test/jalview/io/PfamFormatInputTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24
  25 import java.io.IOException;
  26
  27 import org.testng.Assert;
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class PfamFormatInputTest
  31 {
  32   @Test
  33   public void testPfamFormatNoLimits() throws IOException
  34   {
  35     AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile("ASEQ"
  36             + '\t' + "...--FFAFAFF--", AppletFormatAdapter.PASTE, "PFAM");
  37     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
  38     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
  39             "Didn't extract limits from PFAM ID");
  40   }
  41
  42   @Test
  43   public void testPfamFormatValidLimits() throws IOException
  44   {
  45     AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile(
  46             "ASEQ/15-25" + '\t' + "...--FFAFAFF--",
  47             AppletFormatAdapter.PASTE, "PFAM");
  48     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
  49     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
  50             "Didn't extract limits from PFAM ID");
  51   }
  52 }