test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  40 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  45 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  46 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  47 import jalview.gui.AlignFrame;
  48 import jalview.gui.AlignViewport;
  49 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  50 import jalview.gui.Desktop;
  51 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  52 import jalview.gui.JvOptionPane;
  53 import jalview.gui.PCAPanel;
  54 import jalview.gui.PopupMenu;
  55 import jalview.gui.SliderPanel;
  56 import jalview.io.DataSourceType;
  57 import jalview.io.FileFormat;
  58 import jalview.io.FileLoader;
  59 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  60 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  61 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  62 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  63 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  64 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  65 import jalview.schemes.FeatureColour;
  66 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  67 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  68 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  69 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  70 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  71 import jalview.util.matcher.Condition;
  72 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  73
  74 import java.awt.Color;
  75 import java.io.File;
  76 import java.io.IOException;
  77 import java.util.ArrayList;
  78 import java.util.HashMap;
  79 import java.util.List;
  80 import java.util.Map;
  81
  82 import javax.swing.JInternalFrame;
  83
  84 import org.testng.Assert;
  85 import org.testng.AssertJUnit;
  86 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  87 import org.testng.annotations.Test;
  88
  89 @Test(singleThreaded = true)
  90 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  91 {
  92
  93   @Override
  94   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  95   public void setUpJvOptionPane()
  96   {
  97     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  98     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  99   }
 100
 101   @Test(groups = { "Functional" })
 102   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 103   {
 104     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 105     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 106             .getAbsolutePath();
 107     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 108             DataSourceType.FILE);
 109     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 110     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 111     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 112     af.changeColour_actionPerformed(
 113             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 114     assertTrue(
 115             af.getViewport()
 116                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 117             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 118     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 119             "Failed to store as a project.");
 120     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 121     af = null;
 122     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 123             DataSourceType.FILE);
 124     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 125     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 126     assertEquals(olddsann, newdsann,
 127             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 128                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 129     System.out.println(
 130             "Read in same number of annotations as originally present ("
 131                     + olddsann + ")");
 132     assertTrue(
 133
 134             af.getViewport()
 135                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 136             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 137   }
 138
 139   @Test(groups = { "Functional" })
 140   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 141   {
 142     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 143             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 144     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 145             .getAbsolutePath();
 146     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 147             DataSourceType.FILE);
 148     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 149     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 150     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 151             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 152     assertNotNull(
 153             ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 154                     af.getViewport().getAlignment(),
 155                     af.getViewport().getGlobalColourScheme()
 156                             .getSchemeName()),
 157             "Recognise T-Coffee score from string");
 158
 159     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 160             "Failed to store as a project.");
 161     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 162     af = null;
 163     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 164             DataSourceType.FILE);
 165     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 166     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 167             TCoffeeColourScheme.class,
 168             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 169     System.out.println(
 170             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 171   }
 172
 173   @Test(groups = { "Functional" })
 174   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 175   {
 176     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 177             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 178     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 179             .getAbsolutePath();
 180     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 181             DataSourceType.FILE);
 182     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 183     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 184     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 185             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 186     assertTrue(
 187
 188             aa != null && aa.length > 0,
 189             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 190     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 191             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 192     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 193             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 194     cs.setSeqAssociated(true);
 195     gcs.setSeqAssociated(true);
 196     af.changeColour(cs);
 197     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 198     sg.setStartRes(57);
 199     sg.setEndRes(92);
 200     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 201     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 202     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 203     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 204     af.alignPanel.alignmentChanged();
 205     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 206             "Failed to store as a project.");
 207     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 208     af = null;
 209     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 210             DataSourceType.FILE);
 211     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 212
 213     // check for group and alignment colourschemes
 214
 215     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 216     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 217             .getColourScheme();
 218     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 219     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 220             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 221     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 222     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 223             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 224
 225     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 226     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 227     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 228             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 229     {
