test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.bin.Jalview;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  37 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  38 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  39 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  40 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  41 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  42 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  43 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  46 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  47 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  48 import jalview.gui.AlignFrame;
  49 import jalview.gui.AlignViewport;
  50 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  51 import jalview.gui.Desktop;
  52 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  53 import jalview.gui.JvOptionPane;
  54 import jalview.gui.PCAPanel;
  55 import jalview.gui.PopupMenu;
  56 import jalview.gui.SliderPanel;
  57 import jalview.io.DataSourceType;
  58 import jalview.io.FileFormat;
  59 import jalview.io.FileLoader;
  60 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  61 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  62 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  63 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  64 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  66 import jalview.schemes.FeatureColour;
  67 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  68 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  69 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  70 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  71 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  72 import jalview.structure.StructureMapping;
  73 import jalview.util.matcher.Condition;
  74 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  75
  76 import java.awt.Color;
  77 import java.io.File;
  78 import java.io.IOException;
  79 import java.util.ArrayList;
  80 import java.util.HashMap;
  81 import java.util.List;
  82 import java.util.Map;
  83
  84 import javax.swing.JInternalFrame;
  85
  86 import org.testng.Assert;
  87 import org.testng.AssertJUnit;
  88 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  89 import org.testng.annotations.Test;
  90
  91 @Test(singleThreaded = true)
  92 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  93 {
  94
  95   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  96   public void setUpJalviewSynchonization()
  97   {
  98     Jalview.setSynchronous(true);
  99   }
 100
 101   @Override
 102   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 103   public void setUpJvOptionPane()
 104   {
 105     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 106     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 107   }
 108
 109   @Test(groups = { "Functional" })
 110   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 111   {
 112     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 113     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 114             .getAbsolutePath();
 115     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 116             DataSourceType.FILE);
 117     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 118     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 119     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 120     af.changeColour_actionPerformed(
 121             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 122     assertTrue(
 123             af.getViewport()
 124                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 125             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 126     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 127     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 128             "Failed to store as a project.");
 129     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 130     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 131             DataSourceType.FILE);
 132     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 133     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 134     assertEquals(olddsann, newdsann,
 135             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 136                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 137     System.out.println(
 138             "Read in same number of annotations as originally present ("
 139                     + olddsann + ")");
 140     assertTrue(
 141
 142             af.getViewport()
 143                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 144             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 145   }
 146
 147   @Test(groups = { "Functional" })
 148   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 149   {
 150     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 151             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 152     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 153             .getAbsolutePath();
 154     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 155             DataSourceType.FILE);
 156     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 157     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 158     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 159     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 160             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 161     assertNotNull(
 162             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 163                     viewport.getAlignment(),
 164                     viewport.getGlobalColourScheme().getSchemeName()),
 165             "Recognise T-Coffee score from string");
 166
 167     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 168     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 169             "Failed to store as a project.");
 170     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 171     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 172             DataSourceType.FILE);
 173     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 174     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 175             TCoffeeColourScheme.class,
 176             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 177     System.out.println(
 178             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 179   }
 180
 181   @Test(groups = { "Functional" })
 182   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 183   {
 184     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 185             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 186     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 187             .getAbsolutePath();
 188     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 189             DataSourceType.FILE);
 190     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 191     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 192     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 193             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 194     assertTrue(
 195
 196             aa != null && aa.length > 0,
 197             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 198     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 199             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 200     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 201             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 202     cs.setSeqAssociated(true);
 203     gcs.setSeqAssociated(true);
 204     af.changeColour(cs);
 205     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 206     sg.setStartRes(57);
 207     sg.setEndRes(92);
 208     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 209     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 210     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 211     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 212     af.alignPanel.alignmentChanged();
 213     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 214     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 215             "Failed to store as a project.");
 216     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 217     af = null;
 218     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 219             DataSourceType.FILE);
 220     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 221
 222     // check for group and alignment colourschemes
 223
 224     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 225     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 226             .getColourScheme();
 227     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 228     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 229             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 230     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 231     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 232             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 233
