test/jalview/io/gff/GffHelperBaseTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import java.util.Arrays;
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class GffHelperBaseTest
  34 {
  35
  36   /**
  37    * Test the method that parses lines like <br>
  38    * ID=2345;Name=Something,Another thing;Notes=Hello;Notes=World
  39    */
  40   @Test(groups = { "Functional" })
  41   public void testParseNameValuePairs()
  42   {
  43     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs(null, ";", ' ', ",")
  44             .isEmpty());
  45     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs("", ";", ' ', ",")
  46             .isEmpty());
  47     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs("hello=world", ";", ' ',
  48             ",").isEmpty());
  49
  50     Map<String, List<String>> map = GffHelperBase.parseNameValuePairs(
  51             "hello world", ";", ' ', ", ");
  52     assertEquals(1, map.size());
  53     assertEquals(1, map.get("hello").size());
  54     assertEquals("world", map.get("hello").get(0));
  55
  56     map = GffHelperBase
  57             .parseNameValuePairs(
  58                     "Method= manual curation ;nothing; Notes=F2 S ; Notes=Metal,Shiny; Type=",
  59                     ";", '=', ",");
  60
  61     // Type is ignored as no value was supplied
  62     assertEquals(2, map.size());
  63
  64     assertEquals(1, map.get("Method").size());
  65     assertEquals("manual curation", map.get("Method").get(0)); // trimmed
  66
  67     assertEquals(3, map.get("Notes").size());
  68     assertEquals("F2 S", map.get("Notes").get(0));
  69     assertEquals("Metal", map.get("Notes").get(1));
  70     assertEquals("Shiny", map.get("Notes").get(2));
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Test for the method that tries to trim mappings to equivalent lengths
  75    */
  76   @Test(groups = "Functional")
  77   public void testTrimMapping()
  78   {
  79     int[] from = { 1, 12 };
  80     int[] to = { 20, 31 };
  81     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  82     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  83     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  84
  85     // from too long:
  86     from = new int[] { 1, 13 };
  87     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  88     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // trimmed
  89     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  90
  91     // to too long:
  92     to = new int[] { 20, 33 };
  93     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  94     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  95     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // trimmed
  96
  97     // from reversed:
  98     from = new int[] { 12, 1 };
  99     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 100     assertEquals("[12, 1]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 101     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 102
 103     // to reversed:
 104     to = new int[] { 31, 20 };
 105     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 106     assertEquals("[12, 1]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 107     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 108
 109     // from reversed and too long:
 110     from = new int[] { 14, 1 };
 111     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 112     assertEquals("[14, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 113     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 114
 115     // to reversed and too long:
 116     to = new int[] { 31, 10 };
 117     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 118     assertEquals("[14, 3]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 119     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 120
 121     // cdna to peptide (matching)
 122     from = new int[] { 1, 18 };
 123     to = new int[] { 4, 9 };
 124     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 125     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 126     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 127
 128     // overlong cdna to peptide
 129     from = new int[] { 1, 20 };
 130     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 131     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 132     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 133
 134     // overlong cdna (reversed) to peptide
 135     from = new int[] { 20, 1 };
 136     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 137     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 138     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 139
 140     // overlong cdna (reversed) to peptide (reversed)
 141     from = new int[] { 20, 1 };
 142     to = new int[] { 9, 4 };
 143     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 144     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 145     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 146
 147     // peptide to cdna (matching)
 148     from = new int[] { 4, 9 };
 149     to = new int[] { 1, 18 };
 150     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 151     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 152     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 153
 154     // peptide to overlong cdna
 155     to = new int[] { 1, 20 };
 156     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 157     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 158     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 159
 160     // peptide to overlong cdna (reversed)
 161     to = new int[] { 20, 1 };
 162     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 163     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 164     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 165
 166     // peptide (reversed) to overlong cdna (reversed)
 167     from = new int[] { 9, 4 };
 168     to = new int[] { 20, 1 };
 169     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 170     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 171     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 172
 173     // overlong peptide to word-length cdna
 174     from = new int[] { 4, 10 };
 175     to = new int[] { 1, 18 };
 176     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 177     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 178     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 179
 180     // overlong peptide to non-word-length cdna
 181     from = new int[] { 4, 10 };
 182     to = new int[] { 1, 19 };
 183     assertFalse(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 184     assertEquals("[4, 10]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 185     assertEquals("[1, 19]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 186
 187   }
 188 }