test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39
  40 import org.testng.Assert;
  41 import org.testng.AssertJUnit;
  42 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  44 import org.testng.annotations.Test;
  45
  46 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  47 import jalview.api.AlignViewportI;
  48 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  49 import jalview.api.FeatureColourI;
  50 import jalview.api.ViewStyleI;
  51 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  52 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  53 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  54 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  55 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  56 import jalview.datamodel.Mapping;
  57 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  58 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  59 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  60 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  61 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  62 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  63 import jalview.datamodel.SequenceI;
  64 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  65 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  66 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  67 import jalview.gui.AlignFrame;
  68 import jalview.gui.AlignViewport;
  69 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  70 import jalview.gui.Desktop;
  71 import jalview.gui.JvOptionPane;
  72 import jalview.gui.PCAPanel;
  73 import jalview.gui.PopupMenu;
  74 import jalview.gui.SliderPanel;
  75 import jalview.io.DataSourceType;
  76 import jalview.io.FileFormat;
  77 import jalview.io.FileLoader;
  78 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  79 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  80 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  81 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  82 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  83 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  84 import jalview.schemes.FeatureColour;
  85 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  86 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  87 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  88 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  89 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  90 import jalview.util.MapList;
  91 import jalview.util.matcher.Condition;
  92 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  93 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  94
  95 @Test(singleThreaded = true)
  96 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  97 {
  98   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  99   public void tearDown()
 100   {
 101     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 102   }
 103
 104   @Override
 105   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 106   public void setUpJvOptionPane()
 107   {
 108     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 109     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 110   }
 111
 112   @Test(groups = { "Functional" })
 113   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 114   {
 115     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 116     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 117             .getAbsolutePath();
 118     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 119             DataSourceType.FILE);
 120     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 121     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 122     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 123     af.changeColour_actionPerformed(
 124             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 125     assertTrue(
 126             af.getViewport()
 127                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 128             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 129     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 130     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 131             "Failed to store as a project.");
 132     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 133     af = null;
 134     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 135             DataSourceType.FILE);
 136     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 137     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 138     assertEquals(olddsann, newdsann,
 139             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 140                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 141     System.out.println(
 142             "Read in same number of annotations as originally present ("
 143                     + olddsann + ")");
 144     assertTrue(
 145
 146             af.getViewport()
 147                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 148             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 149   }
 150
 151   @Test(groups = { "Functional" })
 152   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 153   {
 154     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 155             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 156     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 157             .getAbsolutePath();
 158     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 159             DataSourceType.FILE);
 160     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 161     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 162     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 163     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 164             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 165     assertNotNull(
 166             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 167                     viewport.getAlignment(),
 168                     viewport.getGlobalColourScheme()
 169                             .getSchemeName()),
 170             "Recognise T-Coffee score from string");
 171
 172     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 173     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 174             "Failed to store as a project.");
 175     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 176     af = null;
 177     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 178             DataSourceType.FILE);
 179     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 180     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 181             TCoffeeColourScheme.class,
 182             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 183     System.out.println(
 184             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 185   }
 186
 187   @Test(groups = { "Functional" })
 188   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 189   {
 190     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 191             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 192     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 193             .getAbsolutePath();
 194     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 195             DataSourceType.FILE);
 196     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 197     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 198     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 199             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 200     assertTrue(
 201
 202             aa != null && aa.length > 0,
 203             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 204     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 205             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 206     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 207             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 208     cs.setSeqAssociated(true);
 209     gcs.setSeqAssociated(true);
 210     af.changeColour(cs);
 211     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 212     sg.setStartRes(57);
 213     sg.setEndRes(92);
 214     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 215     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 216     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 217     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 218     af.alignPanel.alignmentChanged();
 219     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 220     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 221             "Failed to store as a project.");
 222     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 223     af = null;
 224     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 225             DataSourceType.FILE);
 226     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 227
 228     // check for group and alignment colourschemes
 229
 230     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 231     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 232             .getColourScheme();
 233     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 234     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 235             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 236     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 237     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 238             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 239
 240     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 241     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 242     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 243             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 244     {
 245       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 246               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 247       {
 248         diffseqcols = true;
 249       }
 250     }
 251     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 252     System.out.println(
 253             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 254
 255     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 256     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 257             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 258     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 259     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 260             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 261
 262     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 263             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 264     {