 234     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 235     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 236     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 237             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 238     {
 239       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 240               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 241       {
 242         diffseqcols = true;
 243       }
 244     }
 245     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 246     System.out.println(
 247             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 248
 249     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 250     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 251             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 252     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 253     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 254             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 255
 256     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 257             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 258     {
 259       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 260               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 261                       0f))
 262       {
 263         diffgseqcols = true;
 264       }
 265     }
 266     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 267     System.out.println(
 268             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 269   }
 270
 271   @Test(groups = { "Functional" })
 272   public void gatherViewsHere() throws Exception
 273   {
 274     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 275             : Desktop.getAlignFrames().length;
 276     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 277             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 278     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 279     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 280             "Didn't gather the views in the example file.");
 281
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 286    *
 287    * @throws Exception
 288    */
 289   @Test(groups = { "Functional" })
 290   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 291   {
 292     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 293     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 294     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 295             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 296     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 297
 298     // locate Jmol viewer
 299     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 300     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 301             .findFileForPDBId("1A70");
 302     StructureMapping[] x = af.getCurrentView()
 303             .getStructureSelectionManager()//
 304             .getMapping(pdbFile);
 305     assertEquals(x.length, 2, "Expected only two mappings for 1A70");
 306
 307   }
 308
 309   @Test(groups = { "Functional" })
 310   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 311   {
 312     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 313     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 314     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 315             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 316     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 317     AlignmentViewPanel sps = null;
 318     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 319     {
 320       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 321       {
 322         sps = ap;
 323         break;
 324       }
 325     }
 326     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 327     AlignmentAnnotation refan = null;
 328     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 329             .getAlignmentAnnotation())
 330     {
 331       if (ra.graph != 0)
 332       {
 333         refan = ra;
 334         break;
 335       }
 336     }
 337     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 338     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 339     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 340     // compare the manually added temperature factor annotation
 341     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 342     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 343             "1a70 has no annotation");
 344     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 345     {
 346       AlignmentAnnotation alaa;
 347       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 348       alaa.adjustForAlignment();
 349       if (ala.graph == refan.graph)
 350       {
 351         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 352         {
 353           sq.findPosition(p);
 354           try
 355           {
 356             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 357                     && refan.annotations[p] == null)
 358                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 359                     "Mismatch at alignment position " + p);
 360           } catch (NullPointerException q)
 361           {
 362             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 363                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 364                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 365           }
 366         }
 367       }
 368     }
 369
 370   }
 371
 372   @Test(groups = { "Functional" })
 373   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 374   {
 375     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 376             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 377     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 378     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 379     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 380     {
 381       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 382       {
 383         sps = ap;
 384       }
 385       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 386       {
 387         groups = ap;
 388       }
 389     }
 390     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 391     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 392
 393     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 394     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 395     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 396
 397     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 398     AssertJUnit.assertFalse(
 399             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 400     Assert.assertTrue(structureStyle
 401             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 402
 403   }
 404
 405   /**
 406    * test store and recovery of expanded views
 407    *
 408    * @throws Exception
 409    */
 410   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 411   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 412   {
 413     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 414     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 415             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 416     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 417     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 418
 419     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 420     // actually on the Desktop
 421     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 422             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 423
 424     Desktop.explodeViews(af);
 425
 426     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 427     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 428             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 429     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 430     try
 431     {
 432       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 433     } catch (Error e)
 434     {
 435       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 436     } catch (Exception e)
 437     {
 438       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 439     }
 440     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 441     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 442     {
 443       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 444     }
 445     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 446             DataSourceType.FILE);
 447     Assert.assertNotNull(af);
 448     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 449             Desktop.getAlignmentPanels(
 450                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 451     Assert.assertEquals(Desktop
 452             .getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 453             oldviews);
 454   }
 455
 456   /**
 457    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 458    * in each view.
