test/jalview/schemes/JalviewColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertNull;
   4 import static org.testng.Assert.assertSame;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Alignment;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
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  14 public class JalviewColourSchemeTest
  15 {
  16   @Test
  17   public void testForName()
  18   {
  19     assertSame(JalviewColourScheme.Clustal,
  20             JalviewColourScheme.forName("Clustal"));
  21     assertSame(JalviewColourScheme.Clustal,
  22             JalviewColourScheme.forName("CLUSTAL"));
  23     assertSame(JalviewColourScheme.Blosum62,
  24             JalviewColourScheme.forName("Blosum62"));
  25     assertSame(JalviewColourScheme.PID,
  26             JalviewColourScheme.forName("% Identity"));
  27     assertSame(JalviewColourScheme.Hydrophobic,
  28             JalviewColourScheme.forName("Hydrophobic"));
  29     assertSame(JalviewColourScheme.Zappo,
  30             JalviewColourScheme.forName("Zappo"));
  31     assertSame(JalviewColourScheme.Taylor,
  32             JalviewColourScheme.forName("Taylor"));
  33     assertSame(JalviewColourScheme.Helix,
  34             JalviewColourScheme.forName("Helix Propensity"));
  35     assertSame(JalviewColourScheme.Strand,
  36             JalviewColourScheme.forName("Strand Propensity"));
  37     assertSame(JalviewColourScheme.Turn,
  38             JalviewColourScheme.forName("Turn Propensity"));
  39     assertSame(JalviewColourScheme.Buried,
  40             JalviewColourScheme.forName("Buried Index"));
  41     assertSame(JalviewColourScheme.Nucleotide,
  42             JalviewColourScheme.forName("Nucleotide"));
  43     assertSame(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine,
  44             JalviewColourScheme.forName("Purine/Pyrimidine"));
  45     assertSame(JalviewColourScheme.TCoffee,
  46             JalviewColourScheme.forName("T-Coffee Scores"));
  47     assertSame(JalviewColourScheme.RNAHelices,
  48             JalviewColourScheme.forName("RNA Helices"));
  49     // assertSame(JalviewColourScheme.RNAInteraction,
  50     // JalviewColourScheme.forName("RNA Interaction type"));
  51     assertSame(JalviewColourScheme.UserDefined,
  52             JalviewColourScheme.forName("User Defined"));
  53
  54     assertNull(JalviewColourScheme.forName("PID"));
  55     assertNull(JalviewColourScheme.forName(""));
  56     assertNull(JalviewColourScheme.forName(null));
  57   }
  58
  59   @Test
  60   public void testGetColourScheme()
  61   {
  62     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  63     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  64     assertTrue(JalviewColourScheme.Clustal.getColourScheme(al) instanceof ClustalxColourScheme);
  65     assertTrue(JalviewColourScheme.Blosum62.getColourScheme(al) instanceof Blosum62ColourScheme);
  66     assertTrue(JalviewColourScheme.PID.getColourScheme(al) instanceof PIDColourScheme);
  67     assertTrue(JalviewColourScheme.Hydrophobic.getColourScheme(al) instanceof HydrophobicColourScheme);
  68     assertTrue(JalviewColourScheme.Zappo.getColourScheme(al) instanceof ZappoColourScheme);
  69     assertTrue(JalviewColourScheme.Taylor.getColourScheme(al) instanceof TaylorColourScheme);
  70     assertTrue(JalviewColourScheme.Helix.getColourScheme(al) instanceof HelixColourScheme);
  71     assertTrue(JalviewColourScheme.Strand.getColourScheme(al) instanceof StrandColourScheme);
  72     assertTrue(JalviewColourScheme.Turn.getColourScheme(al) instanceof TurnColourScheme);
  73     assertTrue(JalviewColourScheme.Buried.getColourScheme(al) instanceof BuriedColourScheme);
  74     assertTrue(JalviewColourScheme.Nucleotide.getColourScheme(al) instanceof NucleotideColourScheme);
  75     assertTrue(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine.getColourScheme(al) instanceof PurinePyrimidineColourScheme);
  76     assertTrue(JalviewColourScheme.TCoffee.getColourScheme(al) instanceof TCoffeeColourScheme);
  77     assertTrue(JalviewColourScheme.RNAHelices.getColourScheme(al) instanceof RNAHelicesColour);
  78     // assertTrue(JalviewColourScheme.RNAInteraction.getColourScheme(al)
  79     // instanceof RNAInteractionColourScheme);
  80     assertTrue(JalviewColourScheme.UserDefined.getColourScheme(al) instanceof UserColourScheme);
  81   }
  82 }