test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  36 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.gui.AlignFrame;
  40 import jalview.gui.Desktop;
  41 import jalview.gui.Jalview2XML;
  42 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  45
  46 import java.io.File;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.HashMap;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Map;
  51
  52 import org.testng.Assert;
  53 import org.testng.AssertJUnit;
  54 import org.testng.annotations.AfterClass;
  55 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  56 import org.testng.annotations.Test;
  57
  58 @Test(singleThreaded = true)
  59 public class Jalview2xmlTests
  60 {
  61
  62   /**
  63    * @throws java.lang.Exception
  64    */
  65   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  66   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  67   {
  68     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  69         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  70   }
  71
  72   /**
  73    * @throws java.lang.Exception
  74    */
  75   @AfterClass(alwaysRun = true)
  76   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  77   {
  78     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  79   }
  80
  81   int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  82   {
  83     int numdsann = 0;
  84     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  85     {
  86       if (sq.getAnnotation() != null)
  87       {
  88         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  89         {
  90           if (dssa.isValidStruc())
  91           {
  92             numdsann++;
  93           }
  94         }
  95       }
  96     }
  97     return numdsann;
  98   }
  99
 100   @Test(groups = { "Functional" })
 101   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 102   {
 103     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 104     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 105             .getAbsolutePath();
 106     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 107             inFile, FormatAdapter.FILE);
 108     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 109     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 110     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 111     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 112     assertTrue(
 113             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 114             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 115     assertTrue("Failed to store as a project.",
 116             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 117     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 118     af = null;
 119     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 120             FormatAdapter.FILE);
 121     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 122     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 123     assertTrue(
 124             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 125                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 126             olddsann == newdsann);
 127     System.out
 128             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 129                     + olddsann + ")");
 130     assertTrue(
 131             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 132             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 133   }
 134
 135   @Test(groups = { "Functional" })
 136   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 137   {
 138     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 139     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 140             .getAbsolutePath();
 141     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 142             inFile, FormatAdapter.FILE);
 143     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 144     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 145     assertTrue(
 146             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 147             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 148                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 149     assertTrue(
 150             "Recognise T-Coffee score from string",
 151             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 152                     .getAlignment(),
 153                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 154                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 155
 156     assertTrue("Failed to store as a project.",
 157             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 158     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 159     af = null;
 160     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 161             FormatAdapter.FILE);
 162     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 163     assertTrue(
 164             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 165             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 166                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 167     System.out
 168             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 169   }
 170
 171   @Test(groups = { "Functional" })
 172   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 173   {
 174     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 175     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 176             .getAbsolutePath();
 177     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 178             inFile, FormatAdapter.FILE);
 179     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 180     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 181     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 182             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 183     assertTrue(
 184             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 185             aa != null && aa.length > 0);
 186     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 187             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 188     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 189             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 190     cs.setSeqAssociated(true);
 191     gcs.setSeqAssociated(true);
 192     af.changeColour(cs);
 193     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 194     sg.setStartRes(57);
 195     sg.setEndRes(92);
 196     sg.cs = gcs;
 197     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 198     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 199     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 200     af.alignPanel.alignmentChanged();
 201     assertTrue("Failed to store as a project.",
 202             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 203     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 204     af = null;
 205     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 206             FormatAdapter.FILE);
 207     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 208
 209     // check for group and alignment colourschemes
 210
 211     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 212     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 213             .get(0).cs;
 214     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 215     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 216             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 217     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 218     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 219             __rcs.isSeqAssociated());
 220
 221     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 222     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 223     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 224             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 225     {
 226       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 227               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 228       {
 229         diffseqcols = true;
 230       }
 231     }
 232     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 233     System.out
 234             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 235
 236     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 237     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 238             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 239     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 240     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 241             __rcs.isSeqAssociated());
 242
 243     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 244             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 245     {
 246       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 247               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 248       {
 249         diffgseqcols = true;
 250       }
 251     }
 252     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 253     System.out
 254             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 255   }
 256
 257   @Test(groups = { "Functional" })
 258   public void gatherViewsHere() throws Exception
 259   {
 260     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 261             .getAlignFrames().length;
 262     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 263             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 264     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 265     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 266             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 267
 268   }
 269
 270   @Test(groups = { "Functional" })
 271   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 272   {
 273     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 274             Boolean.TRUE.toString());
 275     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
 276             Boolean.TRUE.toString());
 277     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 278             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 279     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 280     AlignmentViewPanel sps = null;
 281     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 282     {
 283       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 284       {
 285         sps = ap;
 286         break;
 287       }
 288     }
 289     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 290     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 291     AlignmentAnnotation refan = null;
 292     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 293             .getAlignmentAnnotation())
 294     {
 295       if (ra.graph != 0)
 296       {
 297         refan = ra;
 298         break;
 299       }
 300     }
 301     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 302     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 303     // compare the manually added temperature factor annotation
 304     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 305     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 306     {
 307       AlignmentAnnotation alaa;
 308       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 309       alaa.adjustForAlignment();
 310       if (ala.graph == refan.graph)
 311       {
 312         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 313         {
 314           sq.findPosition(p);
 315           try
 316           {
 317             assertTrue(
 318                     "Mismatch at alignment position " + p,
 319                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 320                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 321           } catch (NullPointerException q)
 322           {
 323             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 324                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 325                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 326           }
 327         }
 328       }
 329     }
 330
 331   }
 332
 333   @Test(groups = { "Functional" })
 334   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 335   {
 336     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 337             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 338     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 339     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 340     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 341     {
 342       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 343       {
 344         sps = ap;
 345       }
 346       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 347       {
 348         groups = ap;
 349       }
 350     }
 351     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 352     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 353
 354     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 355     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 356     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 357
 358     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 359     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 360             .getViewStyle()));
 361     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 362             .getViewStyle()));
 363
 364   }
 365
 366   /**
 367    * test store and recovery of expanded views - currently this is disabled
 368    * since the Desktop.explodeViews method doesn't seem to result in the views
 369    * being expanded to distinct align frames when executed programmatically.