 459    *
 460    * @throws Exception
 461    */
 462   @Test(groups = { "Functional" })
 463   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 464   {
 465     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 466     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 467             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 468     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 469     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 470
 471     // remember reference sequence for each panel
 472     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 473
 474     /*
 475      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 476      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 477      */
 478     int n = 1;
 479     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 480     {
 481       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 482       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 483       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 484       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 485       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 486
 487       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 488       // todo refactor this to an alignment view controller
 489       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 490       av.setColourByReferenceSeq(true);
 491       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 492
 493       n++;
 494     }
 495     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 496             ".jvp");
 497     try
 498     {
 499       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 500     } catch (Throwable e)
 501     {
 502       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 503     }
 504     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 505     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 506     {
 507       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 508     }
 509
 510     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 511             DataSourceType.FILE);
 512     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 513
 514     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 515     {
 516       // check representative
 517       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 518       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 519       Assert.assertNotNull(rep,
 520               "Couldn't restore sequence representative from project");
 521       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 522       // will be different.
 523       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 524       // load/saves.
 525       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 526               rep.toString(),
 527               "Representative wasn't the same when recovered.");
 528       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 529               "Display reference sequence view setting not set.");
 530       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 531               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 532     }
 533   }
 534
 535   @Test(groups = { "Functional" })
 536   public void testIsVersionStringLaterThan()
 537   {
 538     /*
 539      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 540      * compatible
 541      */
 542     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 546             "Development Build"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 548             "DEVELOPMENT BUILD"));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 550             "Development Build"));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 554     assertTrue(
 555             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 557             "Automated Build"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 559             "AUTOMATED BUILD"));
 560
 561     /*
 562      * same version returns true i.e. compatible
 563      */
 564     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 569
 570     /*
 571      * later version returns true
 572      */
 573     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 576     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 577     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 578
 579     /*
 580      * earlier version returns false
 581      */
 582     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 583     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 584     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 585     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 586     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 587   }
 588
 589   /**
 590    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 591    * representative sequence) in each view.
 592    *
 593    * @throws Exception
 594    */
 595   @Test(groups = { "Functional" })
 596   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 597   {
 598     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 599     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 600             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 601     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 602     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 603     // make a second view of the alignment
 604     af.newView_actionPerformed(null);
 605
 606     /*
 607      * remember representative and hidden sequences marked
 608      * on each panel
 609      */
 610     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 611     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 612
 613     /*
 614      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 615      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 616      */
 617     int n = 1;
 618     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 619     {
 620       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 621       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 622       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 623       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 624       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 625       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 626       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 627       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 628       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 629
 630       /*
 631        * have rep sequence represent itself and the one before it
 632        * this hides the group (except for the rep seq)
 633        */
 634       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 635       sg.addSequence(repSeq, false);
 636       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 637       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 638       sg.setSeqrep(repSeq);
 639       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 640       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 641       av.setSelectionGroup(sg);
 642       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 643
 644       /*
 645        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 646        * (it does not create a group on the alignment)
 647        */
 648       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 649       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 650       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 651       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 652       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 653       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 654               .getHiddenRepSequences();
 655       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 656       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 657       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 658       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 659       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 660       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 661
 662       n++;
 663     }
 664     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 665             ".jvp");
 666     try
 667     {
 668       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 669     } catch (Throwable e)
 670     {
 671       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 672     }
 673     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 674     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 675     {
 676       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 677     }
 678
 679     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 680             DataSourceType.FILE);
 681     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 682
 683     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 684     {
 685       String viewName = ap.getViewName();
 686       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 687       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 688       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 689       assertNotNull(groups);
 690       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 691       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 692               .getHiddenRepSequences();
 693       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 694       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 695       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 696               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 697                       .getDisplayId(true));
 698
 699       /*
 700        * verify hidden sequences in restored panel
 701        */
 702       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 703       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 704       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 705               "wrong number of restored hidden sequences in "
 706                       + ap.getViewName());
 707     }
 708   }
 709
