test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertNull;
  28 import static org.testng.Assert.assertSame;
  29 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.HashMap;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Map;
  40
  41 import javax.swing.JInternalFrame;
  42
  43 import org.testng.Assert;
  44 import org.testng.AssertJUnit;
  45 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  46 import org.testng.annotations.Test;
  47
  48 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  49 import jalview.api.AlignViewportI;
  50 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  51 import jalview.api.FeatureColourI;
  52 import jalview.api.ViewStyleI;
  53 import jalview.bin.Cache;
  54 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  55 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  56 import jalview.datamodel.Annotation;
  57 import jalview.datamodel.ContactListI;
  58 import jalview.datamodel.ContactMatrix;
  59 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  60 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  61 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  62 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  63 import jalview.datamodel.Mapping;
  64 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  65 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  66 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  67 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  68 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  69 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  70 import jalview.datamodel.SequenceI;
  71 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  72 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  73 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  74 import jalview.gui.AlignFrame;
  75 import jalview.gui.AlignViewport;
  76 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  77 import jalview.gui.Desktop;
  78 import jalview.gui.JvOptionPane;
  79 import jalview.gui.OverviewPanel;
  80 import jalview.gui.PCAPanel;
  81 import jalview.gui.PopupMenu;
  82 import jalview.gui.Preferences;
  83 import jalview.gui.SliderPanel;
  84 import jalview.io.DataSourceType;
  85 import jalview.io.FileFormat;
  86 import jalview.io.FileLoader;
  87 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  88 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  89 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  90 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  91 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  92 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  93 import jalview.schemes.FeatureColour;
  94 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  95 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  96 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  97 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  98 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  99 import jalview.util.MapList;
 100 import jalview.util.matcher.Condition;
 101 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 102 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
 103 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
 104
 105 @Test(singleThreaded = true)
 106 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
 107 {
 108
 109   @Override
 110   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 111   public void setUpJvOptionPane()
 112   {
 113     if (Desktop.instance != null)
 114       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 115     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 116     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 117   }
 118
 119   @Test(groups = { "Functional" })
 120   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 121   {
 122     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 123     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 124             .getAbsolutePath();
 125     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 126             DataSourceType.FILE);
 127     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 128     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 129     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 130     af.changeColour_actionPerformed(
 131             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 132     assertTrue(
 133             af.getViewport()
 134                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 135             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 136     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 137     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 138             "Failed to store as a project.");
 139     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 140     af = null;
 141     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 142             DataSourceType.FILE);
 143     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 144     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 145     assertEquals(olddsann, newdsann,
 146             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 147                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 148     System.out.println(
 149             "Read in same number of annotations as originally present ("
 150                     + olddsann + ")");
 151     assertTrue(
 152
 153             af.getViewport()
 154                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 155             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 156   }
 157
 158   @Test(groups = { "Functional" })
 159   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 160   {
 161     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 162             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 163     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 164             .getAbsolutePath();
 165     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 166             DataSourceType.FILE);
 167     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 168     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 169     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 170     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 171             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 172     assertNotNull(
 173             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 174                     viewport.getAlignment(),
 175                     viewport.getGlobalColourScheme().getSchemeName()),
 176             "Recognise T-Coffee score from string");
 177
 178     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 179     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 180             "Failed to store as a project.");
 181     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 182     af = null;
 183     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 184             DataSourceType.FILE);
 185     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 186     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 187             TCoffeeColourScheme.class,
 188             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 189     System.out.println(
 190             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 191   }
 192
 193   @Test(groups = { "Functional" })
 194   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 195   {
 196     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 197             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 198     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 199             .getAbsolutePath();
 200     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 201             DataSourceType.FILE);
 202     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 203     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 204     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 205             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 206     assertTrue(
 207
 208             aa != null && aa.length > 0,
 209             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 210     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 211             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 212     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 213             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 214     cs.setSeqAssociated(true);
 215     gcs.setSeqAssociated(true);
 216     af.changeColour(cs);
 217     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 218     sg.setStartRes(57);
 219     sg.setEndRes(92);
 220     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 221     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 222     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 223     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 224     af.alignPanel.alignmentChanged();
 225     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 226     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 227             "Failed to store as a project.");
 228     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 229     af = null;
 230     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 231             DataSourceType.FILE);
 232     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 233
 234     // check for group and alignment colourschemes
 235
 236     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 237     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 238             .getColourScheme();
 239     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 240     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 241             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 242     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 243     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 244             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 245
 246     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 247     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 248     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 249             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 250     {
 251       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 252               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 253       {
 254         diffseqcols = true;
 255       }
 256     }
 257     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 258     System.out.println(
 259             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 260
