test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29 import static org.testng.Assert.fail;
  30
  31 import jalview.analysis.PCA;
  32 import jalview.api.AlignViewportI;
  33 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  34 import jalview.api.FeatureColourI;
  35 import jalview.api.ViewStyleI;
  36 import jalview.bin.Cache;
  37 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  38 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  39 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  40 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  41 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  42 import jalview.datamodel.Point;
  43 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  44 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.datamodel.SequencePoint;
  48 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  49 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  50 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  51 import jalview.gui.AlignFrame;
  52 import jalview.gui.AlignViewport;
  53 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  54 import jalview.gui.CalculationChooser;
  55 import jalview.gui.Desktop;
  56 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  57 import jalview.gui.Jalview2XML;
  58 import jalview.gui.JvOptionPane;
  59 import jalview.gui.PCAPanel;
  60 import jalview.gui.PopupMenu;
  61 import jalview.gui.RotatableCanvas;
  62 import jalview.gui.SliderPanel;
  63 import jalview.math.MatrixTest;
  64 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  65 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  66 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  67 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  68 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  69 import jalview.schemes.FeatureColour;
  70 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  71 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  72 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  73 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  74 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  75 import jalview.util.matcher.Condition;
  76 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  77 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  78
  79 import java.awt.Color;
  80 import java.io.File;
  81 import java.io.IOException;
  82 import java.util.ArrayList;
  83 import java.util.HashMap;
  84 import java.util.List;
  85 import java.util.Map;
  86
  87 import javax.swing.JInternalFrame;
  88 import javax.swing.JRadioButton;
  89
  90 import org.testng.Assert;
  91 import org.testng.AssertJUnit;
  92 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  93 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  94 import org.testng.annotations.Test;
  95
  96 import junit.extensions.PA;
  97
  98 @Test(singleThreaded = true)
  99 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
 100 {
 101   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 102   public void setUp()
 103   {
 104     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 105   }
 106
 107   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 108   public void setUpMethod()
 109   {
 110     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 111   }
 112
 113   @Override
 114   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 115   public void setUpJvOptionPane()
 116   {
 117     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 118     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 119   }
 120
 121   @Test(groups = { "Functional" })
 122   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 123   {
 124     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 125     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 126             .getAbsolutePath();
 127     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 128             DataSourceType.FILE);
 129     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 130     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 131     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 132     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.RNAHelices
 133             .toString());
 134     assertTrue(
 135             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 136             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 137     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 138             "Failed to store as a project.");
 139     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 140     af = null;
 141     af = new FileLoader()
 142             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 143     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 144     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 145     assertEquals(olddsann, newdsann,
 146             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 147                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 148     System.out
 149             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 150                     + olddsann + ")");
 151     assertTrue(
 152
 153     af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 154             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 155   }
 156
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 159   {
 160     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 161     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 162             .getAbsolutePath();
 163     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 164             DataSourceType.FILE);
 165     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 166     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 167     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 168             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 169     assertNotNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(af.getViewport()
 170             .getAlignment(), af.getViewport().getGlobalColourScheme()
 171             .getSchemeName()), "Recognise T-Coffee score from string");
 172
 173     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 174             "Failed to store as a project.");
 175     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 176     af = null;
 177     af = new FileLoader()
 178             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 179     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 180     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 181             TCoffeeColourScheme.class,
 182             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 183     System.out
 184             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 185   }
 186
 187   @Test(groups = { "Functional" })
 188   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 189   {
 190     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 191     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 192             .getAbsolutePath();
 193     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 194             DataSourceType.FILE);
 195     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 196     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 197     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 198             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 199     assertTrue(
 200
 201     aa != null && aa.length > 0,
 202             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 203     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 204             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 205     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0],
 206             null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 207     cs.setSeqAssociated(true);
 208     gcs.setSeqAssociated(true);
 209     af.changeColour(cs);
 210     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 211     sg.setStartRes(57);
 212     sg.setEndRes(92);
 213     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 214     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 215     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 216     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 217     af.alignPanel.alignmentChanged();
 218     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 219             "Failed to store as a project.");
 220     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 221     af = null;
 222     af = new FileLoader()
 223             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 224     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 225
 226     // check for group and alignment colourschemes
 227
 228     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 229     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 230             .get(0).getColourScheme();
 231     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 232     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 233             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 234     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 235     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 236             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 237