 230       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 231               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 232       {
 233         diffseqcols = true;
 234       }
 235     }
 236     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 237     System.out.println(
 238             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 239
 240     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 241     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 242             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 243     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 244     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 245             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 246
 247     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 248             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 249     {
 250       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 251               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 252                       0f))
 253       {
 254         diffgseqcols = true;
 255       }
 256     }
 257     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 258     System.out.println(
 259             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 260   }
 261
 262   @Test(groups = { "Functional" })
 263   public void gatherViewsHere() throws Exception
 264   {
 265     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 266             : Desktop.getAlignFrames().length;
 267     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 268             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 269     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 270     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 271             "Didn't gather the views in the example file.");
 272
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 277    *
 278    * @throws Exception
 279    */
 280   @Test(groups = { "Functional" })
 281   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 282   {
 283     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 284     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 285     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 286             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 287     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 288
 289     // locate Jmol viewer
 290     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 291     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 292             .findFileForPDBId("1A70");
 293     assertEquals(
 294             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 295                     .getMapping(pdbFile).length,
 296             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 297
 298   }
 299
 300   @Test(groups = { "Functional" })
 301   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 302   {
 303     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 304     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 305     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 306             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 307     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 308     AlignmentViewPanel sps = null;
 309     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 310     {
 311       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 312       {
 313         sps = ap;
 314         break;
 315       }
 316     }
 317     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 318     AlignmentAnnotation refan = null;
 319     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 320             .getAlignmentAnnotation())
 321     {
 322       if (ra.graph != 0)
 323       {
 324         refan = ra;
 325         break;
 326       }
 327     }
 328     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 329     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 330     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 331     // compare the manually added temperature factor annotation
 332     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 333     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 334             "1a70 has no annotation");
 335     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 336     {
 337       AlignmentAnnotation alaa;
 338       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 339       alaa.adjustForAlignment();
 340       if (ala.graph == refan.graph)
 341       {
 342         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 343         {
 344           sq.findPosition(p);
 345           try
 346           {
 347             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 348                     && refan.annotations[p] == null)
 349                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 350                     "Mismatch at alignment position " + p);
 351           } catch (NullPointerException q)
 352           {
 353             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 354                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 355                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 356           }
 357         }
 358       }
 359     }
 360
 361   }
 362
 363   @Test(groups = { "Functional" })
 364   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 365   {
 366     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 367             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 368     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 369     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 370     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 371     {
 372       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 373       {
 374         sps = ap;
 375       }
 376       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 377       {
 378         groups = ap;
 379       }
 380     }
 381     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 382     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 383
 384     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 385     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 386     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 387
 388     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 389     AssertJUnit.assertFalse(
 390             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 391     Assert.assertTrue(structureStyle
 392             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 393
 394   }
 395
 396   /**
 397    * test store and recovery of expanded views
 398    *
 399    * @throws Exception
 400    */
 401   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 402   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 403   {
 404     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 405
 406     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 407             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 408     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 409     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 410
 411     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 412     // actually on the Desktop
 413     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 414             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 415
 416     Desktop.explodeViews(af);
 417
 418     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 419     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 420             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 421     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 422     try
 423     {
 424       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 425     } catch (Error e)
 426     {
 427       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 428     } catch (Exception e)
 429     {
 430       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 431     }
 432     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 433     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 434     {
 435       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 436     }
 437     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 438             DataSourceType.FILE);
 439     Assert.assertNotNull(af);
 440     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 441             Desktop.getAlignmentPanels(
 442                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 443     Assert.assertEquals(
 444             Desktop.getAlignmentPanels(
 445                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 446             oldviews);
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 451    * in each view.