 261     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 262     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 263             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 264     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 265     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 266             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 267
 268     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 269             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 270     {
 271       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 272               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 273                       0f))
 274       {
 275         diffgseqcols = true;
 276       }
 277     }
 278     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 279     System.out.println(
 280             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 281   }
 282
 283   @Test(groups = { "Functional" })
 284   public void gatherViewsHere() throws Exception
 285   {
 286     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 287             : Desktop.getAlignFrames().length;
 288     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 289             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 290     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 291     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 292             "Didn't gather the views in the example file.");
 293
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 298    *
 299    * @throws Exception
 300    */
 301   @Test(groups = { "Functional" })
 302   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 303   {
 304     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 305     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 306     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 307             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 308     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 309
 310     // locate Jmol viewer
 311     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 312     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 313             .findFileForPDBId("1A70");
 314     assertEquals(
 315             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 316                     .getMapping(pdbFile).length,
 317             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 318
 319   }
 320
 321   @Test(groups = { "Functional" })
 322   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 323   {
 324     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 325     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 326     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 327             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 328     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 329     AlignmentViewPanel sps = null;
 330     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 331     {
 332       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 333       {
 334         sps = ap;
 335         break;
 336       }
 337     }
 338     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 339     AlignmentAnnotation refan = null;
 340     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 341             .getAlignmentAnnotation())
 342     {
 343       if (ra.graph != 0)
 344       {
 345         refan = ra;
 346         break;
 347       }
 348     }
 349     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 350     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 351     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 352     // compare the manually added temperature factor annotation
 353     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 354     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 355             "1a70 has no annotation");
 356     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 357     {
 358       AlignmentAnnotation alaa;
 359       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 360       alaa.adjustForAlignment();
 361       if (ala.graph == refan.graph)
 362       {
 363         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 364         {
 365           sq.findPosition(p);
 366           try
 367           {
 368             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 369                     && refan.annotations[p] == null)
 370                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 371                     "Mismatch at alignment position " + p);
 372           } catch (NullPointerException q)
 373           {
 374             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 375                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 376                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 377           }
 378         }
 379       }
 380     }
 381
 382   }
 383
 384   @Test(groups = { "Functional" })
 385   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 386   {
 387     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 388             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 389     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 390     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 391     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 392     {
 393       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 394       {
 395         sps = ap;
 396       }
 397       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 398       {
 399         groups = ap;
 400       }
 401     }
 402     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 403     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 404
 405     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 406     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 407     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 408
 409     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 410     AssertJUnit.assertFalse(
 411             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 412     Assert.assertTrue(structureStyle
 413             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 414
 415   }
 416
 417   /**
 418    * test store and recovery of expanded views
 419    *
 420    * @throws Exception
 421    */
 422   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 423   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 424   {
 425     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 426
 427     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 428             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 429     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 430     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 431
 432     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 433     // actually on the Desktop
 434     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 435             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 436
 437     Desktop.explodeViews(af);
 438
 439     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 440     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 441             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 442     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 443     try
 444     {
 445       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 446     } catch (Error e)
 447     {
 448       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 449     } catch (Exception e)
 450     {
 451       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 452     }
 453     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 454     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 455     {
 456       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 457     }
 458     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 459             DataSourceType.FILE);
 460     Assert.assertNotNull(af);
 461     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 462             Desktop.getAlignmentPanels(
 463                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 464     Assert.assertEquals(Desktop
 465             .getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 466             oldviews);
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 471    * in each view.
 472    *
 473    * @throws Exception
 474    */
 475   @Test(groups = { "Functional" })
 476   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 477   {
 478     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 479     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 480             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 481     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 482     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 483
 484     // remember reference sequence for each panel
 485     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 486
 487     /*
 488      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 489      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 490      */
 491     int n = 1;
 492     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 493     {
 494       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 495       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 496       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 497       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 498       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 499
 500       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 501       // todo refactor this to an alignment view controller
 502       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 503       av.setColourByReferenceSeq(true);
 504       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 505
 506       n++;
 507     }
 508     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 509             ".jvp");
 510     try
 511     {
 512       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 513     } catch (Throwable e)
 514     {
 515       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 516     }
 517     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 518     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 519     {
 520       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 521     }
 522
 523     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 524             DataSourceType.FILE);
 525     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 526
 527     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 528     {
 529       // check representative
 530       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 531       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 532       Assert.assertNotNull(rep,
 533               "Couldn't restore sequence representative from project");
 534       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 535       // will be different.
