test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  40 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  45 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  46 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  47 import jalview.gui.AlignFrame;
  48 import jalview.gui.AlignViewport;
  49 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  50 import jalview.gui.Desktop;
  51 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  52 import jalview.gui.JvOptionPane;
  53 import jalview.gui.PCAPanel;
  54 import jalview.gui.PopupMenu;
  55 import jalview.gui.SliderPanel;
  56 import jalview.io.DataSourceType;
  57 import jalview.io.FileFormat;
  58 import jalview.io.FileLoader;
  59 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  60 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  61 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  62 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  63 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  64 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  65 import jalview.schemes.FeatureColour;
  66 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  67 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  68 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  69 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  70 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  71 import jalview.util.matcher.Condition;
  72 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  73
  74 import java.awt.Color;
  75 import java.io.File;
  76 import java.io.IOException;
  77 import java.util.ArrayList;
  78 import java.util.HashMap;
  79 import java.util.List;
  80 import java.util.Map;
  81
  82 import javax.swing.JInternalFrame;
  83
  84 import org.testng.Assert;
  85 import org.testng.AssertJUnit;
  86 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  87 import org.testng.annotations.Test;
  88
  89 @Test(singleThreaded = true)
  90 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  91 {
  92
  93   @Override
  94   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  95   public void setUpJvOptionPane()
  96   {
  97     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  98     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  99   }
 100
 101   @Test(groups = { "Functional" })
 102   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 103   {
 104     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 105     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 106             .getAbsolutePath();
 107     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 108             DataSourceType.FILE);
 109     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 110     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 111     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 112     af.changeColour_actionPerformed(
 113             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 114     assertTrue(
 115             af.getViewport()
 116                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 117             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 118     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 119             "Failed to store as a project.");
 120     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 121     af = null;
 122     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 123             DataSourceType.FILE);
 124     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 125     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 126     assertEquals(olddsann, newdsann,
 127             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 128                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 129     System.out.println(
 130             "Read in same number of annotations as originally present ("
 131                     + olddsann + ")");
 132     assertTrue(
 133
 134             af.getViewport()
 135                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 136             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 137   }
 138
 139   @Test(groups = { "Functional" })
 140   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 141   {
 142     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 143             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 144     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 145             .getAbsolutePath();
 146     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 147             DataSourceType.FILE);
 148     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 149     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 150     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 151     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 152             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 153     assertNotNull(
 154             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 155                     viewport.getAlignment(),
 156                     viewport.getGlobalColourScheme()
 157                             .getSchemeName()),
 158             "Recognise T-Coffee score from string");
 159
 160     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 161             "Failed to store as a project.");
 162     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 163     af = null;
 164     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 165             DataSourceType.FILE);
 166     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 167     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 168             TCoffeeColourScheme.class,
 169             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 170     System.out.println(
 171             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 172   }
 173
 174   @Test(groups = { "Functional" })
 175   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 176   {
 177     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 178             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 179     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 180             .getAbsolutePath();
 181     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 182             DataSourceType.FILE);
 183     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 184     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 185     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 186             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 187     assertTrue(
 188
 189             aa != null && aa.length > 0,
 190             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 191     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 192             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 193     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 194             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 195     cs.setSeqAssociated(true);
 196     gcs.setSeqAssociated(true);
 197     af.changeColour(cs);
 198     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 199     sg.setStartRes(57);
 200     sg.setEndRes(92);
 201     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 202     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 203     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 204     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 205     af.alignPanel.alignmentChanged();
 206     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 207             "Failed to store as a project.");
 208     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 209     af = null;
 210     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 211             DataSourceType.FILE);
 212     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 213
 214     // check for group and alignment colourschemes
 215
 216     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 217     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 218             .getColourScheme();
 219     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 220     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 221             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 222     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 223     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 224             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 225
 226     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 227     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 228     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 229             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 230     {
