test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Locale;
  37 import java.util.Map;
  38
  39 import javax.swing.JInternalFrame;
  40
  41 import org.testng.Assert;
  42 import org.testng.AssertJUnit;
  43 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  44 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  45 import org.testng.annotations.Test;
  46
  47 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  48 import jalview.api.AlignViewportI;
  49 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  50 import jalview.api.FeatureColourI;
  51 import jalview.api.ViewStyleI;
  52 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  53 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  54 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  55 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  56 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
  57 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  58 import jalview.datamodel.Mapping;
  59 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  60 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  61 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  62 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  63 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  64 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  65 import jalview.datamodel.SequenceI;
  66 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  67 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  68 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  69 import jalview.gui.AlignFrame;
  70 import jalview.gui.AlignViewport;
  71 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  72 import jalview.gui.Desktop;
  73 import jalview.gui.JvOptionPane;
  74 import jalview.gui.PCAPanel;
  75 import jalview.gui.PopupMenu;
  76 import jalview.gui.SliderPanel;
  77 import jalview.io.DataSourceType;
  78 import jalview.io.FileFormat;
  79 import jalview.io.FileLoader;
  80 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  81 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  82 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  83 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  84 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  85 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  86 import jalview.schemes.FeatureColour;
  87 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  88 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  89 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  90 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  91 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  92 import jalview.util.MapList;
  93 import jalview.util.matcher.Condition;
  94 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  95 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  96
  97 import junit.extensions.PA;
  98 @Test(singleThreaded = true)
  99 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
 100 {
 101   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 102   public void tearDown()
 103   {
 104     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 105   }
 106
 107   @Override
 108   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 109   public void setUpJvOptionPane()
 110   {
 111     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 112     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 113   }
 114
 115   @Test(groups = { "Functional" })
 116   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 117   {
 118     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 119     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 120             .getAbsolutePath();
 121     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 122             DataSourceType.FILE);
 123     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 124     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 125     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 126     af.changeColour_actionPerformed(
 127             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 128     assertTrue(
 129             af.getViewport()
 130                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 131             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 132     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 133     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 134             "Failed to store as a project.");
 135     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 136     af = null;
 137     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 138             DataSourceType.FILE);
 139     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 140     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 141     assertEquals(olddsann, newdsann,
 142             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 143                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 144     System.out.println(
 145             "Read in same number of annotations as originally present ("
 146                     + olddsann + ")");
 147     assertTrue(
 148
 149             af.getViewport()
 150                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 151             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 152   }
 153
 154   @Test(groups = { "Functional" })
 155   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 156   {
 157     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 158             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 159     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 160             .getAbsolutePath();
 161     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 162             DataSourceType.FILE);
 163     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 164     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 165     AlignViewportI viewport = af.getViewport();
 166     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 167             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 168     assertNotNull(
 169             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 170                     viewport.getAlignment(),
 171                     viewport.getGlobalColourScheme()
 172                             .getSchemeName()),
 173             "Recognise T-Coffee score from string");
 174
 175     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 176     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 177             "Failed to store as a project.");
 178     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 179     af = null;
 180     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 181             DataSourceType.FILE);
 182     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 183     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 184             TCoffeeColourScheme.class,
 185             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 186     System.out.println(
 187             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 188   }
 189
 190   @Test(groups = { "Functional" })
 191   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 192   {
 193     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 194             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 195     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 196             .getAbsolutePath();
 197     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 198             DataSourceType.FILE);
 199     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 200     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 201     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 202             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 203     assertTrue(
 204
 205             aa != null && aa.length > 0,
 206             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 207     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 208             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 209     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 210             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 211     cs.setSeqAssociated(true);
 212     gcs.setSeqAssociated(true);
 213     af.changeColour(cs);
 214     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 215     sg.setStartRes(57);
 216     sg.setEndRes(92);
 217     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 218     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 219     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 220     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 221     af.alignPanel.alignmentChanged();
 222     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 223     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 224             "Failed to store as a project.");
 225     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 226     af = null;
 227     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 228             DataSourceType.FILE);
 229     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 230
 231     // check for group and alignment colourschemes
 232
 233     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 234     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 235             .getColourScheme();