 536       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 537       // load/saves.
 538       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 539               rep.toString(),
 540               "Representative wasn't the same when recovered.");
 541       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 542               "Display reference sequence view setting not set.");
 543       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 544               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 545     }
 546   }
 547
 548   @Test(groups = { "Functional" })
 549   public void testIsVersionStringLaterThan()
 550   {
 551     /*
 552      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 553      * compatible
 554      */
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 559             "Development Build"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 561             "DEVELOPMENT BUILD"));
 562     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 563             "Development Build"));
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 567     assertTrue(
 568             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 569     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 570             "Automated Build"));
 571     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 572             "AUTOMATED BUILD"));
 573
 574     /*
 575      * same version returns true i.e. compatible
 576      */
 577     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 578     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 579     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 580     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 581     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 582
 583     /*
 584      * later version returns true
 585      */
 586     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 587     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 588     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 589     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 590     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 591
 592     /*
 593      * earlier version returns false
 594      */
 595     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 596     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 597     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 598     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 599     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 600     /*
 601      * test for patch release versions
 602      */
 603     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.11.3.0", "2.11.2"));
 604     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.11.3.0", "2.11.4"));
 605     assertFalse(
 606             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.12.2.0b1", "2.12.2.0"));
 607     assertFalse(
 608             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.12.2.3", "2.12.2.2"));
 609
 610   }
 611
 612   /**
 613    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 614    * representative sequence) in each view.
 615    *
 616    * @throws Exception
 617    */
 618   @Test(groups = { "Functional" })
 619   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 620   {
 621     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 622     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 623             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 624     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 625     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 626     // make a second view of the alignment
 627     af.newView_actionPerformed(null);
 628
 629     /*
 630      * remember representative and hidden sequences marked
 631      * on each panel
 632      */
 633     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 634     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 635
 636     /*
 637      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 638      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 639      */
 640     int n = 1;
 641     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 642     {
 643       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 644       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 645       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 646       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 647       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 648       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 649       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 650       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 651       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 652
 653       /*
 654        * have rep sequence represent itself and the one before it
 655        * this hides the group (except for the rep seq)
 656        */
 657       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 658       sg.addSequence(repSeq, false);
 659       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 660       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 661       sg.setSeqrep(repSeq);
 662       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 663       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 664       av.setSelectionGroup(sg);
 665       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 666
 667       /*
 668        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 669        * (it does not create a group on the alignment)
 670        */
 671       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 672       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 673       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 674       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 675       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 676       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 677               .getHiddenRepSequences();
 678       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 679       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 680       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 681       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 682       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 683       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 684
 685       n++;
 686     }
 687     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 688             ".jvp");
 689     try
 690     {
 691       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 692     } catch (Throwable e)
 693     {
 694       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 695     }
 696     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 697     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 698     {
 699       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 700     }
 701
 702     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 703             DataSourceType.FILE);
 704     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 705
 706     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 707     {
 708       String viewName = ap.getViewName();
 709       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 710       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 711       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 712       assertNotNull(groups);
 713       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 714       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 715               .getHiddenRepSequences();
 716       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 717       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 718       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 719               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 720                       .getDisplayId(true));
 721
 722       /*
 723        * verify hidden sequences in restored panel
 724        */
 725       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 726       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 727       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 728               "wrong number of restored hidden sequences in "
 729                       + ap.getViewName());
 730     }
 731   }
 732
 733   /**
 734    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 735    *
 736    * @throws Exception
 737    */
 738   @Test(groups = { "Functional" })
 739   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 740   {
 741     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 742     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 743     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 744             DataSourceType.FILE);
 745     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 746     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 747
 748     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 749     System.out.println();
 750     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 751     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 752     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 753     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 754     System.out.println("blah");
 755     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 756     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 757     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 758     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 759     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 760     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 761     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 762     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 763     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 764     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 765     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 766     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 767     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 768     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 769     Assert.assertEquals(
 770             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 771             pdbEntries[0]);
 772     Assert.assertEquals(
 773             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 774             pdbEntries[1]);
 775     Assert.assertEquals(
 776             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 777             pdbEntries[2]);
 778     Assert.assertEquals(
 779             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 780             pdbEntries[3]);
 781
 782     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 783     try
 784     {
 785       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 786     } catch (Throwable e)
 787     {
 788       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 789     }
 790     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 791     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 792     {
 793       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 794     }
 795
 796     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 797             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 798     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 799     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 800     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 801     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 802     System.out.println("blah");
 803     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 804     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 805     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 806     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 807     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 808     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 809     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 810     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 811     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 812
 813     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 814     // recoverable from a Jalview projects
 815     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 816     {
 817       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 818               .get(0);
 819       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 820       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 821               "Mismatch PDB ID");
 822       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 823               "Mismatch PDB ID");
 824       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 825               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 826       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 827               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 828       Assert.assertEquals(
 829               recov.getFile().toLowerCase(Locale.ENGLISH)
 830                       .lastIndexOf("pdb"),
 831               recov.getFile().length() - 3,
 832               "Recovered PDBEntry file should have PDB suffix");
 833     }
 834   }
 835
 836   /**
 837    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 838    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 839    * saved project.