 238     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 239     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 240     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 241             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 242     {
 243       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 244               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 245       {
 246         diffseqcols = true;
 247       }
 248     }
 249     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 250     System.out
 251             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 252
 253     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 254     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 255             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 256     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 257     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 258             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 259
 260     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 261             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 262     {
 263       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null, 0f) != _rgcs
 264               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null, 0f))
 265       {
 266         diffgseqcols = true;
 267       }
 268     }
 269     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 270     System.out
 271             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 272   }
 273
 274   @Test(groups = { "Functional" })
 275   public void gatherViewsHere() throws Exception
 276   {
 277     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 278             .getAlignFrames().length;
 279     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 280             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 281     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 282     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 283             "Didn't gather the views in the example file.");
 284
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 289    *
 290    * @throws Exception
 291    */
 292   @Test(groups = { "Functional" })
 293   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 294   {
 295     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 296     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 297     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 298             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 299     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 300
 301     // locate Jmol viewer
 302     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 303     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 304             .findFileForPDBId("1A70");
 305     assertEquals(
 306             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 307                     .getMapping(pdbFile).length,
 308             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 309
 310   }
 311
 312   @Test(groups = { "Functional" })
 313   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 314   {
 315     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 316     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 317     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 318             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 319     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 320     AlignmentViewPanel sps = null;
 321     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 322     {
 323       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 324       {
 325         sps = ap;
 326         break;
 327       }
 328     }
 329     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 330     AlignmentAnnotation refan = null;
 331     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 332             .getAlignmentAnnotation())
 333     {
 334       if (ra.graph != 0)
 335       {
 336         refan = ra;
 337         break;
 338       }
 339     }
 340     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 341     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 342     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 343     // compare the manually added temperature factor annotation
 344     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 345     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 346             "1a70 has no annotation");
 347     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 348     {
 349       AlignmentAnnotation alaa;
 350       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 351       alaa.adjustForAlignment();
 352       if (ala.graph == refan.graph)
 353       {
 354         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 355         {
 356           sq.findPosition(p);
 357           try
 358           {
 359             assertTrue(
 360                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 361                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 362                     "Mismatch at alignment position " + p);
 363           } catch (NullPointerException q)
 364           {
 365             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 366                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 367                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 368           }
 369         }
 370       }
 371     }
 372
 373   }
 374
 375   @Test(groups = { "Functional" })
 376   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 377   {
 378     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 379             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 380     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 381     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 382     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 383     {
 384       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 385       {
 386         sps = ap;
 387       }
 388       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 389       {
 390         groups = ap;
 391       }
 392     }
 393     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 394     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 395
 396     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 397     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 398     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 399
 400     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 401     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 402             .getViewStyle()));
 403     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 404             .getViewStyle()));
 405
 406   }
 407
 408   /**
 409    * test store and recovery of expanded views
 410    *
 411    * @throws Exception
 412    */
 413   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 414   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 415   {
 416     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 417
 418     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 419             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 420     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 421     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 422
 423     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 424     // actually on the Desktop
 425     assertSame(
 426             af,
 427             Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 428             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 429
 430     Desktop.explodeViews(af);
 431
 432     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 433     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 434             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 435     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 436     try
 437     {
 438       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 439     } catch (Error e)
 440     {
 441       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 442     } catch (Exception e)
 443     {
 444       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 445     }
 446     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 447     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 448     {
 449       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 450     }
 451     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 452             DataSourceType.FILE);
 453     Assert.assertNotNull(af);
 454     Assert.assertEquals(
 455             Desktop.getAlignFrames().length,
 456             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 457     Assert.assertEquals(
 458             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 459             oldviews);
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 464    * in each view.