 231       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 232               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 233       {
 234         diffseqcols = true;
 235       }
 236     }
 237     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 238     System.out.println(
 239             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 240
 241     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 242     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 243             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 244     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 245     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 246             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 247
 248     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 249             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 250     {
 251       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 252               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 253                       0f))
 254       {
 255         diffgseqcols = true;
 256       }
 257     }
 258     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 259     System.out.println(
 260             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 261   }
 262
 263   @Test(groups = { "Functional" })
 264   public void gatherViewsHere() throws Exception
 265   {
 266     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 267             : Desktop.getAlignFrames().length;
 268     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 269             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 270     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 271     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 272             "Didn't gather the views in the example file.");
 273
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 278    *
 279    * @throws Exception
 280    */
 281   @Test(groups = { "Functional" })
 282   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 283   {
 284     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 285     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 286     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 287             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 288     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 289
 290     // locate Jmol viewer
 291     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 292     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 293             .findFileForPDBId("1A70");
 294     assertEquals(
 295             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 296                     .getMapping(pdbFile).length,
 297             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 298
 299   }
 300
 301   @Test(groups = { "Functional" })
 302   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 303   {
 304     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 305     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 306     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 307             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 308     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 309     AlignmentViewPanel sps = null;
 310     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 311     {
 312       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 313       {
 314         sps = ap;
 315         break;
 316       }
 317     }
 318     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 319     AlignmentAnnotation refan = null;
 320     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 321             .getAlignmentAnnotation())
 322     {
 323       if (ra.graph != 0)
 324       {
 325         refan = ra;
 326         break;
 327       }
 328     }
 329     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 330     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 331     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 332     // compare the manually added temperature factor annotation
 333     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 334     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 335             "1a70 has no annotation");
 336     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 337     {
 338       AlignmentAnnotation alaa;
 339       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 340       alaa.adjustForAlignment();
 341       if (ala.graph == refan.graph)
 342       {
 343         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 344         {
 345           sq.findPosition(p);
 346           try
 347           {
 348             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 349                     && refan.annotations[p] == null)
 350                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 351                     "Mismatch at alignment position " + p);
 352           } catch (NullPointerException q)
 353           {
 354             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 355                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 356                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 357           }
 358         }
 359       }
 360     }
 361
 362   }
 363
 364   @Test(groups = { "Functional" })
 365   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 366   {
 367     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 368             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 369     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 370     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 371     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 372     {
 373       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 374       {
 375         sps = ap;
 376       }
 377       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 378       {
 379         groups = ap;
 380       }
 381     }
 382     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 383     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 384
 385     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 386     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 387     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 388
 389     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 390     AssertJUnit.assertFalse(
 391             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 392     Assert.assertTrue(structureStyle
 393             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 394
 395   }
 396
 397   /**
 398    * test store and recovery of expanded views
 399    *
 400    * @throws Exception
 401    */
 402   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 403   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 404   {
 405     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 406
 407     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 408             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 409     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 410     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 411
 412     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 413     // actually on the Desktop
 414     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 415             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 416
 417     Desktop.explodeViews(af);
 418
 419     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 420     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 421             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 422     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 423     try
 424     {
 425       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 426     } catch (Error e)
 427     {
 428       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 429     } catch (Exception e)
 430     {
 431       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 432     }
 433     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 434     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 435     {
 436       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 437     }
 438     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 439             DataSourceType.FILE);
 440     Assert.assertNotNull(af);
 441     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 442             Desktop.getAlignmentPanels(
 443                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 444     Assert.assertEquals(
 445             Desktop.getAlignmentPanels(
 446                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 447             oldviews);
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 452    * in each view.