 840    *
 841    * @throws IOException
 842    */
 843   @Test(groups = { "Functional" })
 844   public void testStoreAndRecoverAnnotationRowElementColours()
 845           throws IOException
 846   {
 847     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 848     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("SEQ\tMNQ",
 849             DataSourceType.PASTE);
 850
 851     AlignViewport av = af.getViewport();
 852     AlignmentI al = av.getAlignment();
 853     SequenceI fsq;
 854     fsq = al.getSequenceAt(0);
 855     Annotation annots[] = new Annotation[fsq.getLength()];
 856     AlignmentAnnotation ala = new AlignmentAnnotation("Colour", "Annots",
 857             annots);
 858     annots[0] = new Annotation(1.0f);
 859     annots[1] = new Annotation(2.0f);
 860     annots[2] = new Annotation(3.0f);
 861     annots[0].colour = Color.RED;
 862     annots[1].colour = Color.GREEN;
 863     annots[2].colour = Color.BLUE;
 864     ala.validateRangeAndDisplay();
 865     al.getSequenceAt(0).addAlignmentAnnotation(ala);
 866     al.addAnnotation(ala);
 867     /*
 868      * and colour by annotation
 869      */
 870     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(ala,
 871             af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 872     acg.setSeqAssociated(true);
 873     acg.setPredefinedColours(true);
 874     af.changeColour(acg);
 875     Color seqcol[] = new Color[3];
 876     for (int iStart = fsq.findIndex(fsq.getStart()), i = 0; i < 3; i++)
 877     {
 878       seqcol[i] = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 879               .getSequenceRenderer()
 880               .getResidueColour(fsq, iStart + i, null);
 881     }
 882     /*
 883      * save project, close windows, reload project, verify
 884      */
 885     File tfile = File.createTempFile(
 886             "testStoreAndRecoverAnnotRowElemColors", ".jvp");
 887     tfile.deleteOnExit();
 888     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 889     // Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 890     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 891             DataSourceType.FILE);
 892     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 893     /*
 894      * verify alignment annotation has colors
 895      */
 896     av = af.getViewport();
 897
 898     ColourSchemeI loadedCscheme = av.getGlobalColourScheme();
 899     Assert.assertTrue(loadedCscheme instanceof AnnotationColourGradient,
 900             "Didn't apply Annotation colour gradient");
 901     acg = (AnnotationColourGradient) loadedCscheme;
 902     assertTrue(acg.isSeqAssociated());
 903     assertTrue(acg.isPredefinedColours());
 904
 905     al = av.getAlignment();
 906     fsq = al.getSequenceAt(0);
 907     ala = fsq.getAnnotation()[0];
 908     Assert.assertNotNull(ala, "No annotation row recovered");
 909     Assert.assertNotNull(ala.annotations);
 910     for (int iStart = al.getSequenceAt(0)
 911             .findIndex(al.getSequenceAt(0).getStart()), i = 0; i < 3; i++)
 912     {
 913       Assert.assertTrue(ala.annotations[i].colour != null);
 914       Assert.assertTrue(ala.annotations[i].colour.equals(annots[i].colour));
 915       Color newseqcol = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 916               .getSequenceRenderer()
 917               .getResidueColour(fsq, iStart + i, null);
 918       Assert.assertTrue(seqcol[i].equals(newseqcol),
 919               "Sequence shading is different");
 920
 921     }
 922
 923   }
 924
 925   /**
 926    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 927    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 928    * saved project.