 465    *
 466    * @throws Exception
 467    */
 468   @Test(groups = { "Functional" })
 469   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 470   {
 471     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 472     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 473             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 474     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 475     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 476
 477     // remember reference sequence for each panel
 478     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 479
 480     /*
 481      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 482      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 483      */
 484     int n = 1;
 485     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 486     {
 487       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 488       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 489       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 490       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 491       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 492
 493       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 494       // todo refactor this to an alignment view controller
 495       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 496       av.setColourByReferenceSeq(true);
 497       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 498
 499       n++;
 500     }
 501     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 502             ".jvp");
 503     try
 504     {
 505       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 506     } catch (Throwable e)
 507     {
 508       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 509     }
 510     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 511     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 512     {
 513       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 514     }
 515
 516     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 517             DataSourceType.FILE);
 518     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 519
 520     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 521     {
 522       // check representative
 523       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 524       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 525       Assert.assertNotNull(rep,
 526               "Couldn't restore sequence representative from project");
 527       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 528       // will be different.
 529       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 530       // load/saves.
 531       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 532               rep.toString(),
 533               "Representative wasn't the same when recovered.");
 534       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 535               "Display reference sequence view setting not set.");
 536       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 537               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 538     }
 539   }
 540
 541   @Test(groups = { "Functional" })
 542   public void testIsVersionStringLaterThan()
 543   {
 544     /*
 545      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 546      * compatible
 547      */
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 552             "Development Build"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 554             "DEVELOPMENT BUILD"));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 556             "Development Build"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 560     assertTrue(Jalview2XML
 561             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 562     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 563             "Automated Build"));
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 565             "AUTOMATED BUILD"));
 566
 567     /*
 568      * same version returns true i.e. compatible
 569      */
 570     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 571     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 572     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 573     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 575
 576     /*
 577      * later version returns true
 578      */
 579     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 580     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 581     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 582     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 583     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 584
 585     /*
 586      * earlier version returns false
 587      */
 588     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 589     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 590     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 591     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 592     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 593   }
 594
 595   /**
 596    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 597    * representative sequence) in each view.
 598    *
 599    * @throws Exception
 600    */
 601   @Test(groups = { "Functional" })
 602   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 603   {
 604     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 605     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 606             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 607     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 608     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 609     // make a second view of the alignment
 610     af.newView_actionPerformed(null);
 611
 612     /*
 613      * remember representative and hidden sequences marked
 614      * on each panel
 615      */
 616     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 617     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 618
 619     /*
 620      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 621      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 622      */
 623     int n = 1;
 624     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 625     {
 626       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 627       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 628       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 629       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 630       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 631       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 632       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 633       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 634       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 635
 636       /*
 637        * have rep sequence represent itself and the one before it
 638        * this hides the group (except for the rep seq)
 639        */
 640       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 641       sg.addSequence(repSeq, false);
 642       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 643       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 644       sg.setSeqrep(repSeq);
 645       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 646       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 647       av.setSelectionGroup(sg);
 648       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 649
 650       /*
 651        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 652        * (it does not create a group on the alignment)
 653        */
 654       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 655       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 656       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 657       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 658       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 659       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 660               .getHiddenRepSequences();
 661       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 662       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 663       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 664       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 665       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 666       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 667
 668       n++;
 669     }
 670     File tfile = File
 671             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps", ".jvp");
 672     try
 673     {
 674       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 675     } catch (Throwable e)
 676     {
 677       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 678     }
