test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  38 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  39 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  40 import jalview.datamodel.Mapping;
  41 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  42 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  43 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  44 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  48 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  49 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  50 import jalview.gui.AlignFrame;
  51 import jalview.gui.AlignViewport;
  52 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  53 import jalview.gui.Desktop;
  54 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  55 import jalview.gui.JvOptionPane;
  56 import jalview.gui.PCAPanel;
  57 import jalview.gui.PopupMenu;
  58 import jalview.gui.SliderPanel;
  59 import jalview.io.DataSourceType;
  60 import jalview.io.FileFormat;
  61 import jalview.io.FileLoader;
  62 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  63 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  64 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  65 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  67 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  68 import jalview.schemes.FeatureColour;
  69 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  70 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  71 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  72 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  73 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  74 import jalview.util.MapList;
  75 import jalview.util.matcher.Condition;
  76 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  77
  78 import java.awt.Color;
  79 import java.io.File;
  80 import java.io.IOException;
  81 import java.util.ArrayList;
  82 import java.util.HashMap;
  83 import java.util.List;
  84 import java.util.Map;
  85
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87
  88 import org.testng.Assert;
  89 import org.testng.AssertJUnit;
  90 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  91 import org.testng.annotations.Test;
  92
  93 @Test(singleThreaded = true)
  94 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  95 {
  96
  97   @Override
  98   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  99   public void setUpJvOptionPane()
 100   {
 101     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 102     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 107   {
 108     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 109     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 110             .getAbsolutePath();
 111     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 112             DataSourceType.FILE);
 113     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 114     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 115     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 116     af.changeColour_actionPerformed(
 117             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 118     assertTrue(
 119             af.getViewport()
 120                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 121             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 122     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 123             "Failed to store as a project.");
 124     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 125     af = null;
 126     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 127             DataSourceType.FILE);
 128     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 129     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 130     assertEquals(olddsann, newdsann,
 131             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 132                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 133     System.out.println(
 134             "Read in same number of annotations as originally present ("
 135                     + olddsann + ")");
 136     assertTrue(
 137
 138             af.getViewport()
 139                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 140             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 141   }
 142
 143   @Test(groups = { "Functional" })
 144   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 145   {
 146     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 147             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 148     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 149             .getAbsolutePath();
 150     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 151             DataSourceType.FILE);
 152     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 153     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 154     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 155     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 156             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 157     assertNotNull(
 158             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 159                     viewport.getAlignment(),
 160                     viewport.getGlobalColourScheme()
 161                             .getSchemeName()),
 162             "Recognise T-Coffee score from string");
 163
 164     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 165             "Failed to store as a project.");
 166     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 167     af = null;
 168     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 169             DataSourceType.FILE);
 170     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 171     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 172             TCoffeeColourScheme.class,
 173             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 174     System.out.println(
 175             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 176   }
 177
 178   @Test(groups = { "Functional" })
 179   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 180   {
 181     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 182             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 183     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 184             .getAbsolutePath();
 185     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 186             DataSourceType.FILE);
 187     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 188     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 189     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 190             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 191     assertTrue(
 192
 193             aa != null && aa.length > 0,
 194             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 195     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 196             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 197     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 198             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 199     cs.setSeqAssociated(true);
 200     gcs.setSeqAssociated(true);
 201     af.changeColour(cs);
 202     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 203     sg.setStartRes(57);
 204     sg.setEndRes(92);
 205     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 206     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 207     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 208     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 209     af.alignPanel.alignmentChanged();
 210     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 211             "Failed to store as a project.");
 212     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 213     af = null;
 214     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 215             DataSourceType.FILE);
 216     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 217
 218     // check for group and alignment colourschemes
 219
 220     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 221     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 222             .getColourScheme();
 223     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 224     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 225             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 226     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 227     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 228             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 229
 230     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 231     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 232     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 233             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 234     {
 235       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 236               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 237       {
 238         diffseqcols = true;
 239       }
 240     }
 241     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 242     System.out.println(
 243             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 244
 245     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 246     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 247             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 248     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 249     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 250             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 251
 252     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 253             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 254     {
 255       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 256               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 257                       0f))
 258       {
 259         diffgseqcols = true;
 260       }
 261     }
 262     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 263     System.out.println(