 452    *
 453    * @throws Exception
 454    */
 455   @Test(groups = { "Functional" })
 456   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 457   {
 458     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 459     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 460             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 461     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 462     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 463
 464     // remember reference sequence for each panel
 465     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 466
 467     /*
 468      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 469      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 470      */
 471     int n = 1;
 472     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 473     {
 474       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 475       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 476       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 477       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 478       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 479
 480       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 481       // todo refactor this to an alignment view controller
 482       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 483       av.setColourByReferenceSeq(true);
 484       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 485
 486       n++;
 487     }
 488     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 489             ".jvp");
 490     try
 491     {
 492       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 493     } catch (Throwable e)
 494     {
 495       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 496     }
 497     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 498     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 499     {
 500       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 501     }
 502
 503     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 504             DataSourceType.FILE);
 505     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 506
 507     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 508     {
 509       // check representative
 510       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 511       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 512       Assert.assertNotNull(rep,
 513               "Couldn't restore sequence representative from project");
 514       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 515       // will be different.
 516       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 517       // load/saves.
 518       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 519               rep.toString(),
 520               "Representative wasn't the same when recovered.");
 521       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 522               "Display reference sequence view setting not set.");
 523       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 524               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 525     }
 526   }
 527
 528   @Test(groups = { "Functional" })
 529   public void testIsVersionStringLaterThan()
 530   {
 531     /*
 532      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 533      * compatible
 534      */
 535     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 536     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 538     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 539             "Development Build"));
 540     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 541             "DEVELOPMENT BUILD"));
 542     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 543             "Development Build"));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 547     assertTrue(
 548             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 550             "Automated Build"));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 552             "AUTOMATED BUILD"));
 553
 554     /*
 555      * same version returns true i.e. compatible
 556      */
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 561     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 562
 563     /*
 564      * later version returns true
 565      */
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 569     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 570     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 571
 572     /*
 573      * earlier version returns false
 574      */
 575     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 576     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 577     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 578     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 579     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 584    * representative sequence) in each view.
 585    *
 586    * @throws Exception
 587    */
 588   @Test(groups = { "Functional" })
 589   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 590   {
 591     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 592     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 593             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 594     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 595     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 596     // make a second view of the alignment
 597     af.newView_actionPerformed(null);
 598
 599     /*
 600      * remember representative and hidden sequences marked
 601      * on each panel
 602      */
 603     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 604     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 605
 606     /*
 607      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 608      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 609      */
 610     int n = 1;
 611     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 612     {
 613       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 614       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 615       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 616       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 617       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 618       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 619       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 620       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 621       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 622
 623       /*
 624        * have rep sequence represent itself and the one before it
 625        * this hides the group (except for the rep seq)
 626        */
 627       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 628       sg.addSequence(repSeq, false);
 629       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 630       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 631       sg.setSeqrep(repSeq);
 632       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 633       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 634       av.setSelectionGroup(sg);
 635       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 636
 637       /*
 638        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 639        * (it does not create a group on the alignment)
 640        */
 641       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 642       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 643       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 644       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 645       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 646       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 647               .getHiddenRepSequences();
 648       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 649       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 650       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 651       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 652       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 653       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 654
 655       n++;
 656     }
 657     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 658             ".jvp");
 659     try
 660     {
 661       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 662     } catch (Throwable e)
 663     {
 664       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 665     }
 666     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 667     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 668     {
 669       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 670     }
 671
 672     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 673             DataSourceType.FILE);
 674     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 675
 676     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 677     {
 678       String viewName = ap.getViewName();
 679       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 680       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 681       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 682       assertNotNull(groups);
 683       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 684       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 685               .getHiddenRepSequences();
 686       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 687       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 688       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 689               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 690                       .getDisplayId(true));
 691
 692       /*
 693        * verify hidden sequences in restored panel
 694        */
 695       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 696       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 697       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 698               "wrong number of restored hidden sequences in "