 236     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 237     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 238             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 239     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 240     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 241             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 242
 243     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 244     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 245     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 246             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 247     {
 248       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 249               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 250       {
 251         diffseqcols = true;
 252       }
 253     }
 254     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 255     System.out.println(
 256             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 257
 258     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 259     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 260             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 261     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 262     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 263             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 264
 265     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 266             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 267     {
 268       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 269               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 270                       0f))
 271       {
 272         diffgseqcols = true;
 273       }
 274     }
 275     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 276     System.out.println(
 277             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 278   }
 279
 280   @Test(groups = { "Functional" })
 281   public void gatherViewsHere() throws Exception
 282   {
 283     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 284             : Desktop.getAlignFrames().length;
 285     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 286             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 287     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 288     assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 289             1 + origCount,
 290             "Didn't gather the views in the example file.");
 291
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 296    *
 297    * @throws Exception
 298    */
 299   @Test(groups = { "Functional" })
 300   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 301   {
 302     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 303     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 304     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 305             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 306     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 307
 308     // locate Jmol viewer
 309     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 310     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 311             .findFileForPDBId("1A70");
 312     assertEquals(
 313             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 314                     .getMapping(pdbFile).length,
 315             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 316
 317   }
 318
 319   @Test(groups = { "Functional" })
 320   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 321   {
 322     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 323     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 324     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 325             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 326     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 327     AlignmentViewPanel sps = null;
 328     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 329     {
 330       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 331       {
 332         sps = ap;
 333         break;
 334       }
 335     }
 336     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 337     AlignmentAnnotation refan = null;
 338     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 339             .getAlignmentAnnotation())
 340     {
 341       if (ra.graph != 0)
 342       {
 343         refan = ra;
 344         break;
 345       }
 346     }
 347     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 348     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 349     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 350     // compare the manually added temperature factor annotation
 351     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 352     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 353             "1a70 has no annotation");
 354     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 355     {
 356       AlignmentAnnotation alaa;
 357       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 358       alaa.adjustForAlignment();
 359       if (ala.graph == refan.graph)
 360       {
 361         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 362         {
 363           sq.findPosition(p);
 364           try
 365           {
 366             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 367                     && refan.annotations[p] == null)
 368                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 369                     "Mismatch at alignment position " + p);
 370           } catch (NullPointerException q)
 371           {
 372             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 373                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 374                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 375           }
 376         }
 377       }
 378     }
 379
 380   }
 381
 382   @Test(groups = { "Functional" })
 383   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 384   {
 385     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 386             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 387     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 388     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 389     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 390     {
 391       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 392       {
 393         sps = ap;
 394       }
 395       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 396       {
 397         groups = ap;
 398       }
 399     }
 400     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 401     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 402
 403     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 404     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 405     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 406
 407     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 408     AssertJUnit.assertFalse(
 409             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 410     Assert.assertTrue(structureStyle
 411             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 412
 413   }
 414
 415   /**
 416    * test store and recovery of expanded views
 417    *
 418    * @throws Exception
 419    */
 420   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 421   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 422   {
 423     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 424
 425     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 426             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 427     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 428     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 429
 430     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 431     // actually on the Desktop
 432     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 433             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 434
 435     Desktop.explodeViews(af);
 436
 437     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 438     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 439             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 440     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 441     try
 442     {
 443       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 444     } catch (Error e)
 445     {
 446       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 447     } catch (Exception e)
 448     {
 449       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 450     }
 451     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 452     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 453     {
 454       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 455     }
 456     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 457             DataSourceType.FILE);
 458     Assert.assertNotNull(af);
 459     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 460             Desktop.getAlignmentPanels(
 461                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 462     Assert.assertEquals(
 463             Desktop.getAlignmentPanels(
 464                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 465             oldviews);
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 470    * in each view.