 264             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 265   }
 266
 267   @Test(groups = { "Functional" })
 268   public void gatherViewsHere() throws Exception
 269   {
 270     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 271             : Desktop.getAlignFrames().length;
 272     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 273             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 274     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 275     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 276             "Didn't gather the views in the example file.");
 277
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 282    *
 283    * @throws Exception
 284    */
 285   @Test(groups = { "Functional" })
 286   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 287   {
 288     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 289     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 290     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 291             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 292     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 293
 294     // locate Jmol viewer
 295     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 296     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 297             .findFileForPDBId("1A70");
 298     assertEquals(
 299             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 300                     .getMapping(pdbFile).length,
 301             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 302
 303   }
 304
 305   @Test(groups = { "Functional" })
 306   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 307   {
 308     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 309     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 310     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 311             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 312     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 313     AlignmentViewPanel sps = null;
 314     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 315     {
 316       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 317       {
 318         sps = ap;
 319         break;
 320       }
 321     }
 322     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 323     AlignmentAnnotation refan = null;
 324     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 325             .getAlignmentAnnotation())
 326     {
 327       if (ra.graph != 0)
 328       {
 329         refan = ra;
 330         break;
 331       }
 332     }
 333     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 334     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 335     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 336     // compare the manually added temperature factor annotation
 337     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 338     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 339             "1a70 has no annotation");
 340     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 341     {
 342       AlignmentAnnotation alaa;
 343       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 344       alaa.adjustForAlignment();
 345       if (ala.graph == refan.graph)
 346       {
 347         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 348         {
 349           sq.findPosition(p);
 350           try
 351           {
 352             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 353                     && refan.annotations[p] == null)
 354                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 355                     "Mismatch at alignment position " + p);
 356           } catch (NullPointerException q)
 357           {
 358             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 359                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 360                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 361           }
 362         }
 363       }
 364     }
 365
 366   }
 367
 368   @Test(groups = { "Functional" })
 369   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 370   {
 371     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 372             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 373     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 374     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 375     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 376     {
 377       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 378       {
 379         sps = ap;
 380       }
 381       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 382       {
 383         groups = ap;
 384       }
 385     }
 386     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 387     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 388
 389     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 390     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 391     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 392
 393     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 394     AssertJUnit.assertFalse(
 395             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 396     Assert.assertTrue(structureStyle
 397             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 398
 399   }
 400
 401   /**
 402    * test store and recovery of expanded views
 403    *
 404    * @throws Exception
 405    */
 406   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 407   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 408   {
 409     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 410
 411     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 412             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 413     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 414     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 415
 416     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 417     // actually on the Desktop
 418     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 419             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 420
 421     Desktop.explodeViews(af);
 422
 423     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 424     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 425             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 426     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 427     try
 428     {
 429       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 430     } catch (Error e)
 431     {
 432       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 433     } catch (Exception e)
 434     {
 435       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 436     }
 437     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 438     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 439     {
 440       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 441     }
 442     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 443             DataSourceType.FILE);
 444     Assert.assertNotNull(af);
 445     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 446             Desktop.getAlignmentPanels(
 447                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 448     Assert.assertEquals(
 449             Desktop.getAlignmentPanels(
 450                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 451             oldviews);
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 456    * in each view.
 457    *
 458    * @throws Exception
 459    */
 460   @Test(groups = { "Functional" })
 461   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 462   {
 463     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 464     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 465             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 466     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 467     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 468
 469     // remember reference sequence for each panel
 470     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 471
 472     /*
 473      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 474      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 475      */
 476     int n = 1;
 477     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 478     {
 479       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 480       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 481       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 482       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 483       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 484
 485       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 486       // todo refactor this to an alignment view controller
 487       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 488       av.setColourByReferenceSeq(true);
 489       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 490
 491       n++;
 492     }
 493     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 494             ".jvp");
 495     try
 496     {
 497       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 498     } catch (Throwable e)
 499     {
 500       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 501     }
 502     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 503     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 504     {
 505       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 506     }
 507
 508     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 509             DataSourceType.FILE);
 510     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 511
 512     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 513     {
 514       // check representative
 515       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 516       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 517       Assert.assertNotNull(rep,
 518               "Couldn't restore sequence representative from project");
 519       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 520       // will be different.