 679     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 680     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 681     {
 682       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 683     }
 684
 685     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 686             DataSourceType.FILE);
 687     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 688
 689     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 690     {
 691       String viewName = ap.getViewName();
 692       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 693       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 694       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 695       assertNotNull(groups);
 696       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 697       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 698               .getHiddenRepSequences();
 699       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 700       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 701       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 702               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 703                       .getDisplayId(true));
 704
 705       /*
 706        * verify hidden sequences in restored panel
 707        */
 708       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 709       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 710       assertEquals(
 711               hidden.size(),
 712               hs.getSize(),
 713               "wrong number of restored hidden sequences in "
 714                       + ap.getViewName());
 715     }
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 720    *
 721    * @throws Exception
 722    */
 723   @Test(groups = { "Functional" })
 724   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 725   {
 726     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 727     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 728     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 729             DataSourceType.FILE);
 730     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 731     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 732
 733     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 734     System.out.println();
 735     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 736     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 737     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 738     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 739     System.out.println("blah");
 740     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 741     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 742     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 743     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 744     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 745     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 746     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 747     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 748     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 749     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 750     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 751     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 752     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 753     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 754     Assert.assertEquals(seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 755             .get(0), pdbEntries[0]);
 756     Assert.assertEquals(seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 757             .get(0), pdbEntries[1]);
 758     Assert.assertEquals(seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 759             .get(0), pdbEntries[2]);
 760     Assert.assertEquals(seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 761             .get(0), pdbEntries[3]);
 762
 763     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 764     try
 765     {
 766       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 767     } catch (Throwable e)
 768     {
 769       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 770     }
 771     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 772     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 773     {
 774       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 775     }
 776
 777     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 778             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 779     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 780     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 781     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 782     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 783     System.out.println("blah");
 784     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 785     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 786     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 787     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 788     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 789     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 790     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 791     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 792     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 793
 794     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 795     // recoverable from a Jalview projects
 796     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 797     {
 798       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 799               .get(0);
 800       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 801       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 802               "Mismatch PDB ID");
 803       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 804               "Mismatch PDB ID");
 805       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 806               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 807       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 808               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 809     }
 810   }
 811
 812   /**
 813    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 814    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 815    * saved project.
 816    *
 817    * @throws IOException
 818    */
 819   @Test(groups = { "Functional" })
 820   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 821   {
 822     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 823     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 824             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 825
 826     AlignViewport av = af.getViewport();
 827     AlignmentI al = av.getAlignment();
 828
 829     /*
 830      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 831      */
 832     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 833     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 834     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 835     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 836     assertFalse(sp.isForConservation());
 837     sp.valueChanged(10);
 838     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 839     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 840     assertTrue(sp.isForConservation());
 841     sp.valueChanged(20);
 842     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 843     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 844     assertTrue(rs.conservationApplied());
 845     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 846
 847     /*
 848      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 849      * and 40% PID threshold
 850      */
 851     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 852     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 853     sg.setStartRes(15);
 854     sg.setEndRes(25);
 855     av.setSelectionGroup(sg);
 856     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 857     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 858             .toString());
 859     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 860     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 861     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 862     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 863     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 864     assertTrue(sp.isForConservation());
 865     sp.valueChanged(30);
 866     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 867     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 868     assertFalse(sp.isForConservation());
 869     sp.valueChanged(40);