 471    *
 472    * @throws Exception
 473    */
 474   @Test(groups = { "Functional" })
 475   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 476   {
 477     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 478     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 479             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 480     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 481     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 482
 483     // remember reference sequence for each panel
 484     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 485
 486     /*
 487      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 488      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 489      */
 490     int n = 1;
 491     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 492     {
 493       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 494       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 495       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 496       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 497       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 498
 499       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 500       // todo refactor this to an alignment view controller
 501       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 502       av.setColourByReferenceSeq(true);
 503       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 504
 505       n++;
 506     }
 507     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 508             ".jvp");
 509     try
 510     {
 511       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 512     } catch (Throwable e)
 513     {
 514       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 515     }
 516     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 517     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 518     {
 519       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 520     }
 521
 522     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 523             DataSourceType.FILE);
 524     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 525
 526     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 527     {
 528       // check representative
 529       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 530       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 531       Assert.assertNotNull(rep,
 532               "Couldn't restore sequence representative from project");
 533       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 534       // will be different.
 535       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 536       // load/saves.
 537       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 538               rep.toString(),
 539               "Representative wasn't the same when recovered.");
 540       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 541               "Display reference sequence view setting not set.");
 542       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 543               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 544     }
 545   }
 546
 547   @Test(groups = { "Functional" })
 548   public void testIsVersionStringLaterThan()
 549   {
 550     /*
 551      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 552      * compatible
 553      */
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 558             "Development Build"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 560             "DEVELOPMENT BUILD"));
 561     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 562             "Development Build"));
 563     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 566     assertTrue(
 567             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 569             "Automated Build"));
 570     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 571             "AUTOMATED BUILD"));
 572
 573     /*
 574      * same version returns true i.e. compatible
 575      */
 576     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 577     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 578     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 579     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 580     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 581
 582     /*
 583      * later version returns true
 584      */
 585     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 586     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 587     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 588     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 589     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 590
 591     /*
 592      * earlier version returns false
 593      */
 594     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 595     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 596     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 597     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 598     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 603    * representative sequence) in each view.
 604    *
 605    * @throws Exception
 606    */
 607   @Test(groups = { "Functional" })
 608   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 609   {
 610     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 611     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 612             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 613     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 614     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 615     // make a second view of the alignment
 616     af.newView_actionPerformed(null);
 617
 618     /*
 619      * remember representative and hidden sequences marked
 620      * on each panel
 621      */
 622     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 623     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 624
 625     /*
 626      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 627      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 628      */
 629     int n = 1;
 630     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 631     {
 632       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 633       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 634       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 635       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 636       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 637       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 638       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 639       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 640       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 641
 642       /*
 643        * have rep sequence represent itself and the one before it
 644        * this hides the group (except for the rep seq)
 645        */
 646       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 647       sg.addSequence(repSeq, false);
 648       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 649       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 650       sg.setSeqrep(repSeq);
 651       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 652       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 653       av.setSelectionGroup(sg);
 654       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 655
 656       /*
 657        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 658        * (it does not create a group on the alignment)
 659        */
 660       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 661       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 662       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 663       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 664       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 665       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 666               .getHiddenRepSequences();
 667       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 668       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 669       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 670       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 671       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 672       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 673
 674       n++;
 675     }
 676     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 677             ".jvp");
 678     try
 679     {
 680       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 681     } catch (Throwable e)
 682     {
 683       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 684     }
 685     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 686     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 687     {
 688       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 689     }
 690
 691     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 692             DataSourceType.FILE);