 370    *
 371    * @throws Exception
 372    */
 373   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 374   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 375   {
 376     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 377             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 378     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 379     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 380     {
 381       final AlignFrame xaf = af;
 382       af = null;
 383       new Thread(new Runnable()
 384       {
 385         @Override
 386         public void run()
 387         {
 388           Desktop.instance.explodeViews(xaf);
 389         }
 390       }).start();
 391       Thread.sleep(1000);
 392     }
 393     // int times = 0;
 394     // while (++times < 5 && Desktop.getAlignFrames().length < )
 395     // {
 396     // Thread.sleep(300);
 397     // }
 398     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 399     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 400             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 401     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 402     try
 403     {
 404       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 405     } catch (Error e)
 406     {
 407       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 408     } catch (Exception e)
 409     {
 410       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 411     }
 412     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 413     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 414     {
 415       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 416     }
 417     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 418             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 419     Assert.assertNotNull(af);
 420     Assert.assertEquals(
 421             Desktop.getAlignFrames().length,
 422             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 423     Assert.assertEquals(
 424             oldviews,
 425             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 426   }
 427
 428   /**
 429    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 430    * in each view.
 431    *
 432    * @throws Exception
 433    */
 434   @Test(groups = { "Functional" })
 435   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 436   {
 437     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 438     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 439             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 440     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 441     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 442
 443     // remember reference sequence for each panel
 444     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 445
 446     /*
 447      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 448      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 449      */
 450     int n = 1;
 451     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 452     {
 453       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 454       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 455       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 456       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 457       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 458
 459       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 460       // todo refactor this to an alignment view controller
 461       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 462       av.setColourByReferenceSeq(true);
 463       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 464
 465       n++;
 466     }
 467     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 468             ".jvp");
 469     try
 470     {
 471       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 472     } catch (Throwable e)
 473     {
 474       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 475     }
 476     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 477     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 478     {
 479       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 480     }
 481
 482     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 483             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 484     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 485
 486     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 487     {
 488       // check representative
 489       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 490       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 491       Assert.assertNotNull(rep,
 492               "Couldn't restore sequence representative from project");
 493       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 494       // will be different.
 495       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 496       // load/saves.
 497       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 498               rep.toString(),
 499               "Representative wasn't the same when recovered.");
 500       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 501               "Display reference sequence view setting not set.");
 502       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 503               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 504     }
 505   }
 506
 507   @Test(groups = { "Functional" })
 508   public void testIsVersionStringLaterThan()
 509   {
 510     /*
 511      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 512      * compatible
 513      */
 514     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 515     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 516     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 517     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 518             "Development Build"));
 519     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 520             "DEVELOPMENT BUILD"));
 521     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 522             "Development Build"));
 523     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 524     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 525     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 526     assertTrue(Jalview2XML
 527             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 528     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 529             "Automated Build"));
 530     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 531             "AUTOMATED BUILD"));
 532
 533     /*
 534      * same version returns true i.e. compatible
 535      */
 536     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 538     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 539     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 540     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 541
 542     /*
 543      * later version returns true
 544      */
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 550
 551     /*
 552      * earlier version returns false
 553      */
 554     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 555     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 556     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 557     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 558     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 559   }
 560
 561   /**
 562    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 563    * representative sequence) in each view.
 564    *
 565    * @throws Exception
 566    */
 567   @Test(groups = { "Functional" })
 568   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 569   {
 570     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 571     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 572             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
 573     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 574     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 575     // make a second view of the alignment
 576     af.newView_actionPerformed(null);
 577
 578     /*
 579      * remember representative and hidden sequences marked
 580      * on each panel
 581      */
 582     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 583     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 584
 585     /*
 586      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 587      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 588      */
 589     int n = 1;
 590     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 591     {
 592       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 593       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 594       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 595       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 596       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 597       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 598       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 599       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 600       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 601
 602       /*
 603        * have rep sequence represent itself and the one before it
 604        * this hides the group (except for the rep seq)
 605        */
 606       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 607       sg.addSequence(repSeq, false);
 608       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 609       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 610       sg.setSeqrep(repSeq);
 611       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 612       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 613       av.setSelectionGroup(sg);
 614       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 615
 616       /*
 617        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 618        * (it does not create a group on the alignment)
 619        */
 620       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 621       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 622       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 623       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 624       assertTrue("alignment has groups", alignment.getGroups().isEmpty());
 625       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av.getHiddenRepSequences();
 626       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 627       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 628       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 629       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 630       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 631       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 632
 633       n++;
 634     }
 635     File tfile = File
 636             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 637             ".jvp");
 638     try
 639     {
 640       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 641     } catch (Throwable e)
 642     {
 643       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 644     }
 645     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 646     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 647     {
 648       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 649     }
 650
 651     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 652             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 653     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 654
 655     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 656     {
 657       String viewName = ap.getViewName();
 658       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 659       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 660       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 661       assertNotNull(groups);
 662       assertTrue("Alignment has groups", groups.isEmpty());
 663       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 664               .getHiddenRepSequences();
 665       assertNotNull("No hidden represented sequences", hiddenRepSeqsMap);
 666       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 667       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 668               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 669                       .getDisplayId(true));
 670
 671       /*
 672        * verify hidden sequences in restored panel
 673        */
 674       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 675       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 676       assertEquals(
 677               "wrong number of restored hidden sequences in "
 678                       + ap.getViewName(),
 679               hidden.size(), hs.getSize());
 680     }
 681   }
 682 }