 929    *
 930    * @throws IOException
 931    */
 932   @Test(groups = { "Functional" })
 933   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 934   {
 935     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 936     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 937             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 938
 939     AlignViewport av = af.getViewport();
 940     AlignmentI al = av.getAlignment();
 941
 942     /*
 943      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 944      */
 945     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 946     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 947     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 948     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 949     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 950     assertFalse(sp.isForConservation());
 951     sp.valueChanged(10);
 952     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 953     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 954     assertTrue(sp.isForConservation());
 955     sp.valueChanged(20);
 956     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 957     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 958     assertTrue(rs.conservationApplied());
 959     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 960
 961     /*
 962      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 963      * and 40% PID threshold
 964      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 965      * is at a sequence not in the group)
 966      */
 967     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 968     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 969     sg.setStartRes(15);
 970     sg.setEndRes(25);
 971     av.setSelectionGroup(sg);
 972     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 973             null);
 974     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 975             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 976     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 977     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 978     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 979     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 980     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 981     assertTrue(sp.isForConservation());
 982     sp.valueChanged(30);
 983     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 984     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 985     assertFalse(sp.isForConservation());
 986     sp.valueChanged(40);
 987     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 988     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 989     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 990
 991     /*
 992      * save project, close windows, reload project, verify
 993      */
 994     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 995             ".jvp");
 996     tfile.deleteOnExit();
 997     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 998     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 999     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1000             DataSourceType.FILE);
1001     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
1002
1003     /*
1004      * verify alignment (background) colouring
1005      */
1006     rs = af.getViewport().getResidueShading();
1007     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
1008     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
1009     assertTrue(rs.conservationApplied());
1010     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
1011
1012     /*
1013      * verify group colouring
1014      */
1015     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
1016     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
1017             .getGroupColourScheme();
1018     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
1019     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
1020     assertTrue(rs.conservationApplied());
1021     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
1022   }
1023
1024   /**
1025    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
1026    *
1027    * @throws IOException
1028    */
1029   @Test(groups = { "Functional" })
1030   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
1031   {
1032     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1033             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
1034     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
1035
1036     /*
1037      * add some features to the sequence
1038      */
1039     int score = 1;
1040     addFeatures(seq1, "type1", score++);
1041     addFeatures(seq1, "type2", score++);
1042     addFeatures(seq1, "type3", score++);
1043     addFeatures(seq1, "type4", score++);
1044     addFeatures(seq1, "type5", score++);
1045
1046     /*
1047      * set colour schemes for features
1048      */
1049     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
1050     fr.findAllFeatures(true);
1051
1052     // type1: red
1053     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
1054
1055     // type2: by label
1056     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
1057     byLabel.setColourByLabel(true);
1058     fr.setColour("type2", byLabel);
1059
1060     // type3: by score above threshold
1061     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
1062             Color.BLUE, null, 1, 10);
1063     byScore.setAboveThreshold(true);
1064     byScore.setThreshold(2f);
1065     fr.setColour("type3", byScore);
1066
1067     // type4: by attribute AF
1068     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
1069     byAF.setColourByLabel(true);
1070     byAF.setAttributeName("AF");
1071     fr.setColour("type4", byAF);
1072
1073     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
1074     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
1075             Color.BLUE, null, 1, 10);
1076     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
1077     byPolyPhen.setThreshold(3f);
1078     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
1079     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
1080
1081     /*
1082      * set filters for feature types
1083      */
1084
1085     // filter type1 features by (label contains "x")
1086     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
1087     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
1088     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
1089
1090     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
1091     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
1092     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
1093     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
1094     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
1095
1096     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
1097     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
1098     filterByXY
1099             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
1100     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
