test/jalview/schemes/HydrophobicColourSchemeTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class HydrophobicColourSchemeTest
  30 {
  31   /**
  32    * Turn colours are based on the scores in ResidueProperties.hyd A = 1.8, R =
  33    * -4.5, N = -3.5, D = -3.5... min = -3.9 max = 4.5
  34    * <p>
  35    * scores are scaled to c 0-1 between min and max and colour is (c, 0, 1-c)
  36    */
  37   @Test(groups = "Functional")
  38   public void testFindColour()
  39   {
  40     ScoreColourScheme scheme = new HydrophobicColourScheme();
  41
  42     float min = -3.9f;
  43     float max = 4.5f;
  44     float a = (1.8f - min) / (max - min);
  45     assertEquals(scheme.findColour('A', 0, null), new Color(a, 0, 1 - a));
  46
  47     float d = (-3.5f - min) / (max - min);
  48     assertEquals(scheme.findColour('D', 0, null), new Color(d, 0, 1 - d));
  49
  50     assertEquals(scheme.findColour('-', 0, null), Color.WHITE);
  51   }
  52
  53 }