 699                       + ap.getViewName());
 700     }
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 705    *
 706    * @throws Exception
 707    */
 708   @Test(groups = { "Functional" })
 709   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 710   {
 711     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 712     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 713     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 714             DataSourceType.FILE);
 715     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 716     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 717
 718     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 719     System.out.println();
 720     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 721     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 722     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 723     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 724     System.out.println("blah");
 725     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 726     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 727     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 728     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 729     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 730     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 731     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 732     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 733     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 734     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 735     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 736     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 737     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 738     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 739     Assert.assertEquals(
 740             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 741             pdbEntries[0]);
 742     Assert.assertEquals(
 743             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 744             pdbEntries[1]);
 745     Assert.assertEquals(
 746             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 747             pdbEntries[2]);
 748     Assert.assertEquals(
 749             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 750             pdbEntries[3]);
 751
 752     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 753     try
 754     {
 755       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 756     } catch (Throwable e)
 757     {
 758       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 759     }
 760     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 761     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 762     {
 763       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 764     }
 765
 766     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 767             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 768     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 769     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 770     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 771     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 772     System.out.println("blah");
 773     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 774     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 775     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 776     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 777     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 778     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 779     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 780     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 781     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 782
 783     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 784     // recoverable from a Jalview projects
 785     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 786     {
 787       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 788               .get(0);
 789       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 790       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 791               "Mismatch PDB ID");
 792       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 793               "Mismatch PDB ID");
 794       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 795               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 796       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 797               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 798     }
 799   }
 800
 801   /**
 802    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 803    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 804    * saved project.
 805    *
 806    * @throws IOException
 807    */
 808   @Test(groups = { "Functional" })
 809   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 810   {
 811     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 812     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 813             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 814
 815     AlignViewport av = af.getViewport();
 816     AlignmentI al = av.getAlignment();
 817
 818     /*
 819      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 820      */
 821     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 822     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 823     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 824     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 825     assertFalse(sp.isForConservation());
 826     sp.valueChanged(10);
 827     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 828     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 829     assertTrue(sp.isForConservation());
 830     sp.valueChanged(20);
 831     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 832     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 833     assertTrue(rs.conservationApplied());
 834     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 835
 836     /*
 837      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 838      * and 40% PID threshold
 839      */
 840     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 841     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 842     sg.setStartRes(15);
 843     sg.setEndRes(25);
 844     av.setSelectionGroup(sg);
 845     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 846     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 847             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 848     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 849     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 850     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 851     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 852     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 853     assertTrue(sp.isForConservation());
 854     sp.valueChanged(30);
 855     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 856     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 857     assertFalse(sp.isForConservation());
 858     sp.valueChanged(40);
 859     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 860     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 861     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 862
 863     /*
 864      * save project, close windows, reload project, verify
 865      */
 866     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 867             ".jvp");
 868     tfile.deleteOnExit();
 869     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 870     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 871     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 872             DataSourceType.FILE);
 873     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 874
 875     /*
 876      * verify alignment (background) colouring
 877      */
 878     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 879     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 880     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 881     assertTrue(rs.conservationApplied());
 882     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 883
 884     /*
 885      * verify group colouring
 886      */
 887     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 888     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 889             .getGroupColourScheme();
 890     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 891     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 892     assertTrue(rs.conservationApplied());
 893     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 894   }
 895
 896   /**
 897    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 898    *
 899    * @throws IOException
 900    */
 901   @Test(groups = { "Functional" })
 902   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 903   {
 904     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 905             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 906     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 907
 908     /*
 909      * add some features to the sequence
 910      */
 911     int score = 1;
 912     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 913     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 914     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 915     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 916     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 917
 918     /*
 919      * set colour schemes for features
 920      */
 921     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 922     fr.findAllFeatures(true);
 923
 924     // type1: red
 925     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 926
 927     // type2: by label