 521       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 522       // load/saves.
 523       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 524               rep.toString(),
 525               "Representative wasn't the same when recovered.");
 526       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 527               "Display reference sequence view setting not set.");
 528       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 529               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 530     }
 531   }
 532
 533   @Test(groups = { "Functional" })
 534   public void testIsVersionStringLaterThan()
 535   {
 536     /*
 537      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 538      * compatible
 539      */
 540     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 541     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 542     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 544             "Development Build"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 546             "DEVELOPMENT BUILD"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 548             "Development Build"));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 552     assertTrue(
 553             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 555             "Automated Build"));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 557             "AUTOMATED BUILD"));
 558
 559     /*
 560      * same version returns true i.e. compatible
 561      */
 562     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 563     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 567
 568     /*
 569      * later version returns true
 570      */
 571     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 572     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 573     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 576
 577     /*
 578      * earlier version returns false
 579      */
 580     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 581     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 582     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 583     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 584     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 585   }
 586
 587   /**
 588    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 589    * representative sequence) in each view.
 590    *
 591    * @throws Exception
 592    */
 593   @Test(groups = { "Functional" })
 594   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 595   {
 596     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 597     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 598             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 599     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 600     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 601     // make a second view of the alignment
 602     af.newView_actionPerformed(null);
 603
 604     /*
 605      * remember representative and hidden sequences marked
 606      * on each panel
 607      */
 608     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 609     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 610
 611     /*
 612      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 613      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 614      */
 615     int n = 1;
 616     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 617     {
 618       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 619       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 620       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 621       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 622       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 623       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 624       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 625       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 626       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 627
 628       /*
 629        * have rep sequence represent itself and the one before it
 630        * this hides the group (except for the rep seq)
 631        */
 632       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 633       sg.addSequence(repSeq, false);
 634       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 635       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 636       sg.setSeqrep(repSeq);
 637       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 638       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 639       av.setSelectionGroup(sg);
 640       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 641
 642       /*
 643        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 644        * (it does not create a group on the alignment)
 645        */
 646       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 647       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 648       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 649       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 650       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 651       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 652               .getHiddenRepSequences();
 653       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 654       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 655       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 656       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 657       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 658       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 659
 660       n++;
 661     }
 662     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 663             ".jvp");
 664     try
 665     {
 666       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 667     } catch (Throwable e)
 668     {
 669       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 670     }
 671     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 672     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 673     {
 674       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 675     }
 676
 677     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 678             DataSourceType.FILE);
 679     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 680
 681     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 682     {
 683       String viewName = ap.getViewName();
 684       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 685       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 686       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 687       assertNotNull(groups);
 688       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 689       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 690               .getHiddenRepSequences();
 691       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 692       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 693       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 694               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 695                       .getDisplayId(true));
 696
 697       /*
 698        * verify hidden sequences in restored panel
 699        */
 700       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 701       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 702       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 703               "wrong number of restored hidden sequences in "
 704                       + ap.getViewName());
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 710    *
 711    * @throws Exception
 712    */
 713   @Test(groups = { "Functional" })
 714   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 715   {
 716     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 717     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 718     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 719             DataSourceType.FILE);
 720     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 721     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 722
 723     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 724     System.out.println();
 725     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 726     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 727     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 728     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 729     System.out.println("blah");
 730     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 731     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 732     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 733     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 734     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 735     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 736     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 737     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 738     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 739     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 740     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 741     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 742     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 743     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 744     Assert.assertEquals(
 745             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 746             pdbEntries[0]);
 747     Assert.assertEquals(
 748             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 749             pdbEntries[1]);
 750     Assert.assertEquals(
 751             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 752             pdbEntries[2]);
 753     Assert.assertEquals(
 754             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 755             pdbEntries[3]);
 756
 757     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 758     try
 759     {
 760       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 761     } catch (Throwable e)
 762     {
 763       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 764     }
 765     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 766     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 767     {
 768       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 769     }
 770
 771     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 772             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 773     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 774     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 775     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 776     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 777     System.out.println("blah");
 778     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 779     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 780     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 781     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 782     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 783     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 784     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 785     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 786     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 787
 788     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 789     // recoverable from a Jalview projects
 790     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 791     {
 792       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 793               .get(0);
 794       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 795       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 796               "Mismatch PDB ID");
 797       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 798               "Mismatch PDB ID");
 799       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 800               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 801       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 802               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 803     }
 804   }
 805
 806   /**
 807    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 808    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 809    * saved project.