 710   /**
 711    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 712    *
 713    * @throws Exception
 714    */
 715   @Test(groups = { "Functional" })
 716   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 717   {
 718     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 719     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 720     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 721             DataSourceType.FILE);
 722     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 723     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 724
 725     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 726     System.out.println();
 727     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 728     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 729     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 730     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 731     System.out.println("blah");
 732     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 733     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 734     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 735     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 736     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 737     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 738     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 739     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 740     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 741     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 742     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 743     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 744     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 745     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 746     Assert.assertEquals(
 747             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 748             pdbEntries[0]);
 749     Assert.assertEquals(
 750             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 751             pdbEntries[1]);
 752     Assert.assertEquals(
 753             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 754             pdbEntries[2]);
 755     Assert.assertEquals(
 756             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 757             pdbEntries[3]);
 758
 759     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 760     try
 761     {
 762       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 763     } catch (Throwable e)
 764     {
 765       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 766     }
 767     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 768     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 769     {
 770       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 771     }
 772
 773     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 774             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 775     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 776     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 777     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 778     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 779     System.out.println("blah");
 780     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 781     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 782     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 783     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 784     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 785     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 786     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 787     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 788     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 789
 790     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 791     // recoverable from a Jalview projects
 792     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 793     {
 794       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 795               .get(0);
 796       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 797       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 798               "Mismatch PDB ID");
 799       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 800               "Mismatch PDB ID");
 801       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 802               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 803       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 804               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 805     }
 806   }
 807
 808   /**
 809    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 810    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 811    * saved project.
 812    *
 813    * @throws IOException
 814    */
 815   @Test(groups = { "Functional" })
 816   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 817   {
 818     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 819     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 820             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 821
 822     AlignViewport av = af.getViewport();
 823     AlignmentI al = av.getAlignment();
 824
 825     /*
 826      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 827      */
 828     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 829     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 830     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 831     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 832     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 833     assertFalse(sp.isForConservation());
 834     sp.valueChanged(10);
 835     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 836     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 837     assertTrue(sp.isForConservation());
 838     sp.valueChanged(20);
 839     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 840     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 841     assertTrue(rs.conservationApplied());
 842     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 843
 844     /*
 845      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 846      * and 40% PID threshold
 847      */
 848     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 849     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 850     sg.setStartRes(15);
 851     sg.setEndRes(25);
 852     av.setSelectionGroup(sg);
 853     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 854     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 855             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 856     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 857     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 858     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 859     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 860     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 861     assertTrue(sp.isForConservation());
 862     sp.valueChanged(30);
 863     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 864     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 865     assertFalse(sp.isForConservation());
 866     sp.valueChanged(40);
 867     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 868     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 869     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 870
 871     /*
 872      * save project, close windows, reload project, verify
 873      */
 874     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 875             ".jvp");
 876     tfile.deleteOnExit();
 877     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 878     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 879     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 880             DataSourceType.FILE);
 881     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 882
 883     /*
 884      * verify alignment (background) colouring
 885      */
 886     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 887     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 888     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 889     assertTrue(rs.conservationApplied());
 890     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 891
 892     /*
 893      * verify group colouring
 894      */
 895     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 896     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 897             .getGroupColourScheme();
 898     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 899     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 900     assertTrue(rs.conservationApplied());
 901     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 902   }
 903
 904   /**
 905    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 906    *
 907    * @throws IOException
 908    */
 909   @Test(groups = { "Functional" })
 910   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 911   {
 912     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 913             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 914     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 915
 916     /*
 917      * add some features to the sequence
 918      */
 919     int score = 1;
 920     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 921     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 922     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 923     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 924     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 925
 926     /*
 927      * set colour schemes for features
 928      */
 929     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 930     fr.findAllFeatures(true);
 931
 932     // type1: red
 933     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 934
 935     // type2: by label
 936     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 937     byLabel.setColourByLabel(true);