1101             "PolyPhen"));
1102     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
1103
1104     /*
1105      * save as Jalview project
1106      */
1107     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
1108     tfile.deleteOnExit();
1109     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
1110     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
1111     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
1112             "Failed to store as a project.");
1113
1114     /*
1115      * close current alignment and load the saved project
1116      */
1117     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1118     af = null;
1119     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1120             DataSourceType.FILE);
1121     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1122
1123     /*
1124      * verify restored feature colour schemes and filters
1125      */
1126     fr = af.getFeatureRenderer();
1127     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1128     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1129     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1130     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1131     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1132     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1133     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1134     assertNull(fc.getAttributeName());
1135     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1136     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1137     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1138     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1139     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1140     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1141     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1142     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1143     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1144     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1145     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1146     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1147
1148     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1149             "Label Contains x");
1150     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1151             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1152     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1153             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0)");
1154   }
1155
1156   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1157   {
1158     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1159             score, "grp");
1160     sf.setValue("AF", score);
1161     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1162     {
1163       {
1164         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1165       }
1166     });
1167     seq.addSequenceFeature(sf);
1168   }
1169
1170   /**
1171    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1172    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1173    *
1174    * @param seq
1175    * @param featureType
1176    * @param score
1177    */
1178   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1179   {
1180     addFeature(seq, featureType, score++);
1181     addFeature(seq, featureType, score);
1182   }
1183
1184   /**
1185    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1186    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1187    */
1188   @Test(groups = { "Functional" })
1189   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1190   {
1191     // simple project - two views on one alignment
1192     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1193             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1194     assertNotNull(af);
1195     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1196     verifyDs(af);
1197   }
1198
1199   /**
1200    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1201    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1202    * is a more complex project
1203    */
1204   @Test(groups = { "Functional" })
1205   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1206   {
1207     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1208
1209     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1210     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1211             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1212             DataSourceType.FILE);
1213     assertNotNull(af);
1214
1215     AlignmentI ds = null;
1216     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1217     {
1218       if (ds == null)
1219       {
1220         ds = verifyDs(alignFrame);
1221       }
1222       else
1223       {
1224         // check that this frame's dataset matches the last
1225         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1226       }
1227     }
1228   }
1229
1230   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1231   {
1232     AlignmentI ds = null;
1233     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1234     {
1235       if (ds == null)
1236       {
1237         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1238       }
1239       else
1240       {
1241         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1242                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1243       }
1244     }
1245     return ds;
1246   }
1247
1248   @Test(groups = "Functional")
1249   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1250   {
1251     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1252     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1253     // create a new tempfile
1254     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1255
1256     {
1257       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1258       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1259               DataSourceType.FILE);
1260       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1261       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1262       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1263       // create another for good measure
1264       af.newView("Not the PCA View", true);
1265       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1266               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1267       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1268       pcaPanel.run();
1269
1270       // now switch the linked view
1271       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1272
1273       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1274               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1275
1276       // now save and reload project
1277       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1278       tempfile.delete();
1279       jv2xml.saveState(tempfile);
1280       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1281               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1282     }
1283
1284     // load again.