 870     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 871     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 872     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 873
 874     /*
 875      * save project, close windows, reload project, verify
 876      */
 877     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 878             ".jvp");
 879     tfile.deleteOnExit();
 880     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 881     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 882     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 883             DataSourceType.FILE);
 884     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 885
 886     /*
 887      * verify alignment (background) colouring
 888      */
 889     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 890     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 891     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 892     assertTrue(rs.conservationApplied());
 893     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 894
 895     /*
 896      * verify group colouring
 897      */
 898     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 899     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 900             .getGroupColourScheme();
 901     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 902     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 903     assertTrue(rs.conservationApplied());
 904     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 905   }
 906
 907   /**
 908    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 909    *
 910    * @throws IOException
 911    */
 912   @Test(groups = { "Functional" })
 913   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 914   {
 915     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 916             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 917     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 918
 919     /*
 920      * add some features to the sequence
 921      */
 922     int score = 1;
 923     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 924     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 925     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 926     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 927     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 928
 929     /*
 930      * set colour schemes for features
 931      */
 932     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 933     fr.findAllFeatures(true);
 934
 935     // type1: red
 936     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 937
 938     // type2: by label
 939     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 940     byLabel.setColourByLabel(true);
 941     fr.setColour("type2", byLabel);
 942
 943     // type3: by score above threshold
 944     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(Color.BLACK, Color.BLUE, 1,
 945             10);
 946     byScore.setAboveThreshold(true);
 947     byScore.setThreshold(2f);
 948     fr.setColour("type3", byScore);
 949
 950     // type4: by attribute AF
 951     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 952     byAF.setColourByLabel(true);
 953     byAF.setAttributeName("AF");
 954     fr.setColour("type4", byAF);
 955
 956     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 957     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(Color.BLACK, Color.BLUE,
 958             1, 10);
 959     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 960     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 961     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 962     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 963
 964     /*
 965      * set filters for feature types
 966      */
 967
 968     // filter type1 features by (label contains "x")
 969     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 970     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 971     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 972
 973     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 974     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 975     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 976     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 977     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 978
 979     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 980     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 981     filterByXY
 982             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 983     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 984             "PolyPhen"));
 985     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 986
 987     /*
 988      * save as Jalview project
 989      */
 990     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 991     tfile.deleteOnExit();
 992     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 993     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
 994             "Failed to store as a project.");
 995
 996     /*
 997      * close current alignment and load the saved project
 998      */
 999     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1000     af = null;
1001     af = new FileLoader()
1002             .LoadFileWaitTillLoaded(filePath, DataSourceType.FILE);
1003     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1004
1005     /*
1006      * verify restored feature colour schemes and filters
1007      */
1008     fr = af.getFeatureRenderer();
1009     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1010     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1011     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1012     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1013     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1014     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1015     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1016     assertNull(fc.getAttributeName());
1017     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1018     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1019     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1020     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1021     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1022     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1023     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1024     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1025     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1026     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1027     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1028     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1029
1030     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1031             "Label Contains x");
1032     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1033             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1034     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1035             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1036   }
1037
1038   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1039   {
1040     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1041             score, "grp");
1042     sf.setValue("AF", score);
1043     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1044     {
1045       {
1046         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1047       }
1048     });
1049     seq.addSequenceFeature(sf);
1050   }
1051
1052   /**
1053    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1054    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1055    *
1056    * @param seq
1057    * @param featureType
1058    * @param score
1059    */
1060   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1061   {
1062     addFeature(seq, featureType, score++);
1063     addFeature(seq, featureType, score);
1064   }
1065
1066   /**
1067    * Test save and reload of a PCA viewer
1068    *
1069    * @throws IOException
1070    */
1071   @Test(groups = { "Functional" })
1072   public void testSaveLoadPCA() throws IOException
1073   {
1074     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1075             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
1076     assertEquals(af.getViewport().getAlignment().getHeight(), 15);
1077
1078     /*
1079      * calculate and open PCA (calculates in a separate thread)
1080      */
1081     CalculationChooser chooser = new CalculationChooser(af);
1082     ((JRadioButton) PA.getValue(chooser, "pca")).setSelected(true);
1083     PA.invokeMethod(chooser, "calculate_actionPerformed()");
1084     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) PA.getValue(chooser, "pcaPanel");
1085     assertNotNull(pcaPanel);
1086     waitFor(50); // let it get started!!