 265       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 266               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 267                       0f))
 268       {
 269         diffgseqcols = true;
 270       }
 271     }
 272     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 273     System.out.println(
 274             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 275   }
 276
 277   @Test(groups = { "Functional" })
 278   public void gatherViewsHere() throws Exception
 279   {
 280     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 281             : Desktop.getAlignFrames().length;
 282     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 283             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 284     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 285     assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 286             1 + origCount,
 287             "Didn't gather the views in the example file.");
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 292    *
 293    * @throws Exception
 294    */
 295   @Test(groups = { "Functional" })
 296   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 297   {
 298     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 299     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 300     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 301             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 302     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 303
 304     // locate Jmol viewer
 305     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 306     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 307             .findFileForPDBId("1A70");
 308     assertEquals(
 309             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 310                     .getMapping(pdbFile).length,
 311             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 312
 313   }
 314
 315   @Test(groups = { "Functional" })
 316   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 317   {
 318     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 319     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 320     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 321             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 322     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 323     AlignmentViewPanel sps = null;
 324     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 325     {
 326       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 327       {
 328         sps = ap;
 329         break;
 330       }
 331     }
 332     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 333     AlignmentAnnotation refan = null;
 334     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 335             .getAlignmentAnnotation())
 336     {
 337       if (ra.graph != 0)
 338       {
 339         refan = ra;
 340         break;
 341       }
 342     }
 343     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 344     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 345     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 346     // compare the manually added temperature factor annotation
 347     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 348     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 349             "1a70 has no annotation");
 350     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 351     {
 352       AlignmentAnnotation alaa;
 353       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 354       alaa.adjustForAlignment();
 355       if (ala.graph == refan.graph)
 356       {
 357         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 358         {
 359           sq.findPosition(p);
 360           try
 361           {
 362             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 363                     && refan.annotations[p] == null)
 364                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 365                     "Mismatch at alignment position " + p);
 366           } catch (NullPointerException q)
 367           {
 368             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 369                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 370                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 371           }
 372         }
 373       }
 374     }
 375
 376   }
 377
 378   @Test(groups = { "Functional" })
 379   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 380   {
 381     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 382             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 383     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 384     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 385     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 386     {
 387       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 388       {
 389         sps = ap;
 390       }
 391       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 392       {
 393         groups = ap;
 394       }
 395     }
 396     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 397     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 398
 399     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 400     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 401     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 402
 403     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 404     AssertJUnit.assertFalse(
 405             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 406     Assert.assertTrue(structureStyle
 407             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 408
 409   }
 410
 411   /**
 412    * test store and recovery of expanded views
 413    *
 414    * @throws Exception
 415    */
 416   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 417   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 418   {
 419     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 420
 421     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 422             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 423     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 424     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 425
 426     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 427     // actually on the Desktop
 428     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 429             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 430
 431     Desktop.explodeViews(af);
 432
 433     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 434     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 435             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 436     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 437     try
 438     {
 439       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 440     } catch (Error e)
 441     {
 442       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 443     } catch (Exception e)
 444     {
 445       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 446     }
 447     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 448     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 449     {
 450       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 451     }
 452     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 453             DataSourceType.FILE);
 454     Assert.assertNotNull(af);
 455     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 456             Desktop.getAlignmentPanels(
 457                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 458     Assert.assertEquals(
 459             Desktop.getAlignmentPanels(
 460                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 461             oldviews);
 462   }
 463
 464   /**
 465    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 466    * in each view.
 467    *
 468    * @throws Exception
 469    */
 470   @Test(groups = { "Functional" })
 471   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 472   {
 473     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 474     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 475             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 476     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 477     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 478
 479     // remember reference sequence for each panel
 480     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 481
 482     /*
 483      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 484      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 485      */
 486     int n = 1;
 487     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 488     {
 489       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 490       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 491       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 492       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 493       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 494
 495       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 496       // todo refactor this to an alignment view controller
 497       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 498       av.setColourByReferenceSeq(true);
 499       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 500
 501       n++;
 502     }
 503     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 504             ".jvp");
 505     try
 506     {
 507       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 508     } catch (Throwable e)
 509     {
 510       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 511     }
 512     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 513     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 514     {
 515       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 516     }
 517
 518     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 519             DataSourceType.FILE);
 520     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 521
 522     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 523     {
 524       // check representative
 525       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 526       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 527       Assert.assertNotNull(rep,
 528               "Couldn't restore sequence representative from project");
 529       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 530       // will be different.