 693     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 694
 695     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 696     {
 697       String viewName = ap.getViewName();
 698       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 699       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 700       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 701       assertNotNull(groups);
 702       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 703       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 704               .getHiddenRepSequences();
 705       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 706       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 707       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 708               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 709                       .getDisplayId(true));
 710
 711       /*
 712        * verify hidden sequences in restored panel
 713        */
 714       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 715       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 716       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 717               "wrong number of restored hidden sequences in "
 718                       + ap.getViewName());
 719     }
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 724    *
 725    * @throws Exception
 726    */
 727   @Test(groups = { "Functional" })
 728   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 729   {
 730     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 731     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 732     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 733             DataSourceType.FILE);
 734     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 735     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 736
 737     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 738     System.out.println();
 739     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 740     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 741     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 742     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 743     System.out.println("blah");
 744     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 745     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 746     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 747     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 748     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 749     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 750     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 751     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 752     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 753     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 754     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 755     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 756     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 757     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 758     Assert.assertEquals(
 759             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 760             pdbEntries[0]);
 761     Assert.assertEquals(
 762             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 763             pdbEntries[1]);
 764     Assert.assertEquals(
 765             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 766             pdbEntries[2]);
 767     Assert.assertEquals(
 768             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 769             pdbEntries[3]);
 770
 771     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 772     try
 773     {
 774       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 775     } catch (Throwable e)
 776     {
 777       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 778     }
 779     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 780     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 781     {
 782       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 783     }
 784
 785     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 786             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 787     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 788     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 789     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 790     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 791     System.out.println("blah");
 792     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 793     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 794     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 795     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 796     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 797     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 798     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 799     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 800     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 801
 802     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 803     // recoverable from a Jalview projects
 804     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 805     {
 806       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 807               .get(0);
 808       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 809       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 810               "Mismatch PDB ID");
 811       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 812               "Mismatch PDB ID");
 813       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 814               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 815       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 816               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 817       Assert.assertEquals(recov.getFile().toLowerCase(Locale.ENGLISH).lastIndexOf("pdb"),recov.getFile().length()-3, "Recovered PDBEntry file should have PDB suffix");
 818     }
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 823    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 824    * saved project.
 825    *
 826    * @throws IOException
 827    */
 828   @Test(groups = { "Functional" })
 829   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 830   {
 831     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 832     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 833             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 834
 835     AlignViewportI av = af.getViewport();
 836     AlignmentI al = av.getAlignment();
 837
 838     /*
 839      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 840      */
 841     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 842     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 843     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 844     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 845     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 846     assertFalse(sp.isForConservation());
 847     sp.valueChanged(10);
 848     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 849     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 850     assertTrue(sp.isForConservation());
 851     sp.valueChanged(20);
 852     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 853     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 854     assertTrue(rs.conservationApplied());
 855     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 856
 857     /*
 858      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 859      * and 40% PID threshold
 860      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 861      * is at a sequence not in the group)
 862      */
 863     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 864     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 865     sg.setStartRes(15);
 866     sg.setEndRes(25);
 867     av.setSelectionGroup(sg);
 868     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 869             null);
 870     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 871             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 872     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 873     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 874     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 875     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 876     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 877     assertTrue(sp.isForConservation());
 878     sp.valueChanged(30);
 879     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 880     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 881     assertFalse(sp.isForConservation());
 882     sp.valueChanged(40);
 883     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 884     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 885     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 886