 810    *
 811    * @throws IOException
 812    */
 813   @Test(groups = { "Functional" })
 814   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 815   {
 816     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 817     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 818             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 819
 820     AlignViewport av = af.getViewport();
 821     AlignmentI al = av.getAlignment();
 822
 823     /*
 824      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 825      */
 826     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 827     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 828     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 829     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 830     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 831     assertFalse(sp.isForConservation());
 832     sp.valueChanged(10);
 833     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 834     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 835     assertTrue(sp.isForConservation());
 836     sp.valueChanged(20);
 837     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 838     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 839     assertTrue(rs.conservationApplied());
 840     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 841
 842     /*
 843      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 844      * and 40% PID threshold
 845      */
 846     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 847     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 848     sg.setStartRes(15);
 849     sg.setEndRes(25);
 850     av.setSelectionGroup(sg);
 851     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 852     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 853             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 854     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 855     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 856     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 857     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 858     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 859     assertTrue(sp.isForConservation());
 860     sp.valueChanged(30);
 861     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 862     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 863     assertFalse(sp.isForConservation());
 864     sp.valueChanged(40);
 865     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 866     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 867     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 868
 869     /*
 870      * save project, close windows, reload project, verify
 871      */
 872     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 873             ".jvp");
 874     tfile.deleteOnExit();
 875     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 876     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 877     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 878             DataSourceType.FILE);
 879     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 880
 881     /*
 882      * verify alignment (background) colouring
 883      */
 884     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 885     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 886     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 887     assertTrue(rs.conservationApplied());
 888     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 889
 890     /*
 891      * verify group colouring
 892      */
 893     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 894     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 895             .getGroupColourScheme();
 896     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 897     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 898     assertTrue(rs.conservationApplied());
 899     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 900   }
 901
 902   /**
 903    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 904    *
 905    * @throws IOException
 906    */
 907   @Test(groups = { "Functional" })
 908   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 909   {
 910     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 911             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 912     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 913
 914     /*
 915      * add some features to the sequence
 916      */
 917     int score = 1;
 918     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 919     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 920     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 921     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 922     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 923
 924     /*
 925      * set colour schemes for features
 926      */
 927     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 928     fr.findAllFeatures(true);
 929
 930     // type1: red
 931     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 932
 933     // type2: by label
 934     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 935     byLabel.setColourByLabel(true);
 936     fr.setColour("type2", byLabel);
 937
 938     // type3: by score above threshold
 939     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 940             Color.BLUE, null, 1, 10);
 941     byScore.setAboveThreshold(true);
 942     byScore.setThreshold(2f);
 943     fr.setColour("type3", byScore);
 944
 945     // type4: by attribute AF
 946     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 947     byAF.setColourByLabel(true);
 948     byAF.setAttributeName("AF");
 949     fr.setColour("type4", byAF);
 950
 951     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 952     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 953             Color.BLUE, null, 1, 10);
 954     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 955     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 956     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 957     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 958
 959     /*
 960      * set filters for feature types
 961      */
 962
 963     // filter type1 features by (label contains "x")
 964     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 965     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 966     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 967
 968     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 969     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 970     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 971     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 972     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 973
 974     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 975     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 976     filterByXY
 977             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 978     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 979             "PolyPhen"));
 980     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 981
 982     /*
 983      * save as Jalview project
 984      */
 985     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 986     tfile.deleteOnExit();
 987     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 988     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
 989             "Failed to store as a project.");
 990
 991     /*
 992      * close current alignment and load the saved project
 993      */
 994     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 995     af = null;
 996     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
 997             DataSourceType.FILE);
 998     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 999
1000     /*
1001      * verify restored feature colour schemes and filters
1002      */
1003     fr = af.getFeatureRenderer();
1004     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1005     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1006     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1007     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1008     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1009     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1010     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1011     assertNull(fc.getAttributeName());
1012     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1013     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1014     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1015     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1016     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1017     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1018     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1019     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1020     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1021     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1022     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1023     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1024