 531       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 532       // load/saves.
 533       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 534               rep.toString(),
 535               "Representative wasn't the same when recovered.");
 536       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 537               "Display reference sequence view setting not set.");
 538       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 539               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 540     }
 541   }
 542
 543   @Test(groups = { "Functional" })
 544   public void testIsVersionStringLaterThan()
 545   {
 546     /*
 547      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 548      * compatible
 549      */
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 554             "Development Build"));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 556             "DEVELOPMENT BUILD"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 558             "Development Build"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 561     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 562     assertTrue(
 563             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 565             "Automated Build"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 567             "AUTOMATED BUILD"));
 568
 569     /*
 570      * same version returns true i.e. compatible
 571      */
 572     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 573     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 576     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 577
 578     /*
 579      * later version returns true
 580      */
 581     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 582     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 583     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 584     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 585     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 586
 587     /*
 588      * earlier version returns false
 589      */
 590     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 591     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 592     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 593     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 594     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 599    * representative sequence) in each view.
 600    *
 601    * @throws Exception
 602    */
 603   @Test(groups = { "Functional" })
 604   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 605   {
 606     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 607     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 608             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 609     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 610     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 611     // make a second view of the alignment
 612     af.newView_actionPerformed(null);
 613
 614     /*
 615      * remember representative and hidden sequences marked
 616      * on each panel
 617      */
 618     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 619     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 620
 621     /*
 622      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 623      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 624      */
 625     int n = 1;
 626     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 627     {
 628       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 629       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 630       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 631       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 632       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 633       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 634       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 635       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 636       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 637
 638       /*
 639        * have rep sequence represent itself and the one before it
 640        * this hides the group (except for the rep seq)
 641        */
 642       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 643       sg.addSequence(repSeq, false);
 644       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 645       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 646       sg.setSeqrep(repSeq);
 647       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 648       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 649       av.setSelectionGroup(sg);
 650       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 651
 652       /*
 653        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 654        * (it does not create a group on the alignment)
 655        */
 656       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 657       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 658       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 659       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 660       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 661       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 662               .getHiddenRepSequences();
 663       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 664       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 665       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 666       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 667       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 668       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 669
 670       n++;
 671     }
 672     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 673             ".jvp");
 674     try
 675     {
 676       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 677     } catch (Throwable e)
 678     {
 679       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 680     }
 681     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 682     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 683     {
 684       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 685     }
 686
 687     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 688             DataSourceType.FILE);
 689     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 690
 691     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 692     {
 693       String viewName = ap.getViewName();
 694       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 695       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 696       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 697       assertNotNull(groups);
 698       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 699       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 700               .getHiddenRepSequences();
 701       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 702       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 703       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 704               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 705                       .getDisplayId(true));
 706
 707       /*
 708        * verify hidden sequences in restored panel
 709        */
 710       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 711       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 712       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 713               "wrong number of restored hidden sequences in "
 714                       + ap.getViewName());
 715     }
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 720    *
 721    * @throws Exception
 722    */
 723   @Test(groups = { "Functional" })
 724   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 725   {
 726     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 727     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 728     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 729             DataSourceType.FILE);
 730     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 731     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 732
 733     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 734     System.out.println();
 735     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 736     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 737     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 738     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 739     System.out.println("blah");
 740     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 741     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 742     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 743     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 744     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 745     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 746     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 747     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 748     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 749     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 750     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 751     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 752     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 753     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 754     Assert.assertEquals(
 755             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 756             pdbEntries[0]);
 757     Assert.assertEquals(
 758             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 759             pdbEntries[1]);
 760     Assert.assertEquals(
 761             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 762             pdbEntries[2]);
 763     Assert.assertEquals(
 764             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 765             pdbEntries[3]);
 766
 767     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 768     try
 769     {
 770       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 771     } catch (Throwable e)
 772     {
 773       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 774     }
 775     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 776     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 777     {
 778       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 779     }
 780
 781     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 782             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 783     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 784     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 785     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 786     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 787     System.out.println("blah");
 788     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 789     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 790     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 791     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 792     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 793     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 794     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 795     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 796     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 797
 798     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 799     // recoverable from a Jalview projects
 800     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 801     {
 802       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 803               .get(0);
 804       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 805       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 806               "Mismatch PDB ID");
 807       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 808               "Mismatch PDB ID");
 809       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 810               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 811       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 812               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 813     }
 814   }
 815
 816   /**
 817    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 818    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 819    * saved project.