 938     fr.setColour("type2", byLabel);
 939
 940     // type3: by score above threshold
 941     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 942             Color.BLUE, null, 1, 10);
 943     byScore.setAboveThreshold(true);
 944     byScore.setThreshold(2f);
 945     fr.setColour("type3", byScore);
 946
 947     // type4: by attribute AF
 948     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 949     byAF.setColourByLabel(true);
 950     byAF.setAttributeName("AF");
 951     fr.setColour("type4", byAF);
 952
 953     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 954     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 955             Color.BLUE, null, 1, 10);
 956     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 957     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 958     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 959     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 960
 961     /*
 962      * set filters for feature types
 963      */
 964
 965     // filter type1 features by (label contains "x")
 966     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 967     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 968     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 969
 970     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 971     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 972     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 973     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 974     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 975
 976     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 977     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 978     filterByXY
 979             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 980     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 981             "PolyPhen"));
 982     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 983
 984     /*
 985      * save as Jalview project
 986      */
 987     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 988     tfile.deleteOnExit();
 989     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 990     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
 991     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 992             "Failed to store as a project.");
 993
 994     /*
 995      * close current alignment and load the saved project
 996      */
 997     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 998     af = null;
 999     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1000             DataSourceType.FILE);
1001     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1002
1003     /*
1004      * verify restored feature colour schemes and filters
1005      */
1006     fr = af.getFeatureRenderer();
1007     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1008     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1009     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1010     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1011     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1012     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1013     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1014     assertNull(fc.getAttributeName());
1015     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1016     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1017     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1018     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1019     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1020     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1021     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1022     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1023     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1024     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1025     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1026     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1027
1028     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1029             "Label Contains x");
1030     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1031             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1032     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1033             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1034   }
1035
1036   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1037   {
1038     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1039             score, "grp");
1040     sf.setValue("AF", score);
1041     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1042     {
1043       {
1044         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1045       }
1046     });
1047     seq.addSequenceFeature(sf);
1048   }
1049
1050   /**
1051    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1052    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1053    *
1054    * @param seq
1055    * @param featureType
1056    * @param score
1057    */
1058   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1059   {
1060     addFeature(seq, featureType, score++);
1061     addFeature(seq, featureType, score);
1062   }
1063
1064   /**
1065    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1066    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1067    */
1068   @Test(groups = { "Functional" })
1069   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1070   {
1071     // simple project - two views on one alignment
1072     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1073             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1074     assertNotNull(af);
1075     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1076     verifyDs(af);
1077   }
1078
1079   /**
1080    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1081    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1082    * is a more complex project
1083    */
1084   @Test(groups = { "Functional" })
1085   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1086   {
1087     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1088
1089     // complex project - one dataset, several views on several alignment
1090     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1091             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1092             DataSourceType.FILE);
1093     assertNotNull(af);
1094
1095     AlignmentI ds = null;
1096     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1097     {
1098       if (ds == null)
1099       {
1100         ds = verifyDs(alignFrame);
1101       }
1102       else
1103       {
1104         // check that this frame's dataset matches the last
1105         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1106       }
1107     }
1108   }
1109
1110   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1111   {
1112     AlignmentI ds = null;
1113     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1114     {
1115       if (ds == null)
1116       {
1117         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1118       }
1119       else
1120       {
1121         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1122                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1123       }
1124     }
1125     return ds;
1126   }
1127
1128   @Test(groups = "Functional")
1129   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1130   {
1131     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1132     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1133     // create a new tempfile
1134     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1135
1136     {
1137       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1138       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1139               DataSourceType.FILE);
1140       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1141       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1142       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1143       // create another for good measure
1144       af.newView("Not the PCA View", true);
1145       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1146               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1147       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1148       pcaPanel.run();
1149
1150       // now switch the linked view
1151       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1152
1153       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1154               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1155
1156       // now save and reload project
1157       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1158       tempfile.delete();
1159       jv2xml.saveState(tempfile);
1160       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1161               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1162     }
1163
1164     // load again.
1165     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
1166     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1167             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1168     JInternalFrame[] frames = Desktop.getInstance().getAllFrames();
1169     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1170     // desktop
1171     assertEquals(frames.length, 2,
1172             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1173     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1174
1175     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1176     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1177     {
1178       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1179       {
1180         restoredNewView = alignpanel;
1181       }
1182     }
1183     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1184     assertTrue(
1185             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1186                     .getAlignViewport(),
1187             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1188   }
1189 }