 453    *
 454    * @throws Exception
 455    */
 456   @Test(groups = { "Functional" })
 457   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 458   {
 459     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 460     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 461             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 462     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 463     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 464
 465     // remember reference sequence for each panel
 466     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 467
 468     /*
 469      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 470      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 471      */
 472     int n = 1;
 473     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 474     {
 475       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 476       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 477       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 478       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 479       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 480
 481       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 482       // todo refactor this to an alignment view controller
 483       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 484       av.setColourByReferenceSeq(true);
 485       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 486
 487       n++;
 488     }
 489     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 490             ".jvp");
 491     try
 492     {
 493       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 494     } catch (Throwable e)
 495     {
 496       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 497     }
 498     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 499     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 500     {
 501       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 502     }
 503
 504     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 505             DataSourceType.FILE);
 506     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 507
 508     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 509     {
 510       // check representative
 511       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 512       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 513       Assert.assertNotNull(rep,
 514               "Couldn't restore sequence representative from project");
 515       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 516       // will be different.
 517       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 518       // load/saves.
 519       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 520               rep.toString(),
 521               "Representative wasn't the same when recovered.");
 522       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 523               "Display reference sequence view setting not set.");
 524       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 525               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 526     }
 527   }
 528
 529   @Test(groups = { "Functional" })
 530   public void testIsVersionStringLaterThan()
 531   {
 532     /*
 533      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 534      * compatible
 535      */
 536     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 538     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 539     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 540             "Development Build"));
 541     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 542             "DEVELOPMENT BUILD"));
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 544             "Development Build"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 548     assertTrue(
 549             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 551             "Automated Build"));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 553             "AUTOMATED BUILD"));
 554
 555     /*
 556      * same version returns true i.e. compatible
 557      */
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 561     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 562     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 563
 564     /*
 565      * later version returns true
 566      */
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 569     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 570     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 571     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 572
 573     /*
 574      * earlier version returns false
 575      */
 576     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 577     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 578     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 579     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 580     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 585    * representative sequence) in each view.
 586    *
 587    * @throws Exception
 588    */
 589   @Test(groups = { "Functional" })
 590   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 591   {
 592     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 593     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 594             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 595     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 596     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 597     // make a second view of the alignment
 598     af.newView_actionPerformed(null);
 599
 600     /*
 601      * remember representative and hidden sequences marked
 602      * on each panel
 603      */
 604     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 605     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 606
 607     /*
 608      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 609      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 610      */
 611     int n = 1;
 612     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 613     {
 614       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 615       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 616       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 617       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 618       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 619       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 620       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 621       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 622       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 623
 624       /*
 625        * have rep sequence represent itself and the one before it
 626        * this hides the group (except for the rep seq)
 627        */
 628       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 629       sg.addSequence(repSeq, false);
 630       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 631       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 632       sg.setSeqrep(repSeq);
 633       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 634       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 635       av.setSelectionGroup(sg);
 636       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 637
 638       /*
 639        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 640        * (it does not create a group on the alignment)
 641        */
 642       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 643       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 644       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 645       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 646       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 647       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 648               .getHiddenRepSequences();
 649       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 650       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 651       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 652       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 653       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 654       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 655
 656       n++;
 657     }
 658     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 659             ".jvp");
 660     try
 661     {
 662       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 663     } catch (Throwable e)
 664     {
 665       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 666     }
 667     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 668     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 669     {
 670       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 671     }
 672
 673     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 674             DataSourceType.FILE);
 675     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 676
 677     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 678     {
 679       String viewName = ap.getViewName();
 680       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 681       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 682       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 683       assertNotNull(groups);
 684       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 685       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 686               .getHiddenRepSequences();
 687       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 688       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 689       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 690               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 691                       .getDisplayId(true));
 692
 693       /*
 694        * verify hidden sequences in restored panel
 695        */
 696       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 697       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 698       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 699               "wrong number of restored hidden sequences in "