 820    *
 821    * @throws IOException
 822    */
 823   @Test(groups = { "Functional" })
 824   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 825   {
 826     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 827     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 828             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 829
 830     AlignViewport av = af.getViewport();
 831     AlignmentI al = av.getAlignment();
 832
 833     /*
 834      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 835      */
 836     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 837     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 838     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 839     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 840     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 841     assertFalse(sp.isForConservation());
 842     sp.valueChanged(10);
 843     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 844     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 845     assertTrue(sp.isForConservation());
 846     sp.valueChanged(20);
 847     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 848     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 849     assertTrue(rs.conservationApplied());
 850     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 851
 852     /*
 853      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 854      * and 40% PID threshold
 855      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 856      * is at a sequence not in the group)
 857      */
 858     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 859     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 860     sg.setStartRes(15);
 861     sg.setEndRes(25);
 862     av.setSelectionGroup(sg);
 863     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 864             null);
 865     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 866             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 867     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 868     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 869     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 870     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 871     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 872     assertTrue(sp.isForConservation());
 873     sp.valueChanged(30);
 874     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 875     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 876     assertFalse(sp.isForConservation());
 877     sp.valueChanged(40);
 878     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 879     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 880     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 881
 882     /*
 883      * save project, close windows, reload project, verify
 884      */
 885     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 886             ".jvp");
 887     tfile.deleteOnExit();
 888     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 889     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 890     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 891             DataSourceType.FILE);
 892     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 893
 894     /*
 895      * verify alignment (background) colouring
 896      */
 897     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 898     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 899     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 900     assertTrue(rs.conservationApplied());
 901     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 902
 903     /*
 904      * verify group colouring
 905      */
 906     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 907     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 908             .getGroupColourScheme();
 909     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 910     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 911     assertTrue(rs.conservationApplied());
 912     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 913   }
 914
 915   /**
 916    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 917    *
 918    * @throws IOException
 919    */
 920   @Test(groups = { "Functional" })
 921   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 922   {
 923     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 924             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 925     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 926
 927     /*
 928      * add some features to the sequence
 929      */
 930     int score = 1;
 931     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 932     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 933     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 934     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 935     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 936
 937     /*
 938      * set colour schemes for features
 939      */
 940     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
 941     fr.findAllFeatures(true);
 942
 943     // type1: red
 944     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 945
 946     // type2: by label
 947     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 948     byLabel.setColourByLabel(true);
 949     fr.setColour("type2", byLabel);
 950
 951     // type3: by score above threshold
 952     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 953             Color.BLUE, null, 1, 10);
 954     byScore.setAboveThreshold(true);
 955     byScore.setThreshold(2f);
 956     fr.setColour("type3", byScore);
 957
 958     // type4: by attribute AF
 959     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 960     byAF.setColourByLabel(true);
 961     byAF.setAttributeName("AF");
 962     fr.setColour("type4", byAF);
 963
 964     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 965     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 966             Color.BLUE, null, 1, 10);
 967     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 968     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 969     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 970     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 971
 972     /*
 973      * set filters for feature types
 974      */
 975
 976     // filter type1 features by (label contains "x")
 977     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 978     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 979     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 980
 981     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 982     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 983     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 984     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 985     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 986
 987     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 988     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 989     filterByXY
 990             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 991     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 992             "PolyPhen"));
 993     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 994
 995     /*
 996      * save as Jalview project
 997      */
 998     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 999     tfile.deleteOnExit();
1000     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
1001     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
1002     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
1003             "Failed to store as a project.");
1004
1005     /*
1006      * close current alignment and load the saved project
1007      */
1008     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1009     af = null;
1010     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1011             DataSourceType.FILE);
1012     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1013
1014     /*
1015      * verify restored feature colour schemes and filters
1016      */
1017     fr = af.getFeatureRenderer();
1018     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1019     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1020     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1021     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1022     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1023     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1024     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1025     assertNull(fc.getAttributeName());
1026     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1027     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1028     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1029     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1030     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1031     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1032     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1033     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1034     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1035     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1036     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1037     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1038