1285     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1286     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1287             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1288     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1289     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1290     // desktop
1291     assertEquals(frames.length, 2,
1292             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1293     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1294
1295     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1296     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1297     {
1298       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1299       {
1300         restoredNewView = alignpanel;
1301       }
1302     }
1303     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1304     assertTrue(
1305             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1306                     .getAlignViewport(),
1307             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1308   }
1309
1310   /**
1311    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1312    *
1313    * @throws Exception
1314    */
1315   @Test(groups = { "Functional" })
1316   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1317   {
1318     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1319     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1320     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1321             DataSourceType.PASTE);
1322     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1323
1324     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1325     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1326     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1327
1328     /*
1329      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1330      * and a dbref with map to gene 'locus'
1331      */
1332     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1333     pep.addDBRef(dbref1);
1334     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1335             new MapList(new int[]
1336             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1337     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1338     pep.addDBRef(dbref2);
1339     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1340             new MapList(new int[]
1341             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1342     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1343     pep.addDBRef(dbref3);
1344
1345     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1346             ".jvp");
1347     try
1348     {
1349       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1350     } catch (Throwable e)
1351     {
1352       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1353     }
1354     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1355
1356     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1357             DataSourceType.FILE);
1358     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1359     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1360     DBModList<DBRefEntry> dbrefs = rpep.getDBRefs();
1361     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1362     assertEquals(dbrefs.size(), 3);
1363     DBRefEntry dbRef = dbrefs.get(0);
1364     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1365     assertNull(dbRef.getMap());
1366     assertEquals(dbRef, dbref1);
1367
1368     /*
1369      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1370      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1371      */
1372     dbRef = dbrefs.get(1);
1373     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1374     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1375     assertNotNull(dbRef.getMap());
1376     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1377     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1378     // compare MapList but not map.to
1379     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1380
1381     /*
1382      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1383      */
1384     dbRef = dbrefs.get(2);
1385     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1386     assertEquals(dbRef, dbref3);
1387   }
1388
1389   /**
1390    * test store and recovery of Overview windows
1391    *
1392    * @throws Exception
1393    */
1394   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
1395   public void testStoreAndRecoverOverview() throws Exception
1396   {
1397     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1398
1399     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "false");
1400     Cache.setProperty(Preferences.USE_LEGACY_GAP, "false");
1401     Cache.setColourProperty(Preferences.GAP_COLOUR, Color.green);
1402     Cache.setColourProperty(Preferences.HIDDEN_COLOUR, Color.yellow);
1403     Cache.setProperty(Preferences.SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, "true");
1404
1405     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1406             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
1407
1408     /*
1409      * open and resize / reposition overview
1410      */
1411     af.overviewMenuItem_actionPerformed(null);
1412     OverviewPanel ov1 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1413     assertNotNull(ov1);
1414     ov1.setFrameBounds(20, 30, 200, 400);
1415     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa");
1416     assertTrue(ov1.isShowHiddenRegions());
1417
1418     /*
1419      * open a New View and its Overview and reposition it
1420      */
1421     af.newView_actionPerformed(null);
1422     af.overviewMenuItem_actionPerformed(null);
1423     OverviewPanel ov2 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1424     assertNotNull(ov2);
1425     assertNotSame(ov1, ov2);
1426     ov2.setFrameBounds(25, 35, 205, 405);
1427     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa Original");
1428     assertEquals(ov2.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa View 1");
1429
1430     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverOverview", ".jvp");
1431     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1432     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1433
1434     /*
1435      * change preferences (should _not_ affect reloaded Overviews)
1436      */
1437     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
1438     Cache.setProperty(Preferences.USE_LEGACY_GAP, "true");
1439     Cache.setColourProperty(Preferences.GAP_COLOUR, Color.blue);
1440     Cache.setColourProperty(Preferences.HIDDEN_COLOUR, Color.orange);
1441     Cache.setProperty(Preferences.SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, "false");
1442
1443     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1444             DataSourceType.FILE);
1445
1446     /*
1447      * workaround: explicitly select View 1 (not in focus after restore)
1448      */
1449     af.tabSelectionChanged(1);
1450
1451     /*
1452      * verify restored overview for View 1
1453      */
1454     ov2 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1455     assertEquals(ov2.getCanvas().getGapColour(), Color.green);