 928     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 929     byLabel.setColourByLabel(true);
 930     fr.setColour("type2", byLabel);
 931
 932     // type3: by score above threshold
 933     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 934             Color.BLUE, null, 1, 10);
 935     byScore.setAboveThreshold(true);
 936     byScore.setThreshold(2f);
 937     fr.setColour("type3", byScore);
 938
 939     // type4: by attribute AF
 940     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 941     byAF.setColourByLabel(true);
 942     byAF.setAttributeName("AF");
 943     fr.setColour("type4", byAF);
 944
 945     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 946     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 947             Color.BLUE, null, 1, 10);
 948     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 949     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 950     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 951     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 952
 953     /*
 954      * set filters for feature types
 955      */
 956
 957     // filter type1 features by (label contains "x")
 958     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 959     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 960     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 961
 962     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 963     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 964     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 965     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 966     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 967
 968     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 969     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 970     filterByXY
 971             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 972     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 973             "PolyPhen"));
 974     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 975
 976     /*
 977      * save as Jalview project
 978      */
 979     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 980     tfile.deleteOnExit();
 981     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 982     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
 983             "Failed to store as a project.");
 984
 985     /*
 986      * close current alignment and load the saved project
 987      */
 988     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 989     af = null;
 990     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
 991             DataSourceType.FILE);
 992     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 993
 994     /*
 995      * verify restored feature colour schemes and filters
 996      */
 997     fr = af.getFeatureRenderer();
 998     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
 999     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1000     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1001     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1002     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1003     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1004     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1005     assertNull(fc.getAttributeName());
1006     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1007     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1008     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1009     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1010     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1011     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1012     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1013     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1014     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1015     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1016     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1017     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1018
1019     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1020             "Label Contains x");
1021     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1022             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1023     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1024             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1025   }
1026
1027   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1028   {
1029     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1030             score, "grp");
1031     sf.setValue("AF", score);
1032     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1033     {
1034       {
1035         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1036       }
1037     });
1038     seq.addSequenceFeature(sf);
1039   }
1040
1041   /**
1042    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1043    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1044    *
1045    * @param seq
1046    * @param featureType
1047    * @param score
1048    */
1049   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1050   {
1051     addFeature(seq, featureType, score++);
1052     addFeature(seq, featureType, score);
1053   }
1054
1055   /**
1056    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1057    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1058    */
1059   @Test(groups = { "Functional" })
1060   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1061   {
1062     // simple project - two views on one alignment
1063     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1064             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1065     assertNotNull(af);
1066     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1067     verifyDs(af);
1068   }
1069
1070   /**
1071    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1072    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1073    * is a more complex project
1074    */
1075   @Test(groups = { "Functional" })
1076   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1077   {
1078     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1079
1080     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1081     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1082             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1083             DataSourceType.FILE);
1084     assertNotNull(af);
1085
1086     AlignmentI ds = null;
1087     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1088     {
1089       if (ds == null)
1090       {
1091         ds = verifyDs(alignFrame);
1092       }
1093       else
1094       {
1095         // check that this frame's dataset matches the last
1096         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1097       }
1098     }
1099   }
1100
1101   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1102   {
1103     AlignmentI ds = null;
1104     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1105     {
1106       if (ds == null)
1107       {
1108         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1109       }
1110       else
1111       {
1112         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1113                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1114       }
1115     }
1116     return ds;
1117   }
1118
1119   @Test(groups = "Functional")
1120   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1121   {
1122     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1123     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1124     // create a new tempfile
1125     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1126
1127     {
1128       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1129       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1130               DataSourceType.FILE);
1131       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1132       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1133       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1134       // create another for good measure
1135       af.newView("Not the PCA View", true);
1136       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1137               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1138       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1139       pcaPanel.run();
1140
1141       // now switch the linked view
1142       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1143
1144       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1145               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1146
1147       // now save and reload project
1148       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1149       tempfile.delete();
1150       jv2xml.saveState(tempfile);
1151       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1152               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1153     }
1154
1155     // load again.
1156     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1157     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1158             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1159     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1160     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1161     // desktop
1162     assertEquals(frames.length, 2,
1163             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1164     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1165
1166     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1167     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1168     {
1169       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1170       {
1171         restoredNewView = alignpanel;
1172       }
1173     }
1174     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1175     assertTrue(
1176             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1177                     .getAlignViewport(),
1178             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1179   }
1180 }