1039     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1040             "Label Contains x");
1041     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1042             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1043     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1044             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0)");
1045   }
1046
1047   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1048   {
1049     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1050             score, "grp");
1051     sf.setValue("AF", score);
1052     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1053     {
1054       {
1055         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1056       }
1057     });
1058     seq.addSequenceFeature(sf);
1059   }
1060
1061   /**
1062    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1063    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1064    *
1065    * @param seq
1066    * @param featureType
1067    * @param score
1068    */
1069   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1070   {
1071     addFeature(seq, featureType, score++);
1072     addFeature(seq, featureType, score);
1073   }
1074
1075   /**
1076    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1077    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1078    */
1079   @Test(groups = { "Functional" })
1080   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1081   {
1082     // simple project - two views on one alignment
1083     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1084             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1085     assertNotNull(af);
1086     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1087     verifyDs(af);
1088   }
1089
1090   /**
1091    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1092    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1093    * is a more complex project
1094    */
1095   @Test(groups = { "Functional" })
1096   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1097   {
1098     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1099
1100     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1101     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1102             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1103             DataSourceType.FILE);
1104     assertNotNull(af);
1105
1106     AlignmentI ds = null;
1107     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1108     {
1109       if (ds == null)
1110       {
1111         ds = verifyDs(alignFrame);
1112       }
1113       else
1114       {
1115         // check that this frame's dataset matches the last
1116         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1117       }
1118     }
1119   }
1120
1121   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1122   {
1123     AlignmentI ds = null;
1124     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1125     {
1126       if (ds == null)
1127       {
1128         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1129       }
1130       else
1131       {
1132         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1133                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1134       }
1135     }
1136     return ds;
1137   }
1138
1139   @Test(groups = "Functional")
1140   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1141   {
1142     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1143     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1144     // create a new tempfile
1145     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1146
1147     {
1148       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1149       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1150               DataSourceType.FILE);
1151       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1152       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1153       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1154       // create another for good measure
1155       af.newView("Not the PCA View", true);
1156       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1157               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1158       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1159       pcaPanel.run();
1160
1161       // now switch the linked view
1162       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1163
1164       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1165               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1166
1167       // now save and reload project
1168       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1169       tempfile.delete();
1170       jv2xml.saveState(tempfile);
1171       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1172               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1173     }
1174
1175     // load again.
1176     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1177     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1178             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1179     JInternalFrame[] frames = Desktop.getInstance().getAllFrames();
1180     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1181     // desktop
1182     assertEquals(frames.length, 2,
1183             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1184     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1185
1186     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1187     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1188     {
1189       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1190       {
1191         restoredNewView = alignpanel;
1192       }
1193     }
1194     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1195     assertTrue(
1196             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1197                     .getAlignViewport(),
1198             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1199   }
1200
1201   /**
1202    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1203    *
1204    * @throws Exception
1205    */
1206   @Test(groups = { "Functional" })
1207   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1208   {
1209     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1210     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1211     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1212             DataSourceType.PASTE);
1213     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1214
1215     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1216     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1217     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1218
1219     /*
1220      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1221      * and a dbref with map to gene 'locus'
1222      */
1223     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1224     pep.addDBRef(dbref1);
1225     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1226             new MapList(new int[]
1227             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1228     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1229     pep.addDBRef(dbref2);
1230     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1231             new MapList(new int[]
1232             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1233     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1234     pep.addDBRef(dbref3);
1235
1236     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1237             ".jvp");
1238     try
1239     {
1240       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1241     } catch (Throwable e)
1242     {
1243       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1244     }
1245     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1246
1247     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1248             DataSourceType.FILE);
1249     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1250     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1251     DBModList<DBRefEntry> dbrefs = rpep.getDBRefs();
1252     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1253     assertEquals(dbrefs.size(), 3);
1254     DBRefEntry dbRef = dbrefs.get(0);
1255     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1256     assertNull(dbRef.getMap());
1257     assertEquals(dbRef, dbref1);
1258
1259     /*
1260      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1261      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1262      */
1263     dbRef = dbrefs.get(1);
1264     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1265     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1266     assertNotNull(dbRef.getMap());
1267     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1268     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1269     // compare MapList but not map.to
1270     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1271
1272     /*
1273      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1274      */
1275     dbRef = dbrefs.get(2);
1276     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1277     assertEquals(dbRef, dbref3);
1278   }
1279 }