 887     /*
 888      * save project, close windows, reload project, verify
 889      */
 890     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 891             ".jvp");
 892     tfile.deleteOnExit();
 893     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 894     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 895     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 896             DataSourceType.FILE);
 897     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 898
 899     /*
 900      * verify alignment (background) colouring
 901      */
 902     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 903     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 904     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 905     assertTrue(rs.conservationApplied());
 906     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 907
 908     /*
 909      * verify group colouring
 910      */
 911     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 912     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 913             .getGroupColourScheme();
 914     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 915     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 916     assertTrue(rs.conservationApplied());
 917     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 918   }
 919
 920   /**
 921    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 922    *
 923    * @throws IOException
 924    */
 925   @Test(groups = { "Functional" })
 926   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 927   {
 928     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 929             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 930     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 931
 932     /*
 933      * add some features to the sequence
 934      */
 935     int score = 1;
 936     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 937     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 938     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 939     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 940     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 941
 942     /*
 943      * set colour schemes for features
 944      */
 945     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
 946     fr.findAllFeatures(true);
 947
 948     // type1: red
 949     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 950
 951     // type2: by label
 952     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 953     byLabel.setColourByLabel(true);
 954     fr.setColour("type2", byLabel);
 955
 956     // type3: by score above threshold
 957     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 958             Color.BLUE, null, 1, 10);
 959     byScore.setAboveThreshold(true);
 960     byScore.setThreshold(2f);
 961     fr.setColour("type3", byScore);
 962
 963     // type4: by attribute AF
 964     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 965     byAF.setColourByLabel(true);
 966     byAF.setAttributeName("AF");
 967     fr.setColour("type4", byAF);
 968
 969     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 970     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 971             Color.BLUE, null, 1, 10);
 972     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 973     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 974     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 975     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 976
 977     /*
 978      * set filters for feature types
 979      */
 980
 981     // filter type1 features by (label contains "x")
 982     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 983     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 984     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 985
 986     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 987     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 988     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 989     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 990     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 991
 992     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 993     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 994     filterByXY
 995             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 996     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 997             "PolyPhen"));
 998     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 999
1000     /*
1001      * save as Jalview project
1002      */
1003     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
1004     tfile.deleteOnExit();
1005     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
1006     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
1007     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
1008             "Failed to store as a project.");
1009
1010     /*
1011      * close current alignment and load the saved project
1012      */
1013     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1014     af = null;
1015     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1016             DataSourceType.FILE);
1017     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1018
1019     /*
1020      * verify restored feature colour schemes and filters
1021      */
1022     fr = af.getFeatureRenderer();
1023     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1024     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1025     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1026     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1027     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1028     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1029     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1030     assertNull(fc.getAttributeName());
1031     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1032     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1033     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1034     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1035     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1036     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1037     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1038     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1039     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1040     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1041     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1042     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1043
1044     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1045             "Label Contains x");
1046     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1047             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1048     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1049             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0)");
1050   }
1051
1052   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1053   {
1054     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1055             score, "grp");
1056     sf.setValue("AF", score);
1057     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1058     {
1059       {
1060         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1061       }
1062     });
1063     seq.addSequenceFeature(sf);
1064   }
1065
1066   /**
1067    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1068    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1069    *
1070    * @param seq
1071    * @param featureType
1072    * @param score
1073    */
1074   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1075   {
1076     addFeature(seq, featureType, score++);
1077     addFeature(seq, featureType, score);
1078   }
1079
1080   /**
1081    * Load an HMM profile to an alignment, and confirm it is correctly restored
1082    * when reloaded from project
1083    *
1084    * @throws IOException
1085    */
1086   @Test(groups = { "Functional" })
1087   public void testStoreAndRecoverHmmProfile() throws IOException
1088   {
1089     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1090     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1091             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
1092
1093     AlignViewportI av = af.getViewport();
1094     AlignmentI al = av.getAlignment();
1095
1096     /*
1097      * mimic drag and drop of hmm file on to alignment
1098      */
1099     AlignFrame af2 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1100             "examples/uniref50.hmm", DataSourceType.FILE);
1101     al.insertSequenceAt(0,
1102             af2.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0));
1103
1104     /*
1105      * check it loaded in
1106      */
1107     SequenceI hmmSeq = al.getSequenceAt(0);
1108     assertTrue(hmmSeq.hasHMMProfile());