1087     while (pcaPanel.isWorking())
1088     {
1089       waitFor(50);
1090     }
1091     PA.invokeMethod(chooser, "close_actionPerformed()");
1092
1093     /*
1094      * rotate, zoom in, change background colour
1095      */
1096     RotatableCanvas rc = (RotatableCanvas) PA.getValue(pcaPanel, "rc");
1097     PA.setValue(rc, "bgColour", Color.PINK);
1098     rc.zoom(1.9f);
1099     rc.rotate(20, 40f);
1100
1101     /*
1102      * save as Jalview project
1103      */
1104     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
1105     tfile.deleteOnExit();
1106     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
1107     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
1108             "Failed to store as a project.");
1109
1110     /*
1111      * load the saved project and locate the restored PCA panel
1112      */
1113     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath, DataSourceType.FILE);
1114     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1115     PCAPanel pcaPanel2 = null;
1116     for (JInternalFrame frame : frames)
1117     {
1118       if (frame instanceof PCAPanel && frame != pcaPanel)
1119       {
1120         pcaPanel2 = (PCAPanel) frame;
1121       }
1122     }
1123     assertNotNull(pcaPanel2);
1124
1125     /*
1126      * compare restored and original PCA
1127      */
1128     PCAModel pcaModel = (PCAModel) PA.getValue(pcaPanel, "pcaModel");
1129     PCAModel pcaModel2 = (PCAModel) PA.getValue(pcaPanel2, "pcaModel");
1130     RotatableCanvas rc2 = (RotatableCanvas) PA.getValue(pcaPanel2, "rc");
1131     assertNotNull(pcaModel);
1132     assertNotNull(pcaModel2);
1133     assertNotNull(rc2);
1134     assertEquals(rc2.getBackgroundColour(), Color.PINK);
1135     assertEquals(PA.getValue(rc2, "scaleFactor"), 1.9f);
1136
1137     // original has input data
1138     assertNotNull(pcaModel.getInputData());
1139     // restored has no input data (JAL-2647 to do)
1140     assertNull(pcaModel2.getInputData());
1141
1142     // verify sequence points are at the same positions
1143     List<SequencePoint> seqPts = pcaModel.getSequencePoints();
1144     List<SequencePoint> seqPts2 = pcaModel2.getSequencePoints();
1145     assertEquals(seqPts.size(), seqPts2.size());
1146     for (int i = 0; i < seqPts.size(); i++)
1147     {
1148       SequencePoint sp = seqPts.get(i);
1149       SequencePoint sp2 = seqPts2.get(i);
1150       assertEquals(sp.getSequence().getName(), sp2.getSequence().getName());
1151       assertEquals(sp.coord, sp2.coord);
1152     }
1153
1154     // verify axis end points are at the same positions
1155     Point[] axes = (Point[]) PA.getValue(rc, "axisEndPoints");
1156     Point[] axes2 = (Point[]) PA.getValue(rc2, "axisEndPoints");
1157     assertEquals(axes.length, 3);
1158     assertEquals(axes2.length, 3);
1159     for (int i = 0; i < 3; i++)
1160     {
1161       assertEquals(axes[i], axes2[i]);
1162     }
1163
1164     // compare PCA data
1165     PCA pca = (PCA) PA.getValue(pcaModel, "pca");
1166     PCA pca2 = (PCA) PA.getValue(pcaModel2, "pca");
1167     assertNotNull(pca);
1168     assertNotNull(pca2);
1169     // same (BLOSUM62) score model (a singleton object)
1170     assertSame(PA.getValue(pca, "scoreModel"),
1171             PA.getValue(pca2, "scoreModel"));
1172     assertEquals(PA.getValue(pca, "similarityParams"),
1173             PA.getValue(pca2, "similarityParams"));
1174     MatrixTest.assertMatricesMatch(pca.getPairwiseScores(),
1175             pca2.getPairwiseScores());
1176     MatrixTest.assertMatricesMatch(pca.getTridiagonal(),
1177             pca2.getTridiagonal());
1178     MatrixTest.assertMatricesMatch(pca.getEigenmatrix(),
1179             pca2.getEigenmatrix());
1180   }
1181
1182   protected void waitFor(long t)
1183   {
1184     synchronized (this)
1185     {
1186       try
1187       {
1188         wait(t);
1189       } catch (InterruptedException e)
1190       {
1191         fail(e.getMessage());
1192       }
1193     }
1194   }
1195 }