1025     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1026             "Label Contains x");
1027     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1028             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1029     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1030             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1031   }
1032
1033   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1034   {
1035     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1036             score, "grp");
1037     sf.setValue("AF", score);
1038     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1039     {
1040       {
1041         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1042       }
1043     });
1044     seq.addSequenceFeature(sf);
1045   }
1046
1047   /**
1048    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1049    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1050    *
1051    * @param seq
1052    * @param featureType
1053    * @param score
1054    */
1055   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1056   {
1057     addFeature(seq, featureType, score++);
1058     addFeature(seq, featureType, score);
1059   }
1060
1061   /**
1062    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1063    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1064    */
1065   @Test(groups = { "Functional" })
1066   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1067   {
1068     // simple project - two views on one alignment
1069     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1070             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1071     assertNotNull(af);
1072     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1073     verifyDs(af);
1074   }
1075
1076   /**
1077    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1078    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1079    * is a more complex project
1080    */
1081   @Test(groups = { "Functional" })
1082   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1083   {
1084     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1085
1086     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1087     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1088             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1089             DataSourceType.FILE);
1090     assertNotNull(af);
1091
1092     AlignmentI ds = null;
1093     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1094     {
1095       if (ds == null)
1096       {
1097         ds = verifyDs(alignFrame);
1098       }
1099       else
1100       {
1101         // check that this frame's dataset matches the last
1102         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1103       }
1104     }
1105   }
1106
1107   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1108   {
1109     AlignmentI ds = null;
1110     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1111     {
1112       if (ds == null)
1113       {
1114         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1115       }
1116       else
1117       {
1118         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1119                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1120       }
1121     }
1122     return ds;
1123   }
1124
1125   @Test(groups = "Functional")
1126   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1127   {
1128     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1129     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1130     // create a new tempfile
1131     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1132
1133     {
1134       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1135       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1136               DataSourceType.FILE);
1137       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1138       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1139       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1140       // create another for good measure
1141       af.newView("Not the PCA View", true);
1142       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1143               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1144       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1145       pcaPanel.run();
1146
1147       // now switch the linked view
1148       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1149
1150       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1151               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1152
1153       // now save and reload project
1154       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1155       tempfile.delete();
1156       jv2xml.saveState(tempfile);
1157       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1158               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1159     }
1160
1161     // load again.
1162     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1163     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1164             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1165     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1166     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1167     // desktop
1168     assertEquals(frames.length, 2,
1169             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1170     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1171
1172     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1173     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1174     {
1175       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1176       {
1177         restoredNewView = alignpanel;
1178       }
1179     }
1180     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1181     assertTrue(
1182             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1183                     .getAlignViewport(),
1184             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1185   }
1186
1187   /**
1188    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1189    *
1190    * @throws Exception
1191    */
1192   @Test(groups = { "Functional" })
1193   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1194   {
1195     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1196     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1197     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1198             DataSourceType.PASTE);
1199     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1200
1201     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1202     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1203     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1204
1205     /*
1206      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1207      * and a dbref with map to gene 'locus'
1208      */
1209     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1210     pep.addDBRef(dbref1);
1211     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1212             new MapList(new int[]
1213             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1214     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1215     pep.addDBRef(dbref2);
1216     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1217             new MapList(new int[]
1218             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1219     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1220     pep.addDBRef(dbref3);
1221
1222     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1223             ".jvp");
1224     try
1225     {
1226       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1227     } catch (Throwable e)
1228     {
1229       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1230     }
1231     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1232
1233     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1234             DataSourceType.FILE);
1235     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1236     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1237     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1238     DBRefEntry[] dbrefs = rpep.getDBRefs();
1239     assertEquals(dbrefs.length, 3);
1240     DBRefEntry dbRef = dbrefs[0];
1241     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1242     assertNull(dbRef.getMap());
1243     assertEquals(dbRef, dbref1);
1244
1245     /*
1246      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1247      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1248      */
1249     dbRef = dbrefs[1];
1250     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1251     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1252     assertNotNull(dbRef.getMap());
1253     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1254     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1255     // compare MapList but not map.to
1256     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1257
1258     /*
1259      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1260      */
1261     dbRef = dbrefs[2];
1262     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1263     assertEquals(dbRef, dbref3);
1264   }
1265 }