1456     // 'non-legacy' colouring uses white for non-gapped residues
1457     assertEquals(ov2.getCanvas().getResidueColour(), Color.white);
1458     assertEquals(ov2.getCanvas().getHiddenColour(), Color.yellow);
1459     assertEquals(ov2.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa View 1");
1460     assertEquals(ov2.getFrameBounds(), new Rectangle(25, 35, 205, 405));
1461     assertTrue(ov2.isShowHiddenRegions());
1462
1463     /*
1464      * verify restored overview for Original view
1465      */
1466     af.tabSelectionChanged(0);
1467     ov1 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1468     assertEquals(ov1.getCanvas().getGapColour(), Color.green);
1469     // 'non-legacy' colouring uses white for non-gapped residues
1470     assertEquals(ov1.getCanvas().getResidueColour(), Color.white);
1471     assertEquals(ov1.getCanvas().getHiddenColour(), Color.yellow);
1472     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa Original");
1473     assertEquals(ov1.getFrameBounds(), new Rectangle(20, 30, 200, 400));
1474     assertTrue(ov1.isShowHiddenRegions());
1475   }
1476
1477   /**
1478    * Test that a view with no Overview is restored with no Overview, even if
1479    * 'Open Overview' is selected in Preferences
1480    *
1481    * @throws Exception
1482    */
1483   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
1484   public void testStoreAndRecoverNoOverview() throws Exception
1485   {
1486     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "false");
1487     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1488     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1489             ">seq1\nMATRSQFLVNF\n", DataSourceType.PASTE);
1490
1491     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverOverview", ".jvp");
1492     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1493     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1494
1495     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
1496     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1497             DataSourceType.FILE);
1498
1499     assertNull(af.alignPanel.getOverviewPanel());
1500   }
1501
1502   /**
1503    * Test that a view from an older version of Jalview is restored with Overview
1504    * automatically shown when the preference is set
1505    *
1506    * @throws Exception
1507    */
1508   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
1509   public void testAutoShowOverviewForLegacyProjects() throws Exception
1510   {
1511     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1512     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
1513     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1514             "examples/exampleFile.jvp", DataSourceType.FILE);
1515
1516     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "false");
1517     assertNotNull(af.alignPanel.getOverviewPanel());
1518   }
1519
1520   /**
1521    * Test that loading example.jvp, doing some stuff, then hitting reload
1522    * doesn't leave the modified window still open
1523    *
1524    * See JAL-4127 - interactively performing the same actions and reloading
1525    * works fine, but programmatically they do not
1526    *
1527    * @throws Exception
1528    */
1529   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
1530   public void testReloadActuallyReloads() throws Exception
1531   {
1532     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1533     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1534             "examples/exampleFile.jvp", DataSourceType.FILE);
1535     af.getViewport().getColumnSelection().addElement(3);
1536     af.hideSelColumns_actionPerformed(null);
1537     af.newView("new", true);
1538     af.reload_actionPerformed(null);
1539     Thread.sleep(30);
1540     // af exists still but isn't shown
1541     assertTrue(af.isClosed());
1542   }
1543
1544   @Test(groups = { "Functional" })
1545   public void testPAEsaveRestore() throws Exception
1546   {
1547     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1548     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1549             ">seq1\nMATRSQFLVNF\n", DataSourceType.PASTE);
1550     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
1551     // PAE matrices are added as reference annotation to the dataset sequence
1552     // at least for now.
1553     SequenceI sq = al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence();
1554     int i = sq.getLength();
1555     float[][] paevals = new float[i][i];
1556     for (i = i - 1; i >= 0; i--)
1557     {
1558       for (int j = 0; j <= i; j++)
1559       {
1560         paevals[i][j] = ((i - j < 2)
1561                 || ((i > 1 && i < 5) && (j > 1 && i < 5))) ? 1 : 0f;
1562         paevals[j][i] = paevals[i][j];
1563       }
1564     }
1565     PAEContactMatrix dummyMat = new PAEContactMatrix(sq, paevals);
1566     String content = ContactMatrix.contactToFloatString(dummyMat);
1567     Assert.assertTrue(content.contains("\t1.")); // at least one element must be
1568                                                  // 1
1569     float[][] vals = ContactMatrix.fromFloatStringToContacts(content,
1570             sq.getLength(), sq.getLength());
1571     assertEquals(vals[3][4], paevals[3][4]);
1572     dummyMat.makeGroups(0.5f, false);
1573     Assert.assertNotSame(dummyMat.getNewick(), "");
1574     AlignmentAnnotation paeCm = sq.addContactList(dummyMat);
1575     al.addAnnotation(paeCm);
1576     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPAEmatrix",
1577             ".jvp");
1578     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1579     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1580
1581     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1582             DataSourceType.FILE);
1583     AlignmentI newAl = af.getViewport().getAlignment();
1584     SequenceI newSeq = newAl.getSequenceAt(0).getDatasetSequence();
1585     // check annotation of the expected type exists
1586     Assert.assertEquals(newSeq.getAnnotation().length, 1);
1587     Assert.assertEquals(newSeq.getAnnotation()[0].graph, paeCm.graph);
1588
1589     // check a contact matrix was recovered
1590     Assert.assertEquals(newSeq.getContactMaps().size(), 1);
1591     // and can be found for the annotation on the sequence
1592     ContactMatrixI restoredMat = newSeq
1593             .getContactMatrixFor(newSeq.getAnnotation()[0]);
1594     Assert.assertNotNull(restoredMat);
1595     for (i = sq.getLength() - 1; i >= 0; i--)
1596     {
1597       ContactListI oldCM = dummyMat.getContactList(i),
1598               newCM = restoredMat.getContactList(i);
1599       for (int j = oldCM.getContactHeight(); j >= 0; j--)
1600       {
1601         Assert.assertEquals(oldCM.getContactAt(j), newCM.getContactAt(j));
1602       }
1603     }
1604     Assert.assertEquals(restoredMat.hasGroups(), dummyMat.hasGroups());
1605     Assert.assertEquals(restoredMat.getGroups(), dummyMat.getGroups());
1606     Assert.assertEquals(restoredMat.hasTree(), dummyMat.hasTree());
1607     Assert.assertEquals(restoredMat.getNewick(), dummyMat.getNewick());
1608
1609   }
1610
1611 }