         }
  91       }
  92     }
  93     return numdsann;
  94   }
  95
  96 }