 700                       + ap.getViewName());
 701     }
 702   }
 703
 704   /**
 705    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 706    *
 707    * @throws Exception
 708    */
 709   @Test(groups = { "Functional" })
 710   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 711   {
 712     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 713     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 714     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 715             DataSourceType.FILE);
 716     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 717     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 718
 719     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 720     System.out.println();
 721     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 722     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 723     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 724     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 725     System.out.println("blah");
 726     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 727     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 728     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 729     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 730     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 731     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 732     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 733     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 734     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 735     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 736     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 737     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 738     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 739     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 740     Assert.assertEquals(
 741             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 742             pdbEntries[0]);
 743     Assert.assertEquals(
 744             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 745             pdbEntries[1]);
 746     Assert.assertEquals(
 747             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 748             pdbEntries[2]);
 749     Assert.assertEquals(
 750             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 751             pdbEntries[3]);
 752
 753     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 754     try
 755     {
 756       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 757     } catch (Throwable e)
 758     {
 759       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 760     }
 761     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 762     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 763     {
 764       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 765     }
 766
 767     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 768             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 769     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 770     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 771     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 772     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 773     System.out.println("blah");
 774     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 775     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 776     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 777     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 778     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 779     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 780     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 781     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 782     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 783
 784     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 785     // recoverable from a Jalview projects
 786     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 787     {
 788       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 789               .get(0);
 790       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 791       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 792               "Mismatch PDB ID");
 793       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 794               "Mismatch PDB ID");
 795       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 796               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 797       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 798               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 799     }
 800   }
 801
 802   /**
 803    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 804    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 805    * saved project.
 806    *
 807    * @throws IOException
 808    */
 809   @Test(groups = { "Functional" })
 810   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 811   {
 812     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 813     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 814             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 815
 816     AlignViewport av = af.getViewport();
 817     AlignmentI al = av.getAlignment();
 818
 819     /*
 820      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 821      */
 822     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 823     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 824     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 825     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 826     assertFalse(sp.isForConservation());
 827     sp.valueChanged(10);
 828     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 829     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 830     assertTrue(sp.isForConservation());
 831     sp.valueChanged(20);
 832     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 833     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 834     assertTrue(rs.conservationApplied());
 835     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 836
 837     /*
 838      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 839      * and 40% PID threshold
 840      */
 841     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 842     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 843     sg.setStartRes(15);
 844     sg.setEndRes(25);
 845     av.setSelectionGroup(sg);
 846     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 847     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 848             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 849     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 850     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 851     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 852     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 853     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 854     assertTrue(sp.isForConservation());
 855     sp.valueChanged(30);
 856     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 857     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 858     assertFalse(sp.isForConservation());
 859     sp.valueChanged(40);
 860     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 861     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 862     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 863
 864     /*
 865      * save project, close windows, reload project, verify
 866      */
 867     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 868             ".jvp");
 869     tfile.deleteOnExit();
 870     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 871     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 872     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 873             DataSourceType.FILE);
 874     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 875
 876     /*
 877      * verify alignment (background) colouring
 878      */
 879     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 880     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 881     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 882     assertTrue(rs.conservationApplied());
 883     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 884
 885     /*
 886      * verify group colouring
 887      */
 888     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 889     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 890             .getGroupColourScheme();
 891     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 892     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 893     assertTrue(rs.conservationApplied());
 894     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 895   }
 896
 897   /**
 898    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 899    *
 900    * @throws IOException
 901    */
 902   @Test(groups = { "Functional" })
 903   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 904   {
 905     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 906             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 907     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 908
 909     /*
 910      * add some features to the sequence
 911      */
 912     int score = 1;
 913     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 914     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 915     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 916     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 917     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 918
 919     /*
 920      * set colour schemes for features
 921      */
 922     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 923     fr.findAllFeatures(true);
 924
 925     // type1: red
 926     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 927
 928     // type2: by label