1109     HiddenMarkovModel hmm = hmmSeq.getHMM();
1110     assertSame(hmm.getConsensusSequence(), hmmSeq);
1111
1112     /*
1113      * save project, close windows, reload project, verify
1114      */
1115     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverHmmProfile",
1116             ".jvp");
1117     tfile.deleteOnExit();
1118     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1119     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1120     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1121             DataSourceType.FILE);
1122     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
1123
1124     hmmSeq = al.getSequenceAt(0);
1125     assertTrue(hmmSeq.hasHMMProfile());
1126     assertSame(hmm.getConsensusSequence(), hmmSeq);
1127     Mapping mapToHmmConsensus = (Mapping) PA.getValue(hmm,
1128             "mapToHmmConsensus");
1129     assertNotNull(mapToHmmConsensus);
1130     assertSame(mapToHmmConsensus.getTo(), hmmSeq.getDatasetSequence());
1131   }
1132
1133   /**
1134    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1135    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1136    */
1137   @Test(groups = { "Functional" })
1138   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1139   {
1140     // simple project - two views on one alignment
1141     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1142             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1143     assertNotNull(af);
1144     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1145     verifyDs(af);
1146   }
1147
1148   /**
1149    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1150    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1151    * is a more complex project
1152    */
1153   @Test(groups = { "Functional" })
1154   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1155   {
1156     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1157
1158     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1159     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1160             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1161             DataSourceType.FILE);
1162     assertNotNull(af);
1163
1164     AlignmentI ds = null;
1165     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1166     {
1167       if (ds == null)
1168       {
1169         ds = verifyDs(alignFrame);
1170       }
1171       else
1172       {
1173         // check that this frame's dataset matches the last
1174         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1175       }
1176     }
1177   }
1178
1179   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1180   {
1181     AlignmentI ds = null;
1182     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1183     {
1184       if (ds == null)
1185       {
1186         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1187       }
1188       else
1189       {
1190         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1191                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1192       }
1193     }
1194     return ds;
1195   }
1196
1197   @Test(groups = "Functional")
1198   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1199   {
1200     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1201     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1202     // create a new tempfile
1203     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1204
1205     {
1206       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1207       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1208               DataSourceType.FILE);
1209       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1210       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1211       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1212       // create another for good measure
1213       af.newView("Not the PCA View", true);
1214       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1215               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1216       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1217       pcaPanel.run();
1218
1219       // now switch the linked view
1220       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1221
1222       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1223               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1224
1225       // now save and reload project
1226       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1227       tempfile.delete();
1228       jv2xml.saveState(tempfile);
1229       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1230               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1231     }
1232
1233     // load again.
1234     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1235     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1236             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1237     JInternalFrame[] frames = Desktop.getInstance().getAllFrames();
1238     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1239     // desktop
1240     assertEquals(frames.length, 2,
1241             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1242     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1243
1244     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1245     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1246     {
1247       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1248       {
1249         restoredNewView = alignpanel;
1250       }
1251     }
1252     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1253     assertTrue(
1254             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1255                     .getAlignViewport(),
1256             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1257   }
1258
1259   /**
1260    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1261    *
1262    * @throws Exception
1263    */
1264   @Test(groups = { "Functional" })
1265   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1266   {
1267     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1268     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1269     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1270             DataSourceType.PASTE);
1271     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1272
1273     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1274     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1275     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1276
1277     /*
1278      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1279      * and a dbref with map to gene 'locus'
1280      */
1281     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1282     pep.addDBRef(dbref1);
1283     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1284             new MapList(new int[]
1285             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1286     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1287     pep.addDBRef(dbref2);
1288     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1289             new MapList(new int[]
1290             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1291     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1292     pep.addDBRef(dbref3);
1293
1294     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1295             ".jvp");
1296     try
1297     {
1298       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1299     } catch (Throwable e)
1300     {
1301       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1302     }
1303     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1304
1305     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1306             DataSourceType.FILE);
1307     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1308     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1309     DBModList<DBRefEntry> dbrefs = rpep.getDBRefs();
1310     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1311     assertEquals(dbrefs.size(), 3);
1312     DBRefEntry dbRef = dbrefs.get(0);
1313     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1314     assertNull(dbRef.getMap());
1315     assertEquals(dbRef, dbref1);
1316
1317     /*
1318      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1319      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1320      */
1321     dbRef = dbrefs.get(1);
1322     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1323     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1324     assertNotNull(dbRef.getMap());
1325     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1326     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1327     // compare MapList but not map.to
1328     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1329
1330     /*
1331      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1332      */
1333     dbRef = dbrefs.get(2);
1334     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1335     assertEquals(dbRef, dbref3);
1336   }
1337 }