 929     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 930     byLabel.setColourByLabel(true);
 931     fr.setColour("type2", byLabel);
 932
 933     // type3: by score above threshold
 934     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 935             Color.BLUE, null, 1, 10);
 936     byScore.setAboveThreshold(true);
 937     byScore.setThreshold(2f);
 938     fr.setColour("type3", byScore);
 939
 940     // type4: by attribute AF
 941     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 942     byAF.setColourByLabel(true);
 943     byAF.setAttributeName("AF");
 944     fr.setColour("type4", byAF);
 945
 946     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 947     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 948             Color.BLUE, null, 1, 10);
 949     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 950     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 951     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 952     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 953
 954     /*
 955      * set filters for feature types
 956      */
 957
 958     // filter type1 features by (label contains "x")
 959     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 960     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 961     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 962
 963     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 964     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 965     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 966     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 967     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 968
 969     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 970     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 971     filterByXY
 972             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 973     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 974             "PolyPhen"));
 975     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 976
 977     /*
 978      * save as Jalview project
 979      */
 980     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 981     tfile.deleteOnExit();
 982     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 983     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
 984             "Failed to store as a project.");
 985
 986     /*
 987      * close current alignment and load the saved project
 988      */
 989     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 990     af = null;
 991     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
 992             DataSourceType.FILE);
 993     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 994
 995     /*
 996      * verify restored feature colour schemes and filters
 997      */
 998     fr = af.getFeatureRenderer();
 999     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1000     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1001     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1002     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1003     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1004     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1005     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1006     assertNull(fc.getAttributeName());
1007     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1008     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1009     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1010     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1011     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1012     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1013     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1014     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1015     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1016     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1017     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1018     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1019
1020     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1021             "Label Contains x");
1022     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1023             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1024     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1025             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1026   }
1027
1028   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1029   {
1030     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1031             score, "grp");
1032     sf.setValue("AF", score);
1033     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1034     {
1035       {
1036         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1037       }
1038     });
1039     seq.addSequenceFeature(sf);
1040   }
1041
1042   /**
1043    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1044    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1045    *
1046    * @param seq
1047    * @param featureType
1048    * @param score
1049    */
1050   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1051   {
1052     addFeature(seq, featureType, score++);
1053     addFeature(seq, featureType, score);
1054   }
1055
1056   /**
1057    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1058    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1059    */
1060   @Test(groups = { "Functional" })
1061   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1062   {
1063     // simple project - two views on one alignment
1064     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1065             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1066     assertNotNull(af);
1067     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1068     verifyDs(af);
1069   }
1070
1071   /**
1072    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1073    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1074    * is a more complex project
1075    */
1076   @Test(groups = { "Functional" })
1077   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1078   {
1079     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1080
1081     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1082     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1083             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1084             DataSourceType.FILE);
1085     assertNotNull(af);
1086
1087     AlignmentI ds = null;
1088     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1089     {
1090       if (ds == null)
1091       {
1092         ds = verifyDs(alignFrame);
1093       }
1094       else
1095       {
1096         // check that this frame's dataset matches the last
1097         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1098       }
1099     }
1100   }
1101
1102   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1103   {
1104     AlignmentI ds = null;
1105     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1106     {
1107       if (ds == null)
1108       {
1109         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1110       }
1111       else
1112       {
1113         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1114                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1115       }
1116     }
1117     return ds;
1118   }
1119
1120   @Test(groups = "Functional")
1121   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1122   {
1123     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1124     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1125     // create a new tempfile
1126     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1127
1128     {
1129       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1130       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1131               DataSourceType.FILE);
1132       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1133       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1134       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1135       // create another for good measure
1136       af.newView("Not the PCA View", true);
1137       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1138               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1139       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1140       pcaPanel.run();
1141
1142       // now switch the linked view
1143       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1144
1145       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1146               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1147
1148       // now save and reload project
1149       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1150       tempfile.delete();
1151       jv2xml.saveState(tempfile);
1152       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1153               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1154     }
1155
1156     // load again.
1157     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1158     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1159             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1160     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1161     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1162     // desktop
1163     assertEquals(frames.length, 2,
1164             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1165     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1166
1167     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1168     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1169     {
1170       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1171       {
1172         restoredNewView = alignpanel;
1173       }
1174     }
1175     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1176     assertTrue(
1177             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1178                     .getAlignViewport(),
1179             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1180   }
1181 }